Патенты автора Прохорчук Егор Борисович (RU)
Изобретение относится к области медицины, а именно неинвазивной пренатальной диагностике анеуплоидий плода по внеклеточной ДНК крови матери, и может быть использовано для определения генетических аномалий плода, анеуплоидий, в том числе моносомий и трисомий, на первом триместре беременности безопасными как для ребенка, так и для матери неинвазивными методами. Способ пренатальной диагностики анеуплоидий по вкДНК плода в крови матери включает приготовление геномных библиотек, определение нуклеотидной последовательности фрагментов геномной библиотеки, которая заключается в цифровом анализе вкДНК посредством секвенирования. Полученные короткие чтения последовательностей ДНК подвергают статистическому анализу, который включает этап удаления ПЦР-дубликатов с последующим определением вероятностей принадлежности исследуемого образца к группе с эуплоидией плода и к группе с анеуплоидией плода. Способ содержит усовершенствованный этап, связанный с выбором целевых регионов генома из кандидатных регионов, и этап, касающийся проведения анализа исследуемого образца вкДНК беременной женщины одновременно с анализом образцов вкДНК других беременных женщин, что позволяет скорректировать систематические отклонения при лабораторной подготовке исследуемых образцов вкДНК и тем самым повысить точность диагностики анеуплоидий плода. 6 з.п. ф-лы, 2 табл., 2 пр.
Предложенная группа изобретений относится к области медицины. Предложен способ неинвазивной пренатальной диагностики анеуплоидий плода, включающий выделение внеклеточной ДНК (вкДНК) из образца крови, полученной у беременной женщины, выбор регионов генома для проведения амплификации, приготовление геномных библиотек, картирование полученных последовательностей на референсный геном или части генома человека с определением их координат, определение значения покрытия для каждого региона генома, характеризующегося открытостью хроматина между плацентой и клетками крови матери, отличающейся не менее чем на 20%, и получение регионов генома с указанной открытостью хроматина, после чего делается вывод о наличии анеуплоидий плода. Предложен способ получения регионов генома для осуществления вышеуказанной неинвазивной пренатальной диагностики анеуплоидий плода. Предложенная группа изобретений обеспечивает простой и экономичный способ пренатальной диагностики анеуплоидий плода на ранних этапах беременности. 2 н. и 5 з.п. ф-лы, 3 ил., 3 табл., 5 пр.
Изобретение относится к области биохимии и может быть использовано при разработке методов молекулярно-генетической диагностики. Заявлен способ селективного отбора целевых участков ДНК. Сущность способа заключается в следующем. Геномная ДНК расщепляется случайным образом УЗ на короткие, размером 150-500 нуклеотидов, участки. Синтезируются якорные олигонуклеотиды, которые комплементарны целевым участкам генома. Якорные олигонуклеотиды ковалентно связываются с магнитными микросферами. Связанные с магнитными частицами якорные олигонуклеотиды используются для гибридизации в растворе с расщепленной геномной ДНК. Далее методом магнитной сепарации проводится удаление неспецифически связавшейся ДНК. Далее проводится анализ результатов гибридизации методом ПЦР в реальном времени с использованием праймеров с последовательностями, комплементарными геномной ДНК вне последовательностей якорных олигонуклеотидов. Изобретение позволяет с высокой скоростью и эффективностью проводить целевой отбор участков ДНК. 4 з.п. ф-лы, 3 табл.
Предложенная группа изобретений относится к области медицины. Предложен способ неинвазивной пренатальной диагностики анеуплоидий плода, включающий выделение внеклеточной ДНК из образца крови беременной женщины, приготовление геномных библиотек и их обогащение регионами генома, секвенирование, картирование полученных чтений на референсный геном, корректировку полученного значения покрытия для каждого региона генома на общее покрытие генома, сравнение скорректированного значения покрытия со значениями покрытий, полученных для обучающей выборки и определение наличия анеуплоидий плода. Предложен также способ получения регионов генома, характеризующихся открытостью хроматина между плацентой и клетками крови матери, отличающейся не менее чем на 20%. Предложенная группа изобретений обеспечивает получение более простого и экономичного способа пренатальной диагностики анеуплоидий плода на ранних сроках беременности. 2 н. и 6 з.п. ф-лы, 2 ил., 6 пр.
Изобретение относится к генетике, медицине и молекулярной биологии. Предложен способ неинвазивной диагностики анеуплоидий плода на основе использования геномных библиотек. Изобретение позволяет повысить чувствительность и селективность определения анеуплоидии плода. 22 з.п. ф-лы, 4 пр.
Изобретение относится к области медицины и предназначено для определения анеуплоидии методом секвенирования. Получают внеклеточную ДНК из образца крови беременной женщины. Из полученной внеклеточной ДНК создают геномные библиотеки. Геномные библиотеки секвенируют с целью получения множества чтений ДНК и определяют представленность каждой хромосомы в геноме. Определяют количество чтений, выровненных на разные хромосомы. Вывод о наличии анеуплоидии по какой-либо хромосоме делают при обнаружении отличий в представленности отдельных хромосом от среднего значения по геному, при этом отличие в представленности отдельных хромосом от среднего значения по геному идентифицируют при p-value < 0.0001 в результате применения одностороннего двухвыборочного t-критерия Стьюдента для независимых выборок к покрытиям окон. Изобретение обеспечивает эффективную пренатальную неинвазивную диагностику анеуплоидии плода начиная с периода первого триместра беременности. 8 з.п. ф-лы,1 пр.
Изобретение относится к области генетики, медицины и молекулярной биологии. Предложен способ определения трисомии хромосом плода, где из плазмы беременных женщин выделяют внеклеточную ДНК, подвергают её бисульфидной конвертации с последующей ПЦР и дальнейшему массовому параллельному секвенированию дифференциально метилированных участков; в качестве контроля дифференциально метилированных участков используют участки с различным уровнем метилирования у матери и плода, анализируют данные путем определения отношения количества чтений, полученных при секвенировании дифференциально метилированных участков ДНК на целевой и контрольной хромосомах, где в случае трисомии, при константном количестве чтений ДНК плода, картированных на дифференциально метилированных участках хромосом, будет наблюдаться количество чтений, картированных на целевую хромосому к количеству чтений на контрольных хромосомах, равное 3/2, тогда как в норме это отношение будет постоянным и равным 1. Способ может быть использован в медицине для пренатальной диагностики генетических болезней плода. 2 з.п. ф-лы, 1 табл.
