Патенты автора Зайчикова Марина Викторовна (RU)
Изобретение относится к области биотехнологии. В ходе работы было проведено полногеномное секвенирование ДНК изолятов М. tuberculosis из коллекции, анализ in silico полиморфизмов генов вирулентности, выявление корреляции между мутациями в генах вирулентности и иммунодефицитом пациента, в ходе которого были обнаружены мутации в генах pks15 и ре_pgrs54, являющиеся маркерными для изолятов, поражающих людей с иммунодефицитами различного генеза, а также разработаны праймеры для их детекции. Предлагаемый метод позволяет определить высокую патогенность микобактерий для людей со сниженным иммунитетом в режиме ПЦР, и, с минимальными адаптациями, ПЦР в реальном времени, мультилокусной ПЦР с последующим секвенированием, в том числе в системе MiSeq («Illumina», США) и GS Junior («Roche», Швейцария). 2 ил., 2 табл., 2 пр.
Изобретение относится к области медицины, фтизиатрии и медицинской микробиологии и касается способа генотипирования штаммов Mycobacterium tuberculosis. Охарактеризованный способ основан на однонуклеотидном полиморфизме генов систем токсин-антитоксин II типа суперсемейств VapBC, HigAB и MazEF и характеризуется тем, что для идентификации проводят амплификацию с геномной ДНК с использованием набора олигонуклеотидных праймеров для 10 генов систем токсин-анатоксин. ПЦР продукты анализируют в агарозном геле, размер полученного фрагмента определяют с помощью ДНК-маркера, выделяют целевые фрагменты из ПЦР-смеси или агарозного геля и секвенируют их с целью обнаружения соответствующих полиморфизмов. Предложенное изобретение позволяет точно и быстро проводить генотипирование микобактерий в режиме ПЦР и может быть использовано для идентификации клинически значимых штаммов M. tuberculosis, в том числе с множественной и широкой лекарственной устойчивостью, а также с измененной вирулентностью при работе с пациентами. 1 ил., 3 табл., 5 пр.
