Патенты автора Давидович Евгения Сергеевна (RU)

Изобретение относится к области биохимии. Описана группа изобретений, включающая набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов для идентификации злокачественного поражения толстого кишечника и прямой кишки посредством анализа в образцах ДНК метелирования сайтов RCGY в заданных положениях регуляторных областей генов-онкомаркеров методом GLAD-ПЦР и способ идентификации злокачественного поражения толстого кишечника и прямой кишки посредством анализа в образцах ДНК метилирования сайтов RCGY в заданных положениях регуляторных областей генов-онкомаркеров методом GLAD-ПЦР. Указанный способ включает формирование панели генов-онкомаркеров колоректального рака: ADHFE1, ALX4, CNRIP1, EID3, ELMO1, ESR1, FBN1, HLTF, LAMA1, NEUROG1, NGFR, RARB, RXRG, RYR2, SDC2, SEPT9, SFRP2, SOCS3, SOX17, THBD, TMEFF2, UCHL1 и VIM. Изобретение расширяет арсенал олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченных праймеров. 2 н.п. ф-лы., 3 ил., 4 табл., 3 пр., 1 прил.

Группа изобретений относится к области молекулярной биологии и может быть использована в молекулярно-генетической диагностике онкологических заболеваний. Способ предусматривает проведение биоинформационного анализа предшествующих публикаций о генах-онкомаркерах колоректального рака и отбор генов, метилирование сайтов PuCGPy регуляторных областей которых происходит с высокой частотой в ДНК клеток колоректального рака, с учетом возможности выявления метилирования гена на ранних стадиях заболевания и формирование панели из следующих генов-онкомаркеров колоректального рака: CNRIP1, ELMO1, ESR1, FBN1, RXRg, RYR2, SEPT9b, SOCS3 и UCHL1. Затем проводят гидролиз высокоочищенной геномной ДНК из исследуемого биоматериала метилзависимой сайт-специфической ДНК-эндонуклеазой GlaI, лигирование универсального олигонуклеотидного адаптера с последующей амплификацией в реальном времени с использованием геномных праймеров и зондов, комплементарных последовательностям регуляторных областей генов CNRIP1, ELMO1, ESR1, FBN1, RXRg, RYR2, SEPT9b, SOCS3 и UCHL1 в исследуемой ДНК, и гибридных праймеров, 3'-концы которых комплементарны 5'-концам ДНК в заданных местах гидролиза GlaI, а оставшаяся часть комплементарна адаптерной последовательности. Заключение о наличии последовательности Pu(5mC)GPy (где 5mC - 5-метилцитозин, Pu - A или G, Py - T или C) в регуляторных областях генов CNRIP1, ELMO1, ESR1, FBN1, RXRg, RYR2, SEPT9b, SOCS3 и UCHL1 делают по появлению флуоресцентного сигнала. В качестве адаптерной последовательности используют универсальный олигонуклеотидный адаптер 5'-CCTGCTCTTTCATCG-3'/3'-p-GGACGAGAAAGTAGC-p-5'. Использование изобретений позволяет упростить и повысить точность определения метилирования сайтов PuCGPy. 2 н. и 1 з.п. ф-лы, 1 ил., 4 табл., 3 пр.

Изобретение относится к биотехнологии и молекулярной генетике. Описан способ определения нуклеотидной последовательности (сайта) 5'-R(5mC)GY-3'/3'-YG(5mC)R-5' в заданном положении протяженной ДНК. Способ включает гидролиз высокоочищенной геномной ДНК метилзависимой сайт-специфической ДНК-эндонуклеазой GlaI, лигирование универсального олигонуклеотидного адаптера с последующей амплификацией в реальном времени с использованием геномного праймера и зонда, комплементарных исследуемой ДНК и гибридного праймера, 3' конец которого комплементарен 3' концу ДНК от заданного места гидролиза GlaI, а оставшаяся часть комплементарна адаптерной последовательности и составление заключения о наличии последовательности R(5mC)GY (где 5mC - 5-метилцитозин, R - А или G, Y - Τ или С) по появлению флуоресцентного сигнала. Адаптерная последовательность - 5'-CCTGCTCTTTCATCG-3'/3'-p-GGACGAGAAAGTAGC-p-5'. Способ проводят в единой реакционной смеси с добавлением состава компонентов, обеспечивающих восстанавление S-S связей в белках, стабилизирующих ферменты и являющихся донором метальных групп. Изобретение упрощает способ определения нуклеотидной последовательности R(5mC)GY в заданном положении протяженной ДНК, расширяет его функциональные возможности и сокращает время анализа. 2 з.п.ф-лы, 2 ил., 2 пр.

 


Наверх