Изобретение относится к медицине, а именно к оториноларингологии, и касается способа диагностики тяжести течения хронического фарингита. Сущность способа заключается в том, что проводят хромато-масс-спектрометрическое исследование мазка из зева, определяют количество микробных клеток Lactobacillus spp. и Bifidobacterium spp. При обнаружении Lactobacillus spp. в пределах 0-5211*105 клеток/грамм образца, а Bifidobacterium spp. в пределах 71-1259*105 клеток/грамм образца диагностируют среднюю тяжесть заболевания. При выявлении Lactobacillus spp. в пределах 5212-6180*105 клеток/грамм, a Bifidobacterium spp. в пределах 0-70*105 или 1300-4462*105 клеток/грамм образца диагностируют тяжелое течение заболевания. Использование способа позволяет с высокой точностью проводить диагностику тяжести течения хронического фарингита. 10 пр.