Изобретение относится к области медицины и представляет собой способ прогнозирования развития тяжелого поражения центральной нервной системы при клещевом энцефалите с помощью анализа ликвора, отличающийся тем, что в ликворе больного определяют уровень серотонина, при его значении более 20 нг/мл прогнозируют среднетяжелое поражение центральной нервной системы с развитием непаралитической менингеальной формы, менее 20 нг/мл - прогнозируют тяжелое поражение центральной нервной системы с формированием паралитических очаговых форм. Изобретение обеспечивает высокую точность и специфичность исследования, сокращение времени на диагностику. 2 пр.