Изобретение может быть использовано при разведке и разработке месторождений полезных ископаемых для очистки подземных вод, загрязненных в результате техногенного воздействия. Для осуществления способа проводят очистку вод от механических примесей в фильтре (1), разделение очищенной в обезжелезивающем фильтре (3) воды на два потока с соотношением объемов 0,85:0,15.