Патенты автора Чудаков Дмитрий Михайлович (RU)
Изобретение относится к медицине, а именно к онкологии, и позволяет прогнозировать выживаемость пациентов с аденокарциномой легкого. Способ прогнозирования выживаемости у пациентов с аденокарциномой легкого, несущей мутации в гене KRAS, включает забор фрагментов опухолевой ткани у пациента с аденокарциномой легкого после хирургического удаления опухолевой ткани, из которых часть используют для выявления наличия мутаций в гене KRAS, а часть - для выделения РНК, в случае обнаружения мутаций в гене KRAS из образцов РНК готовят библиотеки кДНК для секвенирования и секвенируют, из данных секвенирования определяют нормализованную экспрессию генов константных участков тяжелых цепей иммуноглобулинов IGHG1, IGHG2, IGHG3, IGHG4, IGHA1, IGHA2, рассчитывают коэффициент К по формуле К=IGHG1/IGH, где IGH=IGHG1+IGHG2+IGHG3+IGHG4+IGHA1+IGHA2, и при значении К>0,14 прогноз считают благоприятным, в противном случае – не благоприятным. 2 пр.
Изобретение относится к области биотехнологии. В изобретении описан способ идентификации пар фрагментов ДНК или РНК, исходно присутствующих в одних и тех же живых или фиксированных клетках, в частности, способ идентификации нативных пар генов легких и тяжелых цепей антител, а также нативных пар генов альфа- и бета-цепей Т-клеточных рецепторов (ТКР). Метод основан на эмульсионной ПЦР либо ОТ-ПЦР, проводимой с живых или фиксированных клеток, в ходе которой происходит ПЦР-амплификация пар фрагментов ДНК либо РНК, с последующим физическим спариванием продуктов ПЦР-амплификации. Все перечисленные реакции осуществляются в пределах эмульсии с разделенными клетками, каждая из которых находится в отдельной эмульсионной капле. Отличительной чертой метода является новый тип ПЦР-блокировки, который позволяет, после проведения эмульсионных реакций, селективно амплифицировать библиотеку спаренных в эмульсии фрагментов генов. Селективное подавление участия в ПЦР неспаренных фрагментов позволяет преимущественно амплифицировать целевые пары фрагментов, ранее успешно спаренные в пределах капель в эмульсии, по сравнению с амплификацией пар фрагментов, способных к нецелевому спариванию уже после выделения смеси нуклеиновых кислот из эмульсии. 8 з.п. ф-лы, 7 ил., 5 табл., 1 пр.
Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способу селективного подавления амплификации в ходе ПЦР фрагментов ДНК. Добавляют в реакционную смесь блокирующий олигонуклеотид в концентрации, которая превышает концентрацию праймеров, используемых для ПЦР, не менее чем в 2 раза. 3′-концевая последовательность блокирующего олигонуклеотида служит для его отжига на 3′-участок фрагмента ДНК, амплификация которого должна быть подавлена, и имеет длину, обеспечивающую ее эффективную гибридизацию на 3′-участок фрагмента ДНК при температуре отжига праймера, используемого в ПЦР. 5′-концевая последовательность блокирующего олигонуклеотида служит матрицей для достройки нового 3′-конца для указанного фрагмента ДНК, где новая 3′-концевая последовательность не имеет комплементарности с предполагаемыми матрицами и исключает дальнейшее участие этого фрагмента в амплификации в качестве затравки. Предложенное изобретение позволяет провести селективное подавление амплификации с высокой эффективностью. 4 з.п. ф-лы, 6 табл., 2 пр., 8 ил.
Изобретение относится к области биотехнологии и касается химерного белка, нуклеиновой кислоты, кодирующей такой белок, кассеты экспрессии и эукариотической клетки-хозяина. Представленный химерный белок с SEQ ID NO:02 является флуоресцентным биосенсором, сконструирован на основе белка НуРеr и мутанта РН-домена тирозинкиназы Btk. Представленные изобретения позволяют проводить одновременный мониторинг продукции пероксида водорода и фосфатидилинозитол-3,4,5-трифосфат в живой клетке. 4 н.п. ф-лы, 4 ил., 3 пр.
