Патенты автора Агафонов Дмитрий Анатольевич (RU)
Изобретение относится к области биохимии, в частности к одновременной идентификации токсигенных штаммов геновариантов Vibrio cholerae О1 серогруппы биовара Эль Тор и их дифференциации по эпидемическому потенциалу. Способ характеризуется тем, что ПЦР проводят в один прием в двух реакционных смесях, каждая из которых содержит специально подобранное сочетание праймеров: первая - к фрагментам генов rfbO1, rfbR, rtxC, ctxA, вторая - к фрагментам генов ctxBClass, vc0502, vc0514. Для штаммов с низким эпидемическим потенциалом характерно наличие ампликонов генов rfbO1, rstC, ctxA, ctxBClass, vc0502, vc0514. Для штаммов с высоким эпидемическим потенциалом характерно наличие ампликонов фрагментов генов rfbO1, rstC, ctxA, ctxBClass и vc0514. Изобретение позволяет быстро и достоверно идентифицировать токсигенные штаммы геновариантов V. cholerae O1 биовара Эль Тор и дифференцировать их на основе анализа структуры острова пандемичности VSP-II на штаммы с низким и высоким эпидемическим потенциалом. 1 з.п. ф-лы, 1 ил., 3 табл., 1 пр.
Изобретения относятся к области медицинской микробиологии и касаются способа дифференциации токсигенных генетически измененных штаммов V.cholerae биовара Эль Тор и тест-системы. Охарактеризованный способ включает проведение ПЦР с использованием специфических праймеров к генам vc0497, vc0502 и vc0514 из острова пандемичности VSP-II. Охарактеризованная тест-система содержит компоненты для выделения ДНК, компоненты для проведения ПЦР, включающие, в частности, смесь праймеров VSPIIreg-F - 5′-TGGAAAGAAGAGCGTTACTGC-3′, VSPIIreg-R - 5′-CCCTGTTGATGATGTGATTTG-3′ на ген vc0497, VSPIIpilin-F - 5′-CTGTGATTCGGGCTTTATCGG-3′, VSPIIpilin-R - 5′-GCGTAAACTGAGCCAATAAGC-3′ на ген vc0502, VSPIIchem-F - 5′-CTTGATGGAGCGGAGAAAAC-3′, VSPIIchem-R - 5′-CGATGAATAGCCTGTTGAAC-3′ на ген vc0514, взятых в соотношении 1:1:1:1:1:1 соответственно. Изобретения позволяют быстро и достоверно дифференцировать токсигенные генетически измененные штаммы V. cholerae биовара Эль Тор на геноварианты с низким и высоким эпидемическим потенциалом. 2 н.п. ф-лы, 1 ил., 2 табл.
