Патенты автора Абдурашитов Мурат Абдурашитович (RU)

Изобретение относится к области биохимии. Описана группа изобретений, включающая набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов для идентификации злокачественного поражения толстого кишечника и прямой кишки посредством анализа в образцах ДНК метелирования сайтов RCGY в заданных положениях регуляторных областей генов-онкомаркеров методом GLAD-ПЦР и способ идентификации злокачественного поражения толстого кишечника и прямой кишки посредством анализа в образцах ДНК метилирования сайтов RCGY в заданных положениях регуляторных областей генов-онкомаркеров методом GLAD-ПЦР. Указанный способ включает формирование панели генов-онкомаркеров колоректального рака: ADHFE1, ALX4, CNRIP1, EID3, ELMO1, ESR1, FBN1, HLTF, LAMA1, NEUROG1, NGFR, RARB, RXRG, RYR2, SDC2, SEPT9, SFRP2, SOCS3, SOX17, THBD, TMEFF2, UCHL1 и VIM. Изобретение расширяет арсенал олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченных праймеров. 2 н.п. ф-лы., 3 ил., 4 табл., 3 пр., 1 прил.

Изобретение относится к биотехнологии и представляет собой рекомбинантный штамм бактерий Escherichia coli N16 (pM.AluBI), являющийся продуцентом ДНК-метилтрансферазы AluBI, переносящей метальную группу с S-аденозил-L-метионина (SAM) на 6-й атом азота аденинового основания сайта узнавания, с образованием метилированной последовательности 5′-(m6A)GCT-3′/3′-TCG(m6A)-5′ на обеих цепях ДНК. Штамм получен путем трансформации клеток Escherichia coli RR1 плазмидой pM.AluBI-16. Данная плазмида сконструирована на основе вектора pUC19 и содержит ген, кодирующий ДНК-метилтрансферазу AluBI из природного штамма Arthrobacter luteus В. Изобретение позволяет получить рекомбинантный штамм бактерий Escherichia coli N16 (рМ.AluBI), продуцирующий с высоким выходом ДНК-метилтрансферазу с новой специфичностью. 4 ил., 1 табл., 3 пр.

Изобретение относится к области биотехнологии и представляет собой способ сайт-специфического гидролиза С5-метилированной последовательности ДНК. Готовят реакционную смесь, содержащую буферный раствор и образец С5-метилированной ДНК, добавляют к смеси диметилсульфоксид до конечной концентрации 15-25%, а затем MD-эндонуклеазу, смесь инкубируют в течение часа при 30-37°C с последующим анализом результата гидролиза ДНК методом гель-электрофореза, при этом в качестве MD-эндонуклеазы используют GlaI с концентрацией 4-8 е.а./мкл или PcsI с концентрацией 1-2 е.а./мкл. Изобретение позволяет повысить эффективность сайт-специфического гидролиза С5-метилированной последовательности ДНК. 3 з.п. ф-лы, 3 ил., 4 пр.

Группа изобретений относится к области молекулярной биологии и может быть использована в молекулярно-генетической диагностике онкологических заболеваний. Способ предусматривает проведение биоинформационного анализа предшествующих публикаций о генах-онкомаркерах колоректального рака и отбор генов, метилирование сайтов PuCGPy регуляторных областей которых происходит с высокой частотой в ДНК клеток колоректального рака, с учетом возможности выявления метилирования гена на ранних стадиях заболевания и формирование панели из следующих генов-онкомаркеров колоректального рака: CNRIP1, ELMO1, ESR1, FBN1, RXRg, RYR2, SEPT9b, SOCS3 и UCHL1. Затем проводят гидролиз высокоочищенной геномной ДНК из исследуемого биоматериала метилзависимой сайт-специфической ДНК-эндонуклеазой GlaI, лигирование универсального олигонуклеотидного адаптера с последующей амплификацией в реальном времени с использованием геномных праймеров и зондов, комплементарных последовательностям регуляторных областей генов CNRIP1, ELMO1, ESR1, FBN1, RXRg, RYR2, SEPT9b, SOCS3 и UCHL1 в исследуемой ДНК, и гибридных праймеров, 3'-концы которых комплементарны 5'-концам ДНК в заданных местах гидролиза GlaI, а оставшаяся часть комплементарна адаптерной последовательности. Заключение о наличии последовательности Pu(5mC)GPy (где 5mC - 5-метилцитозин, Pu - A или G, Py - T или C) в регуляторных областях генов CNRIP1, ELMO1, ESR1, FBN1, RXRg, RYR2, SEPT9b, SOCS3 и UCHL1 делают по появлению флуоресцентного сигнала. В качестве адаптерной последовательности используют универсальный олигонуклеотидный адаптер 5'-CCTGCTCTTTCATCG-3'/3'-p-GGACGAGAAAGTAGC-p-5'. Использование изобретений позволяет упростить и повысить точность определения метилирования сайтов PuCGPy. 2 н. и 1 з.п. ф-лы, 1 ил., 4 табл., 3 пр.

Изобретение относится к фармацевтической промышленности, а именно к способу получения рекомбинантного штамма бактерий Escherichia coli N106 (pM.AgsI) . Рекомбинантный штамм бактерий Escherichia coli N106 (pM.AgsI) получают трансформацией клеток штамма Escherichia coli RR1 плазмидой pM.AgsI-106, продуцирующий ДНК-метилтрансферазу M.AgsI, узнающую нуклеотидную последовательность ДНК 5′-TTSAA-3′ и метилирующую внешний остаток аденина этой последовательности с образованием 5′-TTSA(m6A)-3′. Вышеописанный способ позволяет получить рекомбинантный штамм бактерий Escherichia coli N106 (pM.AgsI), продуцирующий высокоактивную ДНК-метилтрансферазу заданной специфичности. 5 ил., 1 табл., 3 пр.

Изобретение относится к биотехнологии и молекулярной генетике. Способ предусматривает картирование положений ряда метилированных нуклеотидных последовательностей Pu(5mC)GPy в протяженной ДНК для построения эпигенетического профиля и выявления аномально метилированных участков ДНК. Способ включает выделение высокоочищенной геномной ДНК, которую гидролизуют в реакционном буфере метилзависимой сайт-специфической эндонуклеазой GlaI в течение времени и при температуре, достаточных для полного гидролиза продукта с получением смеси фрагментов геномной ДНК. Выделяют указанную смесь фрагментов ДНК из раствора осаждением, а для дальнейшего анализа отбирают GlaI-фрагменты ДНК размером 150-500 п.н., наиболее оптимально подходящие для NGS-секвенирования. Определяют нуклеотидный состав концов образовавшихся коротких GlaI фрагментов геномной ДНК методами NGS-секвенирования, программно фильтруют полученные данные для исключения фрагментов с низким качеством чтения, с концами, неспецифичными для GlaI-фрагментов, и по признаку присутствия динуклеотида GPy на 5′-концах последовательностей и определяют положения в референсном геноме нуклеотидных последовательностей Pu(5mC)GPy отфильтрованных GlaI-фрагментов с использованием любого программного обеспечения класса «геномный ассемблер». Применение данного способа позволяет упростить, повысить надежность и достоверность способа определения позиций (картирования) большого числа метилированных сайтов PuCGPy в геноме. 4 з.п. ф-лы, 3 ил.

Изобретение относится к биотехнологии. Предложенный способ предусматривает получение образцов высокоочищенной ДНК, фрагментацию выделенной ДНК эндонуклеазой рестрикции, не имеющей сайта узнавания в амплифицируемом районе, гидролиз фрагментированной ДНК метилзависимой сайт-специфической ДНК-эндонуклеазой GlaI или ее изошизомером, лигирование универсального олигонуклеотидного адаптера к гидролизованной ДНК с последующей амплификацией в реальном времени с использованием праймера и зонда, комплементарных исследуемой ДНК и гибридного праймера, 3' конец которого комплементарен не менее 3 нуклеотидам 3' конца ДНК у исследуемого места гидролиза GlaI, а оставшаяся часть комплементарна адаптерной последовательности, и составление заключения на основании флуоресцентного сигнала о наличии последовательности Pu(5mC)GPy. 3 з.п. ф-лы, 4 ил., 5 табл., 5 пр.

Изобретение относится к биотехнологии и генной инженерии и касается получения нового штамма, используемого для выделения новой эндонуклеазы рестрикции BisI, которая может быть использована для выявления модифицированной ДНК

 


Наверх