Патенты автора Кутилин Денис Сергеевич (RU)
Изобретение относится к молекулярной онкологии. Представлена тест-система. Тест-система содержит реагенты для получения кДНК на матрице тотальной РНК с помощью реакции обратной транскрипции, совмещенной с полиаденилированием, амплификации библиотеки кДНК в режиме реального времени. Тест-система содержит высокоспецифичные праймеры для hsa-miR-7-5p, hsa-miR-26a-5p и hsa-miR-143-3p. Обеспечивает получение первичных данных относительной экспрессии микро-РНК в плазме крови для расчёта прогностических коэффициентов КmiR-26a и КmiR-143, которые позволяют оценить вероятность течения заболевания с развитием отдаленных/регионарных метастазов или без. Тест-система обладает высокой чувствительностью и специфичностью, её использование возможно с плазмой крови. Тест-система позволяет осуществить малоинвазивную оценку вероятности развития метастазов у больных колоректальным раком, что дает возможность персонифицировать тактику лечения. 1 табл.
Изобретение относится к области медицины, в частности к онкологии и молекулярной биологии. Предложен малоинвазивный способ диагностики метастатического поражения регионарных лимфатических узлов у больных раком шейки матки на основании показателя копийности генов CCND1 и PPARGC1A. Рассчитывают относительную копийность генов (rC) по формуле rC=2-ΔC. При значениях rCCCND1>(2,5±0,19)*10-3 и rCPPARGC1A<(4,1±0,02)*10-3 диагностируют метастатическое поражение регионарных лимфатических узлов. При значениях rCCCND1<(0,5±0,01)*10-3 и rCPPARGC1A>(6,9±0,72)*10-3 диагностируют отсутствие метастатического поражения регионарных лимфатических узлов. Изобретение обеспечивает создание нового, простого в исполнении, недорогостоящего и точного способа с уникальными высокоспецифичными последовательностями праймеров для малоинвазивной диагностики метастатического поражения регионарных лимфатических узлов у больных раком шейки матки. 3 з.п. ф-лы, 1 табл., 2 пр.
Настоящее изобретение относится к медицине и представляет собой способ бесконтактной стимуляции транскрипционной активности гена CDKN1B. Для осуществления настоящего изобретения проводят облучение опухолевых клеток предстательной железы на линейном ускорителе Novalis ТХ в дискретно-импульсном режиме, 3 импульса по 6,4 Гр, интервал между импульсами 120 секунд, и оценивают уровень экспрессии генов CDKN1B, CDK2 и CDK1. Способ позволяет осуществить процедуру регуляции клеточного цикла опухолевых клеток предстательной железы путем активации ингибитора циклинзависимой киназы 2 при сохраненной транскрипционной активности циклинзависимой киназы 1. 4 з.п. ф-лы, 4 ил., 1 табл., 1 пр.
Изобретение относится к биотехнологии, в частности к молекулярной биологии и онкологии. Способ включает выделение РНК из биопсийного материала, определение экспрессии микро-РНК miR-550a-3-5p, miR-3610 и miR-23b-5p относительно референсной последовательности U6 методом ПЦР-РВ с использованием высокспецифичных праймеров, сравнение полученных значений miRE с интервалами miREmiR-550a, miREmiR-3610 и miREmiR-23b характерными для радиорезистентной или чувствительной к лучевой терапии формы рака прямой кишки. Способ позволяет сделать процедуру определения радиорезистентной или чувствительной к лучевой терапии формы рака прямой кишки более простой и точной, а также позволяет своевременно скорректировать тактику проводимой терапии. 3 з.п. ф-лы, 1 табл., 2 пр.
Изобретение относится к области медицины, в частности к молекулярной биологии и онкологии. Предложен малоинвазивный способ диагностики серозной аденокарциномы яичников высокой степени злокачественности на основании показателя копийности генов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1. Осуществляют выделение внеклеточной ДНК из плазмы крови. Определяют копийность генов SULT1E1, CYP1B1 и ESR1 относительно референсного гена GAPDH методом ПЦР-РВ. Рассчитывают относительную копийность гена (rC) по формуле rC=2-ΔCt. Сравнивают полученные значения rC с прогностическим интервалом копийности. При значениях rCCYP1B1 от 6,67*10-3 до 7,13*10-3, rCESR1 от 10,0*10-3 до 10,2*10-3 и rCSULT1E1 от 5,12*10-3 до 5,28*10-3 диагностируют серозную аденокарциному яичников высокой степени злокачественности. При значениях rCCYP1B1 от 3,19*10-3 до 3,81*10-3, rCESR1 от 1,91*10-3 до 2,09*10-3 и rCSULT1E1 от 2,23*10-3 до 2,57*10-3 диагностируют отсутствие злокачественных опухолей яичников. Изобретение обеспечивает создание нового, простого в исполнении, недорогостоящего и точного способа с уникальными высокоспецифичными последовательностями праймеров для малоинвазивной диагностики серозной аденокарциномы яичников высокой степени злокачественности. 3 з.п. ф-лы, 1 табл., 2 пр.
Изобретение относится к области медицины, в частности к молекулярной онкологии, и предназначено для прогнозирования рецидивирования серозной карциномы яичников. Проводят анализ экспрессии микро-РНК в образце трепан-биопсии яичника, включающий внесение экзогенного контроля и выделение тотальной РНК, обратную транскрипцию с последующей амплификацией в режиме реального времени, при этом используют праймеры для hsa-miR-150-5p, hsa-miR-140-3р, hsa-miR-221-3р. Анализируют полученные данные и вычисляют прогностический коэффициент RS по формуле: RS = (1,96 * экспрессия hsa-miR-140-3р) + (-2,7 * экспрессия hsa-miR-150-5p) + (2,13 * экспрессия hsa-miR-221-3р). При значениях RS ≥ 13 прогнозируют риск развития рецидива заболевания в течение первых шести месяцев после завершения лечения. Изобретение обеспечивает создание нового, эффективного, специфичного способа прогнозирования безрецидивной выживаемости больных серозной карциномой яичников. 3 з.п. ф-лы, 3 табл., 2 пр.
Тест-система "ESSC-tipe-1" для молекулярно-генетического типирования плоскоклеточного рака пищевода // 2742468
Изобретение относится к области медицины, в частности к молекулярной биологии и онкологии. Предложена тест-система «ESSC-tipe-1» для молекулярно-генетического типирования плоскоклеточного рака пищевода, содержащая контрольные смеси и реагенты для амплификации ДНК в режиме реального времени ПЦР-РВ: смесь для ПЦР-РВ реакции, состоящую из 0,57 мМ dNTPs, 7,1 мМ MgCl2, 2,7-кратного ПЦР-буфера с 2,9-кратной концентрацией красителя EvaGreen Dye и 7,1% ДМСО, ДНК-полимеразы Thermus aquaticus 5 ед./мкл и высокоспецифичных прямых и обратных олигонуклеотидных праймеров для локусов CUL3: SEQ ID3 и SEQ ID4, ATG7: SEQ ID5 и SEQ ID6, SOX2: SEQ ID7 и SEQ ID8, ТР63: SEQ ID9 и SEQ ID10, YAP1: SEQ ID11 и SEQ ID12, VGLL4: SEQ ID13 и SEQ ID14, CDK6: SEQ ID15 и SEQ ID16, KDM6A: SEQ ID 17 и SEQ ID8 и В2М: SEQ ID1 и SEQ ID2 с концентрацией 1,8 мкМ каждого в водном растворе. Изобретение обеспечивает новую, простую в исполнении, недорогостоящую и точную тест-систему с уникальными высокоспецифичными последовательностями синтетических олигонуклеотидов для молекулярно-генетического типирования плоскоклеточного рака пищевода. 1 табл., 3 пр.
Изобретение относится к молекулярной онкологии. Предложен малоинвазивный способ определения чувствительности опухоли прямой кишки к лучевой терапии на основании изменения копийности генов Н2АХ и RBBP8 относительно референсного гена GAPDH методом ПЦР-РВ в присутствии красителя EVA-Green и высокоспецифичных праймеров. Способ обладает высокой чувствительностью и специфичностью, позволяет сделать процедуру диагностики более простой и точной, а также может позволить своевременно скорректировать тактику проводимой терапии. 1 табл.
Изобретение относится к биотехнологии, в частности к молекулярной онкологии. Способ включает: выделение внеклеточной ДНК из плазмы крови, определение копийности генов BRCA2 и RAD50 относительно референсного гена GAPDH методом ПЦР-РВ в присутствии красителя EVA-Green и высокоспецифичных праймеров, сравнение полученных значений rC с интервалами копийности rCBRCA2 и rCRAD50, характерными для радиорезистентной или чувствительной к лучевой терапии формы рака предстательной железы. Способ обладает высокой чувствительностью и специфичностью, его использование осуществляется с плазмой крови; регистрацию результатов производят однократно в конце исследования, занимающего не более 4-5 часов. Способ позволяет сделать процедуру диагностики радиорезистентной или чувствительной к лучевой терапии формы рака предстательной железы более простой и малоинвазивной (комфортной для пациента), а также позволяет своевременно корректировать тактику проводимой терапии. 3 табл., 2 пр.
СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОЙ ДИАГНОСТИКИ ГЛИОМ НА ОСНОВАНИИ АНАЛИЗА ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ И МИКРО-РНК // 2709651
Изобретение относится к области биотехнологии и медицины. Предложен способ дифференциальной диагностики глиом на основании анализа экспрессии генов и микро-РНК, включающий выделение тотальной РНК из тканевых проб глиом и перифокальной зоны, обратную транскрипцию, с последующей амплификацией в режиме реального времени RT-PCR, отличающийся тем, что используют высокоспецифичные праймеры для генетических локусов EGFR, MSI1, PSMC4, ТВР, RPLO, и микро-РНК hsa-miR-92-1-5р, hsa-miR-126-5p, hsa-miR-7-5p, анализируют полученные данные и вычисляют коэффициент относительной экспрессии Е с использованием трех высокоспецифичных референсных генов: PSMC4, ТВР, RPLO и двух референсных высокоспецифичных микро-РНК: hsa-miR-126-5р, hsa-miR-7-5p, сравнивают полученные значения Е в опухолевой ткани с контрольными и при значениях EEGFR<0,5 или EEGFR>1,5, EMSI1<0,5 или EMSI1>1,5, Ehsa-miR-92a-1-5p<0,5 или Ehsa-miR-92a-1-5p>1,5 хотя бы по одному локусу у пациента диагностируется глиома высокой степени злокачественности III, IV; отсутствие изменений экспрессии указанных локусов относительно контроля свидетельствует о соответствии опухоли II степени злокачественности. Изобретение позволяет эффективно дифференцировать глиомы в медицине. 2 табл., 3 пр.
Изобретение относится к области медицины, в частности к молекулярной биологии, онкологии, и предназначено для прогнозирования развития метастазов у больных раком тела матки. Осуществляют выделение тотальной РНК из тканевых проб матки с помощью метода гуанидин-тиоционат-фенол-хлороформной экстракции. Проводят амплификацию в режиме реального времени генов MAGEA1, MAGEB2 и PRAME1. Рассчитывают относительную экспрессию генетических локусов с последующим вычислением коэффициента относительной экспрессии К. Сравнивают полученные значения К с интервалом прогностического коэффициента экспрессии. При значениях КMAGEA1<1,9±0,47, КMAGEB2<1,0±0,54 и КPRAME1<1,1±0,21 прогнозируют течение заболевания без метастазов. При значениях КMAGEA1>3,9±0,87, КMAGEB2>11,5±1,59 и КPRAME1>3,8±0,98 прогнозируют развитие метастазов. Изобретение обеспечивает создание нового, простого в исполнении, не дорогостоящего и более точного способа прогнозирования развития метастазов у пациенток с диагнозом рак тела матки. 1 табл., 2 пр.
Изобретение относится к области медицины, в частности к молекулярной онкологии, и предназначено для прогнозирования развития метастазов в печени у больных раком толстой кишки. Осуществляют выделение суммарной РНК из тканевых проб с помощью метода гуанидин-тиоционат-фенол-хлороформной экстракции. Проводят амплификацию в режиме реального времени генов MAGEB1, SSX2, SCP1, GAPDH и GUSB. Рассчитывают относительную экспрессию генетических локусов и среднее геометрическое референсных генов GAPDH и GUSB. Вычисляют коэффициент экспрессии генов - КMAGEB1, КSSX2, КSCP1. При значениях КMAGEB1>2,2±0,5, КSSX2>2,2±0,4 и КSCP1<2,7±0,6 прогнозируют отсутствие метастазов. При значениях КMAGEB1<0,4±0,2, КSSX2<0,7±0,3 и КSCP1>8,5±0,8 прогнозируют развитие метастазов. При значениях между указанными интервалами считают результат не определенным. Изобретение обеспечивает создание нового, простого в исполнении, не дорогостоящего и более точного способа прогнозирования развития метастазов в печени у больных раком толстой кишки. 1 табл., 2 пр.
Изобретение относится к области медицины, в частности к молекулярной биологии и онкологии. Предложена тест-система для прогнозирования развития метастазов у больных раком желудка на основании определения числа копий HV2 мтДНК, содержащая высокоспецифичные праймеры для генов HV2 и В2М с концентрацией 1,8 мкМ каждого в водном растворе. Изобретение обеспечивает простую в исполнении, не дорогостоящую и точную тест-систему с высокоспецифичными праймерами для прогнозирования развития метастазов у больных раком желудка. 1 табл., 2 пр.
Малоинвазивный способ диагностики рака легкого на основании изменения копийности локуса мтДНК HV2 // 2678227
Изобретение относится к биотехнологии. Определение копийности генетического локуса HV2 относительно референсного гена GAPDH проводят методом ПЦР-РВ в присутствии красителя EVA-Green. Используют высокоспецифичные праймеры: для HV2 F - GGGAGCTCTCCATGCATTTGGTA, R - AAATAATAGGATGAGGCAGGAATC; для GAPDH F - GCTGAACGGGAAGCTCACT, R - GCAGGTTTTTCTAGACGGCAG на матрице выделенной внДНК. Рассчитывают относительную копийность гена (rC) по формуле rC=-2-ΔCt, где Ct - медиана сигналов флюоресценции, ΔCt=Ct(HV2) - Ct(GAPDH), и сравнивают полученные значения rC с прогностическим интервалом копийности. При значениях rCHV2>16169±3423 диагностируют отсутствие злокачественных опухолей легкого, при значениях rCHV2<1756±496 у пациента диагностируют рак легкого, а при значениях rCHV2 между указанными интервалами считают полученный результат неопределенным. Способ обладает высокой чувствительностью и специфичностью, его использование осуществляется с плазмой крови; регистрацию результатов производят однократно в конце исследования, занимающего не более 5 часов. Способ позволяет сделать процедуру первичной диагностики рака легкого более простой, точной и комфортной для пациента, а также повысить уровень раннего обнаружения заболевания. 1 табл., 2 пр.
Изобретение относится к медицине и предназначено для прогнозирования развития метастазов у больных раком молочной железы (РМЖ) на основе анализа экспрессии генов MAGEA2, MAGEB1 и XAGE3. Проводят амплификацию в режиме реального времени в присутствии красителя EvaGreen Dye с использованием высокоспецифичных праймеров для генов MAGEA2, MAGEB1, XAGE3 и GAPDH, проводят анализ первичных данных с помощью программного продукта амплификатора, рассчитывают относительную экспрессию генетических локусов по формуле 2-ΔCt, вычисляют коэффициент экспрессии генов - KMAGEA2, КMAGEB1, КXAGE3 по формуле К=Ecancer/Enormal, где Ecancer - относительная экспрессия генов в опухолевой ткани, Enormal - относительная экспрессия генов нормальной ткани молочной железы, и при значениях КMAGEA2<0,6±0,2, КMAGEB1<1,0±0,3 и КХАGE3<1,0±0,8 прогнозируют отсутствие метастазов, а при значениях КMAGEA2>3,5±0,9, КMAGEB1>17,7±2,1 и КXAGE3>14,7±1,5 прогнозируют развитие метастазов. Способ позволяет осуществить прогноз развития метастазов при раке молочной железы. 1 табл., 2 пр.
Изобретение относится к молекулярной онкологии и представляет собой способ прогнозирования метастазов в регионарные лимфоузлы при аденокарциноме желудка, отличающийся тем, что осуществляют амплификацию фрагментов локусов В2М, NFKB1 и HER2 NFKB1 и HER2 методом ПЦР в реальном времени, рассчитывают относительную копийность генов по формуле rC=rCопухоль/rCнорма=2-ΔCt(опухоль/2-ΔCt(норма), где rC - относительная копийность гена, ΔCt - разность среднего значения сигналов флюоресценции (Ct) по трем повторам для гена мишени и среднего Ct по трем повторам для референсного гена: ΔCt=Ct(ген мишень)-Ct(B2M), осуществляют иммуногистохимическое исследование на срезах парафиновых блоков с помощью моноклональных антител к Ki67 и HER2, и при значениях rCNFKB1<0,8±0,02 и rCHER2<1,1±0,08 в комбинации с уровнем экспрессии в ядрах опухолевых клеток белка Ki67игх<35,6±6,1 и негативной экспрессией HER2игх(-) прогнозируют отсутствие метастазов, а при значениях rCNFKB1>0,9±0,01 и rCHER2>2,0±0,1 в комбинации с уровнем экспрессии в ядрах опухолевых клеток белка Ki67игх>54,2±4,9 и позитивной экспрессией HER2игх (+++) прогнозируют развитие метастазов. Изобретение обеспечивает расширение арсенала средств прогнозирования развития метастазов, а также создание способа, быстрого в исполнении и высокочувствительного. 1 табл., 2 пр.
Изобретение относится к молекулярной биологии, онкологии и биотехнологии. Тест-система для прогнозирования рецидивов у больных раком тела матки на основании уровня экспрессии гена ESR1 содержит контрольные смеси и смесь для ПЦР-РВ реакции, включающую 1 мМ dNTPs, 12,5 мМ MgCl2, 5-кратный ПЦР-буфер с 5-кратным красителем EvaGreen Dye, ДНК-полимеразу Thermus aquaticus в количестве 5 ед/мкл и высокоспецифичные олигонуклеотидные праймеры для генов ESR1 и АСТВ. Изобретение обеспечивает простоту и точность прогнозирования рецидивов у пациенток с диагнозом рак тела матки без использования дорогостоящего оборудования, а также высокую чувствительность и специфичность. 1 табл., 2 пр.
Изобретение относится к медицине и предназначено для прогнозирования вероятности развития метастазов в лимфоузлы у пациентов с диагнозом рак желудка. Осуществляют амплификацию фрагментов генетических локусов В2М, HV2 и CFLAR методом полимеразной цепной реакции в реальном времени с помощью набора высокоспецифичных праймеров на матрице выделенной ДНК, проводят количественную интерпретацию результатов амплификации и расчет относительной копийности генов по формуле rC=2-(Ct(ген мишень)-Ct(B2M)), где rС - относительная копийность гена в опухолевой ткани, Ct - среднее значение сигналов флюоресценции, сравнивают полученные значения относительной копийности генов с прогностическими, и при значениях rСHV2<870 и rСCFLAR>0,40 прогнозируют отсутствие метастазов, а при значениях rСHV2>870 и rСCFLAR<0,40 прогнозируют развитие метастазов. Способ позволяет осуществить раннее прогнозирование развития метастазов у больных раком желудка. 2 пр., 1 табл.
Изобретение относится к области молекулярной онкологии и может быть использовано для дифференциальной диагностики рака желудка различных гистологических типов. Способ включает получение ДНК, выделенной из биопсийного материала; амплификацию фрагментов локусов GSTP1, NFKB1 и HV2 методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ) с помощью набора высокоспецифичных праймеров; количественную интерпретацию результатов амплификации. Осуществление способа возможно с операционным материалом и тканевыми биоптатами, полученными во время гастроскопии; регистрацию результатов производят однократно в конце исследования, способ занимает менее 10 часов. Способ позволяет эффективно и своевременно идентифицировать аденокарциному G3 и перстневидноклеточный рак желудка, дает возможность уточнения предоперационного прогноза, что способствует принятию правильной тактики лечения и улучшению его результатов. 2 табл., 2 пр.
Изобретение относится к области медицины, в частности к молекулярной онкологии, и предназначено для прогнозирования выживаемости больных раком тела матки на основании уровня экспрессии гена ESR1. Осуществляют выделение тотальной РНК из тканевых проб матки с помощью метода гуанидин-тиоционат-фенол-хлороформной экстракции, получение кДНК с помощью обратной транскрипции на матрице РНК и последующую амплификацию в режиме ПЦР-РВ. Проводят расчет относительной экспрессии генетического локуса ESR1 с последующим вычислением соотношения экспрессии этого гена в опухолевой ткани относительно нормальной ткани матки по формуле K=REcancer/REnormal. При значении K в пределах 0,31≤KESR1≤0,81 прогнозируют благоприятный исход заболевания. При значении K в пределах 5,84≤KESR1≤9,32 прогнозируют неблагоприятный исход заболевания. Изобретение обеспечивает эффективное прогнозирование выживаемости больных раком тела матки. 2 табл., 2 пр.
СПОСОБ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ РЕЦИДИВОВ РАКА ТЕЛА МАТКИ НА ОСНОВАНИИ УРОВНЯ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ PTEN И CYP1B1 // 2605302
Изобретение относится к молекулярной биологии. Способ включает: экстракцию препаратов суммарной РНК, получение комплементарной ДНК с помощью реакции обратной транскрипции на РНК-матрице и последующую амплификацию в режиме реального времени с использованием высокоспецифичных праймеров для генов PTEN, CYP1B1 и АСТВ (референтный локус), а также расчет коэффициента относительной экспрессии генов PTEN и CYP1B1 (КPTEN и КCYP1B1) методом RT-PCR. Способ обладает высокой чувствительностью и специфичностью, его осуществление возможно с операционным биопсийным материалом; способ занимает менее 10 часов. Способ легко воспроизводим в условиях стационара онкологического профиля и позволяет осуществить ранний прогноз вероятности рецидива рак тела матки. 2 табл.
Изобретение относится к области медицины, в частности к молекулярной биологии и онкологии, и предназначено для прогнозирования развития острой почечной недостаточности (ОПН) после кратковременной ишемии почки. Из тканевых проб почки до ишемии выделяют тотальную РНК, получают кДНК, осуществляют амплификацию в режиме реального времени и рассчитывают относительную экспрессию генетических локусов CASP3, CASP8, CASP9 и АСТВ. При уровне относительной экспрессии генов RECASP3=(3,17±0,9)*10-2; RECASP8=(5,87±0,8)*10-2 и RECASP9=(4,34±1,6)*10-2 в ткани почек прогнозируют развитие ОПН в послеоперационный период. При уровне RECASP3=(6,08±1,2)*10-2; RECASP8=(15,87±3,6)*10-2 и RECASP9=(29,26±9,5)*10-2 прогнозируют благоприятный послеоперационный период. Изобретение позволяет осуществить ранний прогноз осложнений развития ОПН у больных, перенесших лапароскопическую резекцию почки в условиях тепловой ишемии. 2 табл., 2 пр.
