Патенты автора Копылов Алексей Михайлович (RU)

Изобретение относится к области биотехнологии. Описана группа изобретений, включающая аптамерный модифицированный ДНК олигонуклеотид, специфически связывающийся с рецептором эпидермального фактора роста (EGFR) (варианты), аптамерный модифицированный ДНК олигонуклеотид, специфически связывающийся с мутантной формой рецептора эпидермального фактора роста (EGFR vIII) (варианты), способ узнавания рецептора эпидермального фактора роста (EGFR) и способ узнавания мутантной формы рецептора эпидермального фактора роста (EGFR vIII). В одном из вариантов реализации аптамерный модифицированный ДНК олигонуклеотид характеризуется нуклеотидной последовательностью общей формулы 5'-CGACGCACCATTTGTTTAATAXGTTTTTT AATTCCCCTTGTGGTGCGTCG-3', где X - 5-(1-(пропиламид 4-пиренбутановой кислоты)-4-триазолил)дезоксирибоуридин.Изобретение расширяет арсенал средств, специфически связывающихся с рецептором эпидермального фактора роста (EGFR) и его мутантной формой (EGFR vIII). 6 н.п. ф-лы, 3 пр., 7 ил.

Изобретение относится к области биотехнологии и может быть использовано в селекции из комбинаторных библиотек индивидуальных одноцепочечных олигонуклеотидов или семейств олигонуклеотидов с требуемыми функциями. Для придания повышенного структурного разнообразия и высокой аффинности к мишени олигонуклеотиды содержат до 4% модифицированных гетероциклических оснований. Для получения олигонуклеотидов используют низкую концентрацию комбинаторных библиотек, индивидуальную для каждого раунда селекции, что позволяет контролировать комплексообразование между олигонуклеотидами и молекулярной мишенью и нейтрализовать эффект нецелевых и неспецифических взаимодействий с носителем, применяемым для иммобилизации молекулярной мишени. Описывается также установка для проведения селекции и необходимые подготовительные эксперименты. Полученные в результате олигонуклеотиды характеризуются низкими скоростями диссоциации и могут быть использованы в качестве аналогов моноклональных антител в типичных для них сценариях применения, 2 з.п. ф-лы, 3 табл., 1 пр., 4 ил.

Группа изобретений относится к области биотехнологии и медицины, а именно к получению лекарственной форма аптамера RA-361. Аптамер RA-361 включает 5'-GG-TT-GG-TGT-GG-TT-GG-T-GG-TT-GG-TGT-GG-TT-GG-3', ковалентно модифицированный 20 кДА ПЭГ в 16 положении в концентрации 30 мг/мл с допустимым пределом до 35,7 мг/мл, воду, хлорид калия с концентрацией 10 мМ, где концентрация хлорида калия не превышает 20 мМ, и физиологический раствор, где лекарственная форма имеет значение рН в пределах между 7 и 7,5 и представляет собой прозрачный водный раствор. Группа изобретений относится также к способу получения лекарственной формы аптамера, включающему в себя получение модифицированного ПЭГ аптамера RA-361 с проведением хроматографической очистки и цикла концентрирования активного вещества, нагрев и поддержание температуры образцов активного вещества до 95°С в течение 5 минут с последующим охлаждением образцов до комнатной температуры со скоростью 5°С в минуту и проведение стерилизации с помощью фильтров с диаметром пор 0,22 мкм для получения фармацевтической субстанции в концентрации 120-150 мг/мл, затем субстанцию подвергают четырехкратному растворению в стерильном физиологическом растворе, где используется вода, приготовленная по стандарту ISO 3696, и фасуют в стеклянные флаконы в ламинарном шкафу, после чего укупоривают, при этом на выходе получают субстанцию объемом 10 мл, а концентрация олигонуклеотида RA-361 составляет 30-35,7 мг/мл. Использование данной группы изобретений позволяет получить антитромбиновый аптамер, представляюший собой 31-звенный ДНК-олигонуклеотид, ковалентно модифицированный 20 кДА ПЭГ и обладающий пространственной структурой типа антипараллельного G квадруплекса, стабилизированного катионами калия, позволяющий сохранять показатели свертываемости плазмы крови. 2 н.п. ф-лы, 6 пр., 7 табл., 12 ил.

Изобретение относится к области биотехнологии. Описан способ получения нового ДНК-аптамера к EGFR (epidermal growth factor receptor, рецептор эпидермального фактора роста) и его мутантной форме EGFR vIII, связывающегося с внеклеточным доменом белков. В изобретении описан аптамерный дезоксирибоолигонуклеотид, специфически связывающийся с EGFR и EGFR vIII и характеризующийся нуклеотидной последовательностью общей формулы 5'-CGACGCACCATTTGTTTAATATGTTTTTTA ATTCCCCTTGTGGTGCGTCG-3'. Разработанный аптамер обладает улучшенной аффинностью к белку EGFR человека и к его мутантной форме EGFR vIII. 4 н. и 1 з.п. ф-лы, 12 ил., 5 пр.

Изобретение относится к области биотехнологии. Изобретение представляет собой способ получения новых ДНК-аптамеров к EGFR (epidermal growth factor receptor, рецептор эпидермального фактора роста), узнающих внеклеточный домен белка и содержащих химически модифицированный нуклеотид. В изобретении описаны аптамерные дезоксирибоолигонуклеотиды, специфически связывающиеся с EGFR и характеризующиеся нуклеотидной последовательностью общей формулы ACGCACCATTTGTTTAATATGXTTTTTAATXCCCCTTGTGGTGTGT, где X - либо тимидин, либо 5-(1-(пропиламид 4-пиренбутановой кислоты)-4-триазолил)дезоксирибоуридин, причем модифицированный нуклеотид присутствует в олигонуклеотиде только в одном из положений. Разработанные аптамеры обладают улучшенной аффинностью к белку EGFR человека и к его мутантной форме EGFR vIII. 6 н.п. ф-лы, 7 ил., 3 пр.

Изобретение относится к медицине, а именно к фармакологии, и может быть использовано для оценки сродства олигонуклеотида к мишени. Для этого проводят мечение олигонуклеотида флуорохромом. Затем осуществляют контакт меченного олигонуклеотида с мишенью-рецептором на поверхности клеток. После чего проводят фоторегистрацию полученного образца с использованием флуоресцентного микроскопа. При этом измеряют оптическую плотность области окрашивания инвертированных изображений и сравнивают с отрицательным контролем. Затем рассчитывают сродство олигонуклеотида к мишени. Изобретение обеспечивает отбор наиболее высокоаффинных олигонуклеотидов к молекулам-мишеням на поверхности клеток для маркирования клеток и тканей. 4 ил., 2 пр.

Изобретение относится к области биотехнологии. Описана группа изобретений, включающая аптамерный ДНК олигонуклеотид, специфически связывающийся с EGFR, характеризующийся нуклеотидной последовательностью:ACGCACCATTTGTTTAATATGTTTTTTAATTCCCCTTGTGGTGTGT, и способ получения вышеуказанного аптамерного ДНК олигонуклеотида. Способ получения ДНК олигонуклеотида заключается в обрезании 5`- и 3`-концевых последовательностей последовательности ATCCAGAGTGACGCAGCATTTGTTTAATATGTTTTTTAATTCCCCTTGTGGTGTGTTGTGGACACGGTGGCTTAGT и замене 16G на 16С, что приводит к увеличению дуплекса с 5 до 8 пар нуклеотидов и его стабилизации. Предложенное изобретение расширяет арсенал средств для связывания с EGFR. 2 н.п. ф-лы, 4 ил., 2 пр.

Изобретение относится к биотехнологии и может быть использовано в фармакологии и медицине для оценки цитотоксичности новых синтезированных веществ, в частности аптамеров противоопухолевого действия. Сравнивают процессы пролиферации и апоптоза в клетках после инкубации с образцом аптамера. Для этого измеряют соотношение экспрессий генов BCL2 и PCNA. По степени превышения значения больше 1 судят о цитотоксичности аптамера. 2 табл., 2 пр.

Изобретение относится к области биотехнологии и медицины. Описан способ химической модификации антитромбинового аптамера и к получения нового антитромбинового аптамера, обладающего антикоагулянтными свойствами и пролонгированной антитромботической активностью. В изобретении описан аптамерный ДНК олигонуклеотид, специфически связывающийся с тромбином и характеризующийся нуклеотидной последовательностью общей формулы GGTTGGTGTGGTTGGTGGTTGGTGTGGTTGG, в котором по крайней мере один из нуклеотидов модифицирован для возможности связывания с молекулой полиэтиленгликоля и увеличения времени нахождения данного олигонуклеотида в кровотоке. В предпочтительных вариантах изобретения модификация произведена по тиминам в позициях 7, 9, 16, 23 и/или 25. Модифицированный аптамер обладает улучшенными фармакокинетическими параметрами, низкой токсичностью и высоким сродством к тромбину человека. Изобретение может быть использовано в качестве антикоагулянтного и антитромботического лекарственного средства для профилактики или лечения тромбозов различной природы. 4 н. и 7 з.п. ф-лы, 5 ил., 2 пр.
Изобретение относится к области экспериментальной медицины, в частности к способу моделирования тромбообразования у мышей для изучения эффективности препаратов антикоагулянта. Способ характеризуется тем, что открывают сонную артерию и яремную вену у наркотизированного животного. Под сонную артерию подкладывают изолирующий ее от окружающих тканей материал. Затем вводят препарат антикоагулянта или контрольного раствора в яремную вену. После этого приводят сонную артерию в соприкосновение с тонкой стальной иглой, соединенной с источником постоянного тока с напряжением 3 В. При этом второй электрод вводят подкожно в область бедра животного и пропускают через него ток силой 200-250 микроампер в течение одной минуты. Затем осуществляют под микроскопом видеосъемку, в результате которой отснятый видеоматериал анализируют посредством компьютерной программы для определения размера образовавшегося тромба. Способ обеспечивает приемлемую скорость образования тромба, повышая тем самым эффективность определения тромбообразования у модельных животных с электрически индуцированным тромбозом. 10 з.п. ф-лы

Группа изобретений относится к области биотехнологии. Способ модульного конструирования ДНК аптамеров, способных специфически и высокоаффинно связывать тромбин, имеющих стабилизированную основную субструктуру, предусматривает сборку их структуры моделированием из комбинации трех структурных модулей, содержащих квадруплексный модуль нуклеиновой кислоты, дуплексный модуль нуклеиновой кислоты и соединяющий их модуль нуклеиновой кислоты, имеющий неканоническую структуру, путем определения третичной структуры его спектральным методом кругового дихроизма с подтверждением факта образования более стабильного G-квадруплекса, отличного от квадруплексной структуры исходного структурного квадруплексного модуля. Использование способа модульного конструирования позволяет повысить эффективность сборки антитромбиновых ДНК-аптамеров обладающих повышенной стабильностью при физиологических условиях. 4 н.п. ф-лы, 7 ил., 3 пр.
Изобретение относится к области биохимии и молекулярной биологии, а именно к способу очистки синтетических олигодезоксирибонуклеотидов. Основной задачей настоящего изобретения является разработка эффективного способа очистки олигодезоксирибонуклеотидов с высоким выходом и высокой степенью очистки от производных кремниевой кислоты, пригодного для крупномасштабного синтеза. Поставленная техническая задача достигается способом очистки G-богатых олигодезоксирибонуклеотидов размером 20-50 оснований от примесей производных кремниевой кислоты, включающие следующим последовательные операции: - используют синтезированные на подложке CPG (СКРП, controlled pore glass) олигодезоксирибонуклеотиды, где последняя диметокситритильная защита не удалена, - готовят раствор олигодезоксирибонуклеотида, для чего к 300 мкл олигодезоксирибонуклеотида концентрацией 0,5 мкм/мл прибавляют 25 мл воды и 0,5 мл 2,0 М раствора ион-парного реагента триэтиламмония ацетата, далее TEAA, - растворы наносят на картриджи Glen Research Poly-Pak Cartridge, 60-1100-10, содержащие полимерный носитель, имеющий сродство к диметокситритилу, к картриджам присоединяют шприцы без плунжеров Millipore, Plastic syringe 50 мл, XXI 105005, картриджи со шприцами присоединяются к вакуумному манифолду CHROMBOND 730151, при помощи водоструйного насоса создается вакуум порядка 50 кПа, - картридж промывают 2 мл водного раствора аммиака и TEAA следующего состава: - к разбавленному в 20 раз 25% раствору аммиака добавляют 1/40 объема 2,0 М раствора TEAA, - картридж промывают 2 мл воды, - картридж промывают 2 мл 2% водного раствора трифторуксусной кислоты, - картридж промывают 4 мл деионизированной воды, - выделяют очищенный олигодезоксирибонуклеотид из картриджа, для чего картридж промывают 2 мл смеси 95% этилового спирта с 25% водным аммиаком, - выделяют очищенный олигодезоксирибонуклеотид из раствора, для чего пробирки с раствором очищенного олигодезоксирибонуклеотида помещают в концентратор, производят испарение раствора в течение 10 часов при температуре 60°C. 1 табл., 3 пр.

Изобретение относится к области медицины, а именно к лабораторным методам исследования

Изобретение относится к области биотехнологии и медицины

Изобретение относится к области биотехнологии и медицины, а именно к прямым ингибиторам тромбина

Изобретение относится к области биотехнологии, конкретно к прямым ингибиторам тромбина, и может быть использовано в медицине

 


Наверх