Патенты автора Тимошкина Наталья Николаевна (RU)
Изобретение относится к медицине, а именно к молекулярной онкологии, и может быть использовано для малоинвазивной диагностики глиобластом. Проводят анализ экспрессии микроРНК в образце плазмы. Рассчитывают диагностическое значение R по формуле: R=0.201*RC`hsa-miR-5010-3p` + 0.143*RC`hsa-miR-670-3p` + 0.169*RC`hsa-miR-6782-5p` + 0.160*RC`hsa-miR-1225-3p` + 0.111*RC`hsa-miR-6720-5p` + 0.091*RC`hsa-miR-654-5p` + 0.121*RC`hsa-miR-1304-5p` + 0.121*RC`hsa-miR-758-3p` + 0.117*RC`hsa-miR-1180-3p` + 0.129*RC`hsa-miR-6852-3p` + 0.133*RC`hsa-miR-3180-3p`, где RC – значения микроРНК, полученные в результате секвенирования нового поколения. При значении R выше 137.554 диагностируют глиобластому. Способ обеспечивает эффективную малоинвазивную диагностику глиобластом за счет использования оригинальной формулы расчета диагностического значения R на основе количества выровненных на геном прочтений микроРНК hsa-miR-5010-3p, hsa-miR-670-3p, hsa-miR-6782-5p, hsa-miR-1225-3p, hsa-miR-6720-5p, hsa-miR-654-5p, hsa-miR-1304-5p, hsa-miR-758-3p, hsa-miR-1180-3p, hsa-miR-6852-3p, hsa-miR-3180-3p. 1 ил., 1 табл., 2 пр.
Изобретение относится к медицине, а именно к молекулярной онкологии, и может быть использовано для малоинвазивной диагностики менингиом и опухолей глиального ряда с уточнением степени злокачественности. Проводят анализ экспрессии микроРНК в образце плазмы. Используют высокоспецифичные праймеры для hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p, hsa-miR-3180-3, hsa-let-7c-5p, hsa-miR-190b-5p и cel-miR-39-5p. Вычисляют значения ΔCt hsa-miR-21-5p = Ct hsa-miR-21-5p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-342-3p = Ct hsa-miR-342-3p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-3180-3p = Ct hsa-miR-3180-3p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-let-7c-5p = Ct hsa-let-7c-5p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-190b-5p = Ct hsa-miR-190b-5p – Ct cel-miR-39-5p, где Ct - номер порогового цикла, после которого достигается повышение сигнала относительно фоновых значений. При значении ΔCt hsa-miR-21-5p ≥ 1.7 устанавливают диагноз менингиома. При значениях ΔCt hsa-miR-21-5p < 1.7, ΔCt hsa-miR-342-3p ≥ 2.9 и ΔCt hsa-miR-3180-3p < 13 устанавливают диагноз глиома. При значении ΔCt hsa-miR-21-5p < -1,4 устанавливают GIV степень злокачественности – глиобластома. При значениях ΔCt hsa-let-7c-5p ≥ 0.76 и ΔCt hsa-miR-190b-5p ≥ 10 устанавливают GIII степень злокачественности – анапластическая астроцитома. При значениях ΔCt hsa-let-7c-5p < 0.76 и ΔCt hsa-miR-190b-5p < 10 устанавливают GII степень злокачественности – диффузная астроцитома. Способ обеспечивает создание и внедрение новой, универсальной, недорогостоящей и точной тест-системы для диагностики наиболее распространенных первичных опухолей головного мозга, в частности менингиом и опухолей глиального ряда, за счет использования высокоспецифичных праймеров для hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p, hsa-miR-3180-3, hsa-let-7c-5p, hsa-miR-190b-5p и cel-miR-39-5p. 1 табл., 4 пр.
Изобретение относится к молекулярной онкологии. Представлена тест-система. Тест-система содержит реагенты для получения кДНК на матрице тотальной РНК с помощью реакции обратной транскрипции, совмещенной с полиаденилированием, амплификации библиотеки кДНК в режиме реального времени. Тест-система содержит высокоспецифичные праймеры для hsa-miR-7-5p, hsa-miR-26a-5p и hsa-miR-143-3p. Обеспечивает получение первичных данных относительной экспрессии микро-РНК в плазме крови для расчёта прогностических коэффициентов КmiR-26a и КmiR-143, которые позволяют оценить вероятность течения заболевания с развитием отдаленных/регионарных метастазов или без. Тест-система обладает высокой чувствительностью и специфичностью, её использование возможно с плазмой крови. Тест-система позволяет осуществить малоинвазивную оценку вероятности развития метастазов у больных колоректальным раком, что дает возможность персонифицировать тактику лечения. 1 табл.
Настоящее изобретение относится к медицине и представляет собой способ бесконтактной стимуляции транскрипционной активности гена CDKN1B. Для осуществления настоящего изобретения проводят облучение опухолевых клеток предстательной железы на линейном ускорителе Novalis ТХ в дискретно-импульсном режиме, 3 импульса по 6,4 Гр, интервал между импульсами 120 секунд, и оценивают уровень экспрессии генов CDKN1B, CDK2 и CDK1. Способ позволяет осуществить процедуру регуляции клеточного цикла опухолевых клеток предстательной железы путем активации ингибитора циклинзависимой киназы 2 при сохраненной транскрипционной активности циклинзависимой киназы 1. 4 з.п. ф-лы, 4 ил., 1 табл., 1 пр.
Изобретение относится к области медицины, в частности к онкологии и медицинской генетике, и предназначено для прогнозирования клинического течения высокодифференцированных нейроэндокринных опухолей поджелудочной железы. Проводят генотипирование с.2411C>А rs200615700 в гене ROS1, c.13588G>A rs768143170 в гене KMT2D, c.289G>A rs372430349 в гене FGFR2 и c.967G>A в гене BCR. Наличие мутаций в генах ROS1 и KMT2D определяет вероятность течения высокодифференцированных нейроэндокринных опухолей поджелудочной железы без прогрессии, мутации в генах FGFR2 и BCR повышают риск метастазирования и агрессивной формы опухолевого роста. Изобретение обеспечивает разработку способа, позволяющего своевременно оценить вероятность быстрого прогрессирования опухоли поджелудочной железы, выделить группу риска больных с высоким риском развития метастазирования нейроэндокринной опухоли поджелудочной железы. 3 табл., 2 пр.
Изобретение относится к области медицины, в частности к кардиоонкологии и медицинской генетике, и предназначено для прогнозирования развития подострой антрациклин-опосредованной кардиотоксичности у онкологических пациентов. Проводят генотипирование полиморфизма rs28714259 на матрице ДНК, выделенной из крови или буккального эпителия. При наличии генотипов G/A или А/А прогнозируют высокий риск развития подострой антрациклин-опосредованной кардиотоксичности. Изобретение обеспечивает создание недорогого, простого в исполнении, высокоинформативного способа прогнозирования риска антрациклин-опосредованной кардиотоксичности у онкологических больных до применения антибиотиков антрациклинового ряда. 4 табл., 3 пр.
Тест-система "ESSC-tipe-1" для молекулярно-генетического типирования плоскоклеточного рака пищевода // 2742468
Изобретение относится к области медицины, в частности к молекулярной биологии и онкологии. Предложена тест-система «ESSC-tipe-1» для молекулярно-генетического типирования плоскоклеточного рака пищевода, содержащая контрольные смеси и реагенты для амплификации ДНК в режиме реального времени ПЦР-РВ: смесь для ПЦР-РВ реакции, состоящую из 0,57 мМ dNTPs, 7,1 мМ MgCl2, 2,7-кратного ПЦР-буфера с 2,9-кратной концентрацией красителя EvaGreen Dye и 7,1% ДМСО, ДНК-полимеразы Thermus aquaticus 5 ед./мкл и высокоспецифичных прямых и обратных олигонуклеотидных праймеров для локусов CUL3: SEQ ID3 и SEQ ID4, ATG7: SEQ ID5 и SEQ ID6, SOX2: SEQ ID7 и SEQ ID8, ТР63: SEQ ID9 и SEQ ID10, YAP1: SEQ ID11 и SEQ ID12, VGLL4: SEQ ID13 и SEQ ID14, CDK6: SEQ ID15 и SEQ ID16, KDM6A: SEQ ID 17 и SEQ ID8 и В2М: SEQ ID1 и SEQ ID2 с концентрацией 1,8 мкМ каждого в водном растворе. Изобретение обеспечивает новую, простую в исполнении, недорогостоящую и точную тест-систему с уникальными высокоспецифичными последовательностями синтетических олигонуклеотидов для молекулярно-генетического типирования плоскоклеточного рака пищевода. 1 табл., 3 пр.
Изобретение относится к медицине, а именно к молекулярной онкологии, и может быть использовано для диагностики глиом высокой степени злокачественности. Для этого проводят анализ экспрессии микро-РНК в образце плазмы, включающий внесение экзогенного контроля в образец плазмы и выделение тотальной РНК, обратную транскрипцию с последующей амплификацией в режиме реального времени. При этом используют высокоспецифичные праймеры для hsa-miR-22-3р, hsa-miR-122-5р, hsa-miR-107, hsa-miR-324-5p, hsa-miR-155-5р, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-330-3р, hsa-miR-146a-5p, cel-miR-39-5p. Анализируют полученные данные и вычисляют коэффициенты относительной экспрессии RE22: hsa-miR-22-3р, RE122: hsa-miR-122-5p, RE107: hsa-miR-107, RE324: hsa-miR-324-5p, RE155: hsa-miR-155-5p, RE21: hsa-miR-21-5p, RE330: hsa-miR-330-3р, RE146a: hsa-miR-146a-5p с использованием референсного контроля cel-miR-39 по формуле: RE(miR)=log2 2-(CtmiR-Ct39), где Ct - номер цикла, полученный в результате проведения полуколичественной RT-PCR, miR- - одна из анализируемых микроРНК, 39 - cel-miR-39-5p. При значениях RE22> - 3, RE122> - 3.35, RE107> - 4.5, RE324> - 7.5, RE155> - 9.5, RE21> - 1.5, RE330> - 8.5, RE146a> - 8.5 диагностируют глиальную опухоль высокой степени злокачественности. Способ позволяет в короткие сроки диагностировать глиому высокой степени злокачественности без оперативного вмешательства. 3 табл., 2 пр.
Изобретение относится к медицине и касается способа прогнозирования течения низкодифференцированных глиальных опухолей на основе цитокинового микроокружения, заключающегося в том, что в опухолевой ткани методом иммуноферментного анализа определяют комплексное содержание интерлейкинов IL-4, IL-6, IL-8 и при их совокупном содержании IL-4 в пределах от 0,5 до 1,4 пг/мл/г белка, IL-6 от 4,4 до 50,6 пг/мл/г белка, IL-8 от 43,7 до 125,2 пг/мл/г белка прогнозируют раннее прогрессирование опухоли в сроки 7-14 месяцев после операции, а при их совокупном содержании IL-4 в пределах от 13,1 до 28,2 пг/мл/г белка, IL-6 от 0 до 8,2 пг/мл/г белка, IL-8 от 0,3 до 19,6 пг/мл/г белка прогнозируют позднее прогрессирование в сроки более 14 месяцев после операции. Изобретение обеспечивает прогнозирование течения низкодифференцированных глиальных опухолей на основе их цитокинового микроокружения. 2 пр.
Изобретение относится к молекулярной онкологии. Предложен малоинвазивный способ определения чувствительности опухоли прямой кишки к лучевой терапии на основании изменения копийности генов Н2АХ и RBBP8 относительно референсного гена GAPDH методом ПЦР-РВ в присутствии красителя EVA-Green и высокоспецифичных праймеров. Способ обладает высокой чувствительностью и специфичностью, позволяет сделать процедуру диагностики более простой и точной, а также может позволить своевременно скорректировать тактику проводимой терапии. 1 табл.
Изобретение относится к биотехнологии, в частности к молекулярной онкологии. Способ включает: выделение внеклеточной ДНК из плазмы крови, определение копийности генов BRCA2 и RAD50 относительно референсного гена GAPDH методом ПЦР-РВ в присутствии красителя EVA-Green и высокоспецифичных праймеров, сравнение полученных значений rC с интервалами копийности rCBRCA2 и rCRAD50, характерными для радиорезистентной или чувствительной к лучевой терапии формы рака предстательной железы. Способ обладает высокой чувствительностью и специфичностью, его использование осуществляется с плазмой крови; регистрацию результатов производят однократно в конце исследования, занимающего не более 4-5 часов. Способ позволяет сделать процедуру диагностики радиорезистентной или чувствительной к лучевой терапии формы рака предстательной железы более простой и малоинвазивной (комфортной для пациента), а также позволяет своевременно корректировать тактику проводимой терапии. 3 табл., 2 пр.
Изобретение относится к медицине, а именно к нейроонкологии, и может быть использовано в дальнейшем для повышения неспецифической противоопухолевой резистентности и достижения выраженного противоопухолевого эффекта на этапах комплексного лечения больных со злокачественными новообразованиями головного мозга. Для этого культуру клеток глиобластомы человека T98G подвергают последовательному воздействию сначала ионизирующего излучения в дозе 10 Гр с использованием аппарата TheratronEquinox фирмы BestTheratronics, затем воздействию импульсного магнитного поля с использованием последовательности режимов частот, близких к эндогенным частотам головного мозга. При этом воздействие импульсного магнитного поля проводят при помощи аппарата «Нейро-МС/Д терапевтический расширенный» компании «Нейрософт» в режиме частот F=0,3 Гц (t=5 мин), F=3 Гц (t=1 мин), F=9 Гц (t=1 мин), t общее = 7 мин при В=15 мТл. Сразу после этих воздействий культуру помещают в мультигазовый инкубатор СВ 150 с контролируемыми условиями - 5% СО2, 37°С и 95% влажности. Анализ результатов проводят через двадцать четыре часа после воздействия. Способ обеспечивает снижение митотической активности клеток и, одновременно, увеличение летальности в культуре глиобластомы T98G, относительно контроля, как за счет локального воздействия импульсного магнитного поля, так и при сочетании с ионизирующем излучением. 3 табл.
СПОСОБ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОЙ ДИАГНОСТИКИ ГЛИОМ НА ОСНОВАНИИ АНАЛИЗА ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ И МИКРО-РНК // 2709651
Изобретение относится к области биотехнологии и медицины. Предложен способ дифференциальной диагностики глиом на основании анализа экспрессии генов и микро-РНК, включающий выделение тотальной РНК из тканевых проб глиом и перифокальной зоны, обратную транскрипцию, с последующей амплификацией в режиме реального времени RT-PCR, отличающийся тем, что используют высокоспецифичные праймеры для генетических локусов EGFR, MSI1, PSMC4, ТВР, RPLO, и микро-РНК hsa-miR-92-1-5р, hsa-miR-126-5p, hsa-miR-7-5p, анализируют полученные данные и вычисляют коэффициент относительной экспрессии Е с использованием трех высокоспецифичных референсных генов: PSMC4, ТВР, RPLO и двух референсных высокоспецифичных микро-РНК: hsa-miR-126-5р, hsa-miR-7-5p, сравнивают полученные значения Е в опухолевой ткани с контрольными и при значениях EEGFR<0,5 или EEGFR>1,5, EMSI1<0,5 или EMSI1>1,5, Ehsa-miR-92a-1-5p<0,5 или Ehsa-miR-92a-1-5p>1,5 хотя бы по одному локусу у пациента диагностируется глиома высокой степени злокачественности III, IV; отсутствие изменений экспрессии указанных локусов относительно контроля свидетельствует о соответствии опухоли II степени злокачественности. Изобретение позволяет эффективно дифференцировать глиомы в медицине. 2 табл., 3 пр.
Изобретение относится к области медицины, в частности к онкологии, и предназначено для диагностики метастазов рака толстой кишки. Из тканевых проб толстой кишки выделяют тотальную ДНК. Осуществляют бисульфитную конверсию препаратов ДНК и последующую амплификацию и пиросеквенирование. Используют высокоспецифичные праймеры для регуляторных последовательностей гена CDH13. Вычисляют медиану метилирования Met (%) CpG-сайтов. В случае превышения Met установленной нормы по генетическому локусу CDH13 подтверждают наличие метастазов. Изобретение обеспечивает создание эффективного способа выявления метастазов у больных раком толстой кишки, не требующего дополнительных инвазивных процедур. 2 табл., 2 пр.
Изобретение относится к области молекулярной онкологии и может быть использовано для дифференциальной диагностики рака желудка различных гистологических типов. Способ включает получение ДНК, выделенной из биопсийного материала; амплификацию фрагментов локусов GSTP1, NFKB1 и HV2 методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ) с помощью набора высокоспецифичных праймеров; количественную интерпретацию результатов амплификации. Осуществление способа возможно с операционным материалом и тканевыми биоптатами, полученными во время гастроскопии; регистрацию результатов производят однократно в конце исследования, способ занимает менее 10 часов. Способ позволяет эффективно и своевременно идентифицировать аденокарциному G3 и перстневидноклеточный рак желудка, дает возможность уточнения предоперационного прогноза, что способствует принятию правильной тактики лечения и улучшению его результатов. 2 табл., 2 пр.
Изобретение относится к области медицины, в частности к молекулярной онкологии, и предназначено для прогнозирования выживаемости больных раком тела матки на основании уровня экспрессии гена ESR1. Осуществляют выделение тотальной РНК из тканевых проб матки с помощью метода гуанидин-тиоционат-фенол-хлороформной экстракции, получение кДНК с помощью обратной транскрипции на матрице РНК и последующую амплификацию в режиме ПЦР-РВ. Проводят расчет относительной экспрессии генетического локуса ESR1 с последующим вычислением соотношения экспрессии этого гена в опухолевой ткани относительно нормальной ткани матки по формуле K=REcancer/REnormal. При значении K в пределах 0,31≤KESR1≤0,81 прогнозируют благоприятный исход заболевания. При значении K в пределах 5,84≤KESR1≤9,32 прогнозируют неблагоприятный исход заболевания. Изобретение обеспечивает эффективное прогнозирование выживаемости больных раком тела матки. 2 табл., 2 пр.
Изобретение относится к области медицины, в частности к молекулярной биологии и онкологии, и предназначено для прогнозирования развития острой почечной недостаточности (ОПН) после кратковременной ишемии почки. Из тканевых проб почки до ишемии выделяют тотальную РНК, получают кДНК, осуществляют амплификацию в режиме реального времени и рассчитывают относительную экспрессию генетических локусов CASP3, CASP8, CASP9 и АСТВ. При уровне относительной экспрессии генов RECASP3=(3,17±0,9)*10-2; RECASP8=(5,87±0,8)*10-2 и RECASP9=(4,34±1,6)*10-2 в ткани почек прогнозируют развитие ОПН в послеоперационный период. При уровне RECASP3=(6,08±1,2)*10-2; RECASP8=(15,87±3,6)*10-2 и RECASP9=(29,26±9,5)*10-2 прогнозируют благоприятный послеоперационный период. Изобретение позволяет осуществить ранний прогноз осложнений развития ОПН у больных, перенесших лапароскопическую резекцию почки в условиях тепловой ишемии. 2 табл., 2 пр.
Изобретение относится к области медицины и предназначено для дифференциальной диагностики рака предстательной железы. В клетках периферической крови пациента методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени измеряют экспрессию генов Тр53, GSTP1 и IL10 относительно референтного гена β-актина (АСТВ). При величинах относительной экспрессии генов Тр53 больше 3,68×10-6, GSTP1 больше 3,73×10-3 и IL10 меньше величины 4,32×10-5 диагностируют рак предстательной железы. При величинах относительной экспрессии генов Тр53 меньше 3,68×10-6, GSTP1 меньше 3,73×10-3 и IL10 больше 4,32×10-5 диагностируют доброкачественную гиперплазию предстательной железы. Изобретение позволяет эффективно диагностировать рак предстательной железы и доброкачественную гиперплазию предстательной железы в том числе при низких значениях простатоспецифического антигена, что позволяет начать своевременную и адекватную терапию. 5 табл., 4 пр.
