Изобретение относится к медицине, а именно к гинекологии, и может быть использовано для прогнозирования риска рецидивирования эндометриоидных кист яичника. Для этого в ткани капсулы эндометриодной кисты яичника женщин определяют экспрессию рецепторов эстрадиола ER, если ER 2 балла и больше, дополнительно определяют индекс пролиферативной активности железистой ткани Ki67, и если Ki67 железы 24,5% и больше, то прогнозируют рецидив эндометриоидных кист яичника. Способ позволяет с высокой точностью прогнозировать рецидив заболевания задолго до появления клинических признаков при его высокой чувствительности и специфичностии. 1табл., 3 пр.