Патенты автора Чудинов Александр Васильевич (RU)
Изобретение относится к молекулярной биологии, микробиологии. Описан способ идентификации генов возбудителей пневмонии человека, шести бактериальных: Staphilococcus aureus, Steptococcus pneumonia, Haemophilus influenza, Legionella pneumophila, Klebsiella pneumonia, Pseudomonas aeruginosa и двух вирусных: SARS-CoV-2, Грипп А, включающий: а) амплификацию фрагментов видоспецифичных генов шести бактериальных и двух вирусных возбудителей пневмонии человека путем проведения обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции с набором неиммобилизованных специфических олигонуклеотидных праймеров в реакционном объеме биологического микрочипа, представленных последовательностями SEQ ID NO: 1-16, и иммобилизованных на том же биологическом микрочипе, представленных последовательностями SEQ ID NO: 17-31; б) отмывку биологического микрочипа; в) анализ картины ОТ-ПЦР на биологическом микрочипе с помощью Чип-детектора; г) визуальную интерпретацию результатов анализа. Представлен биологический микрочип, используемый в способе идентификации генов шести бактериальных и двух вирусных возбудителей пневмонии человека по п.1, с гидрогелевыми ячейками с иммобилизованными в них высокоспецифичными праймерами, представленными последовательностями SEQ ID NO: 17-31. Способ обладает высокой скоростью проведения анализа при одновременном обнаружении ряда патогенных агентов, устойчив к перекрестной контаминации благодаря закрытой реакционной камере на биологическом микрочипе, совместим со стандартными in situ амплификаторами, а также с детекторами флуоресцентного сигнала, разработанными для биологических микрочипов (чип-детекторы). 2 н.п. ф-лы, 3 ил., 6 пр.
Изобретение относится к молекулярной биологии, микробиологии и медицине. В настоящем изобретении разработан способ, основанный на мультиплексной ПЦР, для видового определения шести основных возбудителей бактериальной пневмонии человека. Заявляемое изобретение характеризуется тем, что в нем не используется анализ 16s рибосомальной РНК, а затрагиваются только исключительно видоспецифичные гены, что резко увеличивает специфичность анализа. В отличие от аналогов, в заявляемом изобретении применен метод мультиплексной ПЦР, который позволяет выявлять в одном анализе ДНК шесть наиболее значимых возбудителей бактериальной пневмонии. Отечественных и зарубежных аналогов не описано. Изобретение может быть использовано в клинических лабораториях, специализирующихся на проведении рутинных анализов образцов пациентов с предварительным диагнозом пневмония. Разработанный метод требует стандартной квалификации лаборанта, работающего с постановкой ПЦР. Система ориентирована на применение в клинической диагностике для определения этиологии заболевания благодаря возможности дифференцировать бактериальную от вирусной и грибковой пневмонии и обеспечивает видоспецифическую идентификацию шести основных возбудителей бактериальной пневмонии человека. 2 н.п. ф-лы, 1 ил., 1 табл., 5 пр.
Изобретение относится к биотехнологии, в частности способ предполагает проведение трех последовательных раундов ПЦР с комбинаторной библиотекой и модифицированным dNTP - кандидатом для проведения SELEX. Вывод о применимости конкретного производного dNTP осуществляется по характеру изменения кривой накопления сигнала в течение трех раундов ПЦР в режиме реального времени и не требует проведения раундов селекции аптамеров. Если в процессе амплификации библиотека вырождается (становится менее представительной), значит конкретная модификация dNTP не может быть использована с выбранной полимеразой и другими выбранными условиями амплификации библиотеки, поскольку приводит к конкурентной амплификации. В случае когда характер кривой накопления сигнала не меняется, делается вывод, что используемый модифицированный трифосфат дезоксинуклеозида не влияет на распределение олигонуклеотидов с различными последовательностями в составе библиотеки, то есть не приводит к изменению ее состава с точки зрения применяемого метода детекции. Способ применим для быстрой оценки субстратной пригодности модифицированных dNTPs для проведения mod-SELEX и будет полезен при отборе аптамеров для клинической диагностики, медицины и научных исследований. 2 ил., 1 табл., 3 пр.
Изобретение относится к области молекулярной биологии, органической химии, биотехнологии, микробиологии и медицины. Заявлен способ определения субстратной совместимости модифицированных трифосфатов дезоксиуридина и ДНК-полимераз сочетанием методом количественной ПЦР и электрофореза. Сущность изобретения заключается в том, что совместимость модифицированных нуклеозидтрифосфатов и ДНК-полимераз определяется сочетанием методов: количественной ПЦР в режиме реального времени на матрице "условно двухцепочечной" ДНК, составленной из двух синтетических олигонуклеотидов с вырожденной центральной частью с взаимно комплементарными фланкирующими частями при полной замене природного нуклеотида на модифицированный аналог; количественной ПЦР в режиме реального времени на бактериальной ДНК-матрице, представляющей собой ПЦР-продукт фрагмента гена rpoB длиной 215 п.н. с амплификацией "вложенного" короткого внутреннего фрагмента длиной 126 п.н. при полной замене природного нуклеотида на модифицированный аналог; электрофоретического контроля продуктов ПЦР с количественной оценкой полноразмерного продукта. Модифицированные 2'-дезоксиуридин-5'-трифосфаты содержат в своей структуре функциональные группы, которые присоединены к 5-положению пиримидинового основания карбониламиноаллильным линкером, аллильная часть линкера связана с 5-положением пиримидинового основания транс-алкеновой связью. Функциональные группы представлены линейными алифатическими, разветвленными алифатическими, фенилалкильными, алкилиндольными группами. Использовали ДНК-полимеразы с отсутствующей корректирующей 3'-5'-экзонуклеазной активностью, относящиеся к разным семействам - Taq (семейство А) и Vent(exo-) (семейство Б). Использовали ПЦР с регистрацией в реальном времени, (Real time PCR) по накоплению флуоресцентного сигнала от интеркалирующего красителя Eva Green (Biotium, США) с возбуждением флуоресценции на длине волны около 500 нм и регистрацией около 530 нм. Продукты ПЦР разделяли методом электрофореза в 4% агарозном геле. Визуализацию продуктов реакции осуществляли окрашиванием агарозного геля, в котором разделяли продукты ПРЦ, бромистым этидием. Количественную оценку полноразмерного продукта проводили по оптической плотности соответствующих полос в дорожках геля. Предлагаемое изобретение может быть использовано при получении модифицированных фрагментов ДНК и модифицированных аптамеров, функциональных аналогов моноклональных антител. Изобретение обеспечивает определение субстратной совместимости производных нуклеозидтрифосфатов и матричнозависимых ДНК-полимераз, предназначенных для получения высокоэффективных модифицированных ДНК-аптамеров методом SELEX. 7 з.п. ф-лы, 1 табл., 104 пр., 3 ил.
Настоящее изобретение относится к области органической химии, биохимии и молекулярной биологии. Описан способ получения комбинаторных ДНК-библиотек, содержащих модифицированные нуклеотиды, предназначенные для специфического связывания с молекулярными мишенями. Сущность изобретение заключается в том, что для получения комбинаторной модифицированной одноцепочечной ДНК-библиотеки используется комбинаторная одноцепочечная ДНК-библиотека из природных нуклеотидов и комплементарная модифицированная ДНК синтезируется в ходе матрично-зависимой высокоспецифичной ферментативной реакции удлинения праймера (primer extension) при полной замене одного из природных нуклеотидов на модифицированный аналог. Для реакции удлинения праймера предлагаются Deep Vent(exo-) и KOD XL ДНК-полимеразы и модифицированные трифосфаты дезоксиуридина с заместителями по С5-положению уридинового основания, которые полностью взаимосовместимы. При синтезе модифицированных ДНК используется один тип праймеров, закрепленных на поверхности полиэтилентерефталатных микрочастиц, что позволяет отделить и отмыть микрочастицы носителя с полученными закрепленными одноцепочечными модифицированными ДНК от используемой ДНК матрицы и компонентов реакции. В состав праймеров входят группы, позволяющие селективно отщепить модифицированную ДНК от носителя, не затрагивая ее функциональную часть фотохимическим или ферментативным методами, что позволяет получить комбинаторную модифицированную одноцепочечную ДНК-библиотеку в чистом виде. Кроме того, представлена соответствующая библиотека. Изобретение расширяет способы получения ДНК-библиотек. 2 н. и 15 з.п. ф-лы, 9 ил., 9 пр.
Настоящее изобретение относится к области биотехнологии и обеспечивает определение субстратной совместимости свойств производных 2`-дезоксиуридин-5`-трифосфатов и матричнозависимых ДНК-полимераз. Изобретение может быть использовано при получении модифицированных фрагментов ДНК, а также при получении высокоэффективных модифицированных аптамеров методом SELEX. 8 з.п. ф-лы, 2 ил., 1 табл., 3 пр.
Изобретение относится к области биохимии, молекулярной биологии и биотехнологии, а именно к реагенту на основе альфа-фетопротеина, иммобилизованного на поверхности твердых микрочастиц полиэтилентерефталата (ПЭТ-микрочастицы), а также к способу сайт-специфичной ковалентной иммобилизации альфа-фетопротеина на поверхности функционализованных ПЭТ-микрочастиц за гликозидный фрагмент белка. 2 н.п. ф-лы, 11 пр., 1 ил.
Данное изобретение относится к применимым в качестве флуоресцентных меток для ферментативного маркирования ДНК в ходе ПЦР нуклеозидтрифосфатам и промежуточным соединениям для их получения. Предложены соединения формул:
, ,где Y представляет собой -(СН2)3-; -(CH2)5-; -(СН2)5CONH(СН2)3-; Х представляет собой -СН2-; -CH2CONH(CH2)5-; -CH2CONH(CH2)5CONH(CH2)5-; M+ представляет собой H+, Na+, Li+, K+, [CH3(CH2)n](4-m)NHm+, где n=0-5, m=0-4. Предложены соединения формул:
, , ,где R представляет собой -ОН; -NH(CH2)5COOH; -NH(CH2)5CONH(CH2)5COOH; m=3-5. Предложено соединение формулы
,где R представляет собой -NH(CH2)5COOH; -NH(CH2)5CONH(CH2)5COOH при m=3 или R представляет собой -ОН; -NH(CH2)5COOH; -NH(CH2)5CONH(CH2)5COOH при m=5. Предложены новые соединения, эффективные в качестве флуоресцентных меток для ферментативного маркирования ДНК в ходе ПЦР, а также новые соединения для получения указанных соединений. 7 н. и 6 з.п. ф-лы, 43 пр., 3 табл., 5 ил.
Изобретение относится к области молекулярной биологии, энзимологии, биотехнологии и медицины и предназначено для получения ДНК-аптамеров. Способ включает: (а) предварительное обогащение комбинаторной ДНК-библиотеки путем образования ее комплекса с иммобилизованной белковой мишенью (альфа-фетопротеин человека; АФП) и проведения раундов селекции; (б) образование комплекса полученной библиотеки с раствором нативного (неиммобилизованного) АФП; (в) отделение комплексов ДНК/АФП от несвязавшихся ДНК-олигонуклеотидов методом акриламидного электрофореза; (г) экстракцию связавшейся с АФП ДНК из акриламидного геля при 37°С; (д) термическую диссоциацию оставшейся в виде комплекса с АФП ДНК из геля при 60°С; (е) амплификацию ДНК после термической диссоциации. После проведения раундов селекции с использованием термической диссоциации получают обогащенную ДНК-библиотеку, пригодную для секвенирования. Использование термической диссоциации, благодаря созданию более жестких условий отмывки связавшихся с мишенью ДНК-олигонуклеотидов, позволяет повысить эффективность отбора наиболее специфичных аптамеров к белковым мишеням. 2 з.п. ф-лы, 4 ил., 10 пр.
Группа изобретений относится к молекулярной биологии, органическому синтезу, энзимологии, биотехнологии и медицине. Предложен способ ферментативного получения модифицированных одноцепочечных ДНК для создания реагентов, способных специфично связываться с гидрофобными участками высокомолекулярных органических соединений. Метод основан на проведении полимеразной цепной реакции, либо транскрипции, либо обратной транскрипции, либо реакции удлинения праймера с использованием модифицированных трифосфатов дезоксиуридина, немодифицированных цепей ДНК с заданной последовательностью, высокоспецифичных фланкирующих праймеров, где 3’-праймер биотинилирован по 5’-концу, полимеразы KOD XL или Deep Vent. Модифицированные цепи ДНК отделяются от немодифицированных цепей ДНК с помощью магнитных частиц с ковалентно пришитыми к их поверхности молекулами стрептавидина, либо методом с применением λ-экзонуклеазы. Полученные одноцепочечные ДНК с модификациями способны взаимодействовать с гидрофобными участками высокомолекулярных соединений-мишеней и предназначены для разработки ДНК-зондов, аптамеров и сомамеров, применяющихся в молекулярно-биологических исследованиях и в медицинской диагностике. 9 н. и 3 з.п. ф-лы, 5 ил., 2 табл., 21 пр.
Изобретение относится к количественной люминесцентной микроскопии, применяемой в приборах, предназначенных для регистрации взаимодействий между биологическими молекулами, помеченными красителем, флуоресцирующим в видимой или инфракрасной области спектра, и молекулярными зондами, иммобилизованными в ячейках биологического микрочипа. Раскрыт флуориметрический анализатор биологических микрочипов, содержащий лазерные источники возбуждающего излучения, фильтры для выделения флуоресценции ячеек биочипов, оптическую систему для проецирования изображения биочипов на светочувствительную матрицу детектора, и устройство подавления спектров, содержащее волоконно-оптический жгут и вращающееся зеркало, установленные между источником излучения и матрицей ячеек биочипа. При этом зеркало установлено таким образом, чтобы при его вращении в пределах одного оборота расстояние от торца волоконно-оптического жгута до поверхности зеркала постоянно меняется, в качестве детектора используют ПЗС камеру, а анализатор выполнен с возможностью регистрации и последующего измерения серии изображений биочипа на ПЗС камеру с различными экспозициями. Изобретение позволяет определять относительные количества флуоресцирующих красителей в ячейках биочипа с точностью до 10%, обеспечивает подавление спеклов, возникающих вследствие интерференции когерентного света на подложке микрочипа, и увеличивает диапазон измеряемых величин интенсивности флуоресценции. 1 з.п. ф-лы, 7 ил., 3 табл.
Изобретение относится к новым соединениям, которые могут найти применение в медицине, характеризующимся структурной формулой
или
,где R1 представляет собой -Н, -СН3; R2 представляет собой –Н, -СН2ОН, -(CH2)2S(O)CH3; R3 представляет собой -Н, pNP, NHS; n=0-5, m=1-3, М+ представляет собой Na+, Li+, K+, (C2H5)(4-y)NHy+ (где у=1,4). Предложенный способ получения указанных соединений состоит в непосредственной модификации натриевой соли соответствующего индоцианинового красителя, содержащей две сульфогруппы, путем превращения одной из сульфогрупп в положении 5 индоленинового фрагмента в карбоксиалкилсульфамидную группу. Предложены новые производные нуклеотидов, эффективные в качестве флуоресцентных меток для маркирования ДНК в ходе ПЦР, а также эффективный способ их получения. 4 н. и 3 з.п. ф-лы, 21 пр., 2 табл., 2 ил.
Изобретение относится к флуоресцентно-меченым дезоксиуридин трифосфатам, которые могут найти применение в качестве меток для маркирования ДНК в ходе ПЦР. Предложенные соединения включают в себя 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-1-(4-сульфонатобутил)-1'-этилиндодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-1,1'-ди-(4-сульфонатобутил))индодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-1'-(4-сульфонатобутил)-1-этилиндодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-5'-сульфо-1,1'-диэтил-индодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-9-(3,3',3'-триметил-1,1'-диэтил-5-сульфо-индодикарбоцианин-3-ил)-нон-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-7-(1-(4-сульфонатобутил)-3,3,3',3'-тетраметил-1'-этилиндодикарбоцианин-5-ил)-гепт-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-7-(1'-(4-сульфонатобутил)-3,3,3',3'-тетраметил-1-этилиндодикарбоцианин-5-ил)-гепт-1-ен-1-ил)]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат, 5-[4-аза-5-оксо-7-(3,3,3',3'-тетраметил-5'-сульфо-1,1'-диэтилиндодикарбоцианин-5-ил)-гепт-1-ен-1-ил]-2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат или их соли. Предложены новые флуоресцентно-меченые нуклеотиды, эффективные в качестве флуоресцентных меток для маркирования ДНК в ходе ПЦР, в том числе с использованием известных тест-систем для определения мутаций, ассоциированных с лекарственной устойчивостью к М. Tuberculosis и с генетической предрасположенностью к тромбозам. 3 н.п. ф-лы, 13 ил., 4 табл., 45 пр.
Изобретение относится к биохимии. Описан способ получения гетерогенного набора одноцепочечных фрагментов ДНК для мультиплексного генетического анализа. Сущность изобретения заключается в проведении мультиплексной твердофазной полимеразной цепной реакции (ПЦР) на полисахаридном носителе и последующем отщеплении одной из синтезированных цепей для целей анализа на олигонуклеотидном микрочипе. Мультиплексный характер твердофазной амплификации достигается за счет использования смеси частиц полисахаридного носителя, на каждой из которых иммобилизована индивидуальная пара праймеров для амплификации. Один из праймеров в каждой паре иммобилизованных праймеров содержит отщепляемую группу. Для введения репортерных групп в ДНК-цепь в ходе проведения ПЦР в реакционную смесь добавляется флуоресцентно меченый нуклеозидтрифосфат. Изобретение позволяет проводить параллельный генетический анализ. 9 з.п. ф-лы, 1 ил., 4 пр.
Изобретение относится к области молекулярной биологии и может быть использовано в медицине, в частности при диагностике наследственных нарушений обмена, приводящих к развитию неонатальной гипербилирубинемии
СПОСОБ ГИБРИДИЗАЦИИ НК // 2423522
Изобретение относится к области биотехнологии, в частности к способу гибридизации нуклеиновых кислот, и может быть применено в биомедицинской диагностике
Изобретение относится к медицине и биотехнологии
Изобретение относится к молекулярной биологии, вирусологии и медицине
Изобретение относится к области молекулярной диагностики, молекулярной биологии, вирусологии и биоорганической химии
Изобретение относится к области молекулярной биологии и биоорганической химии и может быть использовано для изготовления клеточных микрочипов
