Изобретение относится к способу очистки воды от радионуклидов. В заявленном способе приготавливают питательную среду для роста микробиологических культур, дефицитную по химическому элементу, соответствующему изотопу, получаемому в результате трансмутации, и содержащую необходимые для трансмутации исходные изотопные компоненты; выращивают в этой питательной среде микробиологические культуры.