Патенты автора Оглодин Евгений Геннадьевич (RU)

Предложен набор рекомбинантных флуоресцентных штаммов бактерий вида Yersinia pestis античного биовара основного подвида и алтайского биовара центральноазиатского подвида для индикации возбудителя чумы в экспериментальных образцах. Рекомбинантные флуоресцентные штаммы бактерий Yersinia pestis античного биовара основного подвида представляют собой штамм Y. pestis КМ2083, содержащий плазмиду pTurboGFP-B, штамм Y. pestis KM2084, содержащий плазмиду pKatushka2S-B, и штамм Y. pestis KM2048, содержащий плазмиду pTurboGFP-B. Рекомбинантные флуоресцентные штаммы бактерий Yersinia pestis алтайского биовара центральноазиатского подвида представляют собой штамм Y. pestis КМ2081, содержащий плазмиду pTurboGFP-B, штамм Y. pestis KM2082, содержащий плазмиду pKatushka2S-B. Указанные рекомбинантные флуоресцентные штаммы бактерий Yersinia pestis депонированы в Государственной коллекции патогенных бактерий ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора. Указанные плазмиды pTurboGFP-B и pKatushka2S-B содержат гены флуоресцентных белков TurboGFP и Katushka2S. Изобретение обеспечивает быструю и надежную индикацию чумного микроба в экспериментальных образцах в процессе изучения механизмов персистенции возбудителя во внешней среде в экспериментально смоделированных условиях, механизмов пато- и иммуногенеза чумы. 5 пр.

Изобретение относится к области биотехнологии. Изобретение представляет собой способ идентификации штаммов Y. pestis и Y. pseudotuberculosis и одновременной дифференциации штаммов Y. pestis по их принадлежности к основному или центральноазиатскому подвидам методом полимеразной цепной реакции с электрофоретическим или гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов в режиме реального времени, который предусматривает проведение мультиплексной ПЦР с праймерами и зондами на ДНК мишени «Pestis-Pseudo», «45» и «СА-509», имеющими последовательность SEQ ID NO: 1-7, идентификацию штаммов Y. pestis и Y. pseudotuberculosis и дифференциацию штаммов Y. pestis основного и центральноазиатского подвидов по наличию/отсутствию и размерам образуемых ПЦР-фрагментов или наличию/отсутствию сигналов флуоресценции с указанными праймерами в соответствии с таблицей. Изобретение позволяет обеспечить эффективную и надежную идентификацию штаммов Y. pestis и Y. pseudotuberculosis и одновременную дифференциацию штаммов Y. pestis основного и центральноазиатского подвидов. 2 н.п. ф-лы, 1 табл., 6 пр.

Изобретение относится к биотехнологии и может быть использовано в научно-исследовательских учреждениях медицинского профиля и службах Роспотребнадзора. Сущность изобретения заключается в обеспечении быстрой и надежной дифференциации штаммов средневекового биовара от штаммов Y. pestis других биоваров и подвидов с последующим разделением штаммов средневекового биовара по их филогенетической принадлежности. Технический результат достигается способом дифференциации штаммов возбудителя чумы средневекового биовара с определением их филогенетической принадлежности методом ПНР с электрофоретическим учетом результатов, с использованием соответствующих праймеров SEQ ID NO:1-4 на ДНК мишени «(-183)2.med», «pCKF», «(-100)2.med1» и «(-73)2.med3» с последующей дифференциацией по размеру амплификатов в соответствии с таблицей. 1 табл., 4 пр.

Изобретение относится к биохимии и области медицинской микробиологии. Описан способ подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы Yersinia pestis. Способ предусматривает выделение ДНК исследуемого штамма, проведение полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов в режиме реального времени с праймерами SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13 и зондами SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14 на ДНК-мишени 45, 89, Caucasic(-91), His(-205), Alt(-90), Uleg(-88), Tal(-72). Подвидовую дифференциацию штаммов Yersinia pestis проводят по отсутствию сигнала флуоресценции по специфической для подвида ДНК-мишени и по его наличию по остальным используемым ДНК-мишеням. 1 ил., 6 пр.

Изобретение относится к области биотехнологии и касается способа дифференциации биоваров и геновариантов штаммов Yersinia pestis основного подвида с помощью полимеразной цепной реакции. Способ предусматривает выделение ДНК исследуемого штамма, последовательное проведение ПЦР с праймерами на ДНК мишени «Med24», «glpD», «pCKF» и с праймерами «1.ANT/1.ORI», «2.ANT/2.MED следующего состава: Дифференциацию осуществляют путем сравнения наличия и размеров образуемых амплифицированных фрагментов исследуемого штамма с размерами фрагментов типичных штаммов античного (геноварианты 0.ANT, 1.ANT, 2.ANT), средневекового (геноварианты 2.MED, 2.MED0) и восточного (геновариант 1.ORI) биоваров. Представленное изобретение позволяет быстро и эффективно разделить штаммы возбудителя чумы по их биоварной и внутрибиоварной принадлежности. 1 табл., 3 пр.

Изобретение относится к области биохимии, в частности к способу определения геновариантов штаммов возбудителя чумы методом мультилокусного секвенирования. Заявленный способ предусматривает выделение хромосомной ДНК исследуемого штамма, амплификацию ДНК мишеней в полимеразной цепной реакции с использованием сконструированных праймеров, секвенирование амплифицированных фрагментов. Геновариант исследуемого штамма возбудителя чумы определяют по вариабельным нуклеотидам, маркерным для отдельных геновариантов. Способ позволяет эффективно и надежно определять геноварианты штаммов Y.pestis. 1 табл., 4 пр.

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к cпособу дифференциации типичных и атипичных штаммов Yersinia pestis основного подвида средневекового биовара. Способ предусматривает проведение в двух реакционных смесях ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов с использованием соответствующих олигонуклеотидных праймеров и зондов на ДНК-мишени «Med24» и «pCKF» следующего состава: праймеры прямой Med24 RealTime-S GCCAGTGTGTGTCTAAA, обратный Med24 RealTime-As CAACATTCGTCGCAAAG и зонд Med24 Zond FAM-ACATTGTGCTGGACTCACAGCCCC-BHQ1, праймеры прямой pCKF RealTime-S AACCGCCTAAGCACTTTAT, обратный pCKF RealTime-As CGTCAGGAACTCAACGAA и зонд pCKF Zond FAM-ATCAGAGAGCATTTGAGCGGTTG-BHQ1. Разделяют типичные и атипичные штаммы средневекового биовара следующим образом: отсутствие гибридизационно-флуоресцентного сигнала по обеим ДНК-мишеням «Med24» и «pCKF» у типичных штаммов, наличие по обеим ДНК-мишеням «Med24» и «pCKF» у атипичных штаммов, наличие ДНК-сигнала по «Med24» и отсутствие по «pCKF» у штаммов, не относящихся к штаммам средневекового биовара. 1 ил., 1 табл., 3 пр.

 


Наверх