Патенты автора Коростин Дмитрий Олегович (RU)
Изобретение относится к биотехнологии. Описан способ создания кольцевой формы NGS библиотеки для высокопроизводительного секвенирования на платформах технологии DNBSEQ, включающий смешивание NGS библиотеки и сплинт-олигонулкеотида; лигирование концов фрагментов ДНК ферментом ДНК-лигазой; деградацию ДНК, находящейся не в кольцевой форме, ферментами экзонуклеазы; очистку полученных кольцевых фрагментов ДНК. При этом NGS библиотеку, приготовленную для платформы Illumina, предварительно амплифицируют с использованием праймеров: 5'-/5Phos/AATGATACGGCGACCACCGAG-3' и 5'-CAAGCAGAAGACGGCATACGAG-3'. Затем смешивают со сплинт-олигонулкеотидом 5'-TCGCCGTATCATTCAAGC AGAAGAGG-3'. Перед этапом лигирования концов фрагментов ДНК осуществляют температурную обработку реакционной смеси по следующей программе: при температуре 95°С в течение 2 минут, при температуре 45°С в течение 2 минут, при температуре 30°С в течение 2 минут и при температуре 4°С в течение не менее 1 минуты. Технический результат заключается в создании возможности секвенирования образцов, существующих в виде NGS библиотек Illumina, на платформе DNBSEQ; снижении необходимого количества NGS библиотеки платформы Illumina на подготовку ее к секвенированию на платформах DNBSEQ путем использования оригинальных программ температурного режима. 1 табл., 1 пр.
Изобретение относится к области биотехнологии, в частности к способу редактирования гена GJB2 на основе системы CRISPR-Cas для исправления варианта c.del35G в клетке человека, культивируемой in vitro, исключая клетки зародышевой линии человека. Изобретение эффективно для исправления участка генома человека размером менее 120 нуклеотидов, несущего мутацию c.del35G в гене GJB2 человека, на вариант генома здорового человека с синонимичной заменой C.G30C в гене GJB2 в клетках, культивируемых in vitro. 1 табл., 1 пр., 2 ил.
Изобретение относится к биотехнологии. Изобретение представляет собой способ создания кольцевой формы NGS библиотеки для высокопроизводительного секвенирования на платформах технологии DNBSEQ, включающий следующие этапы: смешивание NGS библиотеки и сплинт-олигонуклеотида; лигирование концов фрагментов ДНК ферментом ДНК-лигазой; деградацию ДНК, находящейся не в кольцевой форме, ферментами экзонуклеазы; очистку полученных кольцевых фрагментов ДНК. При этом смешивание NGS библиотеки и сплинт-олигонуклеотида проводят в растворе, содержащем NaCl в концентрации 10 мМ. Перед этапом лигирования концов фрагментов ДНК осуществляют температурную обработку реакционной смеси по следующей программе: при температуре 95°С в течение 2 минут, при температуре 65°С в течение 2 минут, при температуре 40°С в течение 2 минут и при температуре 4°С в течение не менее 1 минуты. Длительность этапа лигирования концов фрагментов ДНК составляет не менее 1 часа при температуре 37°С. Изобретение позволяет снизить необходимое количество ДНК NGS библиотеки на подготовку ее к секвенированию на платформах DNBSEQ путем использования оптимизированного химического состава и оригинальных программ температурного режима; улучшить качества NGS библиотеки и получаемых данных секвенирования за счет сокращения количества циклов ПЦР в ходе создания NGS библиотеки. 1 табл., 1 пр.
Изобретение относится к биотехнологии и может быть использовано для проверки качества образцов, подготавливаемых для высокопроизводительного секвенирования ДНК. Для определения эффективности обогащения NGS-библиотеки участками экзонов для секвенирования экзома человека проводят кПЦР с ДНК человека одной и той же NGS-библиотеки до и после процедуры ее обогащения. Причем каждую ПНР реакцию проводят, по меньшей мере, с 50 пг ДНК NGS-библиотеки. Определяют эффективность кПЦР реакции и пороговые циклы флуоресцентного сигнала образцов NGS-библиотеки до и после процедуры обогащения. Затем вычисляют эффективность обогащения NGS-библиотеки по приведенной формуле. Технический результат состоит в повышении точности оценки эффективности обогащения NGS-библиотеки. 2 пр., 4 ил.
Изобретение относится к биотехнологии и описывает способ неинвазивной диагностики анеуплоидий плода с помощью анализа внеклеточной ДНК из крови беременной женщины методом массового параллельного секвенирования ДНК. Описанный способ характеризуется новым способом пробоподготовки внеклеточной ДНК из образцов крови. Техническим результатом настоящего изобретения является повышение эффективности процесса определения анеуплоидии плода, достигаемое тем, что за одно прочтение образованных библиотек ДНК потенциально получают информацию о нескольких различных хромосомах и используют эту информацию для определения анеуплоидии плода. Данный способ может быть использован в клинико-диагностических лабораториях медицинских учреждений. 2 н. и 2 з.п. ф-лы, 9 ил., 1 табл., 1 пр.
Изобретение относится к устройствам для лабораторного анализа в биологии и может быть использовано при проведении полимеразной цепной реакции. Картридж для проведения полимеразной цепной реакции содержит пластину из оптически прозрачного материала с подложкой, расположенной в нижней части картриджа. В теле пластины образована рабочая зона с диаметрально расположенными каналами для заполнения реагентами рабочей зоны. Подложка выполнена с возможностью нагрева рабочей зоны. Рабочая зона картриджа имеет форму полого цилиндра с донной выпуклой частью, ограниченной плоским основанием, обращенным к подложке. Выпуклая часть образована концентрическими выточками на боковой поверхности, причем диаметры выточек убывают от периферии к центру и их размеры лежат в диапазоне от 0,8 до 0,5 D, где D - диаметр цилиндра, а глубина вдоль продольной оси цилиндра между донной частью и плоским основанием составляет от 0,28 до 0,32 Н, где Н - толщина пластины. Каналы для заполнения реагентами выполнены в виде канавок и сообщены с рабочей зоной так, что их донные части удалены от основания полого цилиндра на расстояние не менее 0,3 Н. Изобретение при реализации обеспечивает получение технического результата, заключающегося в повышении качества и точности анализа за счет исключения образования пузырьков воздуха в рабочей зоны картриджа как при заполнении рабочей смесью, так и в процессе термоциклирования. 4 з.п. ф-лы, 6 ил.
Изобретение относится к лабораторному оборудованию, в частности к средствам для проведения реакций термоциклирования в молекулярной биологии. Система термоциклирования для проведения полимеразной цепной реакции содержит размещенные в корпусе средства нагрева и охлаждения держателя тестируемых образцов, теплообменник и подключенные к контроллеру, термодатчик и помпу циркуляции теплоносителя. Корпус выполнен в виде цилиндрического элемента, имеющего основание, боковую цилиндрическую стенку и верхнюю панель для размещения держателя тестируемых образцов. Средство нагрева держателя образцов выполнено в виде плоского электронагревательного элемента, установленного на верхней панели так, что его рабочая поверхность выполнена с возможностью теплового контакта с держателем образцов, а тыльная - обращена к средству охлаждения. Средство охлаждения выполнено в виде струйного оросителя в форме стакана с опорным фланцем по открытому краю. В днище стакана по продольной оси размещен патрубок с соплом подачи орошающей воды. В боковой поверхности стакана размещен патрубок слива воды, соединенный с входом теплообменника. Причем выход теплообменника и патрубок подачи орошающей воды присоединены к помпе. Изобретение обеспечивает при реализации достижение технического результата, заключающегося в упрощении конструкции устройства и снижении инерционности регулирования за счет прямого орошения нагревателя водой из системы охлаждения при одновременном снижении потребляемой электроэнергии и уменьшении габаритов системы. 4 з.п. ф-лы, 4 ил.
Группа изобретений относится к биотехнологии. Предложены штаммы Gardnerella vaginalis ВКМ B-3001D (I генотипа) и Gardnerella vaginalis ВКМ B-3003D (III генотипа), обладающие выраженным патогенным потенциалом, способностью колонизовать слизистую влагалища женщин репродуктивного возраста и вызывать выраженные клинические симптомы бактериального вагиноза, и штамм Gardnerella vaginalis ВКМ B-3002D (II генотипа), обладающий меньшим патогенным потенциалом и колонизирующей способностью, что ассоциируется с бессимптомным течением бактериального вагиноза, а также коллекция, содержащая эти штаммы. Коллекция предназначена для подбора сайтспецифичных праймеров при создании диагностической ПЦР-панели, позволяющей выявлять все три генотипа и оценивать патогенный потенциал Gardnerella vaginalis непосредственно в образцах вагинального отделяемого. Группа изобретений позволяет повысить точность диагностики вагиноза. 4 н.п. ф-лы, 3 ил., 3 пр., 1 табл.
Изобретение относится к области биотехнологии и вирусологии
