Патенты автора Гарафутдинов Равиль Ринатович (RU)
Изобретение относится к биохимии. Описан способ получения специального вида расходных материалов для медико-биологических исследований - маркеров длин фрагментов нуклеиновых кислот (ДНК и РНК маркерных лестниц). Сущность изобретения заключается в наработке фрагментов ДНК и РНК, составляющих лестницу, с помощью реакции амплификации "катящимся кольцом" в варианте рамификации. В качестве матрицы для амплификации используется кольцевая молекула одноцепочечной ДНК требуемого размера L (где L - количество нуклеотидов), которая образуется из синтетического олигонуклеотида размера L путем внутримолекулярного лигирования. Кольцевой продукт лигирования используется в качестве матрицы для отжига и элонгации "затравочного" праймера 1, а присутствующий в реакционной смеси праймер 2 обеспечивает запуск амплификации по типу рамификации. Для реакции полимеризации полинуклеотидной цепи используются ДНК или РНК полимеразы, обладающие цепь-смещающей активностью, амплификацию проводят в изотермическом или квазиизотермическом режиме. При добавлении в реакционную смесь небольшого количества рестриктаз или никаз можно добиться расщепления растущих цепей нуклеиновых кислот по сайтам узнавания данных ферментов, тем самым снизив количество очень протяженных продуктов амплификации в пользу более коротких. Для получения РНК-маркерных лестниц применяются дезоксирибо- и рибонуклеозидтрифосфаты и смесь ДНК и РНК полимераз. Для получения маркерных лестниц с размерами фрагментов, не кратными размеру кольцевой матрицы, используются праймеры с 5'-концевой последовательностью любой требуемой длины и некомплементарной исходной кольцевой матрице. Другим способом получения маркерных лестниц с размерами фрагментов, не кратными размеру кольцевой матрицы, является простое смешивание препаратов, полученных при амплификации кольцевых матриц разного размера. Предлагаемый способ позволяет получать маркерные лестницы в значительном количестве с любым размерным шагом. Они могут быть использованы медицинскими диагностическими лабораториями, лабораториями экспертизы и научно-исследовательскими лабораториями при проведении всех видов гель-электрофоретического анализа нуклеиновых кислот. Использование маркерных лестниц, полученных описанным выше способом, идентично таковому для всех коммерчески доступных маркерных лестниц. 2 н. и 3 з.п. ф-лы, 5 ил., 9 пр.
Изобретение относится к способу получения новых соединений-диад (I) с двумя разными, не сопряженными друг с другом, хромофорными фрагментами, содержащими азогруппы и остатки ферроцена, и их использованию для тушения флуоресценции флуорофоров.
где Fc - ферроценил; R1 - Н или Fc; R2 - H или орто- или пара-гидрокси-; R3 - орто- или мета-, или пара-нитро-, или орто- или мета-, или пара-нитрофенилазо-, или пара-N,N-диметиламино-, или пара-карбокси-; L - группа пара-карбамоилвинилиденацетофенона или пара-карбоксамидовинилиденацетофенона, или пара-N-(2-карбамоилэтил)-карбоксамидовинилиденацетофенона, или пара-(4-[метиламино]бутокси)-винилиденацетофенона, или N,N-ди[4{1-(пара-винилиденацетофениламино)-метил-1,2,3-триазолил}бутил]аминогруппа. Способ получения (I) включает альдольно-кротоновую конденсацию ферроценальдегида с пара-замещенным ацетофеноном и взаимодействие полученного ферроценилиденацетофенона (2) с азосоединением, или введение в (2) реакционноспособных групп и азосочетание с диазосолью. Соединения-диады (I) имеют высокие коэффициенты молярной экстинкции, широкий спектр поглощения и электроактивность. Описан также способ тушения флуоресценции флуорофоров в двуцепочечных структурах нуклеиновых кислот с использованием (I). Показана эффективность (I) для тушения флуорофоров в растворе и в составе нуклеиновых кислот в широком спектральном диапазоне, что позволяет использовать (I) для мечения биологических макромолекул и создания олигонуклеотидных гибридизационных зондов для молекулярных методов диагностики. 2 н.п. ф-лы, 8 ил., 2 табл., 8 пр.
Изобретение относится к области биотехнологии, в частности к способу амплификации специфичных фрагментов нуклеиновых кислот с помощью полимеразной цепной реакции в конвекционной ячейке Бенара-Рэлея
