Патенты автора Спицын Максим Анатольевич (RU)
Настоящее изобретение относится к области органической химии, биохимии и молекулярной биологии. Описан способ получения комбинаторных ДНК-библиотек, содержащих модифицированные нуклеотиды, предназначенные для специфического связывания с молекулярными мишенями. Сущность изобретение заключается в том, что для получения комбинаторной модифицированной одноцепочечной ДНК-библиотеки используется комбинаторная одноцепочечная ДНК-библиотека из природных нуклеотидов и комплементарная модифицированная ДНК синтезируется в ходе матрично-зависимой высокоспецифичной ферментативной реакции удлинения праймера (primer extension) при полной замене одного из природных нуклеотидов на модифицированный аналог. Для реакции удлинения праймера предлагаются Deep Vent(exo-) и KOD XL ДНК-полимеразы и модифицированные трифосфаты дезоксиуридина с заместителями по С5-положению уридинового основания, которые полностью взаимосовместимы. При синтезе модифицированных ДНК используется один тип праймеров, закрепленных на поверхности полиэтилентерефталатных микрочастиц, что позволяет отделить и отмыть микрочастицы носителя с полученными закрепленными одноцепочечными модифицированными ДНК от используемой ДНК матрицы и компонентов реакции. В состав праймеров входят группы, позволяющие селективно отщепить модифицированную ДНК от носителя, не затрагивая ее функциональную часть фотохимическим или ферментативным методами, что позволяет получить комбинаторную модифицированную одноцепочечную ДНК-библиотеку в чистом виде. Кроме того, представлена соответствующая библиотека. Изобретение расширяет способы получения ДНК-библиотек. 2 н. и 15 з.п. ф-лы, 9 ил., 9 пр.
Изобретение относится к области биохимии, молекулярной биологии и биотехнологии, а именно к реагенту на основе альфа-фетопротеина, иммобилизованного на поверхности твердых микрочастиц полиэтилентерефталата (ПЭТ-микрочастицы), а также к способу сайт-специфичной ковалентной иммобилизации альфа-фетопротеина на поверхности функционализованных ПЭТ-микрочастиц за гликозидный фрагмент белка. 2 н.п. ф-лы, 11 пр., 1 ил.
Данное изобретение относится к применимым в качестве флуоресцентных меток для ферментативного маркирования ДНК в ходе ПЦР нуклеозидтрифосфатам и промежуточным соединениям для их получения. Предложены соединения формул:
, ,где Y представляет собой -(СН2)3-; -(CH2)5-; -(СН2)5CONH(СН2)3-; Х представляет собой -СН2-; -CH2CONH(CH2)5-; -CH2CONH(CH2)5CONH(CH2)5-; M+ представляет собой H+, Na+, Li+, K+, [CH3(CH2)n](4-m)NHm+, где n=0-5, m=0-4. Предложены соединения формул:
, , ,где R представляет собой -ОН; -NH(CH2)5COOH; -NH(CH2)5CONH(CH2)5COOH; m=3-5. Предложено соединение формулы
,где R представляет собой -NH(CH2)5COOH; -NH(CH2)5CONH(CH2)5COOH при m=3 или R представляет собой -ОН; -NH(CH2)5COOH; -NH(CH2)5CONH(CH2)5COOH при m=5. Предложены новые соединения, эффективные в качестве флуоресцентных меток для ферментативного маркирования ДНК в ходе ПЦР, а также новые соединения для получения указанных соединений. 7 н. и 6 з.п. ф-лы, 43 пр., 3 табл., 5 ил.
Группа изобретений относится к молекулярной биологии, органическому синтезу, энзимологии, биотехнологии и медицине. Предложен способ ферментативного получения модифицированных одноцепочечных ДНК для создания реагентов, способных специфично связываться с гидрофобными участками высокомолекулярных органических соединений. Метод основан на проведении полимеразной цепной реакции, либо транскрипции, либо обратной транскрипции, либо реакции удлинения праймера с использованием модифицированных трифосфатов дезоксиуридина, немодифицированных цепей ДНК с заданной последовательностью, высокоспецифичных фланкирующих праймеров, где 3’-праймер биотинилирован по 5’-концу, полимеразы KOD XL или Deep Vent. Модифицированные цепи ДНК отделяются от немодифицированных цепей ДНК с помощью магнитных частиц с ковалентно пришитыми к их поверхности молекулами стрептавидина, либо методом с применением λ-экзонуклеазы. Полученные одноцепочечные ДНК с модификациями способны взаимодействовать с гидрофобными участками высокомолекулярных соединений-мишеней и предназначены для разработки ДНК-зондов, аптамеров и сомамеров, применяющихся в молекулярно-биологических исследованиях и в медицинской диагностике. 9 н. и 3 з.п. ф-лы, 5 ил., 2 табл., 21 пр.
Изобретение относится к новым соединениям, которые могут найти применение в медицине, характеризующимся структурной формулой
или
,где R1 представляет собой -Н, -СН3; R2 представляет собой –Н, -СН2ОН, -(CH2)2S(O)CH3; R3 представляет собой -Н, pNP, NHS; n=0-5, m=1-3, М+ представляет собой Na+, Li+, K+, (C2H5)(4-y)NHy+ (где у=1,4). Предложенный способ получения указанных соединений состоит в непосредственной модификации натриевой соли соответствующего индоцианинового красителя, содержащей две сульфогруппы, путем превращения одной из сульфогрупп в положении 5 индоленинового фрагмента в карбоксиалкилсульфамидную группу. Предложены новые производные нуклеотидов, эффективные в качестве флуоресцентных меток для маркирования ДНК в ходе ПЦР, а также эффективный способ их получения. 4 н. и 3 з.п. ф-лы, 21 пр., 2 табл., 2 ил.
Изобретение относится к флуоресцентно-меченым дезоксиуридин трифосфатам, которые могут найти применение в качестве меток для маркирования ДНК в ходе ПЦР. Предложенные соединения включают в себя 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-1-(4-сульфонатобутил)-1'-этилиндодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-1,1'-ди-(4-сульфонатобутил))индодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-1'-(4-сульфонатобутил)-1-этилиндодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-5'-сульфо-1,1'-диэтил-индодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-1,1'-диэтил-5-сульфо-индодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-7-(1-(4-сульфонатобутил)-3,3,3',3'-тетраметил-1'-этилиндодикарбоцианин-5-ил)-гепт-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-7-(1'-(4-сульфонатобутил)-3,3,3',3'-тетраметил-1-этилиндодикарбоцианин-5-ил)-гепт-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-7-(3,3,3',3'-тетраметил-5'-сульфо-1,1'-диэтилиндодикарбоцианин-5-ил)-гепт-1-ен-1-ил]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат или их соли. Предложены новые флуоресцентно-меченые нуклеотиды, эффективные в качестве флуоресцентных меток для маркирования ДНК в ходе ПЦР, в том числе с использованием известных тест-систем для определения мутаций, ассоциированных с лекарственной устойчивостью к М. Tuberculosis и с генетической предрасположенностью к тромбозам. 3 н.п. ф-лы, 13 ил., 4 табл., 45 пр.
