Патенты автора Кудыкина Юлия Константиновна (RU)

Способ оценки состояния пародонта человека на устойчивость к развитию хронического генерализованного пародонтита на основании количественного определения бактерии-пародонтопротектора Streptococcus sanguinis методом ПЦР-РВ // 2621858

Изобретение относится к биотехнологии и стоматологии и клинико-лабораторной диагностике. Описан способ оценки состояния пародонта человека на предмет устойчивости к развитию хронического генерализованного пародонтита, вызываемого Treponema denticola и/или Tannerella forsythensis. Согласно изобретению в качестве специфического маркера используется уровень обсемененности пародонта бактерией-пародонтопротектором Streptococcus sanguinis, определяемый методом полимеразной цепной реакции в реальном времени с использованием специфических праймеров и зонда. Высокая обсемененность пародонта пациента S. sanguinis свидетельствует о его высокой устойчивости к гиперколонизации такими пародонтопатогенами, как Tannerella forsythensis и Treponema denticola, и в меньшей степени Porphyromonas gingivalis и Prevotella intermedia. Низкая представленность S. sanguinis в микробиоценозе пародонта конкретного пациента или его полное отсутствие является прогностическим признаком, свидетельствующим о повышенном риске сверхкритической колонизации пародонта патогенами и последующем развитии хронического генерализованного пародонтита (ХГП). Наибольшей эффективности при оценке состояния пародонта можно добиться за счет параллельного измерения представленности в микробиоценозе пародонта патогенов: Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Tannerella forsythensis и Treponema denticola [1-5] и S. sanguinis. Данный подход позволяет прогнозировать динамику развития заболевания и производить оценку результативности курса лечения, пройденного пациентом. 2 з.п. ф-лы.

Способ оценки защитной эффективности работы неспецифического иммунитета на поверхности пародонта на основе полимеразной цепной реакции в реальном времени // 2619174

Настоящее изобретение относится к медицине. Предложен способ диагностики локального иммунного статуса пародонта. Предложенный способ включает измерение уровня мРНК генов TNFα, MMP8 и MMP9 с использованием методов обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции в “реальном времени”, с дальнейшим вычислением отношения полученных уровней генетических маркеров. В случае, если отношение уровней маркеров TNFα/MMP8/MMP9 находится в диапазоне 1/(1±0,2)/ (1±0,2), следует диагностировать нормальный статус локального неспецифического иммунитета в обследуемой точке пародонта, в случае, если отношение уровней маркеров выходит за пределы указанного диапазона, следует диагностировать наличие нарушения в работе неспецифического иммунитета. Предложенный метод обеспечивает чувствительную и объективную оценку локального иммунного статуса пародонта, что позволяет оценить риски локального воспаления, и может быть использован в клинико-лабораторной диагностике. 1 табл.

Способ оценки состояния пародонта человека на устойчивость к развитию хронического генерализованного пародонтита на основании количественного определения бактерии-пародонтопротектора Veillonella parvula методом ПЦР в реальном времени // 2619172

Изобретение относится к клинико-лабораторной диагностики. В частности, к определению степени устойчивости пародонта к инфекции патогенными бактериями Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia и Tannerella forsythensis за счет наличия бактерии-пародонтопротектора Veillonella parvula. Определение обсемененности пародонта V. parvula достигается с помощью ПЦР в реальном времени. Предметом изобретения является комплексная тест-система для определения V. parvula, а также принцип использования порогового значения, позволяющего установить относительную долю V. parvula в бактериальном консорциуме пародонта путем нормировки сигнала со специфическими праймерами на сигнал общей бактериальной ДНК и отличить нормальный уровень обсемененности пародонта (способный сдерживать патологическую гиперколонизацию пародонтита патогенными бактериями P. gingivalis, P. intermedia и Т. forsythensis) от дисбиотического сдвига, приводящего к поражению пародонта или склонности к развитию хронического генерализованного пародонтита (ХГП). Изобретение может быть использовано для оценки склонности индивидуального пациента к инфекции пародонта патогенными бактериями P. gingivalis, P. intermedia и Т. forsythensis с целью выявления причины возникновения ХГП у индивидуального пациента, оценки риска возникновения у него этого заболевания в будущем и эффективности лечения как агрессивного, так и хронического пародонтита. Новый способ интерпретации результатов полимеразной цепной реакции в реальном времени для определения в смывах пародонта конкретного вида бактерии, включая V. parvula, заключается в том, что определяют относительное значение Ct для образца по следующему алгоритму: из усредненного по двум или большему числу независимых определений абсолютного значения Ct (определяется программным обеспечением термоциклера с оптической детекцией) для специфического набора праймеров и зонда вычитают усредненную величину Ct общей бактериальной массы для того же образца серии, после чего идентифицируют нормальную степень обсемененности пародонта V. parvula при условии, что величина относительной Ct не превышает 15. 2 з.п. ф-лы.

Модифицированный вариант гена LacZ из E. coli, кодирующий стабилизированный вариант белка, для использования в качестве транскрипционного репортера в Yarrowia lipolytica // 2609646

Настоящее изобретение относится к биохимии, в частности к способу модификации гена LacZ из Escherichia coli. Для осуществления способа фрагмент ДНК, содержащий кодирующую область гена LacZ, нарабатывают с помощью полимеразной цепной реакции с использованием олигонуклеотидного праймера, позволяющего ввести дополнительный кодон GGA, кодирующий глицин, непосредственно после инициаторного кодона ATG. Настоящий способ позволяет адаптировать указанный ген для его экспрессии в клетках Yarrowia lipolytica. 2 ил., 2 табл.

Способ оценки обсемененности пародонта патогенными бактериями с применением полимеразной цепной реакции в реальном времени // 2607046

Изобретение относится к области биохимии, клинико-лабораторной диагностики, в частности к определению степени обсемененности пародонта патогенными бактериями с помощью ПЦР в реальном времени. Описан способ применения комплексной тест-системы для определения Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Tannerella forsythensis и Treponema denticola, а также принцип использования порогового значения, позволяющего отличить патологическую обсемененность пародонта (способную служить причиной возникновения пародонтита) от нормальной, встречающейся у лиц без выраженного поражения пародонта или склонности к нему. Способ включает ПЦР в реальном времени для определения в смывах пародонта патогенов. Определяют относительное значение Ct для образца по следующему алгоритму: из усредненного по двум или большему числу независимых определений абсолютного значения Ct (определяется программным обеспечением термоциклера с оптической детекцией) для специфического набора праймеров и зонда вычитают усредненную величину Ct общей бактериальной массы для того же образца серии, после чего идентифицируют патологическую обсемененность пародонта при условии, что величина относительной Ct не превышает 15. Изобретение может быть использовано для выявления причины возникновения хронического пародонтита у индивидуального пациента, оценки риска возникновения у него этого заболевания в будущем и эффективности лечения как агрессивного, так и хронического пародонтита. 6 ил.

Способ определения степени гноетечения на пародонте по уровню мРНК гена интерлейкина-8 (IL-8) человека // 2607041

Изобретение относится к области медицины, стоматологии, молекулярной биологии и клинико-лабораторной диагностики. Описан способ определения выраженности нагноения (гноетечения) тканей пародонта. Способ основан на измерении в соскобах с пародонта уровня РНК гена интерлейкина-8 (IL-8) относительно представленности референсной РНК или ДНК. Полученные показатели используют для вычисления отношения уровней для каждого конкретного образца. Значение полученного показателя интерпретируется как маркер нагноения. Изобретение может быть использовано для определения гноетечения у индивидуальных пациентов с агрессивным и хроническим пародонтом, в том числе после потери зуба, в тех случаях, когда интенсивность этого процесса не позволяет осуществлять визуальное обнаружение гноя, а также в тканях, соприкасающихся с имплантами и другими ортодонтическими конструкциями. Использование метода обеспечивает высокочувствительную и объективную количественную характеристику степени нагноения исследуемого участка пародонта, что позволяет оценивать риск возникновения острого локального воспаления и разрушения пародонта в будущем, приживаемость имплантов и других ортодонтических конструкций, оценивать эффективность лечебных мероприятий. 2 з.п. ф-лы, 4 табл.

ИНТЕГРАТИВНАЯ ГЕНЕТИЧЕСКАЯ КОНСТРУКЦИЯ pQ-SRUS ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ ШТАММОВ ДРОЖЖЕЙ Yarrowia lipolytica, ОБЛАДАЮЩИХ СПОСОБНОСТЬЮ К ГОМОЛОГИЧНОЙ РЕКОМБИНАЦИИ ГЕНОМА МИТОХОНДРИЙ ЗА СЧЁТ ЭКСПРЕССИИ ГЕНА БЕЛКА RecA БАКТЕРИАЛЬНОГО ПРОИСХОЖДЕНИЯ // 2562869

Изобретение относится к области биоинженерии и касается генетической конструкции, предназначенной для введения в хромосому Yarrowia lipolytica гена RecA из Bacillus subtilis. Представленная конструкция характеризуется последовательностью SEQ ID NO 1. Адресация рекомбинантного белка RecA в митохондрии происходит за счет лидерных последовательностей мРНК гена SOD2, обладающих сродством к внешней поверхности митохондрий и обеспечивающих котрансляционный транспорт RecA внутрь митохондрий. Изобретение позволяет получать рекомбинантные продуценты на основе Y.lipolytica, несущие трансгены в митохондриальном геноме, и предназначено для создания генетической системы модификации митохондриального генома in vivo с целью лечения генетических митохондриальных заболеваний человека. 2 ил.

СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ БОРИРОВАННЫХ ПОРФИРИНОВ // 2551539

Изобретение относится к способу получения карборанильных производных 5,10,15,20-тетрафенилпорфирина формулы I, I где R представляет о-карборан или м-карборан, которые получают при взаимодействии меркаптокарборана с 5,10,15,20-тетра(n-трифторметансульфонилметилоксифенил)порфирином в условиях палладиевого катализа при кипячении в безводном толуоле при перемешивании в атмосфере инертного газа при комнатной температуре: последовательно добавляют диизопропилэтиламин (DIPEA), соответствующий меркаптокарборан, 1,1′-бис(дифенил-фосфино)ферроцен (dppf) и трис(дибензилиденацетон)дипалладий (Pd2(dba)3), после чего реакционную смесь кипятят в атмосфере Ar в течение нескольких часов, готовые продукты выделяют известными методами; 5,10,15,20-тетра(n-трифторметансульфонилметилоксифенил)порфирин получают при взаимодействии 5,10,15,20-тетрагидроксипорфирина с ангидридом трифторметансульфоновой кислоты в среде хлористого метилена в атмосфере инертного газа. Технический результат: получение новых карборанильных производных 5,10,15,20-тетрафенилпорфирина, которые могут применяться в качестве противоопухолевых агентов в борнейтронозахватной терапии и фотодинамической терапии онкологических заболеваний. 1 ил., 2 пр.

СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ O-ГЛИКОЗИЛИРОВАННЫХ БЕЛКОВ В СОСТАВЕ КЛЕТОЧНЫХ ГОМОГЕНАТОВ, ПОДГОТАВЛИВАЕМЫХ К ПРОТЕОМНОМУ И ФОСФОПРОТЕОМНОМУ АНАЛИЗУ // 2509807

Изобретение относится к области биотехнологии и касается способа выявления O-гликозилированных белков в составе клеточных гомогенатов, подготавливаемых к протеомному и фосфопротеомному анализу. Предложенное изобретение может быть использовано для проведения протеомного и фосфопротеомного анализа. Способ включает проведение двумерного электрофореза с последующей идентификацией пятен методами спектроскопии MALDI-TOF или фосфопротеомики. Проводят обессоливание клеточных гомогенатов методом гель-хроматографии или диализа клеточных гомогенатов. Подвергают клеточные гомогенаты дегликозилированию по принципу β-элиминирования в растворе 0,05 М NaOH, который содержит 38 мг/мл NaBH4, в течение 16 часов при +45°C с последующим добавлением цианинового красителя JC-1 в концентрации 10-6 М. Инкубируют клеточные гомогенаты в течение 15 мин при комнатной температуре. Концентрируют гомогенаты осаждением 50% ацетоном, подвергают двумерному электрофорезу с образованием электрофореграмм, анализируемых на флуоресценцию при облучении на трансиллюминаторе синего цвета со светофильтром янтарного цвета, визуально проявляющуюся в виде светящихся в темноте полос. Данные полосы экстрагируют из геля и используют для проведения протеомного или фосфопротеомного анализа. Дополнительный анализ интенсивности и расположения экстрагируемых полос выполняют за счет сравнения окрашенных азотнокислым серебром электрофореграмм гомогенатов до и после процедуры дегликозилирования. Предложенное изобретение позволяет идентифицировать белки, меняющие состав или степень своего O-гликозилирования в результате какого-либо физиологического воздействия на клетку. 5 ил.