Полипептид, содержащий антигенный участок растворимого антигена м. tuberculosis, способ (варианты) и диагностический набор (варианты) для выявления инфекции m. tuberculosis

 

Изобретение относится к биотехнологии и касается полипептида, содержащего антигенный участок растворимого антигена M. Tuberculosis, последовательности ДНК, кодирующей указанный полипептид, а также способов и диагностических наборов, которые содержат такой полипептид и используются для выявления инфекции М. Tuberculosis у пациентов и в биологических образцах. Изобретение позволяет проводить точную раннюю диагностику и обнаружение туберкулеза. 9 с. и 15 з.п. ф-лы, 3 табл., 6 ил.

Текст описания в факсимильном виде (см. чертежи). Т Т Тн

Формула изобретения

1. Полипептид, содержащий антигенный участок растворимого антигена М. Tuberculosis или вариант указанного антигена, который отличается только по консервативным замещениям и/или модификациям, где указанный антиген содержит аминокислотную последовательность, кодируемую фрагментом ДНК последовательности, выбираемой из группы, состоящей из SEQ ID N: 1, 2, 4-10, 13-51 и 101 и комплементарных им последовательностей.

2. Полипептид по п.1, где указанный антиген имеет N-концевую последовательность, выбираемую из группы, состоящей из (a) Asp-Pro- Val-Asp-Ala-Val-Ile-Asn-Thr-Thr-Cys-Asn-Tyr-Gly-Gln-Val-Val-Ala-Ala-Leu (SEQ ID N:115); (b) Asp-Pro-Glu-Pro-Ala-Pro-Pro-Val-Pro-Thr-Thr-Thr-Ala-Ala-Ser-Pro-Pro-Ser (SEQ ID N:121); (c) Asp-Pro-Ala-Ser-Ala-Pro-Asp-Val-Pro-Thr-Ala-Ala-Gln-Leu-Thr-Ser-Leu-Leu-Asn-Ser-Leu-Ala-Asp-Pro-Asn-Val-Ser-Phe-Ala-Asn (SEQ ID N:123); (d) Ala-Val-Glu-Ser-Gly-Met-Leu-Ala-Leu-Gly-Thr-Pro-Ala-Pro-Ser (SEQ ID N:116); (e) Ala-Ala-Met-Lys-Pro-Arg-Thr-Gly-Asp-Gly-Pro-Leu-Glu-Ala-Ala-Lys-Glu-Gly-Arg (SEQ ID N:117); (f) Tyr-Tyr-Trp-Cys-Pro-Gly-Gln-Pro-Phe-Asp-Pro-Ala-Trp-Gly-Pro (SEQ ID N:118); (g) Ala-Glu-Glu-Ser-Ile-Ser-Thr-Xaa-Glu-Xaa-Ile-Val-Pro (SEQ ID N:120); (h) Ala-Pro-Lys-Thr-Tyr-Xaa-Glu-Glu-Leu-Lys-Gly-Thr-Asp-Thr-Gly (SEQ ID N:122);
(i) Ala-Pro-Glu-Ser-Gly-Ala-Gly-Leu-Gly-Gly-Thr-Val-Gln-Ala-Gly (SEQIDN: 131);
(j) Asp-Ile-Gly-Ser-Glu-Ser-Thr-Glu-Asp-Gln-Gln-Xaa-Ala-Val (SEQ ID N: 119);
(k) Asp-Pro-Pro-Asp-Pro-His-Gln-Xaa-Asp-Met-Thr-Lys-Gly-Tyr-Tyr-Pro-Gly-Gly-Arg-Arg-Xaa-Phe (SEQ ID N:124) и
(l) Xaa-Tyr-Ile-Ala-Tyr-Xaa-Thr-Thr-Ala-Gly-Ile-Val-Pro-Gly-Lys-Ile-Asn-Val-His-Leu-Val (SEQ ID N:132), где Хаа может представлять любую аминокислоту.

3. Молекула ДНК, содержащая нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид по п.1.

4. Способ выявления инфекции М. tuberculosis в биологическом образце, включающий (а) приведение в контакт биологического образца с одним или несколькими полипептидами по п.1 и (б) обнаружение в образце присутствия антител, которые связываются, по меньшей мере, с одним из полипептидов, причем посредством этого выявляется инфекция М. tuberculosis в биологическом образце.

5. Способ по п.4, где стадия (а) включает дополнительное контактирование биологического образца с антигеном М. tuberculosis в 38 кД, а стадия (б) дополнительно включает обнаружение в образце присутствия антител, которые связываются с антигеном М. tuberculosis в 38 кД.

6. Способ по п.4, где полипептиды связывают с твердым носителем.

7. Способ по п.6, где твердый носитель включает нитроцеллюлозу, латекс или пластик.

8. Способ по п.4, где биологический образец выбирают из группы, состоящей из цельной крови, сыворотки, плазмы, слюны, цереброспинальной жидкости и мочи.

9. Способ по п.8, где биологический образец является цельной кровью или сывороткой.

10. Способ выявления инфекции М. tuberculosis в биологическом образце, включающий (а) приведение в контакт образца с первой и второй олигонуклеотидными затравками в полимеразной цепной реакции, причем первая и вторая олигонуклеотидные затравки содержат, по меньшей мере, примерно 10 последовательных нуклеотидов из молекулы ДНК по п.3, и (б) обнаружение в образце ДНК-последовательности, которая амплифицируется в присутствии первой и второй олигонуклеотидных затравок, причем посредством этого выявляется инфекция М. tuberculosis.

11. Способ по п.10, где биологический образец выбирают из группы, состоящей из цельной крови, сыворотки, плазмы, слюны, цереброспинальной жидкости и мочи.

12. Способ выявления инфекции М. tuberculosis в биологическом образце, включающий (а) приведение в контакт образца с одним или более олигонуклеотидным зондом, содержащим, по меньшей мере, примерно 15 последовательных нуклеотидов из ДНК-последовательности по п. 3, и (б) обнаружение в образце ДНК-последовательности, которая гибридизуется с указанным олигонуклеотидным зондом, причем посредством этого выявляется инфекция М. tuberculosis.

13. Способ по п.12, где биологический образец выбирают из группы, состоящей из цельной крови, мокроты, сыворотки, плазмы, слюны, цереброспинальной жидкости и мочи.

14. Способ выявления инфекции М. tuberculosis в биологическом образце, включающий (а) приведение в контакт биологического образца со связывающим агентом, способным связываться с полипептидом по любому из пп.1 и 2, и (б) обнаружение в образце белка или полипептида, который связывается со связывающим агентом, причем посредством этого выявляется инфекция М. tuberculosis в биологическом образце.

15. Способ по п.14, где связывающий агент представляет собой моноклональное антитело.

16. Способ по п.14, где связывающий агент представляет поликлональное антитело.

17. Диагностический набор для определения инфекции М. tuberculosis в биологическом образце, содержащий (a) один или несколько полипептидов по любому из пп.1 и 2, и (b) реактив для детекции.

18. Диагностический набор по п.17, где полипептид (полипептиды) иммобилизуют на твердом носителе.

19. Набор по п.18, где твердый носитель включает нитроцеллюлозу, латекс или пластик.

20. Набор по п.17, где реактив для детекции содержит репортерную группу, конъюгированную со связывающим агентом.

21. Набор по п.20, где связывающий агент выбирают из группы, состоящей из антииммуноглобулинов, протеина G, протеина А и пектинов.

22. Набор по п.20, где репортерную группу выбирают из группы, состоящей из радиоизотопов, флуоресцентных групп, люминесцентных групп, ферментов, биотина и частиц красителя.

23. Диагностический набор для определения инфекции М. tuberculosis в биологическом образце, содержащий первую затравку полимеразной цепной реакции и вторую затравку полимеразной цепной реакции, причем первая и вторая затравки, каждая, содержат, по меньшей мере, примерно 10 последовательных нуклеотидов из молекулы ДНК по п.3.

24. Диагностический набор для определения инфекции М. tuberculosis в биологическом образце, содержащий, по меньшей мере, один олигонуклеотидный зонд, причем указанный олигонуклеотидный зонд содержит, по меньшей мере, примерно 15 последовательных нуклеотидов из ДНК-молекулы по п.3.

Приоритет по пунктам и признакам:
01.09.1995 - по п. 1, а также признаки п.2, касающиеся последовательностей 116, 117, 118, 120 и 122 по заявке 08/523, 435;
05.06.1996 - признаки п. 2, касающиеся последовательностей 115, 121 и 123, а также п.12 по заявке 08/658,800;
30.08.1996 - признаки п.2, касающиеся последовательностей 119, 131 и 132 по заявке PCT/U S96/14675;
12.07.1996 - признак п.2, касающийся последовательности 124, а также по пп.3-11 и 13-24 по заявке 08/680573.

РИСУНКИ

Рисунок 1, Рисунок 2, Рисунок 3, Рисунок 4, Рисунок 5, Рисунок 6, Рисунок 7, Рисунок 8, Рисунок 9, Рисунок 10, Рисунок 11, Рисунок 12, Рисунок 13, Рисунок 14, Рисунок 15, Рисунок 16, Рисунок 17, Рисунок 18, Рисунок 19, Рисунок 20, Рисунок 21, Рисунок 22, Рисунок 23, Рисунок 24, Рисунок 25, Рисунок 26, Рисунок 27, Рисунок 28, Рисунок 29, Рисунок 30, Рисунок 31, Рисунок 32, Рисунок 33, Рисунок 34, Рисунок 35, Рисунок 36, Рисунок 37, Рисунок 38, Рисунок 39, Рисунок 40, Рисунок 41, Рисунок 42, Рисунок 43, Рисунок 44, Рисунок 45, Рисунок 46, Рисунок 47, Рисунок 48, Рисунок 49, Рисунок 50, Рисунок 51, Рисунок 52, Рисунок 53, Рисунок 54, Рисунок 55, Рисунок 56, Рисунок 57, Рисунок 58, Рисунок 59, Рисунок 60, Рисунок 61, Рисунок 62, Рисунок 63, Рисунок 64, Рисунок 65, Рисунок 66, Рисунок 67, Рисунок 68, Рисунок 69, Рисунок 70, Рисунок 71, Рисунок 72, Рисунок 73, Рисунок 74, Рисунок 75, Рисунок 76, Рисунок 77, Рисунок 78, Рисунок 79, Рисунок 80, Рисунок 81, Рисунок 82, Рисунок 83, Рисунок 84, Рисунок 85, Рисунок 86, Рисунок 87, Рисунок 88, Рисунок 89, Рисунок 90, Рисунок 91, Рисунок 92, Рисунок 93, Рисунок 94, Рисунок 95, Рисунок 96, Рисунок 97, Рисунок 98, Рисунок 99, Рисунок 100, Рисунок 101, Рисунок 102, Рисунок 103, Рисунок 104, Рисунок 105, Рисунок 106, Рисунок 107, Рисунок 108, Рисунок 109, Рисунок 110, Рисунок 111, Рисунок 112, Рисунок 113, Рисунок 114, Рисунок 115, Рисунок 116, Рисунок 117, Рисунок 118, Рисунок 119, Рисунок 120, Рисунок 121, Рисунок 122, Рисунок 123, Рисунок 124, Рисунок 125, Рисунок 126, Рисунок 127, Рисунок 128, Рисунок 129, Рисунок 130, Рисунок 131, Рисунок 132, Рисунок 133, Рисунок 134, Рисунок 135, Рисунок 136, Рисунок 137, Рисунок 138, Рисунок 139, Рисунок 140, Рисунок 141, Рисунок 142, Рисунок 143, Рисунок 144, Рисунок 145, Рисунок 146, Рисунок 147, Рисунок 148, Рисунок 149, Рисунок 150, Рисунок 151, Рисунок 152, Рисунок 153, Рисунок 154, Рисунок 155, Рисунок 156, Рисунок 157, Рисунок 158, Рисунок 159, Рисунок 160, Рисунок 161, Рисунок 162, Рисунок 163, Рисунок 164, Рисунок 165, Рисунок 166, Рисунок 167, Рисунок 168, Рисунок 169, Рисунок 170, Рисунок 171, Рисунок 172, Рисунок 173, Рисунок 174, Рисунок 175, Рисунок 176, Рисунок 177, Рисунок 178, Рисунок 179, Рисунок 180, Рисунок 181, Рисунок 182, Рисунок 183, Рисунок 184, Рисунок 185, Рисунок 186, Рисунок 187, Рисунок 188, Рисунок 189, Рисунок 190, Рисунок 191, Рисунок 192, Рисунок 193, Рисунок 194, Рисунок 195, Рисунок 196, Рисунок 197, Рисунок 198