Набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов для индентификации рнк респираторно-синцитиального вируса человека

Авторы патента:

Сергеева Елена Игоревна (RU)

Терновой Владимир Александрович (RU)

Агафонов Александр Петрович (RU)

Сергеев Александр Николаевич (RU)

C12Q1/68 - использующие нуклеиновые кислоты

Владельцы патента RU 2541773:

Федеральное бюджетное учреждение науки "Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии "Вектор" (ФБУН ГНЦ ВБ "Вектор") (RU)

Изобретение относится к области биохимии, в частности к набору олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов для идентификации РНК респираторно-синцитиального вируса человека. Указанный набор содержит две пары олигонуклеотидных праймеров и два флуоресцентно-меченых ДНК-зонда, а именно внешний прямой праймер 5'-AGRCARCARAGTTAYTCYATYATGTC-3', внешний обратный праймер 5'-AATTTATTATWGGTTYMCCYTTTACATA-3', прямой праймер 5'-GACACHATGAAYAGYTTRACATTACC-3', обратный праймер 5'-AAATGTYTTTATDATYCCRCGATTT-3', зонды 5'-FAM-TCTCTAGGAGCCATTGTGTCATGCTATGG-BHQ1-3' и 5'-FAM-TCTCTWGGAGCYATAGTGTCATGYTATGG-BHQ1-3'. Изобретение обеспечивает надежную и достоверную детекцию респираторно-синцитиального вируса человека в клинических образцах и других биологических материалах методом ПЦР. 1 ил., 5 табл.

Изобретение относится к наборам праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для выявления генетического материала (РНК) респираторно-синцитиального вируса человека в клинических образцах, секционных пробах, образцах окружающей среды, культуральных вируссодержащих жидкостях и прочих биопрепаратах с целью постановки диагноза, коррекции лечения, эпидемиологического расследования, а также для решения научно-исследовательских задач по мониторингу и изучению свойств респираторно-синцитиального вируса, созданию диагностических, профилактических и лечебных препаратов и может быть использовано в медицине, биотехнологии и эпидемиологии.

При помощи разработанных диагностических праймеров и флуоресцентно-меченых зондов возможно выявление генетического материала (РНК) респираторно-синцитиального вируса человека.

Метод полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) является наиболее распространенным методом, используемым в лабораторной практике для дифференциальной диагностики инфекционных заболеваний. В основе метода лежат две реакции - обратная транскрипция и полимеразная цепная реакция. В реакции обратной транскрипции на матрице вирусной РНК строится комплиментарная ДНК (кДНК). В следующей за реакцией обратной транскрипции ПЦР происходит многократное избирательное удвоение целевого участка кДНК (амплификация). Амплифицируемый участок кДНК является маркерным, так как строго ограничен последовательностями ДНК-затравок (праймеров), без которых невозможно протекание ПЦР. Для детекции накопления продуктов амплификации в режиме реального времени помимо пары праймеров необходим также флуоресцентно-меченый ДНК-зонд. Сложность выбора праймеров и зонда обусловлена требованием их строгой видоспецифичности. В случае если выбранные олигонуклеотиды не обладают видовой специфичностью к целевому объекту либо не обладают достаточной гомологией к целевой нуклеотидной последовательности, возможны ложноотрицательные результаты исследования. В случае если выбранные праймеры и зонды демонстрируют сродство к нецелевым последовательностям ДНК, то возможны ложноположительные результаты исследования. Правильный выбор сочетания пары праймеров и флуоресцентно-меченого ДНК-зонда позволяет осуществить строго специфическую амплификацию целевого фрагмента кДНК и провести детекцию накопления продуктов ПЦР в режиме реального времени.

Известны зарубежные аналоги олигонуклеотидов, позволяющие производить детекцию респираторно-синцитиального вируса человека. В патенте Китая № CN 1544656, опубл. 2004 г., представлены олигонуклеотидные праймеры и флуорогенные зонды, позволяющие проводить количественную ПЦР в реальном времени. В патенте Канады № СА 2236022, опубл. 1997 г., и заявке США №1182004253582, опубл. 2004 г., представлены олигонуклеотиды, позволяющие произвести детекцию генетического материала (РНК) респираторно-синцитиального вируса человека методом ПЦР в реальном времени. В заявке США №20100221711, опубл. 2010 г., приведен набор реагентов, позволяющих детектировать в клинических образцах от людей и животных респираторно-синцитиальный вирус и произвести оценку вирусной нагрузки, а в заявке США №20040253582, опубл. 2004 г., опубликован набор реагентов, позволяющих детектировать геномную РНК респираторно-синцитиального вируса человека типов A и B в клинических образцах.

Наиболее близким аналогом (прототипом) является набор праймеров для детекции кДНК респираторно-синцитиальный вируса человека методом ПЦР "АмплиСенс®ОРВИ-скрин-FL" (http://www.pacxodka39.ru/product_3056.html ЦНИИ Эпидемиологии, г.Москва). Набор реагентов предназначен для выявления возбудителей острых респираторных вирусных инфекций человека (ОРВИ): РНК респираторно-синцитиального вируса, РНК метапневмовируса, вирусов парагриппа 1-4 типов, коронавирусов, риновирусов, ДНК аденовирусов групп В, С и Е и бокавируса в клиническом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией.

Однако в известных аналогах и прототипе праймеры имеют недостаточный уровень гомологии ко всем циркулирующим в настоящее время респираторно-синцитиальным вирусам человека в природе, а также имеющимся в базе данных геномам метапневмовируса человека, что снижает надежность и достоверность диагностики указанного вируса с использованием заявляемых праймеров.

Техническим результатом заявляемого изобретения является расширение спектра импортозамещающих олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов, позволяющих идентифицировать РНК респираторно-синцитиального вируса человека методом ПЦР в реальном времени.

Указанный технический результат достигается разработкой набора олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов для идентификации РНК респираторно-синцитиального вируса человека, содержащего две пары олигонуклеотидных полимера, обладающих активностью прямого и обратного праймеров в полимеразной цепной реакции, а также два флуоресцентно-меченых ДНК-зонда.

В рамках заявляемого технического решения разработанные праймеры и ДНК-зонды обладают высокой степенью гомологии ко всем известным нуклеотидным последовательностям геномов изолятов респираторно-синцитиального вируса человека, доступным в международной базе данных биотехнологической информации GenBank.

Заявляемый набор реагентов обладает рядом значительных преимуществ. За счет внесения «вырожденных» нуклеотидов в последовательность патентуемые праймеры и флуорогенные зонды обладают значительным уровнем гомологии ко всем имеющимся в базе данных геномам респираторно-синцитиального вируса человека. Так как набор представляет собой комплект из четырех праймеров и двух флуорогенных ДНК-зондов, можно провести двухраундовую ПЦР, что увеличивает чувствительность метода на порядки, а также позволяет получить продолжительный продукт ПЦР, нуклеотидную последовательность которого можно определить на автоматическом геномном анализаторе. Это, в свою очередь, позволяет установить многие молекулярно-биологические закономерности в области эпидемиологии, контагеозности и патогенности вируса. К тому же разработанные нами праймеры и зонды были использованы в ПЦР смесях, состоящих из компонентов отечественного производства, что делает разработку легко- и широкодоступной для применения в лабораториях Российской Федерации, это обеспечивает быстрое и надежное внедрение разработки в практику. Используемая в качестве положительного контрольного образца, плазмидная конструкция, несущая фрагмент генома респираторно-синцитиального вируса человека, может быть использована в количественной ПЦР. Это дает возможность оценить вирусную нагрузку в исследуемом образце.

Апробация олигонуклеотидов была осуществлена с использованием назо-фарингеальных смывов от пациентов с симптомами ОРВИ (порядок проведения исследования одобрен этическим комитетом ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» (IRB 00001360)). Экспериментально было показано, что выбранные праймеры и ДНК-зонд обеспечивают надежный синтез целевых ДНК-фрагментов. Специфичность амплификации дополнительно подтверждали секвенированием.

Характеристика набора праймеров и участка амплифицируемой геномной РНК. Предлагаемые к патентованию праймеры фланкируют участок гена кодирующего гликопротеин слияния - fusion protein (F-ген). В первом раунде ПЦР амплифицируется фрагмент генома с 6509 по 7091 нуклеотид (582 п.н.), во втором - с 6767 по 6970 нуклеотид (203 п.н.). Использование в комплекте с диагностическими праймерами флуоресцентно-меченых ДНК-зондов позволяет производить детекцию накопления продуктов амплификации в режиме реального времени.

Важно отметить, что оптимизация условий проведения ПЦР осуществлялась с использованием наборов коммерчески доступных реагентов, приборов и ферментов, предназначенных для массового использования в лабораторной практике, что позволяет быстрое и надежное применение данного изобретения в медицинских и научно-исследовательских лабораториях.

Перечень графических материалов

На фиг.1. показаны результаты анализа клинических образцов методом ПЦР в реальном времени с использованием патентуемых олигонуклеотидов.

Методика конструирования набора диагностических праймеров и флуоресцентно-меченых зондов

На основе теоретического изучения структуры генома респираторно-синцитиального вируса человека на консервативную область гена вирусного гликопротеина слияния - fusion protein (F-ген) были рассчитаны и синтезированы праймеры и флуоресцентно-меченые ДНК-зонды для проведения полимеразной цепной реакции (таблица 1). В ходе работы было проанализировано 1562 имеющихся в базе данных нуклеотидных последовательностей генома респираторно-синцитиального вируса человека.

Таблица 1
Праймеры и зонды для детекции респираторно-синцитиального вируса человека
Вирус	Последователь ностьв GenBank	Локализация	Нуклеотидная последовательность 5'→3'	Tm, °C	ПЦР-продукт, п.н.
RSV	NC_001781.1	6509-6534	AGRCARCARAGTTAYTCYATYATGTC	51.1	582
		7091-7067	AATTTATTATWGGTTYMCCYTTTACATA	51.2
		6767-6792	GACACHATGAAYAGYTTRACATTACC	51.8	203
		6970-6946	AAATGTYTTTATDATYCCRCGATTT	50.8
		6890-6914	FAM-TCTCTAGGAGCCATTGTGTCATGCTATGG-BHQ1	63.3
FAM-TCTCTWGGAGCYATAGTGTCATGYTATGG-BHQ1	59.2

Методика получения положительных контрольных образцов

Положительные контрольные образцы были получены методом TOPO-T/A клонирования. После чего компетентные клетки Е. coli линии ТОР 10 (Invitrogen, США) были трансформированы полученными плазмидами pCR2.1 (Invitrogen, США), несущими вирусспецифическую вставку синтезированных фрагментов ДНК. В ходе проделанной работы была сконструирована рекомбинантная плазмида: pRSV. Наличие специфической к вирусному геному ДНК-вставки подтверждали секвенированием.

Анализ эффективности проведенной трансформации осуществляли проведением ПЦР в режиме реального времени в соответствии с протоколом, описанным ниже, где в реакционную смесь в качестве положительного образца добавляли 1×TE-буфер, содержащий рекомбинантную плазмиду pRSV, со встройкой вирусспецифического синтезированного ДНК-дуплекса. В качестве отрицательного контрольного образца в реакционную смесь добавляли 1×ТЕ-буфер.

Экстракция вирусной РНК. Вирусную РНК выделяли из 100 мкл назофарингеального смыва с использованием набора «РИБО-преп» (ЦНИИЭ, г.Москва) согласно инструкции производителя.

Реакция обратной транскрипции. Синтез комплементарной ДНК (кДНК) проводили на матрице суммарной РНК с использованием набора реагентов «Реверта-L» (ЦНИИЭ, г.Москва) согласно инструкции производителя.

Таблица 2
Смесь для первого раунда ПЦР (из расчета на одну пробирку)
Компонент	Объем, мкл
ПЦР-буфер × 10	3
дНТФ (5 мМ)	1
MgCl₂ (50 мМ)	1.5
Hot Start Taq ДНК-полимераза	0.3
Прямой праймер - F (10 нМ)	2
Обратный праймер - R (10 нМ)	2
Образец	3
diH₂O	17.2

Таблица 3
Смесь для второго раунда ПЦР (из расчета на одну пробирку)
Компонент	Объем, мкл
ПЦР-буфер × 10	3
дНТФ (5 мМ)	1
MgCl₂ (50 мМ)	1.5
Hot Start Taq ДНК-полимераза	0.3
Прямой праймер - F (10 нМ)	2
Обратный праймер - R (10 нМ)	2
Смесь ДНК-зондов - Z (каждого 15 нМ)	0.5
ПЦР-продукт первого раунда	1
diH₂O	18.7

Проведение полимеразной цепной реакции. Условия проведения амплификации оптимизировали по концентрации ионов магния, концентрации праймеров и зондов в реакционной смеси, температуре отжига праймеров.

Реакцию амплификации проводили в 30 мкл смеси для ПЦР (таблицы 2 и 3), содержащей 1×Taq буфер для амплификации, 2.5 мМ MgCl₂, 0.17 мМ каждого из нуклеозидтрифосфатов, 1.5 активных единиц Smart Taq ДНК-полимеразы (все компоненты ООО «Лаборатория МЕДИГЕН»), 20 пМ прямого и обратного праймеров, 8 пМ флуоресцентного ДНК-зонда.

Первый раунд ПЦР проводили согласно программе амплификации (таблица 4) на приборе Mastercycler gradient (BioRad, США). Контроль эффективности прохождения первого раунда ПЦР проводили разделяя продукты амплификации в 2% агарозном геле.

Таблица 4
Программа амплификации для ПЦР с электрофоретической детекцией
№	Операция	T, °C	Т, мин:с
1	Hold/Активация Smart Taq-ДНК-полимеразы	95	05:00
2	Cycling/Циклирование (30 циклов)	95	00:10
2	Cycling/Циклирование (30 циклов)	50	00:30
72	00:20
4	Hold/Финальная элонгация	72	7:00

Таблица 5
Программа амплификации для ПЦР-РВ
№	Операция	Т, °C	Т, мин:с
1	Hold/Активация Smart Taq-ДНК-полимеразы	95	05:00
2	Cycling 1/Циклирование 1(10 циклов)	95	00:10
2	Cycling 1/Циклирование 1(10 циклов)	50	00:30
72	00:20
3	Cycling 2/Циклирование 2 (30 циклов)	95	00:10
3	Cycling 2/Циклирование 2 (30 циклов)	50	00:30 детекция
72	00:20

ПЦР в режиме реального времени проводили согласно программе амплификации, представленной в таблице 5. Детекцию интенсивности флуоресценции проводили по каналу - Green 470/510 нм (краситель FAM). Измерение флуоресценции проводили на приборах "Rotor Gene 6000" (Corbet Research, Австралия) и iQ5 (BioRad, США). Результаты оценивали по наличию флюоресценции до 30 цикла (фиг. 1). На фиг. 1 представлены результаты анализа клинических образцов методом ПЦР в реальном времени с использованием патентуемых олигонуклеотидов, из графиках которой видно, что: в образцах №8, 14 обнаружена РНК респираторно-синцитиального вируса человека; К+ - положительный контрольный образец (pRSV).

Апробация патентуемых олигонуклеотидов

Предлагаемые к патентованию олигонуклеотиды были авторами апробированы в эпидемиологическом исследовании по изучению видового разнообразия агентов, вызывавших ОРВИ у жителей г. Новосибирска и Новосибирской области в октябре-апреле 2011-2012 гг. Авторами было исследовано 164 образца назофарингеальных смывов от пациентов с симптомами острой респираторной вирусной инфекции. Этиологический агент заболевания был авторами установлен в 43% случаев (69 образцов). Респираторно-синцитиальный вирус в исследуемых образцах был выявлен в 4% случаев (7 образцов) (фиг. 1). В структуре сочетанных инфекций респираторно-синцитиальный вирус был выявлен авторами в 17,4% случаев (4 образца из 11). Специфичность ПЦР-исследования дополнительно подтверждали секвенированием.

Таким образом, заявляемый набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов обеспечивает наравне с известными аналогами надежную и достоверную детекцию респираторно-синцитиального вируса человека в клинических образцах и других биологических материалах.

Набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов для идентификации РНК респираторно-синцитиального вируса человека, содержащий две пары олигонуклеотидных полимера, обладающих активностью прямого и обратного праймеров в полимеразной цепной реакции, а также два флуоресцентно-меченых ДНК-зонда, имеющих следующую структуру:
- внешний прямой праймер (nested forward primer) 5'→3'

F: 5'-AGRCARCARAGTTAYTCYATYATGTC-3'

(26 н.)

- внешний обратный праймер (nested reverse primer) 5'→3'

R: 5'-AATTTATTATWGGTTYMCCYTTTACATA-3'

(25 н.)

- прямой праймер (forward primer) 5'→3'

F: 5'-GACACHATGAAYAGYTTRACATTACC-3'

(26 н.)

- обратный праймер (reverse primer) 5'→3'

R: 5'-AAATGTYTTTATDATYCCRCGATTT-3'

(25 н.)

- флуоресцентно-меченые ДНК-зонды (probe) 5'→3'

Z: 5'-FAM-TCTCTAGGAGCCATTGTGTCATGCTATGG-BHQ1-3'	(29 н.)
Z: 5'-FAM-TCTCTWGGAGCYATAGTGTCATGYTATGG-BHQ1-3'	(29 н.)

Изобретение относится к области биохимии, в частности к набору олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для детекции ДНК бокавируса человека.

Способ определения биологической активности эмбрионированных яиц trichuris // 2540145

Изобретение касается способа определения биологической активности эмбрионированных яиц Trichuris. Охарактеризованный способ включает осуществление по меньшей мере 3-х анализов, выбранных из: - оценки и/или подтверждения стадии эмбрионального развития яиц с помощью метода количественной ПЦР с использованием пригодных маркерных последовательностей для определения количества копий геномной ДНК, - оценки метаболической активности эмбрионированных яиц с помощью биохимических и/или молекулярно-биологических методов, - оценки индуцибельности генной экспрессии в эмбрионированных яйцах, - оценки подвижности личинок Trichurs с помощью микроскопа в течение продолжительных периодов наблюдения после предварительной инкубации при повышенных температурах и/или - оценки коэффициента вылупляемости личинок Trichuris в организме лабораторного животного.

Олигонуклеотидные праймеры, флуоресцентный зонд и способ для выявления рнк вируса болезни ибараки методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени // 2540142

Изобретение относится к ветеринарной вирусологии. Описан способ выявления геномной РНК вируса болезни Ибараки (ВБИ) с помощью ПЦР с детекцией продуктов амплификации в режиме реального времени с использованием олигонуклеотидных праймеров и зонда, комплементарных участку 10 сегмента генома ВБИ, кодирующему неструктурные белки NS3 и NS3a.

Способ пренатальной и постнатальной днк-диагностики синдрома дауна, эдвардса, патау, мутации delf508 в гене муковисцидоза и резус-фактора плода // 2539778

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способу пренатальной и постнатальной ДНК-диагностики синдрома Дауна, Эдвардса и Патау, мутации delF508 в гене муковисцидоза и резус-фактора плода методом количественной флюоресцентной полимеразной цепной реакции.

Набор дифференцирующих нуклеотидов и биочип для применения в способе генотипирования маркеров гаплогрупп y-хромосомы человека: m130 (c), м145 (de) // 2539733

Группа изобретений относится к области генетики, молекулярной биологии, судебной медицины и криминалистики и касается инструмента для определения гаплогрупп Y-хромосомы человека.

Способы лечения, диагностики и мониторинга ревматоидного артрита // 2539112

Изобретение относится к биотехнологии. Описан способ предсказания ответа субъекта на терапевтическое средство для лечения ревматоидного артрита (RA).

Флуоресцентно-меченый олигонуклеотидный зонд pr-sow для идентификации возбудителя кокцидиоидомикоза coccidioides posadasii // 2539108

Изобретение относится к области биохимии. Предложен олигонуклеотидный зонд с комплементарными концевыми последовательностями по типу "молекулярного маяка", обеспечивающий флуоресцентную детекцию при идентификации возбудителя кокцидиоидомикоза Coccidioides posadasii методом ПЦР с олигонуклеотидными праймерами CpSOW82s/CpSOWS2as, комплементарными фрагменту гена SOWgp82 С.

Способ секвенирования днк и устройство для его осуществления (варианты) // 2539038

Группа изобретений относится к области генной инженерии. Копии секвенируемой молекулы ДНК помещают в четыре раствора, каждый из которых характеризуется сниженной концентрацией одного из нуклеотидов, по сравнению с остальными тремя нуклеотидами, во время проведения полимеризации ДНК в каждом из растворов регистрируют факты выделения ионов с помощью сенсоров на основе МДП-структур.

Способ измерения искусственного иммунитета // 2539032

Изобретение относится к области молекулярной биологии, биохимии, иммунологии и генетической инженерии. Предложена композиция для определения разнообразия CDR3 последовательностей TCRB или IGH в образце.

Набор для выделения днк // 2539030

Изобретение относится к медицине, а именно к биохимическим исследованиям биологических объектов. Набор состоит из лизирующего буфера на основе 3-10 М раствора мочевины, связывающего буфера на основе 2,5-5 М хлористого натрия, элюирующего буфера на основе раствора 10 мМ Трис-HCl и 1 мМ Трилона Б с pH 8 и 80% этилового спирта в качестве отмывочного буфера.

Димерная окклюдантная наноструктура, меченная молекулой, активной в отношении рамановского рассеяния, локализованной в межчастичном соединении, ее использование и способ ее получения // 2542386

Изобретение относится к области молекулярной биологии и биохимии. Предложена димерная наноструктура, способ её конструирования, способ детектирования аналита и набор для детектирования аналита. Изобретение позволяет повысить чувствительность и точность детектирования единичных молекул. 4 н. и 19 з.п. ф-лы, 6 ил., 4 пр.

Набор реагентов и способ для выявления днк возбудителей чумы, сибирской язвы и туляремии методом пцр с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов // 2542395

Изобретение относится к области биохимии, в частности к набору реагентов и способу для выявления ДНК возбудителей чумы, сибирской язвы и туляремии. Набор содержит шесть видоспецифичных олигонуклеотидных праймеров и три зонда, комплементарных фрагментам ДНК генов Yersinia pestis, Bacillus anthracis и Francisella tularensis. ДНК-мишенями для специфической амплификации являются фрагмент хромосомного гена уро2088 метилтрансферазы Yersinia pestis, фрагмент хромосомного гена sspE Bacillus anthracis и фрагмент хромосомной ДНК элемента вставки ISFtu5 Francisella tularensis. Изобретение позволяет быстро и высокоспецифично выявлять штаммы видов Y. pestis, B. anthracis и F. tularensis, независимо от плазмидного профиля штаммов. 2 н.п. ф-лы, 3 ил., 5 табл., 2 пр.

Устройство автоматической очистки нуклеиновой кислоты и способ для защиты от аэрозоля // 2542408

Группа изобретений относится к области биотехнологии, в частности к автоматическому устройству и способу очистки и выделения целевой нуклеиновой кислоты из биологического образца, причем устройство обеспечивает возможность предотвратить загрязнение выделенной целевой нуклеиновой кислоты от аэрозоля и которое может быть применено ко всем видам оборудования выделения и очистки нуклеиновых кислот из множества биологических образцов, использующего магнитный стержень или мультипипеточный блок, движущийся в двух или трех осевых направлениях. Группа изобретений обеспечивает повышение качества очистки выделенных из биологического образца целевых нуклеиновых кислот от загрязнения их аэрозолем, образующимся из биологического образца, содержащего целевую нуклеиновую кислоту в высокой концентрации, для обеспечения более точных результатов последующих исследований выделенных целевых нуклеиновых кислот. 2 н. и 17 з.п. ф-лы, 19 ил.

Способ количественного определения видового состава пропионовых бактерий, обитающих на коже человека // 2542477

Изобретение относится к области биотехнологии и микробиологии. Предложен способ количественного определения видового состава пропионовых бактерий, обитающих на коже человека. Способ предусматривает получение образца, выделение из него ДНК и проводение количественной ПЦР-реакции. Реакцию осуществляют с праймерами GCG TGA GTG ACG GTA ATG GGT A, TTC CGA CGC GAT САА ССА, FAM-AGC GTT GTC CGG АТТ TAT TGG GCG-BHQ1, АСА TGG АТС CGG GAG СТТ С, АСС САА CAT CTC ACG АСА CG, R6G-CGG TTC АСА GGT GGT GCA TTG GC-BHQ2, GTC TGC AAC TCG АСС ССА Т, AGT ССТ ААТ ТАС CAG ТСС САС, ROX-ACC TGT GTG GGG GAG CCG TCG AAG-BHQ2, AGA ACT CTG AGC GCT AGC TGT AG, CGT AGA ACT AGC TGT AGC GCA, Cy5-AG CGG CTC СТА СТТ CTG CAG GGG-BHQ2. Способ позволяет сократить время исследований и дать количественную оценку видового разнообразия пропионовых бактерий, присутствующих на коже человека. Изобретение может быть использовано в медицине. 2 табл.

Дискриминирующий мишень зонд, способ его конструирования и способ детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени (варианты) // 2542478

Группа изобретений касается дискриминирующего мишень зонда (TD-зонду), способа его конструирования и способов детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени с его использованием. TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью как через 5'-концевой второй участок гибридизации, так и 3'-концевой первый участок гибридизации. Когда TD-зонд гибридизуется с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, тогда и 5'-концевой второй участок гибридизации, и разделительный участок оба не гибридизуются с нуклеиновокислотной последовательностью, не являющейся мишенью, так что оба участка образуют одиночную цепь вследствие низкой величины своей Тпл. Представленные изобретения позволяют повысить специфичность гибридизации и могут быть использованы в области клинической диагностики и генетических исследований. 7 н. и 32 з.п. ф-лы, 14 ил., 9 пр.

Набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых днк-зондов для идентификации рнк энтеровирусов, риновирусов, вирусов гепатита а и е из водной среды методом мультиплексной пцр // 2542968

Изобретение относится к области биотехнологии и вирусологи. Предложен набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых ДНК-зондов для идентификации РНК энтеровирусов, риновирусов, вирусов гепатита А и Е в образцах воды из окружающей среды методом мультиплексной ПЦР. Изобретение может быть использовано в вирусологии и эпидемиологии. 4 ил., 2 табл.

Набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов для идентификации рнк метапневмовируса человека // 2543149

Изобретение относится к области биохимии, в частности к набору олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов для идентификации РНК метапневмовируса человека методом ПЦР в реальном времени, содержащему четыре прямых олигодезоксирибонуклеотидных праймера и два обратных олигодезоксирибонуклеотидных праймера, а также два флуоресцентно-меченых ДНК-зонда. Изобретение позволяет наравне с известными аналогами провести надежную и достоверную детекцию метапневмовируса человека в клинических образцах и других биологических материалах. 1 ил., 3 табл.

Набор олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов для идентификации рнк риновирусов человека // 2543151

Изобретение относится к области биохимии, в частности к набору олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов для идентификации риновирусов человека видов А, В и С, методом ПЦР в реальном времени, содержащему два прямых и два обратных олигодезоксирибонуклеотидных праймера и два флуоресцентно-меченых ДНК-зонда. Изобретение позволяет наравне с известными аналогами провести надежную и достоверную детекцию риновируса человека в клинических образцах и других биологических материалах. 2 ил., 3 табл.

Способ неинвазивной диагностики анеуплоидий плода методом секвенирования // 2543155

Изобретение относится к генетике, медицине и молекулярной биологии. Предложен способ неинвазивной диагностики анеуплоидий плода на основе использования геномных библиотек. Изобретение позволяет повысить чувствительность и селективность определения анеуплоидии плода. 22 з.п. ф-лы, 4 пр.

Способ выбора пищевого рациона, обеспечивающего получение молока, обладающего иммуностимулирующим действием // 2545377

Группа изобретений относится к области биотехнологии. Способ выбора пищевого рациона предусматривает определение пищевого рациона или вещества, которые повышают количество микроРНК, присутствующее в молоке млекопитающего, используя корреляцию профилей микроРНК в молоке и пищевом рационе, полученном млекопитающим, или веществе, содержащемся в пищевом рационе, в качестве индекса. Сравнивают профили микроРНК в молоке, обнаруженные до и после получения пищевого рациона, и если количество по меньшей мере одного вида микроРНК, обнаруженное после получения, выше, чем обнаруженное до получения, полагают, что пищевой рацион повышает количество микроРНК в молоке. Причем способ дополнительно включает измерение профилей микроРНК в молоке и профилей микроРНК в сыворотке или плазме, и если количество микроРНК, содержащееся и в молоке, и в сыворотке или плазме, при получении пищевого рациона повышается в молоке в 1,47 раза или больше по сравнению с обнаруженным в сыворотке или плазме, полагают, что пищевой рацион повышает количество микроРНК в молоке. Использование группы изобретение позволяет получить грудное молоко, обладающее иммуностимулирующим действием. 2 н. и 4 з.п. ф-лы, 7 ил., 11 табл., 5 пр.