Патенты автора Трухачев Алексей Леонидович (RU)
Предлагаемое изобретение относится к области медицинской биотехнологии. Сущность изобретения заключается в том, что выявляют в ДНК исследуемого штамма на основе мобильных генетических элементов восемь IS-маркеров, для этого при проведении ПЦР готовят восемь пробирок объёмом 0,6 мкл, куда вносят реакционную смесь и по одной паре в каждую пробирку вносят олигонуклеотидные праймеры. При этом после проведения ПЦР реакционные смеси из восьми пробирок наносят на 2% агарозный гель и разделяют амплифицированные фрагменты путём электрофореза с последующим окрашиванием этидиум бромидом в присутствии маркеров молекулярных весов и при визуализации в проходящем УФ-свете, учет результатов проводят по набору фрагментов с определённым молекулярным весом для каждой пары праймеров и устанавливают уникальный генотип по восьми IS-маркерам, затем полученные результаты сравнивают с идентификационной таблицей и дифференцируют штаммы Y. pestis по их генетическим группам на основные и неосновные подвиды. При этом ПЦР проводят в объеме 25 мкл и реакционная смесь содержит: 10 мкл 2,5-кратного буфера, 1,0 мМ MgCl2, 0,25 мM смеси dNTP, 0,5 ед. Tag DNA полимеразы, 25 нг исследуемой ДНК в объеме 5 мкл. Кроме того, ПЦР проводят с соблюдением следующих этапов и режимов: 95°С этап денатурации - 15 с, 57°С этап отжига праймеров - 15 с, 72°С этап элонгации - 15 с, повтор 2, 3 и 4 этапов 35 раз, 72°С этап элонгации - 5 мин, 95°С этап денатурации - 3 мин. Изобретение позволяет получить индивидуальную генотипическую характеристику штаммов Yersinia pestis на основе маркерных IS-локусов, позволяя дифференцировать штаммы на основные и неосновные. 2 з.п. ф-лы, 4 табл.
Предполагаемое изобретение относится к области медицинской микробиологии, а именно молекулярной диагностики и генетической инженерии, и может быть использовано в лабораторных исследованиях вновь выявленных штаммов Yersinia pseudotuberculosis и при характеристике штаммов, находящихся в коллекциях культур клеток учреждений, занимающихся их изучением. Представлен способ генетической дифференциации штаммов Yersinia pseudotuberculosis путем молекулярно-генетического типирования. Способ генотипирования позволяет достоверно и быстро осуществлять дифференциацию штаммов Y. pseudotuberculosis, выделенных в различных регионах, областях и странах. 1 з.п. ф-лы, 4 табл., 2 пр.
СПОСОБ ИДЕНТИФИКАЦИИ ШТАММОВ ВИДА VIBRIO PARAHAEMOLYTICUS МЕТОДОМ ПЦР В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ // 2644232
Изобретение относится к области биотехнологии и генетической инженерии. Изобретение может быть использовано при экспресс-диагностике представителей вида V. parahaemolyticus.Амплификацию исследуемой ДНК проводят с помощью сконструированных праймеров: vppC For CGG-CAA-GCG-TGG-TTT-GTG-AC, vppC Rev CGT-TGA-TGC-AAC-TTG-CAC-CTT-G, в присутствии специфичногозонда: vppC ProbaA (-ROX-CG-TTC-ACA-ACC-ACC-AAC-AGC-AAC-GAC-TTG-BHQ2-). Зонд содержит в своем составе флуоресцентную метку ROX и гаситель флуоресценции BHQ2. Учет результатов идентификации происходит автоматически на мониторе компьютера в виде кривых и в численных значениях, отражающих уровень флуоресцентного свечения определенной длины волны. Если возникает флуоресцентный сигнал с длинной волны 605 нм, характерный для флуорофора ROX, то делают заключение о наличии в пробе ДНК штаммов вида V. parahaemolyticus. ПЦР проводят в объеме 25 мкл. Реакционная смесь содержит: ТаgДНК-полимераза - 0,5 мкл, 10×dNTP - 0,5 мкл, 5×буфер - 5 мкл, праймер For - 2 мкл, праймер Rev - 2 мкл, зонд - 1,5 мкл, исследуемая ДНК - 5 мкл, деионизированная вода - 8,5 мкл. ПНР реакции проходит с соблюдением следующих этапов: 1 этап - 95,0°С - 15 мин, 2 этап - 94,0°С - 30 сек, 55,0°С - 30 сек, 72,0°С - 30 сек., при этом повтор 2 этапа 35 циклов, 3 этап - 10,0°С – хранение, 4 этап - 55°С - 30 сек учет результатов. 2 з.п. ф-лы, 2 пр., 2 ил.
Изобретение относится к области биохимии. Описан способ дифференциации штаммов Yersinia pestis на основной и неосновные подвиды методом ПЦР в режиме реального времени. Указанный способ включает в себя амплификацию исследуемой ДНК при помощи сконструированных праймеров
в присутствии флуорисцентных меток FAM и HEX и гасителей флуоресценции RTQ1 и BHQ2. Изобретение расширяет арсенал способов дифференциации штаммов Yersinia pestis. 2 з.п. ф-лы, 2 пр.
Изобретение относится к области биохимии, в частности к способу идентификации возбудителя чумы и оценки количества микробных клеток, идентифицируемых в качестве возбудителя чумы в исследуемых пробах посредством ПЦР с учетом результатов в режиме реального времени, включающий следующие стадии: выделение ДНК микроорганизма из исследуемых проб, подготовка калибровочной панели, исследование выделенной ДНК в ПЦР с использованием специфических праймеров и зондов с флуоресцентной меткой, идентификация исследуемой ДНК как ДНК микробного или немикробного штамма по наличию нарастания флуоресцентного свечения или его отсутствию соответственно, определение по калибровочной панели концентрации ДНК в пробе. Использование изобретения позволяет повысить эффективность идентификации исследуемой пробы и сократить сроки ее тестирования в режиме реального времени. 2 з.п. ф-лы, 2 ил., 2 табл., 2 пр.
