Патенты автора Савченко Сергей Сергеевич (RU)

НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ ГИСТОПЛАЗМОЗА HISTOPLASMA CAPSULATUM МЕТОДОМ АМПЛИФИКАЦИИ ДИФФЕРЕНЦИРУЮЩИХ ФРАГМЕНТОВ ДНК (DFR) // 2650752

Изобретение относится к биотехнологии, молекулярной биологии, эпидемиологии. Изобретение может быть использовано для внутривидовой дифференциации штаммов Histoplasma capsulatum специалистами референс-центров по мониторингу за возбудителями инфекционных болезней, а также научно-исследовательских организаций эпидемиологического и микробиологического профиля. Целью настоящего изобретения является разработка набора олигонуклеотидных праймеров для внутривидового типирования микромицетов Н. capsulatum методом амплификации дифференцирующих участков геномной ДНК. Цель достигается конструированием набора специфичных олигонуклеотидов для внутривидового типирования штаммов возбудителя гистоплазмоза путем амплификации 7 дифференцирующих фрагментов ДНК Н. capsulatum, обладающих активностью прямого и обратного праймеров в реакции амплификации, имеющих следующую структуру: для амплификации дифференцирующего фрагмента HcDFR3 длиной 504 п. н.; для амплификации дифференцирующего фрагмента HcDFR7 длиной 199 п. н.; для амплификации дифференцирующего фрагмента HcDFR8 длиной 172 п. н.; для амплификации дифференцирующего фрагмента HcDFR9 длиной 166 п. н.; для амплификации дифференцирующего фрагмента HcDFR10 длиной 188 п. н.; для амплификации дифференцирующего фрагмента HcDFR11 длиной 173 п. н.; для амплификации дифференцирующего фрагмента HcDFR12 длиной 134 п. н. Разработанный набор олигонуклеотидных праймеров для типирования штаммов возбудителя гистоплазмоза Histoplasma capsulatum методом амплификации дифференцирующих фрагментов ДНК позволяет проводить внутривидовое генетическое типирование штаммов Н. capsulatum с высокой воспроизводимостью и разрешающей способностью, а также относительно низкой стоимостью. В предлагаемом методе используется только оборудование для проведения ПЦР с соответствующими реагентами, что может способствовать широкому внедрению данного молекулярно-генетического подхода в научно-исследовательских организациях и специализированных лабораториях эпидемиологического и микробиологического профиля. 2 ил., 2 табл., 3 пр.

НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНОГО ЗОНДА ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЯ БЛАСТОМИКОЗА BLASTOMYCES DERMATITIDIS // 2639498

Изобретение относится к области биохимии и молекулярной биологии, в частности к набору олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда. Указанный набор предназначен для идентификации ДНК возбудителя бластомикоза Blastomyces dermatitidis методом полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов. Настоящий набор содержит зонд BDags-2P, сконструированный по типу «молекулярного маяка», и олигонуклеотиды BDags-1F и BDags-2R, комплементарные фрагментам гена α-1,3-глюкансинтазы B. dermatitidis и обладающие активностью прямого и обратного праймеров в реакции амплификации. Настоящее изобретение отличается тем, что указанные олигонуклеотиды обладают следующей структурой: 5’- GCG TTA TTGAAG CCG ATC CT - 3’ и 5’- AAC AGC CCG ATT GTC CAA AG - 3’, соответственно. Настоящий зонд обеспечивает флуоресцентную детекцию и имеет структуру 5’(FAM)-GGGATGCAGCGCAATTGCAATCCC-(BHQ1)3’, где FAM – флуоресцентный краситель карбоксифлуоресцеин, BHQ1 – гаситель флуоресценции. Настоящее изобретение позволяет идентифицировать ДНК возбудителя бластомикоза B. dermatitidis с высокой чувствительностью и специфичностью. 1 табл., 1 ил., 3 пр.

НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ МЕДИЦИНСКИ ЗНАЧИМЫХ МИКРОМИЦЕТОВ МЕТОДОМ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ДНК // 2631935

Настоящее изобретение относится к биохимии, биотехнологии, молекулярной биологии, в частности к набору олигонуклеотидных праймеров для идентификации медицински значимых микромицетов методом секвенирования ДНК путём амплификации и последующего определения нуклеотидной последовательности фрагмента гена 28S рРНК. Указанный набор содержит пару олигонуклеотидов, обладающих активностью прямого и обратного праймеров, комплементарных нуклеотидным последовательностям консервативных участков региона гена 28S рРНК микромицетов. Олигонуклеотидные праймеры имеет следующую структуру: 5'-CATATCAATAAGCGGAGG-3' (прямой праймер Fungi 28S-f) и 5'-CGACCAATATTTAGCTTTAG-3' (обратный праймер Fungi 28S-r). Настоящее изобретение позволяет расширить арсенал средств для амплификации и секвенирования фрагмента гена 28S рибосомальной РНК различных видов возбудителей микозов для анализа нуклеотидных последовательностей, установления видовой принадлежности чистых культур микромицетов, изучения их филогенетического родства на видовом уровне и идентификации медицински значимых микромицетов. 4 ил., 3 пр.

НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНОГО ЗОНДА ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ДНК ВОЗБУДИТЕЛЕЙ КОКЦИДИОИДОМИКОЗА COCCIDIOIDES IMMITIS И COCCIDIOIDES POSADASII // 2583001

Изобретение относится к области биотехнологии, молекулярной биологиии. Представлен набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации ДНК возбудителей кокцидиоидомикоза С. immitis и С. posadasii методом полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентной детекцией результатов, содержащего пару олигонуклеотидов, обладающих активностью прямого и обратного праймеров, и зонд с комплементарными концевыми последовательностями по типу «молекулярного маяка», имеющих следующую структуру: Использование разработанного набора олигонуклеотидных праймеров CimMBP3s/CimMBP4as и флуоресцентно-меченого зонда Pf-MBP-1 позволяет в короткий срок с высокой чувствительностью и специфичностью проводить идентификацию ДНК возбудителей кокцидиоидомикоза С. immitis и С. posadasii в пробах чистых культур, биологическом материале и объектах окружающей среды. 1 ил., 1 табл., 3 пр.

НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНОГО ЗОНДА ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ Burkholderia pseudomallei // 2556810

Изобретение относится к области биохимии, в частности к набору олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации Burkholderia pseudomallei и дифференциации от возбудителя сапа методом полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией. Заявленное изобретение позволяет в короткий срок с высокой чувствительностью и специфичностью детектировать возбудителя мелиоидоза и дифференцировать его от возбудителя сапа в пробах чистых культур и биологическом материале. 1 ил., 1 табл., 3 пр.

НАБОР ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНЫХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗОНДОВ ДЛЯ ТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ Burkholderia mallei МЕТОДОМ АМПЛИФИКАЦИИ ДИФФЕРЕНЦИРУЮЩИХ ФРАГМЕНТОВ ДНК // 2551227

Изобретение касается набора флуоресцентно-меченых олигонуклеотидных зондов для типирования штаммов Burkholderia mallei. Входящие в состав набора зонды имеют структуру «шпильки» с флуорофором и гасителем флуоресценции на концах и обладают комплементарностью к продуктам реакции амплификации с праймерами. Разработанный набор гибридизационных зондов может быть использован для флуоресцентной детекции результатов типирования возбудителя сапа методом амплификации дифференцирующих фрагментов генома при осуществлении эпидемиологического надзора за сапной инфекцией и обеспечивает возможность одновременного анализа девяти DFR-локусов. 2 ил., 1 табл., 3 пр.

НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНОГО ЗОНДА ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ Burkholderia mallei И ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ЕГО ОТ Burkholderia pseudomallei // 2551208

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к набору олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации Burkholderia mallei и дифференциации его от Burkholderia pseudomallei. Прямой и обратный праймеры имеют следующую структуру: 5′-GGCGTCAGGACTACAACGAGC-3′-Bm-ISfl-f и 5′-CACGGGCGACATCACGAACA-3′-Bm-ISfl-r. Флуоресцентно-меченый зонд имеет следующую структуру: Bm-ISfl-Pr 5′ (FAM)-GGGCGTGAAGCTCGTTGACCTGCCC-(BHQ1) 3′, где FAM - карбоксифлуоресцеин, флуоресцентный краситель, длина волны поглощения которого составляет 490 нм, а BHQ1 - гаситель флуоресценции с диапазоном гашения 480-580 нм. Предложенное изобретение позволяет с высокой чувствительностью и специфичностью детектировать возбудителя сапа и дифференцировать его от возбудителя мелиоидоза в пробах чистых культур и биологическом материале. 1 ил., 1 табл., 3 пр.

ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЕ ПРАЙМЕРЫ BURK1526S/BURK1526AS ДЛЯ ОЦЕНКИ АДАПТАЦИОННОЙ ИЗМЕНЧИВОСТИ ГЕНОМА ПАТОГЕННЫХ БУРКХОЛЬДЕРИЙ // 2545710

Изобретение относится к области биохимии. Заявлен набор олигонуклеотидных праймеров для амплификации участка генома патогенных буркхольдерий, последовательность которого гомологична фрагменту генома В. mallei ВМАА1526, для выявления с помощью секвенирования изменения количества тандемных повторов ДНК штаммов возбудителей сапа и мелиоидоза. Изобретение позволяет выявлять изменения генома штаммов возбудителей сапа и мелиоидоза, культивированных при различных условиях на питательных средах и пассированных на лабораторных животных. 2 ил., 2 пр.

ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЕ ПРАЙМЕРЫ BURK0090S/BURK0090AS ДЛЯ ОЦЕНКИ АДАПТАЦИОННОЙ ИЗМЕНЧИВОСТИ ГЕНОМА ПАТОГЕННЫХ БУРКХОЛЬДЕРИЙ // 2545702

Изобретение относится к области биохимии. Заявлен набор олигонуклеотидных праймеров для амплификации участка генома патогенных буркхольдерий, последовательность которого гомологична фрагменту генома В. mallei ВМАА0090, для выявления с помощью секвенирования изменения количества тандемных повторов ДНК штаммов возбудителей сапа и мелиоидоза. Изобретение позволяет выявлять изменения генома штаммов возбудителей сапа и мелиоидоза, культивированных при различных условиях на питательных средах и пассированных на лабораторных животных. 2 ил., 2 пр.

ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНЫЙ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЙ ЗОНД PR-SOW ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЯ КОКЦИДИОИДОМИКОЗА Coccidioides posadasii // 2539108

Изобретение относится к области биохимии. Предложен олигонуклеотидный зонд с комплементарными концевыми последовательностями по типу "молекулярного маяка", обеспечивающий флуоресцентную детекцию при идентификации возбудителя кокцидиоидомикоза Coccidioides posadasii методом ПЦР с олигонуклеотидными праймерами CpSOW82s/CpSOWS2as, комплементарными фрагменту гена SOWgp82 С. posadasii. Зонд имеет структуру 5'(ROX)-CGCGGAGATGACTGTCGAGTGGCGCG-(BHQ2)3', где ROX - флуоресцентный краситель карбокси-Х-родамин, BHQ2 - гаситель флуоресценции. Изобретение позволяет в короткий срок с высокой чувствительностью и специфичностью детектировать ДНК С. posadasii в чистой культуре и биологическом материале. 1 ил., 1 табл., 3 пр.

ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНЫЙ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЙ ЗОНД MS8 Flip-R ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЯ ГИСТОПЛАЗМОЗА Histoplasma capsulatum // 2532845

Изобретение относится к биотехнологии и молекулярной биологии. Предложен олигонуклеотидный зонд MS8 Flip-R для флуоресцентной детекции возбудителя гистоплазмоза Histoplasma capsulatum методом полимеразной цепной реакции с олигонуклеотидными праймерами HcMs8s, HcMs8as3, имеющий следующую структуру: MS8 Flip-R 5'(ROX)-GGCCTGACCAGTATAACCAAGGCC-(BHQ2) 3', где ROX - флуоресцентный краситель карбокси-Х-родамин, BHQ2 - гаситель флуоресценции "Black Hole 2". Изобретение может быть использовано в медицине для выявления генетического материала возбудителя гистоплазмоза - H. capsulatum в пробах, для диагностики в здравоохранении и для научных исследований, поскольку позволяет в короткий срок с высокой чувствительностью и специфичностью детектировать ДНК H. capsulatum в пробах чистых культур и биологическом материале. 1 ил., 1 табл., 3 пр.