Изобретение относится к трубопроводному транспорту, а именно к способам ремонта подводных трубопроводов, и может быть использовано для восстановления дефектных участков переходов трубопроводов через водные преграды. Согласно заявленному способу выполняют установку кессона, очистку изоляции на ремонтируемом участке трубопровода, определение параметров дефектов, оценку механических напряжений, устранение дефектов, оценку остаточного ресурса металла трубопровода на участках, прилегающих к дефекту. Затем выполняют нанесение изоляции, контроль качества нанесения изоляции. Дополнительно после контроля качества нанесения изоляции устанавливают усиливающую муфту. Достигаемый технический результат: повышение качества ремонта подводных переходов трубопроводов 1 з.п. ф-лы, 1 ил.