Патенты автора Никифоров Константин Алексеевич (RU)

Способ изготовления биологических микроматриц для выявления генетических и белковых маркеров // 2792447

Изобретение относится к области биотехнологии. Описан способ изготовления биологических микроматриц для выявления генетических и белковых маркеров на инертной подложке активированной 1% раствором хитозана м.м. 38 кДа в 1,5% уксусной кислоте с последующей отмывкой в дистиллированной воде, высушиванием и дальнейшим нанесением биологических молекул. Изобретение может быть использовано для изготовления олигонуклеотидных, белковых, углеводных биологических микрочипов (микроматриц), предназначенных для выявления генетических и белковых маркеров в многофакторном анализе на твердой поверхности активированной биополимером - хитозаном. 2 ил., 2 пр.

СПОСОБ ИДЕНТИФИКАЦИИ YERSINIA PESTIS И YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS И ОДНОВРЕМЕННОЙ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ YERSINIA PESTIS ОСНОВНОГО И ЦЕНТРАЛЬНОАЗИАТСКОГО ПОДВИДОВ МЕТОДОМ МУЛЬТИПЛЕКСНОЙ ПЦР // 2737775

Изобретение относится к области биотехнологии. Изобретение представляет собой способ идентификации штаммов Y. pestis и Y. pseudotuberculosis и одновременной дифференциации штаммов Y. pestis по их принадлежности к основному или центральноазиатскому подвидам методом полимеразной цепной реакции с электрофоретическим или гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов в режиме реального времени, который предусматривает проведение мультиплексной ПЦР с праймерами и зондами на ДНК мишени «Pestis-Pseudo», «45» и «СА-509», имеющими последовательность SEQ ID NO: 1-7, идентификацию штаммов Y. pestis и Y. pseudotuberculosis и дифференциацию штаммов Y. pestis основного и центральноазиатского подвидов по наличию/отсутствию и размерам образуемых ПЦР-фрагментов или наличию/отсутствию сигналов флуоресценции с указанными праймерами в соответствии с таблицей. Изобретение позволяет обеспечить эффективную и надежную идентификацию штаммов Y. pestis и Y. pseudotuberculosis и одновременную дифференциацию штаммов Y. pestis основного и центральноазиатского подвидов. 2 н.п. ф-лы, 1 табл., 6 пр.

СПОСОБ ИНДИКАЦИИ И ИДЕНТИФИКАЦИИ ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ ЧУМЫ ПО ИХ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ К ВИДУ YERSINIA PESTIS, К ПОДВИДАМ, БИОВАРАМ, ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИМ ВЕТВЯМ И ПО НАЛИЧИЮ ГЕНОВ ОСНОВНЫХ ФАКТОРОВ ПАТОГЕННОСТИ МЕТОДОМ ДНК-ЧИПА // 2734636

Изобретение относится к области биотехнологии, а именно к индикации и идентификации штаммов возбудителя чумы по их принадлежности к виду Yersinia pestis, к подвидам, биоварам, филогенетическим ветвям по наличию генов основных факторов патогенности методом ДНК-чипа. Способ включает выделение ДНК штамма, проведение мультиплексных ПЦР в один прием в шести реакционных смесях на ДНК мишени: «pla», «3а», «cafl», «yihN» в первой; «irp2», «lcrV» во второй; «glpD», «Pro», «Med24», «45» в третьей; «Med70», «Phage» в четвертой; «Alt», «His», «U1» в пятой; «Caucas», «Tal», «Micr» в шестой с последующей гибридизацией с иммобилизованными зондами, индикацией и идентификацией штаммов по наличию и отсутствию сигналов флуоресценции. У всех штаммов Y. pestis будет наблюдаться флуоресценция по мишеням «yihN» и «3а». При дифференциации подвидов будет отсутствовать сигнал флуоресценции у штаммов Y. pestis основного подвида по мишени «45», у штаммов алтайского биовара центральноазиатского подвида по мишени «Alt», у гиссарского биовара центральноазиатского подвида по мишени «His», у таласского биовара центральноазиатского подвида по мишени «Та1», у биовара microtias центральноазиатского подвида по мишени «Micr», у штаммов улегейского подвида по мишени «U1», у штаммов кавказского подвида по мишени «Caucas». При дифференциации штаммов Y. pestis основного подвида по принадлежности к биоварам будет отсутствовать сигнал флуоресценции у штаммов восточного биовара (1.ORI) по мишени «glpD», у всех штаммов средневекового биовара кроме 2.MED0 по мишени «Med24» и будут отмечаться сигналы флуоресценции у штаммов ветви 2.MED0 по мишени «pCKP», у штаммов античного биовара основного подвида по мишеням «glpD» и «Med24». Для штаммов филогенетической ветви «1» (1.ANT и 1.ORI) будет характерно наличие флуоресцентного сигнала по мишени «Phage», для штаммов филогенетической ветви «2» (2.ANT и 2.MED) будет характерно отсутствие сигнала флуоресценции по мишени «Med70». При детекции основных генов патогенности будет наблюдаться сигнал флуоресценции у штаммов Y. pestis, содержащих остров высокой патогенности HPI в составе хромосомной области пигментации по мишени «irp2», у штаммов, несущих ген pla плазмиды pPst по мишени «pla», у штаммов с геном lcrV плазмиды pCad по мишени «lcrV», у штаммов, содержащих ген cafl плазмиды pFra по мишени «caf». Изобретение позволяет определить принадлежности к виду, подвидам, биоварам, филогенетическим ветвям и наличие основных генов патогенности методом ДНК-чипа, который предусматривает выделение ДНК-штамма, проведение шести мультиплексных ПЦР на ДНК мишени yihN», «3а», «45», «Alt», «His», «U1», «Caucas», «Tal», «Micr», «glpD», «Med24», «Pro», «Med70», «Phage», «pla», «cafl», «irp2», «lcrV», с последующей гибридизацией с иммобилизованными зондами, индикацией и идентификацией штаммов по наличию и отсутствию сигналов флуоресценции в соответствии с таблицами. 6 табл., 9 пр.

СПОСОБ ИДЕНТИФИКАЦИИ ШТАММОВ YERSINIA PESTIS СРЕДНЕВЕКОВОГО БИОВАРА С ПОСЛЕДУЮЩЕЙ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЕЙ ПО ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ // 2705813

Изобретение относится к области медицинской микробиологии и предназначено для идентификации штаммов Yersinia pestis средневекового биовара с последующей дифференциацией по филогенетической принадлежности методом ПЦР в режиме реального времени. Проводят ПЦР с праймерами и зондами на ДНК мишени Med24, 2.Med1, 2.Med3 и pCKF. По наличию сигналов с указанными праймерами по мишеням Med24 и pCKF идентифицируют 2.MED0. По наличию сигналов с праймерами по мишени 2.Med3 и отсутствию сигналов по мишеням Med24, 2.Med1 и pCKF идентифицируют 2.MED1. По наличию сигналов с праймерами по мишеням 2.Med1 и 2.Med3 и отсутствию сигналов по мишеням Med24 и pCKF идентифицируют 2.MED2. По наличию сигналов с праймерами по мишени 2.Med1 и отсутствию сигналов по мишеням Med24, 2.Med3 и pCKF идентифицируют 2.MED3. Изобретение обеспечивает быструю и надежную идентификацию штаммов Y. pestis средневекового биовара с их разделением по филогенетической принадлежности. 1 табл., 3 пр.

СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ШТАММОВ Yersinia pestis СРЕДНЕВЕКОВОГО БИОВАРА ПО ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ МЕТОДОМ ПЦР С ЭЛЕКТРОФОРЕТИЧЕСКИМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ // 2684231

Изобретение относится к биотехнологии и может быть использовано в научно-исследовательских учреждениях медицинского профиля и службах Роспотребнадзора. Сущность изобретения заключается в обеспечении быстрой и надежной дифференциации штаммов средневекового биовара от штаммов Y. pestis других биоваров и подвидов с последующим разделением штаммов средневекового биовара по их филогенетической принадлежности. Технический результат достигается способом дифференциации штаммов возбудителя чумы средневекового биовара с определением их филогенетической принадлежности методом ПНР с электрофоретическим учетом результатов, с использованием соответствующих праймеров SEQ ID NO:1-4 на ДНК мишени «(-183)2.med», «pCKF», «(-100)2.med1» и «(-73)2.med3» с последующей дифференциацией по размеру амплификатов в соответствии с таблицей. 1 табл., 4 пр.

СПОСОБ ПОДВИДОВОЙ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ ЧУМЫ МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ // 2621869

Изобретение относится к биохимии и области медицинской микробиологии. Описан способ подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы Yersinia pestis. Способ предусматривает выделение ДНК исследуемого штамма, проведение полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов в режиме реального времени с праймерами SEQ ID NO: 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13 и зондами SEQ ID NO: 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14 на ДНК-мишени 45, 89, Caucasic(-91), His(-205), Alt(-90), Uleg(-88), Tal(-72). Подвидовую дифференциацию штаммов Yersinia pestis проводят по отсутствию сигнала флуоресценции по специфической для подвида ДНК-мишени и по его наличию по остальным используемым ДНК-мишеням. 1 ил., 6 пр.

СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ БИОВАРОВ И ГЕНОВАРИАНТОВ ШТАММОВ Yersinia pestis ОСНОВНОГО ПОДВИДА С ПОМОЩЬЮ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ // 2565554

Изобретение относится к области биотехнологии и касается способа дифференциации биоваров и геновариантов штаммов Yersinia pestis основного подвида с помощью полимеразной цепной реакции. Способ предусматривает выделение ДНК исследуемого штамма, последовательное проведение ПЦР с праймерами на ДНК мишени «Med24», «glpD», «pCKF» и с праймерами «1.ANT/1.ORI», «2.ANT/2.MED следующего состава: Дифференциацию осуществляют путем сравнения наличия и размеров образуемых амплифицированных фрагментов исследуемого штамма с размерами фрагментов типичных штаммов античного (геноварианты 0.ANT, 1.ANT, 2.ANT), средневекового (геноварианты 2.MED, 2.MED0) и восточного (геновариант 1.ORI) биоваров. Представленное изобретение позволяет быстро и эффективно разделить штаммы возбудителя чумы по их биоварной и внутрибиоварной принадлежности. 1 табл., 3 пр.

СПОСОБ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ГЕНОВАРИАНТОВ ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ ЧУМЫ МЕТОДОМ МУЛЬТИЛОКУСНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ // 2561469

Изобретение относится к области биохимии, в частности к способу определения геновариантов штаммов возбудителя чумы методом мультилокусного секвенирования. Заявленный способ предусматривает выделение хромосомной ДНК исследуемого штамма, амплификацию ДНК мишеней в полимеразной цепной реакции с использованием сконструированных праймеров, секвенирование амплифицированных фрагментов. Геновариант исследуемого штамма возбудителя чумы определяют по вариабельным нуклеотидам, маркерным для отдельных геновариантов. Способ позволяет эффективно и надежно определять геноварианты штаммов Y.pestis. 1 табл., 4 пр.

СПОСОБ ПОДВИДОВОЙ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ ЧУМЫ МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ // 2552611

Изобретение относится к области биохимии, в частности к способу подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы. Способ предусматривает выделение ДНК, проведение ПЦР с применением синтезированных праймеров для амплификации фрагментов межгенных участков wzyE-dapF и YPDF_0064-YPDSF_0065 исследуемого штамма. Дифференциацию осуществляют путем сравнения размеров полученных ампликонов исследуемого штамма с размерами аналогичных фрагментов, характерных для штаммов основного (151 п.н. и 374 п.н.), кавказского (185 п.н. и 434 п.н.), алтайского и гиссарского (202 п.н. и 374 п.н.), а также улегейского (185 п.н. и 374 п.н.) подвидов. Изобретение позволяет эффективно проводить подвидовую дифференциацию штаммов Y. pestis и значительно сократить время выполнения анализа. 4 пр.

СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ТИПИЧНЫХ И АТИПИЧНЫХ ШТАММОВ Yersinia pestis СРЕДНЕВЕКОВОГО БИОВАРА МЕТОДОМ ПЦР С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ // 2550257

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к cпособу дифференциации типичных и атипичных штаммов Yersinia pestis основного подвида средневекового биовара. Способ предусматривает проведение в двух реакционных смесях ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов с использованием соответствующих олигонуклеотидных праймеров и зондов на ДНК-мишени «Med24» и «pCKF» следующего состава: праймеры прямой Med24 RealTime-S GCCAGTGTGTGTCTAAA, обратный Med24 RealTime-As CAACATTCGTCGCAAAG и зонд Med24 Zond FAM-ACATTGTGCTGGACTCACAGCCCC-BHQ1, праймеры прямой pCKF RealTime-S AACCGCCTAAGCACTTTAT, обратный pCKF RealTime-As CGTCAGGAACTCAACGAA и зонд pCKF Zond FAM-ATCAGAGAGCATTTGAGCGGTTG-BHQ1. Разделяют типичные и атипичные штаммы средневекового биовара следующим образом: отсутствие гибридизационно-флуоресцентного сигнала по обеим ДНК-мишеням «Med24» и «pCKF» у типичных штаммов, наличие по обеим ДНК-мишеням «Med24» и «pCKF» у атипичных штаммов, наличие ДНК-сигнала по «Med24» и отсутствие по «pCKF» у штаммов, не относящихся к штаммам средневекового биовара. 1 ил., 1 табл., 3 пр.