Патенты автора Водопьянов Алексей Сергеевич (RU)

Способ молекулярного типирования типичных (O1) и атипичных (RO) нетоксигенных штаммов V. cholerae El Tor с помощью ПЦР в режиме реального времени // 2792156

Данное изобретение относится к микробиологии и генетической инженерии и может быть использовано в лабораторной диагностике при проведении мониторинга за холерой, планировании противоэпидемических мероприятий и исследований, связанных с изучением особенностей биологии возбудителя. Описан способ молекулярного типирования типичных (O1) и атипичных (RО) нетоксигенных штаммов V. cholerae El Tor с помощью ПЦР в режиме реального времени, включающий выделение ДНК из исследуемого штамма, проведение ПЦР со специфическими праймерами и последующим учетом реакции амплификации. Амплификацию исследуемой ДНК проводят одновременно с пятью парами праймеров, при этом в инкубационную смесь вносят 0,5 мкл интеркалирующего красителя 50Х SYBR Green I для выявления продуктов амплификации по динамике изменения показателя флюоресценции по каналу FAM амплификатора. Учет результатов осуществляют по геометрическому методу, путем регистрации Дельта Ср, отраженному на экране монитора, а именно: при наличии целевого продукта генов ACD-rtxA, tcpA, vce, vspD, vgrG3 формируется амплификон с низким показателем Ср, в пределах (8-15) циклов, подтверждая присутствие тестируемого гена типичных O1 и атипичных (RО) нетоксигенных штаммов V. cholerae O1 El Tor, в случае отсутствия специфической мишени реакция с парами праймеров образует амплификон с более высоким показателем Ср, в пределах (21-29) циклов, подтверждая отсутствие тестируемого гена. Технический результат заключается в создании простого быстрого и достоверного способа молекулярного типирования штаммов с помощью ПЦР с последующим электрофоретическим учетом результатов типичных и атипичных (RО) нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae El Tor. 2 з.п. ф-лы, 6 табл., 4 пр.

СПОСОБ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО ТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ САЛЬМОНЕЛЛ ПО INDEL-МАРКЕРАМ // 2786577

Cпособ относится к биотехнологии, а именно к способам молекулярно-генетического типирования штаммов Salmonella enterica, циркулирующих на различных территориях, с целью их дифференциации. Способ молекулярно-генетического типирования штаммов сальмонелл по INDEL-маркерам, включающий выделение ДНК из исследуемого штамма S. enterica, постановку ПЦР со специфическими праймерами и учет реакции с помощью электрофореза в ПААГ, отличающийся тем, что из ДНК исследуемого штамма S. enterica выявляют семь общих INDEL-маркеров, имеющих делеции определенного размера, а именно STY4288, STY3837, STY1159, STY0523, STY0257, STY2730 и STY3176, с последующей их амплификацией с помощью сконструированных специфических праймеров, выявляющих два альтернативных аллеля. при этом учет результатов дифференциации проводят визуально после электрофореза в 8% полиакриламидном геле в присутствии маркера молекулярных масс ДНК, причем для каждого штамма устанавливают уникальный INDEL-генотип по семи INDEL-маркерам, а путем сравнения выявленных INDEL-генотипов между собой и с известными генотипами идентификационной таблицы устанавливают общее или различное происхождение исследуемых штаммов S. enterica. 2 з.п. ф-лы, 3 табл., 3 пр.

СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ ГЕНА ХОЛОДОВОГО ШОКА CSH1 У ШТАММОВ VIBRIO CHOLERAE С ПОМОЩЬЮ ПЦР В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ // 2783023

Изобретение относится к области биотехнологии. Представлен способ выявления гена холодового шока csh1 у штаммов Vibrio cholerae с помощью ПЦР, включающий выделение ДНК из исследуемого штамма, постановку ПЦР со специфическими праймерами CSh 1 и CSh с последующим учетом реакции амплификации. При этом в инкубационную смесь вносят 0,5 мкл интеркалирующего красителя SYBR Green I для выявления продуктов амплификации с последующим плавлением образовавшихся ампликонов, а по их температуре плавления, в диапазоне 72-94°С и по динамике изменения показателя флюоресценции по каналу FAM амплификатора, проводят учет результатов по геометрическому методу путем регистрации показателя Ср. При наличии целевого продукта - гена холодового шока cshl - формируется амплификон с низким Ср, а при отсутствии специфической мишени реакция с парой праймеров CSh 1- CSh 2 образует другие амплификоны с высоким Ср. Изобретение позволяет использовать его в лабораторной диагностике при проведении мониторинга холеры и проведении исследований, связанных с изучением особенностей биологии возбудителя, включающего идентификацию генетических структур, обеспечивающих адаптацию холеры к неблагоприятным факторам внешней среды. 2 з.п. ф-лы, 5 табл., 3 пр.

СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ ТОКСИГЕННЫХ ШТАММОВ 01 VIBRIO CHOLERAE "ПОСТГАИТЯНСКОЙ" ЛИНИИ МЕТОДОМ ПЦР В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ // 2766192

Изобретение относится к области медицинской микробиологии и генетической инженерии. Сущность изобретения заключается в том, что в способе выявления токсигенных штаммов 01 Vibrio cholerae «постгаитянской» линии методом ПЦР в режиме реального времени проводят две реакции амплификации с помощью сконструированных двух пар праймеров: при этом в инкубационные смеси добавляют 0,5 мкл интеркалирующего красителя 5OX SYBR Green I. Учет результатов проводят по геометрическому методу путем регистрации Дельта Ср, отраженному на экране монитора, если разница между результатами амплификации первой пары праймеров Rtx01-Rtx02 и второй пары Rtx03-Rtx04 превышает 8 единиц циклов, то делают вывод, что клетка исследуемого штамма содержит ген rtx А4а с делецией 60 п.н., поэтому ее относят к штаммам «постгаитянской» линии токсигенных штаммов 01 Vibrio cholerae. В частном случае ПЦР проводят в объеме 25 мкл и реакционная смесь содержит: 2,5 мкл буфера, 1 Ед Taq ДНК-полимеразы, 0,2 мкМ смеси дНТФ, 0,5 мкл 50Х SYBR Green 1, 1,0 мкМ каждого из праймеров, 5 мкл ДНК - ДНК матрицы, оставшийся объем - вода. Кроме того, в частном случае ПЦР реакции проводят с соблюдением режимов: денатурация при 95°С - 2 мин (1 цикл); затем 30 циклов: денатурация при 95°С - 20 с, отжиг и учет по каналу FAM при 67°С - 20 с. Изобретение может быть использовано в лабораторной диагностике для быстрого определения эпидемического потенциала каждого свежевыделенного штамма, включающего в себя выявление полного спектра уникальных генетических маркеров, позволяющих установить происхождение конкретного возбудителя. 2 з.п. ф-лы, 3 ил., 3 табл., 3 пр.

Способ определения подвидов Francisella tularensis методом мультипраймерной ПЦР // 2765495

Изобретение относится к области биотехнологии. Описан способ определения подвидов Francisella tularensis методом мультипраймерной ПЦР, включающий выделение ДНК из исследуемого штамма F. tularensis, постановку ПЦР со специфическими праймерами и учет реакции с помощью электрофореза. Предложенный способ отличается тем, что на ДНК F. tularensis выявляют два общих INDEL-гена, имеющих делеции определенного размера, а именно ft1779 и ft426, с последующей их амплификацией с помощью сконструированных специфических праймеров: к гену ft1779 - праймеры GCCTTTTCAGTTCTTGAAATTGT и TTTGAGATTCGTGTAGTGTACTTGTG, с длиной амплифицированного фрагмента 98 п.н., или 107 п.н., или 950 п.н., к гену ft426 - праймеры GATAGACGCTGCATCGACAC и ACTAGAGTTAACCCATTCAACAAGA, с длиной амплифицированного фрагмента 174 п.н. или 196 п.н. Изобретение расширяет арсенал способов определения подвидов Francisella tularensis методом мультипраймерной ПЦР. 2 з.п. ф-лы, 1 ил., 1 табл., 4 пр.

Способ дифференциации штаммов Francisella tularensis путем молекулярно-генетического типирования // 2756854

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способам молекулярно-генетического типирования штаммов возбудителей инфекционных заболеваний, которые используются при микробиологическом и молекулярно-генетическом мониторинге штаммов F. tularensis, циркулирующих на различных территориях, с целью их дифференциации. Сущность изобретения заключается в том, что из ДНК F. tularensis выявляют пять общих INDEL-генов, имеющих делеции определенного размера, а именно ft263, ft278, ft502, ft1779 и ft09, с последующей их амплификацией с помощью сконструированных специфических праймеров, выявляющих два альтернативных аллеля. 2 з.п. ф-лы, 3 ил., 2 табл., 4 пр.

Способ генетической дифференциации штаммов Yersinia pseudotuberculosis путем молекулярно-генетического типирования // 2736649

Предполагаемое изобретение относится к области медицинской микробиологии, а именно молекулярной диагностики и генетической инженерии, и может быть использовано в лабораторных исследованиях вновь выявленных штаммов Yersinia pseudotuberculosis и при характеристике штаммов, находящихся в коллекциях культур клеток учреждений, занимающихся их изучением. Представлен способ генетической дифференциации штаммов Yersinia pseudotuberculosis путем молекулярно-генетического типирования. Способ генотипирования позволяет достоверно и быстро осуществлять дифференциацию штаммов Y. pseudotuberculosis, выделенных в различных регионах, областях и странах. 1 з.п. ф-лы, 4 табл., 2 пр.

СПОСОБ ГЕНЕТИЧЕСКОГО INDEL-ТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ BRUCELLA MELITENSIS // 2732425

Изобретение относится к области биотехнологии. Заявлен способ молекулярно-генетического типирования штаммов Brucella melitensis. Способ включает выделение ДНК из исследуемого штамма, постановку ПЦР со специфичными праймерами и электрофоретическую детекцию продуктов амплификации в агарозном геле. Охарактеризованный способ основан на INDEL-маркерах, представляющих собой вставки-делеции нескольких нуклеотидов. Амплификацию проводят с праймерами к каждому из десяти INDEL-локусов (RS05410, RS06765, RS11140, RS12095, RS12365, RS14755, RS16525, RS05465, RS14470 и RS16540), имеющих по две дискриминируемых аллели. Учет результатов проводят методом электрофоретической детекции, размер полученного фрагмента определяют с помощью маркера молекулярного веса или аллельных маркеров 1 и 2. Для каждого исследуемого штамма устанавливают уникальный INDEL-генотип. Данный метод может применяться в качестве дополнительного метода генотипирования при установлении пространственного и временного происхождения штамма, определении генеза вспышки заболевания, источника инфекции, возможных маршрутов заноса бруцеллеза. 1 пр., 2 ил.

Способ выявления токсигенных штаммов О1 Vibrio cholerae "гаитянской" группы методом ПЦР в режиме реального времени по конечной точке // 2729218

Предлагаемое изобретение относится к области медицинской микробиологии и генетической инженерии и может быть использовано в лабораторной диагностике при выявлении токсигенных штаммов O1 Vibrio cholerae "гаитянской" группы. Сущность предлагаемого изобретения заключается в том, что амплификацию исследуемой ДНК проводят с помощью сконструированных праймеров: в присутствии двух олигонуклеотидных зондов: при этом анализ продуктов амплификации по конечной точке проводят в ПЦР детекторе, размещают пробирки в соответствующие гнезда, учитывают результаты амплификации визуально на мониторе компьютера по данным каналов FAM и HEX, где отражен уровень флюоресценции свечения, причем по каналу FAM в качестве фона (внутренний контроль) выбран ДНК штамма O1 Vibrio cholerae 19191 и положительный результат определяют по длине синей полосы, которая отражает уровень флюоресценции в опытных пробах, превышающий более чем в 2,5 раза длину полосы негативной (фоновой) пробы, подтверждая правильность выделения ДНК и отсутствие ингибиторов в пробах, а по каналу HEX в качестве негативного фонового контроля используют ДНК штаммов O1 Vibrio cholerae 5879 и результат считают положительным, если уровень флюоресценции исследуемой пробы зеленая полоса превышает фон (негативного контроля) более 2,5, то фиксируют в данной пробе токсигенный штамм "гаитянской" группы. При этом ПРЦ проводят в объеме 25 мкл и реакционная смесь содержит: праймеры 1055-1, 1095-2 и зонды 1095 ZW и 1095 ZH каждый по 1,0 мкМ, 1,5 мМ Mg - буфер, 0,2 мМ смеси дНТФ, 0,25 ед. ДНК полимеразы, исследуемое ДНК - 25 нг, оставшийся объем - вода. Кроме того, ПЦР реакции проходят с соблюдением режимов: денатурация 95°С - 2 мин (1 цикл); 35 циклов: денатурация 95°С - 20 с; отжиг при 65°С - 20 с; синтез при 72°С - 20 с; синтез при 72°С - 3 мин (1 цикл). 2 з.п. ф-лы, 2 ил., 3 табл.

Способ дифференциации штаммов Legionella pneumophila путем молекулярно-генетического типирования // 2709174

Изобретение относится к области биотехнологии. Сущность изобретения заключается в том, что из ДНК исследуемого штамма L. pneumophila выявляют четыре общих INDEL-гена, имеющих делеции определенного размера, а именно IND- А9Р84_02210, А9Р84_08285, А9Р84_03850 и А9Р84_07165, с последующей их амплификацией с помощью сконструированных специфических праймеров, выявляющих два альтернативных аллеля: к гену IND- А9Р84_02210 - праймеры TTCCCCTTATTTAAATGACACCA и AAGCATAATAGGCGGGAAGA, с длиной амплифицированного фрагмента 80 п.н. или 110 п.н., к гену IND- А9Р84_08285 - праймеры CAGAAGACAAAGCGGAATCTG и TGAGGCCGAGTTTCTTGACT, с длиной амплифицированного фрагмента 62 п.н. или 74 п.н., к гену IND- А9Р84 03850 - праймеры CAGGTATCTGCCACGAATCA и TGGTTGTTGTCCATTTGACTG, с длиной амплифицированного фрагмента 63 п.н. или 75 п.н., к гену IND- А9Р84_07165 - праймеры TGGGTATTAAGCAATACGCAAG и AACAGAAACACCATTTATGCTTTG, с длиной амплифицированного фрагмента 84 п.н. или 96 п.н., при этом учет результатов дифференциации проводят визуально после электрофореза в 8% полиакриламидном геле в присутствии маркера молекулярных масс ДНК, причем для каждого штамма устанавливают уникальный INDEL-генотип по четырем INDEL-генам, а путем сравнения выявленных INDEL-генотипов устанавливают общее или различное происхождение исследуемых штаммов L. pneumophila. Изобретение позволяет типировать штаммы возбудителей инфекционных заболеваний, которые используются при микробиологическом и молекулярно-генетическом мониторинге штаммов L. pneumophila, циркулирующих на различных территориях, с целью их дифференциации. 2 з.п. ф-лы, 4 табл., 2 ил., 3 пр.

Рекомбинантная плазмида, экспрессирующая клонированный ген шаперона HFQ Vibrio cholerae, и штамм Escherichia coli - суперпродуцент шаперона HFQ Vibrio cholerae // 2707525

Изобретение относится к биотехнологии, генной инженерии, медицинской микробиологии. Предложена рекомбинантная плазмида pHFQ2.21, экспрессирующая клонированный ген hfq (шаперона) Vibrio cholerae 01 биовара El Tor, встроенный по сайтам Bam HI-PstI в полилинкер векторной плазмиды pQE30, под контролем Т5-промотора. Указанной плазмидой трансформируют штамм Е. coli Jm109 с получением штамма Escherichia coli KM 2030, являющегося суперпродуцентом шаперона (Hfq) Vibrio cholerae 01 El Tor. Предложенный штамм депонирован в Государственной коллекции патогенных бактерий «Микроб». Содержание шаперона (Hfq) Vibrio cholerae 01 El Tor, находящегося внутри клеток в растворимой форме, составляет до 10% суммарных клеточных белков. Изобретение может быть использовано для получения препаратов шаперона (Hfq) Vibrio cholerae в целях создания специфических сорбентов для связывания малых РНК, а также для изучения свойств, биохимической и биологической активности шаперона (Hfq) Vibrio cholerae. 2 н.п. ф-лы, 1 ил., 2 пр.

Способ дифференциации штаммов Helicobacter pylori путем молекулярно-генетического типирования // 2688434

Изобретение относится к области медицинской микробиологии, а именно к способам молекулярно-генетического типирования штаммов возбудителей инфекционных заболеваний, которые используются при микробиологическом и молекулярно-генетическом мониторинге штаммов H.pylori, циркулирующих на различных территориях, с целью их дифференциации. Из ДНК Н. pylori исследуемой пробы выявляют пять общих INDEL-генов, имеющих делеции определенного размера, а именно IND-3330, 5605, 6405, 340 и 1390, с последующей их амплификацией с помощью сконструированных специфических праймеров, выявляющих два альтернативных аллеля: к гену IND-3330 - праймеры и с длиной амплифицированного фрагмента 60 п. н. или 69 п. н., к гену IND-5605 - праймеры и с длиной амплифицированного фрагмента 93 п. н. или 102 п. н., к гену IND-6405 - праймеры и с длиной амплифицированного фрагмента 100 п. н. или 106 п. н. к гену IND-340 - праймеры и с длиной амплифицированного фрагмента 79 п. н. или 85 п. н., к гену IND-13 90 - праймеры и с длиной амплифицированного фрагмента 64 п. н. или 76 п. н., при этом учет результатов дифференциации проводят визуально после электрофореза в 8% полиакриламидном геле в присутствии маркера молекулярных масс ДНК, причем для каждого штамма устанавливают уникальный INDEL-генотип по пяти INDEL-генам, а путем сравнения выявленных INDEL-генотипов между собой и с известными генотипами идентификационной таблицы устанавливают общее или различное происхождение исследуемых штаммов Н. pylori. При этом ПЦР проводят в объеме 25 мкл и реакционная смесь содержит: 1,5 мМ Mg-буфер, 0,2 мМ смеси дНТФ, 1,0 мкМ смеси праймеров (по 0,5 мкМ каждого праймера), 25 нг ДНК-матрицы,1 ед. ДНК-полимеразы, оставшийся объем - вода, при этом в качестве матрицы используют геномную ДНК, объемом 5 мкл, которую получают из разных штаммов Н. pylori. ПЦР проводят с соблюдением режимов: 1 этап - денатурация при 95°С - 3 мин (1 цикл); 2 этап - денатурация при 95°С - 20 с, отжиг при 55°С - 20 с, синтез при 72°С - 20 с (35 циклов); 3 этап - досинтез при 72°С - 7 мин (1 цикл). Способ позволяет достоверно и быстро дифференцировать один штамм от другого и определить их происхождение. 2 з.п. ф-лы, 2 ил., 3 табл., 4 пр.

Способ моделирования биоплёнок, формируемых Vibrio cholerae 01 серогруппы на поверхности хитина // 2685878

Изобретение относится к медицинской микробиологии. Описан способ моделирования биопленок, формируемых Vibrio cholerae 01 серогруппы на поверхности хитина. Способ включает использование хитина для формирования биопленки, образуемой клетками V. cholerae, с последующей инкубацией и анализом результатов в ПЦР. В качестве хитина используют пластины речного рака Astacus astacus в количестве 10-15 штук и размером 0,3×0,3 см, которые размещают во флакон емкостью 100 мл, содержащий 30 мл отстоенной речной воды. Флакон автоклавируют 10 минут при 120°С, а после охлаждения во флакон вносят взвесь культур Vibrio cholerae 01 серогруппы до конечной концентрации 104 м.к./мл. Инкубирование проводят при 10°С и 28°С. Анализ результатов образования как простых, так и сложных биопленок V. cholerae проводят в ПЦР с использованием праймеров к INDEL-локусу 1699:VC1699-1 GCTTAGCTATTTTTGGGTATAGGTT,VC1699-2 CGTTCATTTTTACTCAAACAGTCA.При этом атоксигенные штаммы ctx- tcpA- формируют ампликон массой 132 п.о., а токсигенные штаммы ctx+tcpA+ образуют ампликон массой 116 п.о. Таким образом, подтверждают присутствие клеток токсигенного штамма в составе сложной биопленки и способность колонизировать поверхность хитина. 3 з.п. ф-лы, 3 ил., 4 пр.

Способ идентификации нетоксигенных штаммов холерных вибрионов О1 серогруппы с помощью ПЦР для выделения генетических детерминант // 2665542

Изобретение относится к медицинской микробиологии. Изобретение может быть использовано при изучении нетоксигенных штаммов холерных вибрионов различного происхождения на молекулярно-биологическом уровне с целью установления их роли в этиологии спорадических случаев и вспышек диарейных заболеваний. Сущность предлагаемого изобретения заключается в том, что для проведения ПНР используют 14 генов, оптимально определяющих генотип нетоксигенных штаммов V. cholerae O1 серогруппы, а именно: rstA, tcpA, int, nanH, vce, rtxC, acd-rtxA, vcsN, vspD, vasK, pbd-vgrG3, acd-vgrG1, mshA, stn/sto. Реакцию проводят отдельно для каждого гена в 10 мкл смеси с праймерами, соответствующими определенному гену, и осуществляют амплификацию на программируемом многоканальном термостате при определенных режимах. После окончания реакции смесь окрашивают бромистым этидием и разделяют электрофоретически в 2% агарозном геле, приготовленном на трис-ацетатном либо трис-боратном буфере, затем в трансэллюминаторе считывают длину амплификата каждого фрагмента, которые имеют следующие размеры: rstA - 1009 п.н., tcpA -471 п.н., int - 458 п.н., nanH- 585 п.н., vce - 1009 п.н., rtxC - 417 п.н., acd-rtxA - 660 п.н., vcsN - 508 п.н., vspD - 422 п.н., vasK - 614 п.н., pbd-vgrG3 - 422 п.н., acd-vgrG1 - 735 п.н., mshA - 432 п.н., stn/sto - 172 п.н., анализ результатов проводят, сравнивая выделенные детерминанты нуклеотидных последовательностей генов исследуемого штамма с длиной амплификата контрольных штаммов: V. cholerae O1 № M - 878 и №14863, а также ПЦР-амплификат этого гена, полученного на матрице ДНК штамма V. cholerae nonO1/non O139 (NRT 36), затем полученный результат сравнивают с табличными значениями общей характеристики генотипов нетоксигенных штаммов O1 серогруппы, по которому определяют идентичность генотипа. При этом реакционная смесь для ПЦР имеет следующий состав: 10-х буфер для амплификации (рН 8,8) - 1 мкл; 2,5 мМ раствор смеси дезоксинуклеотидтрифосфатов (dNTR) - 1 мкл; 2,5 мМ раствор прямого и обратного праймеров определенного гена - 1 мкл; ДНК-матрица исследуемого штамма - 1 мкл; TAQ-полимераза (5 ед./мкл) - 0,1 мкл; деионизированная вода - 6,9 мкл. Кроме того, амплификацию проводят при следующих режимах: для определения генов rstA, ACD-rtxA, tcpA, int, nanH vce, mshA, vasK, acd-vgrG1, pbd-vgrG3: денатурация - 94°C, 3 мин (1 цикл); отжиг - 58°C, 30 сек; синтез - 72°С, 30 сек (30 циклов); досинтез - 72°С, 3 мин (1 цикл); для определения гена rtxC, vcsN2, vspD: денатурация - 94°С, 3 мин (1 цикл); отжиг - 55°С, 30 сек; синтез - 72°С, 30 сек (30 циклов); досинтез - 72°С, 3 мин (1 цикл); для определения гена : денатурация - 94°С, 3 мин (1 цикл); отжиг - 50°С, 30 сек; синтез - 72°С, 30 сек (30 циклов); досинтез - 72°С, 3 мин (1 цикл). 2 з.п. ф-лы, 6 табл., 3 пр.

Способ молекулярно-генетического внутривидового типирования токсигенных штаммов Vibrio cholerae О1 Eltor // 2627193

Изобретение относится к области биохимии. Заявлен способ молекулярно-генетического внутривидового типирования токсигенных штаммов Vibrio cholerae O1 Eltor. Способ включает выделение ДНК из исследуемого штамма Vibrio cholerae O1 Eltor, постановку ПЦР со специфическими праймерами и учет полученных результатов. Амплификацию исследуемой ДНК проводят сконструированными праймерами к каждому из ICE элементов индийского и мозамбикского типов, в присутствии интеркалирующего красителя Siber Green. Затем продукты амплификации подвергают плавлению, учет результатов проводят по температурным пикам плавления и размеру ампликона. При температуре плавления 87°С и размере ампликона 300 п.о. регистрируют наличие ICE индийского типа. При температуре плавления 79°С и размере ампликона 149 п.о. регистрируют наличие ICE мозамбикского типа. Изобретение позволяет быстро и достоверно определять происхождение выделенных токсигенных штаммов V. cholerae O1 Eltor. 1 ил., 4 табл., 3 пр.

Способ идентификации подвидов возбудителя туляремии Francisella tularensis subsp. tularensis, Francisella tularensis subsp. mediasiatica и Francisella tularensis subsp. holarctica // 2612137

Изобретение относится к медицинской микробиологии. Описан способ идентификации подвидов возбудителя туляремии Francisella tularensis subsp. tularensis, Francisella tularensis subsp. mediasiatica и Francisella tularensis subsp. holarctica, включающий стадии выделения ДНК микроорганизма из исследуемого материала и проведение с полученной ДНК двух реакций амплификации. При этом используется набор сконструированных специфических праймеров к вариабельным участкам области RD6 туляремийного микроба, где набор состоит из трех праймеров: RD6-com ATACTAGCTTCAATCTCTGTGG СТТТ RD6-hol ATGCACTGGTTGGAATACAAATC RD6-tul CACATAGCAAATTAGTTGGATATGGA и второй из двух праймеров: RD6-del1 AACAATACCAACACTATTGAGTAAAA RD6-del2 AGCCATGCAATTATTAAAGC. Подвид возбудителя туляремии определяют по размеру специфического амплификата, в случае первой реакции амплификации если он составляет 212 п.о., а во второй 85 п.о., то регистрируют Francisella tularensis subsp. holarctica, если соответственно 425-91 п.о., то Francisella tularensis subsp. tularensis и 419-85 п.о. определяют как Francisella tularensis subsp. mediasiatica. Изобретение расширяет арсенал средств для выявления трёх основных подвидов туляремийного микроба. 2 з.п. ф-лы, 2 ил., 1 табл., 3 пр.

СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ТОКСИГЕННЫХ И АТОКСИГЕННЫХ ШТАММОВ ХОЛЕРНЫХ ВИБРИОНОВ 01 СЕРОГРУППЫ ПО ИНГИБИРУЮЩЕЙ АКТИВНОСТИ // 2596401

Изобретение относится к области медицинской микробиологии и касается способа дифференциации токсигенных и атоксигенных штаммов холерных вибрионов О1 серогруппы по ингибирующей активности. Способ включает стадии: а) смешивают в одной емкости объемом 100 мл стерильную водопроводную воду и клетки двух штаммов холерных вибрионов токсигенных (ctx+tcA+) и атоксигенных (ctx-tcA-) в соотношении 1:1 до конечной концентрации 104 м.к. на мл, пробу инкубируют при 25°С 24, 72 часа или более; б) вносят 0,5 мл жидкости после инкубации в микропробирки объемом 1,5 мл и выделяют ДНК; в) проводят амплификацию ДНК со специфическими праймерами к INDEL-гену cheA, имеющими следующие последовательности , г) проводят анализ продуктов амплификации с помощью электрофореза в 10% полиакриламидном геле; д) дифференцируют полученный результат по наличию специфических аллелей для каждого из штаммов - атоксигенных, имеющих размер 193 п.о., и токсигенных -169 п.о., наглядность присутствия которых дает возможность делать вывод о наличии ингибирующей активности или ее отсутствии у исследуемых штаммов. Изобретение позволяет быстро определять способность выживать в водных объектах штаммов холерных вибрионов и может быть использовано для мониторинга вод водоемов на наличие токсигенных штаммов холерных вибрионов и предотвращения холеры. 2 з.п. ф-лы, 1 ил., 2 табл., 3 пр.

СПОСОБ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОГО ВНУТРИВИДОВОГО ТИПИРОВАНИЯ V. cholerae О1 И О139 СЕРОГРУПП // 2575046

Изобретение относится к области биохимии. Заявлен способ молекулярно-генетического внутривидового типирования Vibrio cholerae O1 и O139 серогрупп. Способ включает выделение ДНК из исследуемого штамма V. cholerae серогруппы O1 или O139, постановку ПЦР со специфическими праймерами и учет реакции путем электрофореза. Амплификацию исследуемой ДНК проводят сконструированными специфическими праймерами к каждому из шести INDEL-генов, а именно к генам ompU, 1606, eamA, 096, CoA и cheA, каждый из которых имеет по две дискриминируемых аллели. Учет результатов типирования проводят как визуальную идентификацию после электрофореза, причем для каждого исследуемого штамма устанавливают уникальный INDEL-генотип по двум или большему числу INDEL-генов. Путем сравнения выявленных INDEL-генотипов устанавливают общее или различное происхождение исследуемых штаммов V.cholerae O1 и O139 серогрупп. Изобретение позволяет выявлять уникальные генетические маркеры штаммов V.cholerae серогрупп O1 и O139, что может быть использовано в практике работы специализированных учреждений, занимающихся мониторингом за холерой. 1 ил., 4 табл., 3 пр.

СПОСОБ ВИДОВОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ И ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ШТАММОВ Yersinia pseudotuberculosis ОТ Yersinia pestis И Yersinia enterocolitica // 2486252