Изобретение касается способа обнаружения микроделеций в области хромосомы с ДНК-маркирующим участком. Способ включает выбор области хромосомы с ДНК-маркирующим участком; получение зонда захвата, соответствующего последовательности ДНК в указанной области; гибридизацию зонда захвата со смешанной библиотекой для связывания с последовательностью из множества образцов ДНК из области с ДНК-маркирующим участком; секвенирование захваченной последовательности ДНК из области с ДНК-маркирующим участком для получения данных секвенирования и анализ результатов секвенирования с использованием метода математической статистики с получением результата, показывающего наличие или отсутствие микроделеции в области хромосомы с ДНК-маркирующим участком в каждом из множества образцов ДНК.