Патенты автора Сорокин Владимир Михайлович (RU)
Изобретение относится к области биотехнологии. Описан способ определения подвидов Francisella tularensis методом мультипраймерной ПЦР, включающий выделение ДНК из исследуемого штамма F. tularensis, постановку ПЦР со специфическими праймерами и учет реакции с помощью электрофореза. Предложенный способ отличается тем, что на ДНК F. tularensis выявляют два общих INDEL-гена, имеющих делеции определенного размера, а именно ft1779 и ft426, с последующей их амплификацией с помощью сконструированных специфических праймеров: к гену ft1779 - праймеры GCCTTTTCAGTTCTTGAAATTGT и TTTGAGATTCGTGTAGTGTACTTGTG, с длиной амплифицированного фрагмента 98 п.н., или 107 п.н., или 950 п.н., к гену ft426 - праймеры GATAGACGCTGCATCGACAC и ACTAGAGTTAACCCATTCAACAAGA, с длиной амплифицированного фрагмента 174 п.н. или 196 п.н. Изобретение расширяет арсенал способов определения подвидов Francisella tularensis методом мультипраймерной ПЦР. 2 з.п. ф-лы, 1 ил., 1 табл., 4 пр.
Способ дифференциации штаммов Francisella tularensis путем молекулярно-генетического типирования // 2756854
Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способам молекулярно-генетического типирования штаммов возбудителей инфекционных заболеваний, которые используются при микробиологическом и молекулярно-генетическом мониторинге штаммов F. tularensis, циркулирующих на различных территориях, с целью их дифференциации. Сущность изобретения заключается в том, что из ДНК F. tularensis выявляют пять общих INDEL-генов, имеющих делеции определенного размера, а именно ft263, ft278, ft502, ft1779 и ft09, с последующей их амплификацией с помощью сконструированных специфических праймеров, выявляющих два альтернативных аллеля. 2 з.п. ф-лы, 3 ил., 2 табл., 4 пр.
Способ дифференциации штаммов Helicobacter pylori путем молекулярно-генетического типирования // 2688434
Изобретение относится к области медицинской микробиологии, а именно к способам молекулярно-генетического типирования штаммов возбудителей инфекционных заболеваний, которые используются при микробиологическом и молекулярно-генетическом мониторинге штаммов H.pylori, циркулирующих на различных территориях, с целью их дифференциации. Из ДНК Н. pylori исследуемой пробы выявляют пять общих INDEL-генов, имеющих делеции определенного размера, а именно IND-3330, 5605, 6405, 340 и 1390, с последующей их амплификацией с помощью сконструированных специфических праймеров, выявляющих два альтернативных аллеля: к гену IND-3330 - праймеры и с длиной амплифицированного фрагмента 60 п. н. или 69 п. н., к гену IND-5605 - праймеры и с длиной амплифицированного фрагмента 93 п. н. или 102 п. н., к гену IND-6405 - праймеры и с длиной амплифицированного фрагмента 100 п. н. или 106 п. н. к гену IND-340 - праймеры и с длиной амплифицированного фрагмента 79 п. н. или 85 п. н., к гену IND-13 90 - праймеры и с длиной амплифицированного фрагмента 64 п. н. или 76 п. н., при этом учет результатов дифференциации проводят визуально после электрофореза в 8% полиакриламидном геле в присутствии маркера молекулярных масс ДНК, причем для каждого штамма устанавливают уникальный INDEL-генотип по пяти INDEL-генам, а путем сравнения выявленных INDEL-генотипов между собой и с известными генотипами идентификационной таблицы устанавливают общее или различное происхождение исследуемых штаммов Н. pylori. При этом ПЦР проводят в объеме 25 мкл и реакционная смесь содержит: 1,5 мМ Mg-буфер, 0,2 мМ смеси дНТФ, 1,0 мкМ смеси праймеров (по 0,5 мкМ каждого праймера), 25 нг ДНК-матрицы,1 ед. ДНК-полимеразы, оставшийся объем - вода, при этом в качестве матрицы используют геномную ДНК, объемом 5 мкл, которую получают из разных штаммов Н. pylori. ПЦР проводят с соблюдением режимов: 1 этап - денатурация при 95°С - 3 мин (1 цикл); 2 этап - денатурация при 95°С - 20 с, отжиг при 55°С - 20 с, синтез при 72°С - 20 с (35 циклов); 3 этап - досинтез при 72°С - 7 мин (1 цикл). Способ позволяет достоверно и быстро дифференцировать один штамм от другого и определить их происхождение. 2 з.п. ф-лы, 2 ил., 3 табл., 4 пр.
