Изобретение относится к медицине и касается способа диагностики скрытопротекающих заболеваний на основании показателей системной эндотоксинемии, включающего определение в крови обследуемого пациента концентрации антител к гидрофобной и гидрофильной формам молекулы липополисахарида, сравнение полученных значений показателей с диапазоном нормативных показателей и отнесение обследуемого пациента на основе указанного сравнения к одному из вариантов состояния антиэндотоксинового иммунитета.