Пробиотическая бифидобактерия bifidobacterium longum

Представленная группа изобретений касается штаммов Bifidobacterium longum и их применений в качестве пробиотиков в виде различных составов и композиций. Изолированные штаммы Bifidobacterium longum BL1207 (PTA-9608), AH121A (NCIMB 41675), AH1714 (NCIMB 41676) экспрессируют экзополисахарид и индуцируют соотношение [IL10]:[IL12], равное, по меньшей мере, 10, по результатам анализа ко-инкубированием с мононуклеарными клетками периферической крови (РМВС), при концентрации бактерий 1×10⁷ КОЕ/мл. Представленные изобретения могут быть использованы в медицине в качестве пробиотических составов и композиций. 6 н. и 5 з.п. ф-лы, 13 ил., 9 табл., 9 пр.

 

Область техники

Изобретение относится к геному штамма пробиотических бифидобактерий и генам, кодируемым геномом. Бифидобактерии являются одними из нескольких основных бактериальных культур, присутствующих в микрофлоре толстой кишки человека.

Известный уровень техники

Бифидобактерии считаются пробиотиками, поскольку они представляют собой живые организмы, которые проявляют полезные для здоровья эффекты, помимо основного питательного, при приеме внутрь в достаточном количестве. Высокие уровни принятых внутрь бифидобактерий должны достичь своего места приложения действия для проявления пробиотического эффекта. Был предложен минимальный уровень содержания, равный приблизительно 10⁶-10⁷ жизнеспособных бифидобактерий на грамм содержимого кишечника (Bouhnik, Y., Lait 1993). В литературе имеются сообщения о том, что проведенные in vivo исследования на взрослых и детях показывают, что некоторые штаммы бифидобактерий способны выживать при прохождении по желудочно-кишечному тракту. Наблюдались значительные различия в способности разных штаммов бифидобактерий переносить воздействие кислоты и желчных солей, указывающие на то, что выживание является важным критерием выбора потенциально пробиотических штаммов.

Прием внутрь бифидобактерий может улучшать желудочно-кишечный транзит и может создавать препятствия или помогать лечению болезней, которые могут быть вызваны дефицитом или поражениями микрофлоры, такими как инфекции желудочно-кишечного тракта (GIT), запор, синдром раздраженного кишечника (IBS), воспалительное заболевание кишечника (IBD) - болезнь Крона и неспецифический язвенный колит, пищевые аллергии, индуцированная антибиотиками диарея, сердечно-сосудистая болезнь и определенные виды рака (например, колоректальный рак).

Благодаря своей ощутимой активности, способствующей улучшению состояния здоровья, бифидобактерии в последние годы привлекали все возрастающее внимание со стороны ученых, включая полное секвенирование генома ряда штаммов (описано в обзоре Liu et al., 2005). Такие геномные последовательности обеспечат генетические платформы, создающие возможность исследования молекулярных механизмов, по которым эти микроорганизмы взаимодействуют со своим человеком-хозяином и проявляют пробиотическую функцию.

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Изобретение предусматривает изолированный и очищенный штамм Bifidobacterium longum, за исключением штамма 35624 Bifidobacterium longum (NCIMB 41003), где штамм:

a) экспрессирует экзополисахарид; и

b) содержит по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.

Штамм Bifidobacterium longum в соответствии с изобретением может содержать любые 2 или больше, такие как BI00778, BI00793; BI00778, BI00794; BI00778, BI00795, или любые три или больше, такие как BI00793, BI00794, BI00798; BI00794, BI00795, BI00796; BI00796, BI00797, BI00798, или любые четыре или больше, такие как BI00778, BI00779, BI00780, BI00794; BI00778, BI00779, BI00785, BI00786; BI00790, BI00791, BI00794, BI00798, или любые пять или больше, такие как

BI00783, BI00786, BI00790, BI00794, BI00798; BI00780, BI00782, BI00785, BI00786, BI00790; BI00778, BI00779, BI00787, BI00789, BI00798, или любые шесть или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00794;

BI00782, BI00784, BI00785, BI00788, BI00792, BI00797;

BI00781, BI00782, BI00783, BI00791, BI00796, BI00797, или любые семь или больше, такие как

BI00779, BI00783, BI00784, BI00787, BI00791, BI00792, BI00797;

BI00780, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00797, BI00798;

BI00783, BI00784, BI00786, BI00788, BI00789, BI00793, BI00796, или любые восемь или больше, такие как

BI00779, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00794, BI00797, BI00798;

BI00780, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795;

BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00793, BI00795, BI00798, или любые девять или больше, такие как

BI00778, BI00780, BI00782, BI00784, BI00785, BI00787, BI00793, BI00795, BI00796;

BI00779, BI00781, BI00782, BI00784, BI00786, BI00787, BI00793, BI00795, BI00797;

BI00782, BI00783, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00792, BI00796, BI00797, или любые десять или больше, такие как

BI00778, BI00781, BI00784, BI00785, BI00786, BI00789, BI00790, BI00792, BI00793, BI00798;

BI00779, BI00781, BI00784, BI00786, BI00787, BI00788, BI00791, BI00794, BI00795, BI00796;

BI00782, BI00784, BI00785, BI00786, BI00790, BI00792, BI00794, BI00796, BI00797, BI00798, или любые одиннадцать или больше, такие как

BI00778, BI00781, BI00785, BI00787, BI00788, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00795, BI00798;

BI00779, BI00782, BI00785, BI00786, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797;

BI00781, BI00783, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, или любые двенадцать или больше, такие как

BI00778, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, В-00790, BI00791, BI00792, BI00795, BI00796, BI00797;

BI00779, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00796, BI00797, BI00798;

BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые тринадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00784, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00798;

BI00778, BI00781, BI00782, BI00783, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00795, BI00796, BI00798;

BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00785, BI00786, BI00788, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00797, BI00798, или любые четырнадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00789, BI00791, BI00793, BI00794, BI00795, BI00797;

BI00778, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00786, BI00788, BI00789, BI00792, BI00793, BI00794, BI00796, BI00797;

BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00790, BI00791, BI00794, BI00796, BI00797, BI00798, или любые пятнадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00792, BI00798;

BI00778, BI00780, BI00781, BI00782, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00793, BI00794, BI00795, BK)0796, BI00798;

BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00793, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые шестнадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00795, BI00797, BI00798;

BI00778, BI00779, BI00781, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00795, BI00797, BI00798;

BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00792, BI00793, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые семнадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798;

BI00778, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BW0796, BI00797;

BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00797, BI00798, или любые восемнадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00787, BI00788, BI00789, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00798;

BI00778, BI00779, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00792, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798;

BI00779, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797 или любые девятнадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797;

BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797;

BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или любые двадцать или больше, такие как

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00797, BI00798;

BI00778, BI00779, BI00780, BI00781, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798;

BI00778, BI00779, BI00780, BI00782, BI00783, BI00784, BI00785, BI00786, BI00787, BI00788, BI00789, BI00790, BI00791, BI00792, BI00793, BI00794, BI00795, BI00796, BI00797, BI00798, или все двадцать одну, последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей, гомологичных с ними.

Штамм может содержать по меньшей мере три последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четыре последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шесть последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере девять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере десять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере одиннадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере двенадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере тринадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четырнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шестнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере девятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере двадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать все двадцать одну последовательность нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.

Штамм может не содержать последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 112.

Штамм может содержать по меньшей мере одну последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.

Штамм может содержать по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере три последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четыре последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шесть последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемь последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере девять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере десять последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере одиннадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере двенадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере тринадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере четырнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере пятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере шестнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере семнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать по меньшей мере восемнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать все девятнадцать последовательностей нуклеиновой кислоты, выбранных из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними

Штамм может содержать одну последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, по меньшей мере гомологичных этим последовательностям. Штамм может содержать последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 132, или последовательность нуклеиновой кислоты, по меньшей мере гомологичную этой последовательности.

Штамм может содержать две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 114 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними. Штамм может содержать последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 131 и SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.

Изобретение также предусматривает изолированный и очищенный штамм Bifidobacterium longum, где штамм:

a) экспрессирует экзополисахарид; и

b) содержит по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними; и

c) содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 132 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней; и/или

d) содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 131 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней.

В одном варианте исполнения, 1×10⁷ КОЕ/мл штамма может индуцировать соотношение [IL10]: [IL12], равное по меньшей мере 10, по результатам анализа ко-инкубации с мононуклеарными клетками периферической крови (РМВС). Штамм может иметь форму бактериального бульона. Штамм может иметь форму лиофилизированного порошка.

Изобретение далее предусматривает изолированный и очищенный штамм Bifidobacterium longum, где штамм:

a) экспрессирует экзополисахарид; и

b) содержит по меньшей мере две последовательности нуклеиновой кислоты, выбранные из группы, включающей SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 113, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними; и

c) содержит последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 132 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней; и/или последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 131 или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ней; и

d) индуцирует соотношение [IL10]:[IL12], равное по меньшей мере 10 по результатам анализа ко-инкубации с мононуклеарными клетками периферической крови (РМВС) при концентрации бактерий 1×10⁷ КОЕ/мл.

Изобретение также предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (РТА-9608).

Изобретение далее предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum AH121A (NCIMB 41675).

Изобретение также предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum AH1714(NCIMB41676).

Изолированный штамм может иметь форму жизнеспособных клеток. Изолированный штамм может иметь форму нежизнеспособных клеток.

Изобретение также предусматривает состав, содержащий изолированный штамм Bifidobacterium longum, описанный тут. Состав может содержать пригодный для приема внутрь носитель. Пригодный для приема внутрь носитель может быть фармацевтически приемлемым носителем, таким как капсула, таблетка или порошок. Пригодный для приема внутрь носитель может быть пищевым продуктом, таким как сквашенное молоко, йогурт, замороженный йогурт, сухое молоко, молочный концентрат, пастообразные сырные продукты, соусы или напитки. Состав может содержать штамм, присутствующий в количестве более 10⁶ КОЕ на грамм пригодного для приема внутрь носителя.

Изобретение далее предусматривает композицию, содержащую изолированный штамм Bifidobacterium longum, как описано тут, и фармацевтически приемлемый носитель.

Изобретение также предусматривает использование штамма Bifidobacterium longum, как описано тут, в качестве пробиотического штамма.

Изобретение также предусматривает способ идентификации экспрессирующего экзополисахарид штамма Bifidobacterium longum, включающий стадии:

a) получения образца, содержащего бактерии;

b) экстрагирования нуклеиновой кислоты из образца;

c) амплификации экстрагированной нуклеиновой кислоты в присутствии по меньшей мере двух праймеров, полученных из последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, содержащей: SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 10 - SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 132, или последовательностей нуклеиновой кислоты, имеющих по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними;

d) идентификации бактериального штамма, экспрессирующего экзополисахарид.

Праймер может содержать по меньшей мере 10 последовательно расположенных оснований из последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, содержащей: SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 10 - SEQ ID NO. 12, и SEQ ID NO. 93 - SEQ ID NO. 132.

Праймер может содержать последовательность нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, содержащей: SEQ ID NO. 10 - SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13 - SEQ ID NO. 92, или последовательность нуклеиновой кислоты, имеющую по меньшей мере 85% гомологии последовательности с ними.

Стадия идентификации бактериального штамма, экспрессирующего экзополисахарид, может включать выращивание бактериального штамма на агаровой пластинке с конго красным.

Образец представляет собой образец, взятый у млекопитающего. Образец может быть образцом, взятым у человека. Образец может быть образцом фекалий.

Изобретение также предусматривает штамм Bifidobacterium longum, идентифицируемый по приведенному тут описанию. Штамм Bifidobacterium longum может иметь форму жизнеспособных клеток. Штамм Bifidobacterium longum может иметь форму нежизнеспособных клеток.

Изобретение далее предусматривает состав, содержащий штамм Bifidobacterium longum, описанный тут. Состав может содержать пригодный для приема внутрь носитель. Пригодный для приема внутрь носитель может быть фармацевтически приемлемым носителем, таким как капсула, таблетка или порошок. Пригодный для приема внутрь носитель может быть пищевым продуктом, таким как сквашенное молоко, йогурт, замороженный йогурт, сухое молоко, молочный концентрат, пастообразные сырные продукты, соусы или напитки. Штамм может присутствовать в составе в количестве более 10⁶ КОЕ на грамм пригодного для приема внутрь носителя.

Изобретение также предусматривает композицию, содержащую штамм Bifidobacterium longum, описанный тут, и фармацевтически приемлемый носитель.

В одном варианте исполнения изобретения предлагается способ идентификации бактериальных штаммов, секретирующих экзополисахарид, включающий стадии:

- получения образца, содержащего бактерии;

- экстрагирования ДНК из образца;

- амплификации экстрагированной ДНК в присутствии по меньшей мере одного праймера ДНК, полученного из последовательности ДНК SEQ ID NO. 2 и/или SEQ ID NO. 3; и

- идентификации бактериального штамма, экспрессирующего экзополисахарид.

Экстрагированная ДНК может быть амплифицирована методом ПЦР в реальном масштабе времени. ДНК может быть амплифицирована в присутствии по меньшей мере одного праймера последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 10, SEQ ID NO. 11 или SEQ ID NO. 12.

Образец может быть образцом, полученным от человека, таким как образец фекалий.

В другом варианте исполнения, изобретение также предусматривает бактериальный штамм, идентифицированный описанным тут способом.

В другом варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает использование бактериального штамма, идентифицированного описанным тут способом, в качестве пробиотических бактерий.

В еще одном варианте исполнения, изобретение также предусматривает состав, содержащий бактериальный штамм, идентифицированный описанным тут способом.

В другом варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает композицию, содержащую бактериальный штамм, идентифицированный описанным тут способом, и фармацевтически приемлемый носитель.

В другом варианте исполнения, изобретение также предусматривает изолированный штамм Bifidobacterium longum BLM07 (PTA-9608).

В еще одном варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает состав, содержащий изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (PTA-9608).

В другом варианте исполнения, изобретение также предусматривает композицию, содержащую изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (PTA-9608) и фармацевтически приемлемый носитель.

В другом варианте исполнения, изобретение дополнительно предусматривает матрицу/чип ДНК, содержащую по меньшей мере один полинуклеотид, полученный из последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, или SEQ ID NO. 3.

В одном варианте исполнения, изобретение также предусматривает машинно-читаемый носитель, содержащий последовательность нуклеиновой кислоты SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2 или SEQ ID NO. 3 или ее частей.

Штамм Bifidobacterium longum в соответствии с вариантом исполнения изобретения может экспрессировать или продуцировать EPS (экзополисахарид) с выходом от примерно 10 мг/л до примерно 1000 мг/л бактериальной культуры.

Существует ряд штаммов бифидобактерий, уже депонированных в соответствии с Будапештским договором. Они включают штамм, депонированный в NCIMB под номером 41003, геном которого представлен тут. Поскольку этот штамм является известным, он конкретно исключается из объема защиты по формуле изобретения штаммов per se. В той степени, в которой следующие штаммы могут входить в объем формул изобретения на соответствующую дату (даты), исключаются также следующие притязания: АТСС BAA-999, CNCM 1-1227, CNCM 1-1228, CNCM 1-2168, CNCM 1-2170, CNCM 1-2618, CNCM 1-3446, CNCM 1-3853, CNCM 1-3854, CNCM 1-3855, NCIMB 41290, NCIMB 41291, NCIMB 41382, NCIMB41387, NTCC2705.

Краткое описание чертежей

Изобретение будет лучше понятно из представленного далее описания, которое приводится только в качестве примера со ссылками на сопровождающие чертежи, на которых:

Фиг.1 представляет собой атлас генома Bifidobacterium longum, биотип infantis UCC 35624. Числа на геноме (1, 1000001, 200001) относятся к положению пар оснований. 1 относится к нуклеотиду аденина старт-кодона ATG гена, кодирующего предсказанный реплицируемый белок. Внешняя окружность (две нити, черная и белая) относится к генной плотности в хромосоме. Вторая окружность (средняя окружность - черная) относится к содержанию GC (гуанина-цитозина), и внутренняя окружность относится к асимметрии GC;

Фиг.2 представляет собой гистограмму, показывающую профиль индукции IL-1бета в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BLI5707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve);

Фиг.3 представляет собой гистограмму, изображающую профиль индукции IL-12p70 в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BL15707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve);

Фиг.4 представляет собой гистограмму, изображающую профиль индукции IL-10 в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BLI5707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve);

Фиг.5 представляет собой гистограмму, изображающую профиль индукции TNF-альфа в РВМС штаммом Bifidobacterium longum infantis UCC35624 (В624), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (BL 1207), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (BLI5707), Bifidobacterium lactis (BL-07) и штаммом Bifidobacterium breve 8807 [UCC2003] (breve).

Фиг.6 представляет собой фотографию В.longum 35624, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;

Фиг.7 представляет собой фотографию В.longum AH121A, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;

Фиг.8 представляет собой фотографию В.longum АН1714, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;

Фиг.9 представляет собой фотографию В.longum AH0119, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;

Фиг.10 представляет собой фотографию В.breve UCC2003, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;

Фиг.11 представляет собой фотографию L.rhamnosus AH308, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным;

Фиг.12 представляет собой фотографию L.salivarius UCC1, выращиваемых на агаровой пластинке с конго красным; и

Фиг.13 представляет собой гистограмму, иллюстрирующую соотношение IL-10:IL-12p70 для РВМС, стимулированных штаммом Bifidobacterium longum infantis 35624 (Bifidobacterium 35624), штаммом Bifidobacterium longum 1714 (Bifidobacterium 1714), штаммом Bifidobacterium longum 1207 (Bifidobacterium 1207), штаммом Bifidobacterium longum 121A (Bifidobacterium 121A), штаммом Bifidobacterium longum 0119 (Bifidobacterium 0119), штаммом Bifidobacterium longum 15707 (Bifidobacterium 15707), штаммом Bifidobacterium breve 8807 (Bifidobacterium UCC2003), Lactobacillus rhamnosus и штаммом Lactobacillus salivarius UCC1.

ДЕТАЛЬНОЕ ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Настоящее изобретение раскрывает изолированный полинуклеотид SEQ ID NO. 1. Полинуклеотид SEQ ID NO. 1 кодирует штамм Bifidobacterium. Bifidobacterium, кодируемые изолированной полинуклеотидной последовательностью, содержат ряд уникальных генов. Уникальные гены, кодируемые полинуклеотидом, имеют уникальный порядок в последовательности SEQ ID NO. 1. В используемом тут значении, термин "уникальные гены" означает гены, не выявленные в доступных на данный момент последовательностях Bifodobacterium. В используемом тут значении, термин "уникальный порядок" означает, что положение/последовательность генов в полинуклеотиде не были выявлены в доступных на данный момент последовательностях Bifodobacterium. Уникальные гены, присутствующие в изолированном полинуклеотиде, могут перемежаться остатками нуклеиновых кислот, кодирующими другие (известные) гены, или участками некодирующей последовательности, но общий порядок/последовательность уникальных генов в изолированном полинуклеотиде сами по себе являются уникальными по сравнению с порядком генов, определенном для доступных на данный момент последовательностей Bifodobacterium.

Полинуклеотид был выделен из штамма бактерий вида Bifidobacterium longum биотип infantis, имеющего обозначение штамма UCC 35624. Депонирование штамма UCC 35624 Bifidobacterium longum биотип infantis было осуществлено в Национальных коллекциях промышленных и морских бактерий (National Collections of Industrial and Marine Bacteria Limited, NCIMB), Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, UK, 13 января 1999 г., с присвоением номера доступа NCIMB 41003.

Депонирование штамма BL1207 Bifidobacterium infantis было осуществлено в Американской коллекции типовых культур (American Type Culture Collection, ATTC) 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia 20110-2209, USA, 14 ноября 2008 г., с присвоением номера доступа РТА-9608.

Депонирование штамма Bifidobacterium longum AH121A было осуществлено в Национальных коллекциях промышленных и морских бактерий (National Collections of Industrial and Marine Bacteria Limited, NCIMB), Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, UK, 5 ноября 2009 г., с присвоением номера доступа NCIMB 41675.

Депонирование штамма Bifidobacterium longum AH1714 было осуществлено в Национальных коллекциях промышленных и морских бактерий (National Collections of Industrial and Marine Bacteria Limited, NCIMB), Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland, UK, 5 ноября 2009 г., с присвоением номера доступа NCIMB 41676.

С учетом размера изолированного полинуклеотида, можно ожидать присутствия в последовательности точечных мутаций или какой-либо другой формы мутаций. В этом смысле, наше описание охватывает варианты SEQ ID NO. 1. В используемом тут значении, термин "варианты" означает штаммы бифидобактерий, имеющие идентичность последовательности с SEQ ID NO. 1, равную по меньшей мере 99,5% или больше.

SEQ ID NO. 1 содержит большое число открытых рамок считывания, которые представляют собой предсказанные гены. Мы идентифицировали в данном полинуклеотиде 1836 кодирующих областей белков или генов. По существу, наше описание охватывает фрагменты полинуклеотида SEQ ID NO. 1. Фрагменты могут соответствовать участкам полинуклеотидной последовательности, кодирующим один или несколько белков. Альтернативно, фрагменты могут соответствовать участкам полинуклеотидной последовательности, определяющим часть гена или гены, например, фрагмент может соответствовать участку полинуклеотидной последовательности, охватывающему часть двух или больше генов.

Последовательность SEQ ID NO. 1 представляет собой полинуклеотидную последовательность ДНК, наше описание охватывает последовательности, являющиеся комплементарными к последовательности ДНК, например, комплементарные ДНК (кДНК) или РНК последовательности, включая матричную РНК (мРНК) и транспортную РНК (тРНК), или белковые последовательности, такие как аминокислотные последовательности, кодируемые полинуклеотидной последовательностью.

Полинуклеотид SEQ ID NO. 1 и его комплементарные последовательности могут иметь большое число форм, например, изолированной полинуклеотидной последовательности; изолированной белковой последовательности; биологически чистой культуры штамма бифидобактерий, содержащего нуклеиновую кислоту SEQ ID NO. 1; плазмиды, содержащей полинуклеотид SEQ ID NO. 1; и т.п. Данное описание охватывает все такие формы последовательности SEQ ID NO. 1.

В используемом тут значении, термин "экспрессирует экзополисахарид" может быть интерпретирован как обозначающий, что бактериальный штамм содержит последовательность ДНК, кодирующую экзополисахарид, например, последовательность ДНК, которая кодирует по меньшей мере один ген из SEQ ID NO. 2 и/или по меньшей мере один ген из SEQ ID NO. 3 или его функциональный фрагмент или вариант.

В используемом тут значении, термин "гомология последовательности" охватывает гомологию последовательности на уровне нуклеиновой кислоты и/или аминокислотном (белковом) уровне. Гомология последовательности указывается как общий процент идентичности по всей последовательности нуклеиновой кислоты и/или аминокислотной последовательности. Гомология последовательности может быть определена с использованием стандартных методик, известных квалифицированным специалистам в данной области техники. Например, гомология последовательности может быть определена с помощью работающей в интерактивном режиме (on-line) программы "BLAST", основанной на алгоритме определения гомологии, публично доступной по адресу http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/. Последовательность может иметь по меньшей мере 85%, или по меньшей мере 86%, или по меньшей мере 87%, или по меньшей мере 88%, или по меньшей мере 89%, или по меньшей мере 90%, или по меньшей мере 91%, или по меньшей мере 92%, или по меньшей мере 93%, или по меньшей мере 94%, или по меньшей мере 95%, или по меньшей мере 96%, или по меньшей мере 97%, или по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологии последовательности с последовательностями нуклеиновой кислоты, описанными тут, или кодируемыми ими аминокислотными (белковыми) последовательностями.

Настоящее изобретение основано на полной геномной последовательности Bifidobacterium longum биотип infantis UCC 35624. Геномная последовательность приведена как SEQ ID NO. 1 приложенного перечня последовательностей и содержит 2264374 пар оснований. Анализ геномной последовательности идентифицировал 1836 гена, имеющих открытые рамки считывания, приведенные в Таблице 1 ниже.

Таблица 1
Открытые рамки считывания генома UCC 35624
Ген	Начало	Конец	Нить	Описание
BI00001	1667321	1667608	-	CRISPR-ассоциированный белок Cas2
BI00002	1667697	1668593	-	CRISPR-ассоциированный белок Cas1
BI0002a	1668725	1669423	-	CRISPR-ассоциированный белок Cas4
BI00003	1669465	1670313	-	CRISPR-ассоциированный белок, семейство ТМ1801
BI00005	1670320	1672275	-	CRISPR-ассоциированный белок, семейство СТ1133
BI00006	1672281	1672982	-	CRISPR-ассоциированный белок, семейство СТ1134
BI00007	1672992	1675427	-	гипотетическая CRISPR-ассоциированная геликаза Cas3

BI00008	1676109	1676426	-	COG3464: Транспозаза и инактивированные производные
BI00009	1677053	1680283	-	изолейцил-тРНК синтетаза
BI00010	1680955	1682163	+	аминотрансфераза, класс I, предположительно
BI00011	1682280	1683785	-	галактозидный симпортер
BI00012	1684111	1687299	+	бета-галактозидаза, предположительно
BI00013	1687365	1688372	-	сахарсвязывающий регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно
BI00014	1688522	1689889	-	Предположительно, белок резистентности к антибиотику (мембранный белок)
BI00015	1690007	1690906	-	гипотетическая карбогидрат-киназа семейства pfkB
BI00016	1690909	1692111	-	алкогольдегидрогеназа, железосодержащая
BI00017	1692111	1692794	-	гипотетическая дегалогеназа галоидных кислот-подобная гидролаза
BI00018	1692921	1693901	-	инозин-уридин-предпочитающая нуклеозидгидролаза
BI00019	1693960	1694913	-	гипотетическая карбогидрат-киназа семейства pfkB
BI00020	1694909	1695553	-	гипотетическая N-(5'-фосфорибозил)-антранилатизомераза
BI00021	1695603	1696415	-	Переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00022	1696415	1697242	-	консервативный гипотетический белок
BI00023	1697246	1698055		гипотетический транспортный белок кобальта
BI00024	1698062	1698712	-	консервативный гипотетический белок
BI00025	1698969	1700846	+	регулятор транскрипции, семейство Lad / карбогидрат-киназа, белок семейства PfkB
BI00026	1700977	1702989	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок/пермеаза
BI00027	1702989	1704944	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок

BI00028	1704944	1705402	-	регулятор транскрипции, семейство MarR, предположительно
BI00029	1705699	1706610	-	COG 1472: Бета-глюкозидаза-родственные гликозидазы
BI00030	1706029	1706937	+	COG 1309: Регулятор транскрипции
BI00031	1707015	1708373	-	безымянный белковый продукт
BI00032	1708509	1710902		ксилозидаза/арабинозидаза [импортированный]
BI00033	1710937	1711287	-	гипотетический белок
BI00034	1711383	1712762	-	глутамат-цистеинлигаза, предположительно
BI00035	1712905	1718037	+	белок консервативного домена
BI00036	1718044	1718883	+	гипотетический белок
BI00037	1719052	1724187	-	BadF/BadG/BcrA/BcrD семейства АТФазы
BI00038	1724418	1725143	-	активирующий белок анаэробной рибонуклеозид-трифосфатредуктазы
BI00039	1725294	1727699	-	анаэробная рибонуклеозид-трифосфатредуктаза
BI00040	1728167	1729534	+	экзодезоксирибонуклеаза VII, большая субъединица
BI00041	1729587	1729886	+	экзодезоксирибонуклеаза VII, малая субъединица
BI00042	1730013	1730534	+	NADP(H) оксидоредуктаза СС0205 [импортированная]
BI00043	1730676	1732529	-	длинноцепочечная жирная кислота-СоА лигаза, предположительно
BI00044	1732662	1732787	-	COG 1970: Механочувствительный канал высокой проводимости
BI00045	1732765	1733166	-	гипотетический Механочувствительный канал высокой проводимости, MscL
BI00046	1733337	1733762	-	неизвестный белок, предположительно
BI00047	1733887	1734102	-	COG0454: Гистонацетилтрансфераза НРА2 и родственные ацетилтрансферазы
BI00048	1734587	1735696	+	гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI00049	1735718	1736683	-	экзополифосфатаза, предположительно
BI00050	1736864	1737967	-	аминотрансфераза, класс I
BI00051	1738178	1739230	+	оксидоредуктаза, семейство Gfo/Idh/MocA, предположительно
BI00052	1739267	1739779	-	белок репарации очажков [импортированный]
BI00053	1739931	1740377	+	ацетилтрансфераза, семейство GNAT
BI00054	1740356	1740841	-	консервативный гипотетический белок
BI00055	1741026	1745207	-	геликаза, семейство Snf2
BI00056	1745285	1746367	+	консервативный гипотетический белок
BI00057	1746358	1746504	-	гипотетический белок
BI00058	1746604	1747620	+	тетрагидродипиколинат-N-сукцинилтрансфераза (dapD)
BI00059	1747840	1749129	-	цитратсинтаза I
BI00060	1749406	1750242	-	метионинаминопептидаза, тип I
BI00061	1750378	1751355	-	мембранный белок, предположительно
BI00062	1751532	1753703	+	принадлежит к семейству пептидаз М13
BI00063	1753792	1754526		подсемейство одноцепочечного ДНК-связывающего белка (ssb)
BI00064	1754805	1756616	-	пролил-тРНК синтетаза
BI00065	1757008	1757361	+	гипотетический белок
BI00066	1757392	1758561	-	pflA
BI00067	1758551	1760338	-	Семейство белков с неизвестной функцией
BI00068	1760391	1761806	-	белок TPR-домена
BI00069	1761858	1762505	-	олигорибонуклеаза
BI00070	1762676	1764259	-	инозин-5'-монофосфатдегидрогеназа
BI00071	1764282	1765562	-	ундекапренил-фосфат альфа-N-ацетилглюкозаминилтрансфераза
BI00072	1765562	1766233	-	белок семейства Sua5/YciO/YrdC/YwlC
BI00073	1766408	1767082	+	мальтоза-O-ацетилтрансфераза
BI00074	1767220	1767921	-	переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, АТФ-связывающий белок

BI00075	1767924	1768781	-	переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, АТФ-связывающий белок
BI00076	1768781	1769854	-	переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, белок пермеазы
BI00077	1769874	1770797	-	переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, белок пермеазы
BI00078	1771042	1772226	-	переносчик аминокислоты с разветвленной цепью ABC, аминокислота-связывающий белок, предположительно
BI00079	1772502	1773407	-	N-метилаза РарМ
BI00080	1773473	1774492	-	фактор 1 высвобождения пептидной цепи
BI00003g	1774715	1774924	-	рибосомальный белок L31
BI00081	1775256	1776482		регулятор транскрипции ROK семейство VC2007 [импортированный], предположительно
BI00082	1776702	1778219	+	ксилулолкиназа
BI00083	1778416	1778760	+	липопротеин, предположительно
BI00084	1778773	1779114	+	гипотетический белок
BI00085	1779393	1779737	-	возможно, пермеаза сахара
BI00086	1779656	1780930	-	транспозаза, семейство Mutator
BI00087	1781199	1782545	-	ксилозоизомераза
BI00088	1782842	1783072	+	переносчик резистентности к лекарственным препаратам, подсемейство EmrB/QacA
BI00089	1783095	1783409	+	переносчик резистентности к лекарственным препаратам, подсемейство EmrB/QacA
BI00090	1783425	1784222	-	консервативный гипотетический белок
BI00091	1785149	1785661	-	полипептид деформилаза
BI00092	1785576	1786421	-	оксидоредуктаза, семейство альдо/кето редуктазы суперсемейство
BI00093	1786497	1786673	-	COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника

BI00094	1786761	1787264	-	гипотетические COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника
BI00095	1787291	1787791	-	возможнй регулятор транскрипции MarR-типа
BI00011g	1787998	1788333	-	гипотетический белок Blon021361
BI00096	1788358	1789572	-	переносчик сахара ABC, белок пермеазы
BI00097	1789575	1791125	-	переносчик сахара ABC, АТФ-связывающий белок
BI00098	1791229	1792383	-	переносчик сахара ABC, периплазматический сахарсвязывающий белок
BI00099	1792462	1792608	-	гипотетический белок
BI00100	1792854	1793801	+	возможно, репрессорный белок семейства (NagC/XylR)
BI00101	1793842	1794705	+	переносчик сахара ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно
BI00102	1794736	1795683	-	глюкокиназа, предположительно
BI00103	1796537	1798192	+	АТФ-связывающий белок переносчика ABC
BI00104	1798507	1799409	+	ацил-СоА тиоэстераза II
BI00105	1799511	1800035	-	гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI00106	1800213	1801622	-	дигидронеоптерин альдолаза
BI00107	1801736	1802608	-	дигидроптероат синтаза
BI00108	1802699	1803295	-	ГТФ циклогидролаза I
BI00109	1803391	1805478	-	белок клеточного деления FtsH
BI00110	1805478	1806038	-	гипоксантин фосфорибозилтрансфераза
BI00111	1806028	1807191	-	COG0037: предсказанная АТФаза вовлеченного суперсемейства РР-петли
BI00112	1807285	1808772	-	D-аланил-D-аланин карбоксипептидаза/D-аланил-D-аланин-эндопептидаза
BI00113	1808798	1810468	-	гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI00114	1810468	1811421	-	система АТФ-связывающего белка

				переносчика ABC
BI00115	1811519	1812739	-	белок домена гликозилтрансферазы, предположительно
BI00116	1812742	1814496	-	гипотетический интегральный мембранный белок в upfoll8
BI00117	1814587	1815252	+	возможно, гликозилтрансфераза
BI00118	1815481	1816629	-	алкогольдегидрогеназа, железосодержащая
BI00119	1817069	1818370	+	циклопропан-ацил жирной кислоты-фосфолипидсинтаза
BI00120	1818383	1819687	+	гипотетические COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника
BI00121	1820205	1821215	-	UDP-глюкоза 4-эпимераза
BI00122	1821585	1822400	+	метилтрансфераза, предположительно
BI00123	1822698	1823195	-	гипотетический белок
BI00124	1823244	1823708	-	Orf2
BI00125	1823795	1824079	+	гипотетическая спираль-поворот-спираль
BI00126	1824492	1824788	-	гипотетический белок
BI00127	1825086	1826453	-	gp22
BI00128	1827148	1827699	-	гипотетический белок
BI00170t	1827699	1828901	-	гипотетическое семейство фаговой интергазы
BI00129	1829429	1830229	+	белок azIC, предположительно
BI00130	1830229	1830558	+	пермеаза аминокислоты с разветвленной цепью
BI00131	1830743	1831258	-	фосфотирозинпротеинфосфатаза, предположительно
BI00132	1831385	1832044	-	дигидрофол атредуктаза
BI00133	1832157	1832936	-	тимидилатсинтаза
BI00134	1833154	1833564	+	консервативный гипотетический белок
BI00135	1833629	1834663	-	demannu, предположительно
BI00136	1834835	1835572	-	Р60 внеклеточный белок, инвазия-ассоциированный белок lap
BI00137	1835733	1836476	-	белок домена семейства NLP/P60

BI00138	1836692	1837645	-	белок домена N-ацетилмурамоил-L-аланинамидазы
BI00139	1838255	1839178	+	фосфосеринаминотрансфераза, предположительно
BI00140	1839305	1839562	+	консервативный гипотетический белок
BI00141	1839693	1840874	-	сенсорная гистидинкиназа, предположительно
BI00142	1841128	1841745	+	регуляторный белок системы транспорта фосфата PhoU, предположительно
BI00143	1842110	1842847	-	фосфогл ицератмутаза
BI00144	1842910	1843872	-	1,4-дигидрокси-2-нафтоатоктапренил-трансфераза
BI00145	1843937	1845412	-	лизил-тРНК синтетаза
BI00146	1846534	1847304	+	AraJ-подобный белок, возможно, вовлеченный в транспорт арабинозных полимеров
BI00147	1847394	1849754	+	белок TPR домена
BI00148	1849833	1850462	+	консервативный гипотетический белок
BI00149	1850618	1852216	-	гипотетическый мембранный белок, возможно, вовлеченный в транспорт
BI00150	1852325	1853029	-	консервативный гипотетический белок
BI00151	1853062	1854903	-	консервативный гипотетический белок
BI00152	1854930	1856174	+	возможный гистидинкиназный сенсор двухкомпонентной системы
BI00153	1856174	1856866	+	регулятор транскрипции, семейство LuxR NMB1250 [импортированный]
BI00154	1856920	1857939	-	УДФ-глюкоза 4-эпимераза
BI00155	1858012	1859556	-	галактоза-1-фосфатуридилилтрансфераза
BI00156	1859606	1860682	-	предположительно, десульфатаза, возможно, для муцина
BI00157	1860713	1862965	-	консервативный гипотетический белок
BI00158	1863426	1864382	-	переносчик сахара ABC, белок пермеазы
BI00159	1864382	1865278	-	переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00160	1865546	1866859	-	белок, связывающий растворенные вещества, переносчика ABC для Сахаров
BI00161	1867217	1867369	-	гипотетический белок
BI00162	1867867	1868856	-	серил-тРНК синтетаза
BI00163	1869384	1870562	+	белок каталитического домена диацилглицеринкиназы (предполагаемый)
BI00164	1870573	1871409	-	антитерминатор транскрипции, семейство BgIG, предположительно
BI00165	1871430	1873829	-	компонент системы PTS, предположительно
BI00166	1874293	1875843	+	переносчик СС0814 [импортированный] семейства главного посредника, предположительно
BI00167	1875934	1877607	+	фосфоглюкомутаза, альфа-D-глюкоза фосфат-специфическая
BI00222t	1878343	1879437	-	консервативный гипотетический белок
BI00168	1879668	1880087	+	консервативный гипотетический белок
BI00169	1880224	1881837	+	оксидоредуктаза, пиридиннуклеотид-дисульфид, класс I
BI00170	1882002	1882151	-	гипотетический белок
BI00171	1882305	1883360	+	РНКаза Н
BI00172	1883494	1884189	+	рибоза-5-фосфатизомераза
BI00173	1884629	1885258	-	консервативный гипотетический белок
BI00174	1885386	1886921	+	белок репарации ДНК RadA
BI00175	1886942	1888063	-	белок биосинтеза рибофлавина RibF
BI00176	1888164	1889324	-	тРНК псевдоуридинсинтаза В
BI00177	1889329	1889799	-	рибосомасвязывающий фактор А
BI00178	1889953	1892799	-	фактор инициации трансляции IF-2
BI00179	1893150	1894214	-	белок А вещества утилизации N
BI00180	1894422	1895147	+	липопротеин, предположительно
BI00181	1895194	1896234	-	регулятор транскрипции, семейство Lacl, предположительно
BI00182	1896528	1896629	-	гипотетический белок

BI00183	1896770	1897798	-	гипотетический
BI00184	1897936	1898568	-	альфа-L-арабинозидаза
BI00185	1899147	1899917	-	белок домена трансглутаминаза-подобного суперсемейства
BI00186	1900154	1902331	-	домен семейства с неизвестной функцией (DUF404)
BI00187	1902473	1902586	-	гипотетический белок
BI00188	1902727	1903515	+	тРНК псевдоуридинсинтаза А
BI00189	1903603	1904142	-	рибосомальный белок L17
BI00190	1904245	1905237	-	РНК полимеразы L / субъединица 13-16 кДа
BI00191	1905321	1905716	-	рибосомальный белок S11
BI00192	1905807	1906181	-	рибосомальный белок S13p/S18e
BI00193	1906333	1906443	-	рибосомальный белок L36
BI00194	1906470	1906685	-	фактор инициации трансляции IF-1
BI00195	1906865	1907422	-	аденилаткиназа
BI00196	1907595	1908722	-	препротеин-транслоказа, субъединица SecY
BI00197	1909207	1909656	-	рибосомальный белок L15
BI00198	1909662	1909844	-	рибосомальный белок L30
BI00199	1909853	1910581	-	рибосомальный белок S5
BI00200	1910581	1910991	-	рибосомальный белок L18
BI00201	1910954	1911490	-	рибосомальный белок L6
BI00202	1911511	1911906	-	рибосомальный белок S8
BI00203	1911999	1912181	-	рибосомальный белок S14p/S29e
BI00204	1912186	1912755	-	рибосомальный белок L5 VC2584 [импортированный]
BI00205	1912755	1913087	-	рибосомальный белок L24
BI00206	1913092	1913457	-	рибосомальный белок L14
BI00207	1913555	1913812	-	рибосомальный белок S17
BI00208	1913818	1914066	-	рибосомальный белок L29
BI00209	1914069	1914485	-	рибосомальный белок L16
BI00210	1914495	1915295	-	рибосомальный белок S3
BI00211	1915301	1915657	-	рибосомальный белок L22
BI00212	1915677	1915952	-	рибосомальный белок S19

BI00213	1915971	1916798	-	рибосомальный белок L2
BI00214	1916838	1917131	-	рибосомальный белок L23
BI00215	1917140	1917793	-	рибосомальный белок семейства L4/L1
BI00216	1917803	1918441	-	рибосомальный белок L3
BI00217	1918461	1918766	-	рибосомальный белок 810
BI00218	1919023	1920027	+	мембранный белок, предположительно
BI00219	1920366	1923092	-	неизвестно
BI00220	1923607	1924797	+	возможный репрессор семейства Rok (NagC/XylR)
BI00221	1924797	1927334	+	белок оперона гликогена GlgX
BI00222	1927431	1927919	-	рибосомальный белок S9
BI00223	1927945	1928391	-	рибосомальный белок L13
BI00224	1928792	1930954	-	4-альфа-глюканотрансфераза
BI00225	1931125	1931931	-	гипотетический вариант лейцин-богатого повтора
BI00226	1931876	1932514	-	консервативный гипотетический белок TIGR00257
BI00227	1932579	1933592	-	возможно, 2-оксикислотадегидрогеназа
BI00228	1933669	1935009	-	белок сарА, предположительно
BI00229	1935547	1936608	-	COG0697:Пермеазы суперсемейства переносчика лекарственного средства/метаболита (DMT)
BI00230	1936648	1937991	+	белок Р, индуцируемый повреждением ДНК
BI00231	1938024	1939256	-	аминотрансфераза, предположительно
BI00232	1939374	1939691	-	fdxC
BI00233	1939755	1941278	-	возможный переносчик катионных аминокислот
BI00234	1941433	1942398	-	УДФ-N-ацетиленолпирувоилглюкозамин-редуктаза
BI00235	1942930	1943094	-	рибосомальный белок L33
BI00236	1943529	1944245	+	возможно, цистатионин гамма-лиаза
BI00237	1944924	1945214	-	шаперонин, 10 кДа
BI00238	1945390	1946604	-	консервативный гипотетический белок

BI00239	1946895	1947557	-	rimJ
BI00240	1947644	1948360	+	5-формилтетрагидрофолатциклолигаза-родственный белок
BI00241	1948527	1948709	+	консервативный гипотетический белок
BI00242	1948950	1949516	+	консервативный гипотетический белок
BI00243	1949617	1949814	-	гипотетический белок Blon021580
BI00244	1949820	1953440	-	консервативный гипотетический белок
BI00245	1953452	1954999	-	консервативный гипотетический белок
BI00246	1955200	1955577	-	рибосомальный белок L7/L12
BI00247	1955689	1956207	-	рибосомальный белок L10
BI00248	1956479	1957222	-	консервативный гипотетический белок
BI00249	1957561	1958952	+	неизвестно
BI00250	1959385	1962123	-	полирибонуклеотид нуклеотидилтрансфераза
BI00251	1962444	1962710	-	рибосомальный белок S15
BI00252	1962882	1963562	-	консервативный гипотетический белок
BI00253	1963721	1963951	-	гипотетический белок
BI00254	1964091	1966964	-	возможно, внеклеточная экзоксиланаза
BI00255	1967190	1969712	-	эндо-1,4-бета-ксиланаза D
BI00256	1970329	1971432	+	семейство 1S30, транспозаза [импортированный]
BI00257	1971591	1972274	-	консервативный гипотетический белок
BI00334t	1972174	1972389	+	консервативный гипотетический белок
BI00258	1972411	1973094	-	гипотетический белок Blon021028
BI00259	1973553	1974914	-	возможный белок клеточной поверхности
BI00260	1974994	1977351	-	белок домена фактора фон Виллебранда тип А
BI00261	1978150	1978326	-	гипотетический белок Blon021305
BI00262	1978353	1978820	-	фосфопантетиен протеинтрансфераза
BI00263	1979459	1988974	-	белок МаоС-подобного домена
BI00264	1989016	1990635	-	пропионил-СоА карбоксилаза, бета-цепь
BI00265	1990631	1992514	-	ассА3
BI00266	1993105	1993701	+	белок bioY

BI00267	1993739	1994710	-	биотин-ацетил-СоА-карбоксилаза лигаза
BI00268	1994853	1996895	+	мембранный белок, предположительно
BI00269	1996904	1997731	+	консервативный гипотетический белок
BI00270	1997829	1998524	-	регулятор транскрипции, предположительно
BI00350t	1998629	1999459	-	гипотетический регулятор транскрипции, семейство IcIR
BI00271	2011598	2011726	-	гипотетический белок
BI00272	2011797	2012486	-	рибосомальный белок L1
BI00273	2012505	2012933	-	рибосомальный белок L11
BI00274	2013199	2014089	-	фактор NusG терминации/антитерминации транскрипции
BI00275	2014122	2014346	-	субъединица SecE препротеин-транслоказы
BI00276	2014593	2015795	-	аспартатаминотрансфераза [импортированный]
BI00277	2015889	2016986	-	глутамат-5-киназа
BI00278	2017023	2018711	-	ГТФ-связывающий белок
BI00279	2018783	2019028	-	рибосомальный белок L27
BI00280	2019054	2019359	-	рибосомальный белок L21
BI00281	2019502	2022534	-	гипотетическая рибонуклеаза, семейство Rne/Rng
BI00282	2022850	2024121	-	сукцинил-диаминопимелатдесукцинилаза
BI00283	2024159	2025100	+	переносчик, предположительно
BI00284	2025282	2026727	-	пермеаза, белок предположительного домена
BI00285	2026727	2027818	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00286	2027996	2029441	-	Maf-подобный белок
BI00287	2029581	2030690	-	гомосеринкиназа
BI00288	2030800	2032113	-	гомосериндегидрогеназа
BI00289	2032276	2033865	-	диаминопимелатдекарбоксилаза
BI00290	2033871	2035541	-	аргинил-тРНК синтетаза
BI00291	2035944	2036606	+	возможный регулятор транскрипции TetR-типа
BI00292	2036606	2037880	+	пермеаза, предположительно

BI00293	2037742	2038899	+	регулятор транскрипции LysR семейства VC1588 [импортированный], предположительно
BI00294	2038996	2040246	+	возможно, аминотрансфераза
BI00295	2040298	2041521	-	УДФ-N-ацетилглюкозамин 1-карбоксивинилтрансфераза
BI00296	2041869	2043212	+	NADH оксидаза
BI00297	2043424	2044548	-	семейство белков дигидрооротат-дегидрогеназы, предположительно
BI00298	2044591	2046468	-	семейство белков СААХ семейства аминоконцевой протеазы
BI00299	2046594	2047283	-	3-изопропилмалатдегидратаза, малая субъединица
BI00300	2047369	2048769	-	3-изопропилмалатдегидратаза, большая субъединица
BI00301	2049087	2049860	+	регулятор транскрипции, семейство IcIR
BI00302	2050021	2051391	-	семейство Ser/Thr протеинфосфатазы
BI00303	2051896	2054130	+	полифосфаткиназа
BI00304	2054291	2055487	+	mutTI
BI00305	2055480	2056298	+	гипотетический белок Blon021115
BI00306	2056564	2057871	-	консервативный гипотетический белок
BI00307	2057963	2058121	-	гипотетический белок
BI00308	2058175	2058813	+	урацилфосфорибозилтрансфераза
BI00309	2058864	2059340	+	консервативный гипотетический белок TIGR00246
BI00310	2059542	2060648	-	возможно, фосфодиэстераза
BI00311	2060677	2061747	-	белок домена глутамил-тРНК синтетазы
BI00312	2061933	2064599	-	АТФ-зависимая CIp протеаза, АТФ-связывающая субъединица CIpB
BI00313	2064821	2066371	-	гистидин аммиак-лиаза
BI00314	2066617	2067489	+	регулятор транскрипции, семейство IcIR, предположительно
BI00315	2067489	2067662	+	консервативный гипотетический белок

BI00316	2067741	2068559		возможно, 2-гидроксигепта-2,4-диен-1,7-диоатизомераза семейства фумарилацетоацетатгидролазы
BI00317	2068665	2069873	-	гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI00318	2070097	2071272	-	УДФ-галактопираноза мутаза
BI00319	2071426	2072670	+	dTDP-глюкоза 4,6-дегидратаза
BI00320	2072827	2074311	+	консервативный гипотетический белок
BI00321	2074367	2075068	+	консервативный гипотетический белок
BI00423t	2075382	2075687	+	предположительно, транспозаза
BI00322	2075763	2076530	-	IS1533, OrfB
BI00323	2076530	2077987	-	транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно
BI00324	2078280	2078996	-	гликозилтрансфераза, предположительно
BI00325	2079313	2079666	-	сиаловая кислота-специфическая 9-O-ацетилэстераза
BI00326	2080049	2081173	+	гипотетическое семейство ацилтрансферазы
BI00327	2081181	2082893	-	гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI00328	2082902	2085811	-	гипотетическая гликозилтрансфераза семейство 8
BI00329	2085935	2087170	-	белок гипотетического семейства гликозилтрансферазы, группа 2
BI00330	2087259	2088509	-	полисахарид переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00331	2088515	2089351	-	полисахарид переносчик ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00332	2089580	2091367	+	гипотетическая гликозилтрансфераза семейство 8
BI00333	2091457	2092698	-	УДФ-глюкоза 6-дегидрогеназа
BI00334	2092974	2093636	+	гипотетическое семейство NAD-зависимой эпимеразы/дегидратазы

BI00335	2093654	2094844	-	мембранный белок, предположительно
BI00336	2094847	2097099	-	консервативный гипотетический белок
BI00337	2097441	2098844	+	гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI00338	2098844	2099962	+	возможно, АТФ-связывающий белок переносчика ABC
BI00339	2100089	2100790	+	белок домена HDIG
BI00340	2100871	2101728	-	консервативный гипотетический белок
BI00341	2101825	2104335	-	белок системы поглощения калия Kup [импортированный]
BI00342	2104481	2105188	-	гидролаза, семейство TatD
BI00343	2105717	2106784	+	белок семейства Fic
BI00344	2106816	2108621	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий/белок пермеазы
BI00345	2108635	2110542	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий/белок пермеазы
BI00346	2110935	2111099	-	гипотетический белок
BI00347	2111297	2112703	-	возможно, альфа-галактозидаза
BI00348	2113077	2114231	+	регулятор транскрипции, семейство Lacl, предположительно
BI00349	2114409	2115356	-	возможно, регулятор транскрипции AraC/XylS-типа
BI00350	2115401	2117626	-	консервативный гипотетический белок
BI00351	2117851	2119374	+	аминопептидаза С
BI00352	2119555	2120628	+	консервативный гипотетический белок
BI00353	2121673	2123403	-	метионил-тРНК синтетаза
BI00354	2123873	2124496	+	консервативный гипотетический белок
BI00466t	2124496	2124864	+	консервативный гипотетический белок
BI00355	2124897	2125922	-	консервативный гипотетический белок TIGR00096
BI00356	2126487	2127902	-	возможно, симпортер
BI00357	2127864	2129027	+	консервативный гипотетический белок
BI00358	2129186	2131012	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок/

				белок пермеазы
BI00359	2131231	2133099	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок/ белок пермеазы
BI00360	2133289	2133684	-	регулятор транскрипции, семейство MarR, предположительно
BI00475t	2134267	2134506	+	индуцируемый повреждением ДНК белок Escherichia coli
BI00361	2135008	2138841	-	LPXTG-мотив белка якорного домена клеточной оболочки
BI00362	2139056	2139151	-	гипотетический белок
BI00363	2139209	2143594	-	секретируемый белок
BI00364	2143901	2145394	-	АТФ-зависимая ДНК геликаза recG
BI00365	2145737	2147257	-	пермеаза аминокислот
BI00366	2147448	2151185	-	пермеаза, предположительно
BI00367	2151199	2151897	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00368	2152041	2152607	+	возможно, TetR-подобный регулятор транскрипции
BI00369	2152832	2154310	+	транспортный белок AroP ароматических аминокислот
BI00370	2154575	2155774	+	предположительно, инвертаза/транспозаза
BI00371	2155961	2160952	-	гипотетические гликозилгидролазы семейство 43
BI00372	2161359	2164649	-	гипотетический
BI00373	2164997	2168173	-	возможно, арабинозидаза
BI00374	2168529	2169131	-	консервативный гипотетический белок
BI00375	2169340	2170179	-	переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00376	2170182	2171033	-	переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00377	2171416	2172429	+	регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно
BI00378	2172690	2174015	-	возможный белок, связывающий растворенные вещества, переносчика ABC

BI00379	2174424	2175134	-	белок семейства фосфоглицератмутазы
BI00380	2175226	2175600	+	гипотетические COG0531: переносчики аминокислот
BI00381	2175612	2176550	+	гипотетический белок семейства нитроредуктазы
BI00382	2176846	2179572	+	фаговая инфекция, предположительно
BI00383	2179572	2181908	+	белок фаговой инфекции, предположительно
BI00384	2188511	2189263	+	регуляторный белок, семейство SIR2
BI00385	2189415	2190791	-	треониндегидратаза
BI00386	2190928	2192745	-	глюкан 1,6-альфа-глюкозидаза
BI00387	2192872	2194731	-	гипотетическая раффинозасинтаза или белок набухания семян Sip1
BI00388	2194766	2196433	-	белок семейства альфа-амилазы
BI00389	2196537	2197358	-	гипотетический переносчик ABC белок пермеазы yurm. {bacillus
BI00390	2197364	2198383	-	гипотетический компонент внутренней мембраны связывающий белок-зависимой транспортной системы
BI00391	2198408	2199730	-	гипотетический бактериальный внеклеточный белок, связывающий растворенные вещества
BI00392	2199980	2201095	-	гипотетический белок Efae022644
BI00393	2201159	2202484	-	гипотетический бактериальный внеклеточный белок, связывающий растворенные вещества
BI00394	2202692	2203717	+	регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно
BI00395	2203838	2204854	+	регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно
BI00396	2204919	2205782	-	переносчик сахара ABC, белок пермеазы
BI00397	2205804	2206730	-	переносчик сахара ABC, белок пермеазы
BI00398	2206755	2208041	-	переносчик сахара ABC, сахарсвязывающий

				белок, предположительно
BI00399	2208215	2209420	+	регулятор транскрипции ROK семейства VC2007 [импортированный], предположительно
BI00400	2209591	2211894	-	альфа-галактозидаза
BI00401	2212017	2212445	-	гипотетическая цитидин- и дезоксицитидилатдеаминаза цинксвязывающий участок
BI00402	2212589	2214658	+	антипортер Na+/H+
BI00403	2214858	2215613	-	серинэстераза, предположительно
BI00404	2215613	2215714	-	гипотетический белок
BI00405	2215735	2216592	-	консервативный гипотетический белок
BI00406	2216949	2217527	+	дезоксицитидинтрифосфатдеаминаза
BI00407	2217593	2219320	+	белок якорного семейства поверхности клеточной оболочки, предположительно
BI00408	2219543	2222527	-	АТФаза кальция Е1-Е2-типа
BI00409	2222713	2223447	-	белок, возможно, вовлеченный в деградацию ксилана, возможно, ксиланэстераза
BI00410	2223622	2225049	-	гипотетический белок суперсемейства главного посредника
BI00411	2225005	2225994	+	РНК метилтрансфераза, семейство TrmH, группа 3
BI00412	2226107	2227516	-	консервативный гипотетический белок
BI00413	2227740	2228864	-	АТФ-связывающий белок переносчика ABC для сахаров
BI00414	2229226	2230419	-	белок домена гликозилтрансферазы
BI00415	2230486	2231475	-	рибонуклеотидредуктаза, бета-субъединица
BI00416	2231704	2233896	-	рибонуклеозид-дифосфатредуктаза, альфа-субъединица
BI00417	2234015	2234470	-	белок nrdl
BI00418	2234470	2234733	-	COG0695: Глутаредоксин и родственные

				белки
BI00419	2235324	2235767	-	гипотетическая спираль-поворот-спираль
BI00420	2235958	2236635	-	консервативный гипотетический белок
BI00421	2236828	2237592	+	переносчик ионов
BI00422	2237788	2238891	+	консервативный гипотетический белок
BI00423	2239035	2239349	-	бета-глюкозидаза-родственная гликозидаза
BI00424	2239828	2241951	+	высококонсервативный белок с доменом эукариотической протеинкиназы
BI00425	2242132	2243106	+	консервативный гипотетический белок
BI00426	2243627	2245111	+	консервативный гипотетический белок
BI00427	2245147	2246067	+	диметиладенозинтрансфераза
BI00428	2246067	2247014	+	киназа, семейство GHMP, группа 2
BI00429	2246860	2247690	+	гипотетический белок BL0655
BI00430	2247781	2249193	-	pcnA
BI00431	2249280	2250569	+	белок домена NUDIX
BI00432	2250569	2252836	+	белок якорного семейства поверхности клеточной оболочки, предположительно
BI00433	2252836	2254560	+	консервативный гипотетический мембранный белок семейства MviN
BI00434	2254646	2256706	+	консервативный гипотетический белок
BI00435	2256829	2257845	+	тиоредоксинредуктаза
BI00436	2258158	2259516	-	белок распределения хромосом ParB
BI00437	2259519	2260487	-	белок семейства Soj
BI00438	2260741	2261403	-	метилтрансфераза GidB
BI00439	2261558	2262088	-	белок домена R3H
BI00440	2262215	2263219	-	внутренний мембранный белок, 60 кДа VC0004 [импортированный]
BI00143g	2263219	2263533	-	консервативный гипотетический белок TIGR00278
BI00576t	2263533	2264063	-	компонент белка рибонуклеазы Р
BI00441	2263925	2264056	-	рибосомальный белок L34
BI00442	1	1500	+	белок хромосомального инициатора репликации DnaA

BI00443	2239	3360	+	ДНК-полимераза III, бета-субъединица
BI00444	3442	4626	+	белок recF
BI00445	4626	5093	+	консервативный гипотетический белок
BI00446	5229	7364	+	DNA гираза, субъединица В
BI00447	7534	10083	+	DNA гираза, субъединица А
BI00448	10156	10719	+	консервативный гипотетический белок
BI00449	11406	12116	+	гипотетический белок
BI00450	12179	13699	+	гипотетическая пектинэстераза
BI00451	14103	15446	-	NADP-специфическая глутаматдегидрогеназа
BI00452	15768	16199	-	регулятор транскрипции AsnC-типа
BI00453	16405	17736	+	аспартатаминотрансфераза
BI00454	17757	18746	-	гипотетический белок Blon021073
BI00455	19007	19600	+	гипотетический белок BL0627
BI00456	19770	20462	+	гипотетический белок Blon021075
BI00457	20579	20821	+	Предположительно, регуляторный белок acrab оперона репрессора транскрипции
BI00599t	21403	21735	-	IS1557, транспозаза, предположительно
BI00146g	21834	22397	-	консервативный гипотетический белок
BI00458	22130	23497	-	гипотетический COGI 167: Регуляторы транскрипции, содержащие ДНК-связывающий НТН домен и аминотрансферазный домен (семейство MocR) и их эукариотические ортологи
BI00459	24132	25454	+	суперсемейство аминотрансферазы, класс III
BI00460	25495	26397	+	Цинк-металлопротеаза
BI00461	26414	26509	-	гипотетический белок
BI00462	26487	26849	+	COG3265: Глюконаткиназа
BI00463	27114	28424	-	консервативный гипотетический белок
BI00464	28662	29138	-	белок семейства Dps, предположительно
BI00465	29238	30608	-	белок домена CBS, предположительно
BI00466	30841	31521	-	карбоангидразы прокариотического типа

BI00467	31727	32287	+	алкил-гидрогенперксид редуктаза
BI00468	32458	34371	+	тиоредоксинредуктаза
BI00469	34494	35963	-	антипортер оксалагформиат
BI00470	35948	36094	+	гипотетический белок
BI00471	36333	37328	+	регулятор транскрипции Lacl-типа
BI00472	37558	40308	-	фосфоенолпируват карбоксилаза
BI00473	40594	42471	+	мембранный белок, предположительно
BI00474	42737	44344	+	возможно, симпортер натрия/пролина
BI00475	44680	45663	-	узкоконсервативный гипотетический белок
BI00476	45917	47533	+	консервативный гипотетический белок
BI00477	47717	48805	-	триптофанил-тРНК синтетаза
BI00478	49056	49325	+	гипотетический белок
BI00479	49437	49967	-	консервативный гипотетический белок
BI00480	49986	52505	+	гликогенфосфорилаза
BI00481	52725	52940	-	гипотетический белок BL0595
BI00482	53195	53887	+	белок семейства Rhomboid
BI00483	54562	55029	-	консервативный гипотетический белок
BI00484	55119	55907	+	консервативный гипотетический белок
BI00485	55907	57142	+	гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI00486	57196	57837	+	pabA
BI00487	58067	60136	-	серин/треонин-протеинкиназа
BI00488	60136	60942	-	серин/треонин-протеинкиназа
BI00489	61083	62546	-	pbpA
BI00490	62546	64204	-	неизвестный, предположительно
BI00491	64204	65895	-	возможно, фосфопротеинфосфатаза
BI00492	65903	66430	-	белки, содержащие FHA-домен
BI00493	66463	67161	-	белок домена FHA
BI00494	67349	69790	-	дипептидилпептидаза IV, предположительно
BI00495	69951	70997	+	лизофосфолипаза L2, предположительно
BI00496	71080	72228	+	белок фактора фон Виллебранда домена типа А

BI00497	72231	72947	+	консервативный гипотетический белок
BI00498	72947	73348	+	гипотетический белок Blon021556
BI00654t	73348	73497	+	гипотетический белок Blon021556
BI00499	73873	74724	+	белок резистентности к теллуриту
BI00500	75108	75608	+	белок теплового шока, семейство Hsp20
BI00501	75938	76891	+	возможно, трансмембранный белок
BI00502	77065	77520	-	консервативный гипотетический белок
BI00503	77753	79132	+	COG0627: Предсказанная эстераза
BI00504	79132	81702	+	COG2898: Неохарактеризованный BCR
BI00505	82241	83212	+	пептидметионинсульфоксидредуктаза
BI00506	83218	83304	+	гипотетический белок BL0567
BI00668t	83341	83496	+	COG0463: Гликозилтрансферазы, вовлеченные в биогенез клеточной оболочки
BI00507	83506	86709	-	геликаза-родственный белок
BI00509	86785	87195	-	белок мутатора MutT, предположительно
BI00510	87337	88587	+	гипотетический домен с неизвестной функцией
BI00511	88678	89139	+	ацетилтрансфераза, семейство GNAT
BI00512	89226	90080	-	гипотетический
BI00513	90187	90420	-	гипотетический белок
BI00514	90480	90842	+	консервативный гипотетический белок
BI00515	91329	92639	-	квеуин тРНК-рибозилтрансфераза
BI00516	93056	95065	+	белок теплового шока HtrA
BI00517	95480	97636	+	катион-транспортирующая АТФаза, семейство Е1-Е2
BI00684t	97816	98862	+	регулятор транскрипции, семейство Lad
BI00518	98874	99131	-	гипотетическое семейство mttA/Hcfl06
BI00519	99136	100215	-	Sec-независимая протеинтранслоказа TatC
BI00687t	100215	100730	-	гипотетический белок диаргининовой транслокации, семейство TatA/E
BI00520	101182	103581	+	гипотетическая сигнальная последовательность пути Tat (диаргининовой транслокации)
BI00521	103674	106151	+	гипотетический
BI00522	106547	107707	-	консервативный гипотетический белок
BI00523	107911	109359	+	ферредоксин/ферредоксин-NADP редуктаза, предположительно
BI00524	109452	110450	+	белок теплового шока HtpX
BI00525	110667	111731	-	фруктоза-бисфосфатальдолаза, класс II
BI00526	111947	113230	+	аденилосукцинат синтетаза
BI00527	113524	114837	+	хлоридный канал
BI00528	115027	116094	+	семейство CrcB-подобного белка
BI00700t	116097	116489	+	белок, сходный с СгсВ
BI00529	116581	116691	+	гипотетический белок
BI00530	116767	117849	+	сахарсвязывающий регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно
BI00531	118274	119842	+	белок системы поглощения калия Kup [импортированный]
BI00532	120262	121806	+	альфа-L-арабинофуранозидаза
BI00533	121981	123012	+	регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно
BI00534	123104	124012	-	гликозилгидролаза, семейство 31
BI00535	124149	124370	-	IS861, транспозаза OrfB
BI00711t	124604	125803	+	возможно, интеграза/рекомбиназа
BI00712t	125878	126765	+	возможно, интеграза/рекомбиназа
BI00536	126765	127817	+	интеграза/рекомбиназа XerC, возможно, [импортированный], предположительно
BI00537	127910	128956	-	транспозаза семейства IS3
BI00538	129291	130814	+	сахароза фосфорилаза
BI00539	131035	132669	+	гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI00540	132736	133776	+	сахарсвязывающий регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно

BI00541	134407	135771	+	переносчик семейства главного посредника
BI00542	135971	137020	+	кетол-кислота редуктоизомераза
BI00543	137452	138501	+	кетол-кислота редуктоизомераза
BI00544	138689	140500	-	белок семейства альфа-амилазы
BI00545	140663	141694	-	регулятор транскрипции, семейство Lacl [импортированный], предположительно
BI00546	142008	144242	-	4-альфа-глюканотранссрераза
BI00547	144506	144784	-	гипотетический белок Blon021648
BI00548	144856	145482	+	консервативный гипотетический белок
BI00549	145500	146507	-	регулятор транскрипции, семейство Lacl [импортированный], предположительно
BI00550	146777	147490	+	переносчик сахара ABC, белок пермеазы
BI00551	147605	150139	+	гликозилгидролаза, семейство 31
BI00552	151125	153002	+	белок dnaK
BI00553	153005	153658	+	ко-шаперон GrpE
BI00554	153753	154769	+	белок DnaJ [импортированный]
BI00555	154787	155371	+	hspR
BI00556	155647	156996	+	ксантинпермеаза, предположительно
BI00557	157036	158154	+	возможно, ацилпротеинсинтаза/ацил-СоА редуктаза-подобный белок
BI00558	158144	159640	+	возможно, ацил-СоА редуктаза
BI00559	159715	160497	+	3-оксоацил-ацил белок-носитель редуктаза
BI00560	160553	161281	+	бета-фосфоглюкомутаза, предположительно
BI00561	161435	162157	+	белок DedA
BI00749t	162383	163330	+	консервативный гипотетический белок
BI00562	163340	164404	+	trbB
BI00751t	164410	165060	+	консервативный гипотетический белок
BI00752t	165060	165659	+	гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI00563	165947	166231	+	гипотетический белок BL0505
BI00754t	166240	166614	+	консервативный гипотетический белок
BI00564	166715	167041	+	консервативный гипотетический белок

BI00565	167093	168220	+	белок BmrU, предположительно
BI00566	168424	169020	-	возможно, регулятор транскрипции TetR-типа
BI00567	169297	172125	+	ДНК-полимераза III, тау/гамма субъединица
BI00568	172154	172753	+	рекомбинантный белок RecR
BI00569	172756	173886	-	белок семейства сортазы
BI00570	174774	176054	+	консервативный гипотетический белок
BI00571	176649	177179	+	гипотетическое семейство аминокислота-киназа
BI00572	177262	177801	+	аспартокиназа, альфа и бета-субъединицы
BI00573	177889	178980	-	аспартат-семиальдегиддегидрогеназа
BI00574	179055	179765	+	консервативный гипотетический белок
BI00575	179774	181351	-	семейство Ser/Thr протеинфосфатазы
BI00576	182040	183953	+	2-изопропилмалатсинтаза
BI00577	184031	186493	-	пенициллинсвязывающий белок, предположительно
BI00578	186772	187959	+	возможно, пре-пилин-пептидаза
BI00579	188086	191169	+	ДНК-топоизомераза I
BI00580	191549	192067	+	тимидилаткиназа
BI00581	192067	193215	+	ДНК-полимераза III, дельта-субъединица
BI00582	193337	193888	+	консервативный гипотетический белок TIGR00481
BI00583	194034	195632	+	неизвестный
BI00584	195767	197281	+	формиат-тетрагидрофолат лигаза
BI00585	197684	198028	-	консервативный гипотетический белок
BI00586	198149	198763	+	узко консервативный гипотетический мембранный белок
BI00587	198817	200226	-	гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI00588	200521	201177	+	белок семейства фосфоглицератмутазы
BI00589	201278	202228	+	консервативный гипотетический белок
BI00590	202352	203224	+	трансгликолаза, эпимераза
BI00591	203348	204496	-	прекурсор экстенсина (гидроксипролин- богатый гликопротеин клеточной оболочки)
BI00790t	204684	204866	+	гипотетический белок BL0470
BI00592	205053	206570	+	глутамил-тРНК синтетаза
BI00593	207503	207988	+	гипотетический белок Blon021299
BI00594	207946	208221	-	гипотетический белок BL0466
BI00595	208388	214285	+	семейство якорных белков поверхности клеточной оболочки, аутентичный сдвиг рамки
BI00596	214390	215208	-	гипотетический
BI00597	216652	218460	+	консервативный гипотетический интегральный мембранный белок
BI00598	218637	219317	+	мембранный антиген, предположительно
BI00599	219470	220744	+	интегральный мембранный белок
BI00600	220769	222070	+	возможно, белок пермеазы системы переносчика ABC
BI00601	222107	223327	+	возможно, белок пермеазы системы переносчика ABC
BI00602	223346	224140	+	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00603	224259	224819	+	липопротеин, предположительно
BI00604	224831	225427	-	регулятор транскрипции, семейство TetR, предположительно
BI00605	225545	227704	-	белок фаговой инфекции, предположительно
BI00606	227704	230250	-	белок фаговой инфекции, предположительно
BI00607	230686	231969	+	мембранный белок, предположительно
BI00608	232037	233602	+	6-фосфоглюконатдегидрогеназа, декарбоксилирующая
BI00609	233756	234595	-	6-фосфоглюконолактоназа
BI00610	234825	235847	-	белок oxppcycle OpcA
BI00611	235847	237499	-	глюкоза-6-фосфат 1-дегидрогеназа
BI00612	237652	239337	+	неизвестный
BI00613	239417	240448	-	гликозилтрансфераза, вовлеченная в биогенез клеточной оболочки
BI00614	240475	241311	-	регулятор транскрипции, семейство TetR
BI00615	241407	242675	+	частица распознавания сигнала-докинг-белок FtsY
BI00616	243046	244338	+	переносчик аммиака
BI00617	244343	244678	+	регуляторный белок азота P-II
BI00618	244832	246613	+	белок-pII, уридилилтрансфераза,
BI00619	246653	248095	-	индуцируемый повреждением ДНК белок F, предположительно
BI00620	248301	249827	+	репликационная ДНК геликаза
BI00621	249830	251299	+	УДФ-N-ацетилмурамилтрипептидсинтаза
BI00622	251405	252154	+	синтаза кобировой кислоты
BI00623	252306	252590	+	консервативный гипотетический белок
BI00624	252590	254407	+	семейство ABCI
BI00625	254428	255447	-	регулятор транскрипции, семейство Lad
BI00626	255933	257255	+	белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC
BI00627	257546	258469	+	переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00628	258493	259308	+	переносчик ABC, белок пермеазы, MaIFG семейство
BI00629	259473	261446	+	консервативный гипотетический белок
BI00630	262147	267966	+	гипотетический
BI00631	268074	271778	+	семейство якорных белков поверхности клеточной оболочки, предположительно
BI00632	271911	272741	+	консервативный гипотетический белок TIGR00044
BI00633	272825	273835	-	prsA
BI00634	273960	274439	-	гипотетические COG3210: Крупные экзобелки, вовлеченные в утилизацию гема или адгезию
BI00635	274604	274891	+	рибосомальный белок S6
BI00636	274951	275604	+	гипотетический одноцепочечный связующий белок
BI00637	275668	275913	+	рибосомальный белок S18
BI00638	275936	276379	+	рибосомальный белок L9
BI00639	276769	277026	+	ptsH
BI00640	277029	278705	+	фосфоенолпируват-белок фосфотрансфераза
BI00641	278942	279673	+	белок-посредник поглощения глицерина
BI00642	279763	282468	-	медь-транслоцирующая АТФаза Р-типа
BI00643	282580	282858	+	белок семейства COG 1937
BI00644	283012	284325	+	Неохарактеризованный BCR, семейство YigN, COG 1322 семейство
BI00645	284325	284951	+	консервативный гипотетический белок
BI00646	285048	285893	+	COG0566: рРНК метилазы
BI00647	285787	286359	+	глутамил-тРНК(Gln) амидотрансфераза, субъединица С
BI00648	286366	287904	+	глутамил-тРНК(Gln) амидотрансфераза, субъединица А
BI00649	287933	289429	+	глутамил-тРНК(Gln) амидотрансфераза, субъединица В
BI00650	289728	290789	+	возможно, ацетилтрансфераза
BI00651	290803	291114	+	консервативный гипотетический белок
BI00652	291501	293141	+	консервативный гипотетический белок
BI00653	293363	294973	+	BarJ
BI00654	295245	297248	+	фактор терминации транскрипции Rho
BI00655	297358	297501	+	гипотетический белок
BI00656	297559	297945	+	хоризматмутаза
BI00657	298070	300151	+	семейство якорных белков поверхности клеточной оболочки, предположительно
BI00658	300383	303220	-	валил-тРНК синтетаза, предположительно
BI00659	303262	304686	-	переносчик ABC, периплазматический субстратсвязывающий белок, предположительно
BI00660	304850	305533	-	эндонуклеаза III

BI00661	305595	306374	-	регулятор транскрипции
BI00662	306556	307212	-	мембранный белок, предположительно
BI00663	307369	307950	-	интегральный мембранный белок в upf0059
BI00664	308187	308678	-	неорганическая пирофосфатаза
BI00665	308908	311145	-	белок семейства альфа-амилазы
BI00666	311386	313377	+	консервативный гипотетический белок
BI00667	313988	315019	+	гомосерин O-сукцинилтрансфераза
BI00668	315484	316293	+	АТР синтаза FO, субъединица А
BI00669	316400	316624	+	АТР синтаза FO, субъединица С
BI00670	316684	317199	+	АТР синтаза FO, субъединица В
BI00671	317237	318070	+	АТР синтаза FI, дельта-субъединица
BI00672	318149	319777	+	АТР синтаза FI, альфа-субъединица
BI00673	319784	320704	+	АТР синтаза FI, гамма-субъединица
BI00674	320716	322185	+	АТР синтаза FI, бета-субъединица
BI00675	322188	322478	+	АТР синтаза FI, эпсилон-субъединица, предположительно
BI00676	322539	323336	+	предсказанная нуклеаза семейства RecB
BI00677	323388	324374	-	возможно, секретируемый белок пептидил-пролил цис-транс изомеразы
BI00678	324455	325531	+	консервативный гипотетический белок
BI00679	325534	326538	+	консервативный гипотетический белок
BI00680	326790	327761	+	тиоредоксин [импортированный], предположительно
BI00681	327850	328473	-	аденилат циклаза
BI00682	329012	329398	+	эндорибонуклеаза L-PSP, предположительно
BI00683	329536	330498	+	белок домена ацилтрансферазы
BI00684	330595	331593	+	глицерин-3-фосфат дегидрогеназа, NAD-зависимая
BI00685	331783	332967	+	D-ala D-ala лигаза
BI00686	333223	334386	+	переносчик ABC, периплазматический субстратсвязывающий белок
BI00687	334206	335348	+	спермидин/путресцин переносчик ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00688	335348	336199	+	спермидин/путресцин переносчик ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00689	336207	337481	+	спермидин/путресцин переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00690	337788	338828	+	семейство белков семейства СААХ аминотерминальной протеазы
BI00691	338873	339667	-	семейство механочувствительных ионных каналов
BI00692	339751	341181	-	аспартат аммиак-лиаза
BI00693	341302	342030	-	регулятор транскрипции, белок домена семейства TetR
BI00694	342124	343527	-	консервативный гипотетический белок
BI00695	343852	344400	-	метилированная-ДНК-протеин-цистеин метилтрансфераза
BI00696	345228	346055	+	гипотетический белок с мотивом спираль-поворот-спираль
BI00697	345928	347202	-	белок семейства MFS переносчиков, предположительно
BI00698	347393	348406	-	рибокиназа [импортированный]
BI00939t	348735	349001	+	рибосомальный белок L28
BI00699	349116	351944	+	АТФ-зависимая ДНК геликаза RecG
BI00700	352204	352782	+	метилтрансфераза, предположительно
BI00701	352812	353624	-	тРНК (гуанин-N1)-метилтрансфераза
BI00702	353623	355341	+	неизвестный
BI00703	355422	356399	+	консервативный гипотетический белок
BI00704	356482	357354	+	4-дифосфоцитидил-2С-метил-D-эритрит синтаза, предположительно
BI00705	357367	358041	+	пирролидон-карбоксилатпептидаза, предположительно
BI00706	358303	359766	+	lgA-специфическая серин-эндопептидаза, предположительно
BI00707	359884	361224	+	аминопептидаза С

BI00708	361519	362649	+	фосфо-2-дегидро-3-дезоксигептонат альдолаза
BI00709	362781	364010	+	фосфо-2-дегидро-3-дезоксигептонат альдолаза
BI00710	364141	364845	+	MTA/SAH нуклеозидаза
BI00711	365444	366427	+	гипотетическая АТФаза, гистидин киназа-, ДНК-гираза В- и белок HSP90-подобного домена
BI00712	366563	367330	+	ДНК-связывающий регулятор ответа RegX3
BI00713	367583	368713	+	АВС-переносчик фосфата, фосфатсвязывающий белок
BI00714	368927	369877	+	pstC2
BI00715	369997	370875	+	АВС-переносчик фосфата, белок пермеазы
BI00716	370931	371707	+	phoT
BI00717	372005	372580	+	белок lemA
BI00718	372647	374902	+	консервативный гипотетический белок
BI00719	374971	375831	+	оксидоредуктаза, семейство альдо/кето редуктаз
BI00720	375932	376981	+	инозин-уридин-предпочитающая нуклеозидгидролаза
BI00721	377109	377729	-	16S рРНК процессирующий белок RimM
BI00722	377755	377985	-	белок домена KH
BI00723	378009	378467	-	рибосомальный белок S16
BI00724	378703	379809	-	семейство эндонуклеазы/экзонуклеазы/ фосфатазы
BI00725	379889	381634	-	белок частицы распознавания сигнала
BI00726	381843	382748	+	суперсемейство белков семейства оттока катионов
BI00727	382773	384488	-	цистеинил-тРНК синтетаза
BI00728	384518	385363	+	возможно, амидотрансфераза
BI00729	385627	387687	+	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00730	387746	388162	-	белок стабильности плазмиды StbB
BI00731	388175	388450	-	гипотетический белок

BI00732	388609	389160	-	ацетолактатсинтаза, малая субъединица
BI00733	389180	391144	-	ацетолактатсинтаза, большая субъединица, биосинтетического типа
BI00734	391308	392033	-	рибонуклеаза III
BI00735	392189	392380	-	рибосомальный белок L32
BI00736	392472	393098	-	Неохарактеризованный ACR, COG 1399
BI00737	393191	394078	-	консервативный гипотетический белок
BI00738	394089	394586	-	пантетеин-фосфатаденилилтрансфераза
BI00739	394860	395150	+	консервативный гипотетический белок
BI00740	395198	396205	-	K+ канал, бета-субъединица
BI00741	396379	396804	+	регулятор транскрипции, семейство MerR NMB1303 [импортированный], предположительно
BI00742	396910	397533	-	гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI00743	397764	399083	+	никотинатфосфорибозилтрансфераза, предположительно
BI00744	399381	400142	+	рибонуклеаза РН
BI00745	400189	400944	+	семейство HamI
BI00746	401106	402659	+	гипотетическое семейство FemAB
BI00747	402736	404043	+	белок семейства FemAB, предположительно
BI00748	404096	405373	+	фактор резистентности к бета-лактаму, предположительно
BI00749	405462	406460	-	мембранный белок, предположительно
BI00750	407182	408879	+	глюкоза-6-фосфат изомераза
BI00751	409515	409877	+	рибосомальный белок L19
BI00752	410047	410901	+	lepB
BI00753	411024	411860	+	рибонуклеаза HII
BI00754	411990	413102	+	регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный]
BI00755	413261	414904	+	возможно, сахаркиназа
BI00756	414992	415681	+	сахаризомераза

BI00757	416114	417430	+	L-арабиноза изомераза
BI00758	417620	418240	-	глутаминамидотрансфераза/дипептидаза trp-G типа
BI00759	418178	420178	+	мембранный белок, предположительно
BI00760	420330	421694	+	пермеаза, предположительно
BI00761	421694	422914	+	трансмембранный белок Vexpl, предположительно
BI00762	422930	423562	+	Vexp2
BI00763	423886	425706	-	длинноцепочечная жирная кислота-СоА лигаза, предположительно
BI00764	425820	426098	+	фрагмент арабиноза-пермеазы
BI00765	426765	429890	+	гипотетический переносчик ABC
BI00766	430170	430436	-	переносчик СС0814 семейства главного посредника [импортированный], предположительно
BI00767	431272	432618	+	белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC
BI00768	432750	433799	+	переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00769	433820	434809	+	неизвестный
BI00770	435125	437128	+	бета-D-галактозидаза, предположительно
BI00771	437175	438227	+	регулятор транскрипции, семейство Lad [импортированный], предположительно
BI00772	438426	441116	+	арабиногалактан эндо-1,4-бета-галактозидаза, предположительно
BI00773	441755	442621	+	оксид оредуктаза, семейство альдо/кето редуктаз
BI00774	442628	443368	+	консервативный гипотетический белок
BI00775	443378	444745	-	консервативный гипотетический белок
BI00776	445003	446367	+	транспортный белок, семейство NRAMP
BI00777	446472	448073	-	переносчик резистентности к лекарственным препаратам, подсемейство EmrB/QacA

BI00778	448424	450007	+	гликозилтрансфераза CpsE
BI00779	450302	452029	+	COG0840: Метил-акцептирующий белок хемотаксиса
BI00780	452064	453566	+	возможно, Etk-подобная тирозинкиназа, вовлеченная в биосинтез Eps
BI00781	453760	454725	+	белок семейства гипотетической гликозилтрансферазы, группа 1
BI00782	454725	456065	+	предположительно, белок гликозилтрансферазы
BI00783	456065	457126	+	белок семейства NAD зависимой эпимеразы/дегидратазы
BI00784	457201	458448	+	УДФ-глюкоза 6-дегидрогеназа
BI00785	458489	459550	+	гипотетический белок семейства гликозилтрансферазы, группа 1
BI00786	459581	460408	+	гипотетический EpsI II
BI00787	460446	460952	+	гипотетический гексапептид бактериальной трансферазы (три повтора)
BI00788	460985	461998	+	гипотетический белок синтеза капсульного полисахарида
BI00789	462020	463360	+	гипотетический белок
BI00790	463363	464292	+	Eps9K
BI00791	464362	465753	+	гипотетический белок биосинтеза полисахарида
BI00792	465789	466280	+	гипотетический гексапептид бактериальной трансферазы (три повтора)
BI00793	466366	467514	-	белок семейства NAD-зависимой эпимеразы/дегидратазы, предположительно
BI00794	467785	468363	-	транспозаза, вырожденная
BI00795	468615	468770	-	гипотетические COG2963: Транспозаза и инактивированные производные
BI00796	469189	470208	+	dTDP-глюкоза 4,6-дегидратаза
BI00797	470347	471303	+	dTDP-4-дегидрорамноза 3,5-эпимераза
BI00798	471349	472245	+	глюкоза-1-фосфат тимидилилтрансфераза

BI00799	472858	473046	-	гипотетический белок
BI00800	473371	473802	-	консервативный гипотетический белок
BI00801	474083	474640	-	гипотетическая низкомолекулярная фосфотирозин протеинфосфатаза
BI00802	474825	475331	-	гипотетический белок
BI00803	475655	475867	-	гипотетическая спираль-поворот-спираль
BI00804	475860	476042	-	гипотетический белок
BI00805	475971	476312	+	гипотетический белок
BI00806	476415	477422	-	консервативный гипотетический белок
BI00807	477471	478751	+	узко консервативный гипотетический белок
BI00808	477495	477866	-	тиоредоксин
BI00809	478880	479734	+	3-оксоадипат енол-лактоназа, предположительно
BI00810	479747	481036	+	белок семейства MutT/nudix
BI00811	481065	481475	+	белок Н системы отщепления глицина
BI00812	481547	482875	+	консервативный гипотетический белок
BI00813	482973	485453	+	протеаза II
BI00814	485521	486549	+	3-изопропилмалатдегидрогеназа
BI00815	486610	487692	+	липоат-протеинлигаза
BI00817	487934	488650	+	возможно, регулятор транскрипции с циклическим нуклеотидсвязывающим доменом
BI00818	488757	491069	+	ponA, предположительно
BI00819	491264	492634	+	NADH-зависимая флавиноксидоредуктаза, предположительно
BI00820	492807	493955	-	дигидрооротат-дегидрогеназа, предположительно
BI00821	494409	495122	+	глицерин-3-фосфат регулон репрессор
BI00822	495118	496365	+	галактоза-1-фосфат уридилилтрансфераза
BI00823	496241	497632	+	галактокиназа
BI00824	497718	497987	+	белок домена ACT
BI00825	498201	499487	+	схожий с неизвестными белками
BI00826	499800	500516	-	spoU

BI00827	500612	501463	+	mutY
BI00828	501531	502250	+	консервативный гипотетический белок
BI00829	502633	505968	+	ДНК-направленная РНК полимераза, бета-субъединица
BI00830	506139	510173	+	ДНК-направленная РНК полимераза, бета-prime субъединица
BI00831	510338	510967	-	белок домена FHA
BI00832	510986	511498	-	гипотетический белок Blon020438
BI00833	511528	512457	-	возможно, фосфопротеинфосфатаза
BI00834	512457	514967	-	мембранный белок, предположительно
BI00835	514967	516187	-	белок семейства с неизвестной функцией
BI00836	516215	517585	-	moxR2
BI00837	517599	523580	-	семейство якорных белков поверхности клеточной оболочки, предположительно
BI00838	523750	525168	-	серин/треонин протеинкиназа, предположительно
BI00839	525300	529592	+	гипотетические COG0210: Суперсемейство I ДНК и РНК геликаз
BI00840	529427	533620	+	белок домена геликазы UvrD/REP
BI00841	533962	535152	+	возможно, транспортный белок
BI00842	535527	536243	+	дигидродипиколинат редуктаза
BI00843	536388	537311	+	дигидродипиколинат синтаза
BI00844	537585	539246	+	белок суперсемейства металло-бета-лактамазы
BI00845	539291	541897	+	белок домена семейства пептидазы М1
BI00846	542078	542971	+	гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI00847	543164	543502	+	консервативный гипотетический белок
BI00848	543954	545336	+	фосфоглюкозамин мутаза
BI00849	545362	546012	+	полипептид деформилаза
BI00850	546072	547472	+	консервативный гипотетический белок
BI00851	547492	547620	+	гипотетический белок
BI00852	547858	548979	+	фактор 2 высвобождения пептидной цепи

BI00853	548991	550121	+	ftsE
BI00854	550135	551055	+	переносчик ABC клеточного деления, белок пермеазы FtsX, предположительно
BI00855	551161	552519	+	аутолизин, предположительно
BI00856	552673	553146	+	SsrA-связывающий белок
BI00857	553192	554265	+	переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы
BI00858	554479	555420	+	переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы
BI00859	555554	556546	+	переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы
BI00860	556566	557393	+	переносчик глутамина ABC, АТФ-связывающий белок
BI00861	557604	559493	+	глюкозамин-фруктоза-6-фосфат аминотрансфераза, изомеризующая
BI00862	559699	560271	+	COG0564: Псевдоуридилатсинтазы, 23S РНК-специфические
BI00863	560313	560525	-	гипотетический белок Blon020898
BI00864	560565	561548	-	регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно
BI00865	561794	562717	+	переносчик сахара ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00866	562776	563780	+	неизвестный
BI00867	563975	566047	+	бета-D-галактозидаза
BI00868	566259	567185	+	регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно
BI00869	567311	569008	-	альфа-L-арабинофуранозидаза
BI00870	569168	570517	+	белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC
BI00871	570852	572192	+	возможно, белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC для сахаров
BI00872	572449	573729	+	сахарсвязывающий белок Sbp

BI00873	573795	574562	-	активатор транскрипции, возможно, семейство Baf [импортированный]
BI00874	574688	576304	+	переносчик ABC, периплазматический субстратсвязывающий белок, предположительно
BI00875	576372	577346	+	мембранный белок, предположительно
BI00876	577346	578245	+	переносчик пептидов ABC, белок пермеазы, предположительно
BI00877	578245	579033	+	переносчик ABC, нуклеотидсвязывающий/АТФазы белок
BI00878	579029	579811	+	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00879	580296	581360	+	цистатионин бета-синтаза
BI00880	581455	582636	+	цистатионин бета-лиаза
BI00881	582780	584501	-	семейство ErfK/YbiS/YcfS/YnhG
BI00882	584781	586613	+	АТФ-зависимая ДНК геликаза RecQ
BI00883	586729	587220	+	белок продуцирования аутоиндуктора-2 LuxS
BI00884	587453	587917	+	ацетилтрансфераза, семейство GNAT, предположительно
BI00885	588181	589638	-	гипотетический белок Blon020876
BI00886	589890	591347	-	аминокислота-пермеаза
BI00887	591542	592891	+	аланин рацемаза
BI00888	593087	594370	+	дезоксигуанозинтрифосфат трифосфогидролаза, предположительно
BI00889	594546	596642	+	ДНК-примаза, предположительно
BI00890	596961	597710	+	белок биосинтеза пиридоксина
BI00891	597799	598434	+	суперсемейство семейство SNO глутамин амидотрансферазы
BI00892	598495	600156	+	аминотрансфераза, класс I, предположительно
BI00893	600514	601443	+	белок семейства аспарагиназы
BI00894	601476	601607	+	гипотетический белок Blon020867
BI00895	601574	601897	-	гипотетический белок

BI00896	601995	603179	+	возможно, транспортный белок
BI00897	603210	603467	-	гипотетический белок Blon020865
BI00898	603634	603723	+	гипотетический белок
BI00899	603651	605795	-	схожий с альфа-L-арабинофуранозидазой А
BI00900	605923	606921	+	EF0065, предположительно
BI00901	607014	608087	-	консервативный гипотетический белок
BI00902	608687	609373	+	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00903	609373	610545	+	консервативный гипотетический белок
BI00904	610560	612116	+	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI00905	612106	614304	-	1 -дезоксиксилулоза-5-фосфат синтаза
BI00906	614478	615467	+	оксидоредуктаза, цинксвязывающая, предположительно
BI00907	615572	616069	+	фосфорибозиламиноимидазол карбоксилаза, каталитическая субъединица
BI00908	616095	617231	+	фосфорибозиламиноимидазол карбоксилаза, субъединица АТФазы
BI00909	617243	617668	+	furB
BI00910	617709	617954	-	консервативный гипотетический белок
BI00911	618183	619103	+	возможно, белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC
BI00912	619367	621439	+	мембранный белок, предположительно
BI00913	621563	623197	+	альдегид дегидрогеназа
BI00914	623577	624842	-	фосфорибозиламин-глицин лигаза
BI00915	624872	625702	-	фосфорибозилформилглицинамидин цикло-лигаза
BI00916	626029	627537	-	амидофосфорибозилтрансфераза
BI00917	627944	628726	-	переносчик глутамина ABC, АТФ-связывающий белок
BI00918	628726	629610	-	переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы
BI00919	629723	630583	-	переносчик аминокислот ABC, периплазматический

				аминокислотасвязывающий белок
BI00920	630788	631255	-	консервативный гипотетический белок
BI00921	631328	632698	-	белок семейства Atz/Trz, предположительно
BI00922	632741	634240	-	8-аденозил-L-гомоцистеин гидролаза, NAD связывающий домен
BI00923	634405	635991	+	структурный ген резистентности к ультрафиолету
BI00924	635991	636206	+	гипотетический белок Blon020836
BI00925	636246	637220	-	K+ канал, бета-субъединица
BI00926	637331	638293	-	регулятор транскрипции, семейство НТН 1, предположительно
BI00927	638512	640023	+	антипортер Na+/H+, предположительно
BI00928	640043	640699	-	мембранный белок, предположительно
BI00929	640699	642066	-	консервативный гипотетический белок
BI00930	642042	643337	-	возможно, карбоксилэстераза или липаза
BI00931	643478	647209	-	фосфорибозилформилглицинамидин синтаза
BI00932	647275	648024	-	фосфорибозиламиноимидазол-сукцинокарбоксамид синтаза
BI00933	648113	648232	-	гипотетический белок
BI00934	648420	649754	-	фосфорибозилглицинамид формилтрансфераза 2 VC1228 [импортированный]
BI00935	649928	651085	+	белок J биосинтеза капсульного полисахарида типа 1 (capJ)
BI00936	651238	652260	-	консервативный гипотетический белок
BI00937	652822	653880	+	переносчик
BI00938	654695	654967	+	рибосомальный белок S12
BI00939	654976	655443	+	рибосомальный белок S7
BI00940	655478	657598	+	фактор элонгации трансляции G
BI00941	657774	658970	+	фактор элонгации трансляции Tu
BI00942	659184	659909	+	консервативный гипотетический белок
BI00943	660169	660864	+	регулятор транскрипции, семейство LysR, предположительно
BI00944	661085	662098	+	мембранный белок, предположительно
BI00945	662161	662637	-	COG2246: Предсказанный мембранный белок
BI00946	662721	663083	-	белок CrcB
BI00947	663086	663619	-	белок, сходный с CrcB
BI00948	663706	663987	+	гипотетический белок
BI00949	664023	665063	+	алкогольдегидрогеназа, цинк-содержащая
BI00950	665437	665625	+	гипотетический белок
BI00951	665652	667028	-	консервативный гипотетический белок
BI00952	667295	667462	-	возможно, регулятор транскрипции MarR-типа
BI00953	667902	670487	+	эксинуклеаза ABC, субъединица А
BI00954	670548	671903	+	белок семейства оттока MATE, предположительно
BI00955	671914	672603	+	эндонуклеаза III, предположительно
BI00956	672783	673076	-	гипотетический белок Blon020400
BI00957	673098	673766	+	Неизвестный
BI00958	673782	674042	-	ацетилтрансфераза, содержащая гексапептидный повтор
BI00959	674207	675292	+	возможно, интегральный мембранный белок пермеазы
BI00960	675273	675902	+	гипотетические гликозилгидролазы семейство 2, TIM бочкообразный домен
BI00961	676090	677316	-	глутаминсинтетаза, тип I
BI00962	677846	678625	-	узко консервативный гипотетический трансмембранный белок
BI00963	678712	680199	-	дигидролипоамид дегидрогеназа
BI00964	680351	680971	-	консервативный гипотетический белок
BI00965	681063	682427	+	широко консервативный белок в семействе пептидазы или деацетилазы
BI00966	682730	683326	+	консервативный гипотетический белок
BI00967	683329	684801	+	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно
BI00968	684801	685625	+	возможно, белок пермеазы переносчика ABC для кобальта
BI00969	685824	686699	+	белок семейства spoU pPHK метилазы [импортированный]
BI00970	686891	687820	+	фенилаланил-тРНК синтетаза, альфа-субъединица
BI00971	687831	690437	+	фенилаланил-тРНК синтетаза, бета-субъединица
BI00972	690471	691154	+	консервативный гипотетический белок
BI00973	691385	692347	+	N-ацетил-гамма-глутамил-фосфат редуктаза
BI00974	692434	693519	+	бифункциональный белок биосинтеза аргинина ArgJ
BI00013g	693503	693979	-	гипотетический белок Magn025872
BI00975	693809	694612	+	ацетилглутамат киназа
BI00976	694605	695897	+	ацетилорнитин аминотрансфераза
BI00977	695944	696906	+	орнитин карбамоилтрансфераза
BI00978	696906	697415	+	репрессор аргинина
BI00979	697501	698736	+	аргининосукцинат синтаза
BI00980	699184	700653	+	аргининосукцинат лиаза
BI01326t	701005	701196	+	белок биосинтеза тиамина ThiS
BI00981	701211	702077	+	белок thiG
BI00982	702157	702963	+	moeB
BI00983	703023	703376	+	белок роданеза-подобного домена
BI00984	703541	704071	+	белок домена HD
BI00985	703978	704835	+	гипотетический
BI00986	704964	706283	+	тирозил-тРНК синтетаза
BI00987	706314	708086	+	гипотетический белок BL1050
BI00988	708098	709135	+	предсказанные сахар фосфатазы суперсемейства HAD
BI00989	709395	710165	+	гемолизин А
BI00990	710153	710719	-	консервативный гипотетический белок

BI00991	710729	710881	+	гипотетический белок
BI00992	710965	711624	-	схожий с бактериальной системой поглощения K(+)
BI00993	711678	713141	-	белок домена белка катионного транспорта
BI00994	713388	714407	+	поли(Р)/АТР-NAD киназа
BI00995	714410	716233	+	белок репарации ДНК RecN
BI00996	716266	716910	+	гидролаза, дегалогеназа галоидных кислот-подобное семейство, предположительно
BI00997	717154	717525	+	регулятор транскрипции, семейство GntR
BI00998	717550	718467	+	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI01351t	718477	719091	+	мембранный белок, предположительно
BI00999	719985	722768	-	кальций-транслоцирующая Р-типа АТФаза, РМСА-типа
BI01000	722966	723238	+	гипотетический белок BL1037
BI01001	723291	724778	-	треонин-синтаза
BI01356t	725001	725699	+	серин-гидроксиметилтрансфераза
BI01002	726028	727116	+	гамма-глутамил фосфатредуктаза
BI01003	727134	727694	+	консервативный гипотетический белок
BI01004	727694	728476	+	никотинат (никотинамид) нуклеотид-аденилилтрансфераза
BI01005	728580	729857	-	гликозил-гидролаза, семейство 3, предположительно
BI01006	729952	733203	+	неохарактеризованный ACR
BI01007	733340	733834	+	фосфинотрицин-ацетилтрансфераза
BI01008	734033	734629	+	пептидил-тРНК гидролаза
BI01009	734622	738203	+	фактор сопряжения транскрипции-репарации
BI01010	738346	739290	+	оксидоредуктаза, предположительно
BI01011	739444	740739	+	енолаза
BI01012	740809	741423	+	гипотетический инициатор формирования перегородки
BI01013	741423	741986	+	консервативный гипотетический белок
BI01014	742052	743050	+	возможно, экзополифосфатаза-подобный белок
BI01015	743578	744711	+	семейство IS30, транспозаза [импортированный]
BI01016	744846	747062	+	L-серин дегидратаза 1
BI01018	747207	747611	+	пептидил-пролил цис-транс изомераза, FKBP-типа
BI01019	747713	748189	+	фактор удлинения транскрипции GreA
BI01020	748250	749191	-	гемолизин, предположительно
BI01021	749361	750086	+	консервативный гипотетический белок
BI01022	750474	751736	+	гистидинкиназа-подобный белок
BI01023	751815	752090	-	гипотетический фактор транскрипции WhiB
BI01024	752207	753922	-	диарейный токсин
BI01025	754203	755633	-	регулятор транскрипции
BI01389t	755884	756180	+	whiB1
BI01026	756350	759319	+	мембранный белок, предположительно
BI01027	759319	760857	+	LPXTG-мотив белка якорного домена клеточной оболочки, предположительно
BI01028	760966	761391	-	консервативный гипотетический белок
BI01029	761660	762283	+	консервативный гипотетический белок
BI01030	762332	763015	+	белок домена фосфорибозилтрансферазы
BI00019g	762937	763509	-	гипотетическая семейства пептидаза S24
BI01031	763391	764464	-	сенсорный бокс гистидинкиназы, предположительно
BI01032	764464	765183	-	ДНК-связывающий регулятор ответа MtrA
BI01033	765222	767432	-	1,4-альфа-глюкан ветвящий фермент
BI01034	767649	768239	+	возможно, регулятор транскрипции
BI01035	768351	768872	+	2С-метил-D-эритрит2,4-циклодифосфат синтаза
BI01036	768930	769760	-	переносчик цинкаАВС, белок пермеазы, предположительно
BI01037	769830	770834	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI01038	770893	772419	-	возможно, белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC
BI01039	772190	773062	+	метилентетрагидрофолатдегидрогеназа/ метенилтетрагидрофолат циклогидролаза
BI01040	773185	774657	+	рибосомальный белок S1 [импортированный]
BI01041	774834	775448	+	дефосфо-СоА киназа
BI01042	775463	777571	+	эксинуклеаза ABC, субъединица В
BI01043	777887	778726	+	белок семейства TerC [импортированный]
BI01044	778897	780336	+	пируваткиназа
BI01045	780490	781086	-	возможно, NTP пирофосфатаза семейства MutT
BI01046	781432	782214	+	регулятор ответа
BI01047	782278	785127	+	ДНК-полимераза I
BI01048	785291	786217	+	консервативный гипотетический белок TIGR00486
BI01049	786266	786937	+	белок семейства MutT/nudix, предположительно
BI01050	787135	789132	+	белок гликогенового оперона GlgX
BI01424t	789186	789413	+	гипотетический белок с мотивом спираль-поворот-спираль
BI01051	789420	790067	+	консервативный гипотетический белок
BI01052	790243	790794	-	DNA-3-метиладенин гликозилаза I
BI01053	791884	792942	-	гипотетический белок
BI01054	793226	793780	+	гипотетический белок
BI01055	793761	794246	-	гипотетический белок
BI00021g	794049	794498	+	транспозаза В
BI00020g	794300	794749	+	IS1601-D
BI01056	794665	794844	+	транспозаза субъединица В
BI01057	794937	795989	-	интеграза/рекомбиназа XerC, возможно, [импортированный], предположительно
BI01434t	795989	796876	-	возможно, интеграза/рекомбиназа
BI01058	796951	798150	-	возможно, интеграза/рекомбиназа
BI01059	798284	799564	-	IS3-Spnl, транспозаза

BI01060	799635	800477	-	предположительно, субъединица транспозазы
BI01061	800762	802579	-	гипотетический белок с неизвестной функцией DUF262
BI01062	802742	803464	-	гипотетический белок
BI01063	803748	804065	-	консервативный гипотетический белок
BI01064	804058	804405	-	гипотетический белок
BI01065	804667	808221	+	ДНК-полимераза III, альфа-цепь VC2245 [импортированный]
BI01066	808312	808743	+	консервативный гипотетический белок
BI01067	808952	810826	+	антиген, 67 кДа
BI01068	810916	811413	+	NH2-ацетилтрансфераза
BI01069	817553	818377	-	оксидоредуктаза, семейство альдо/кето редуктаз
BI01070	818538	819956	+	сахаркиназа, семейство FGGY, предположительно
BI01451t	819972	820262	+	Ацилфосфатаза
BI01071	820382	821761	+	гистидинол дегидрогеназа
BI01072	821761	822918	+	гистидинол-фосфатаминотрансфераза
BI01073	823007	823603	+	имидазолглицерин-фосфатдегидратаза
BI01074	823606	824397	+	гипотетический белок Blon020586
BI01075	824435	825079	+	имидазол глицеринфосфат синтаза, субъединица глутамин амидотрансферазы
BI01076	825152	825874	+	бифункциональный белок HisA/TrpF
BI01077	825984	826103	-	узко консервативный гипотетический белок
BI01463t	826039	827637	-	консервативный гипотетический белок
BI01078	827738	828898	+	Глутаминсинтетаза, каталитический домен
BI01079	829137	829604	+	переносчик, предположительно
BI01080	829657	830625	-	консервативный гипотетический белок
BI01081	830625	834758	-	АТФ-зависимая геликаза HrpA
BI01082	834751	835404	-	консервативный гипотетический белок
BI01083	835647	837065	+	ГТФ-связывающий белок
BI01084	837405	838208	+	L-лактатдегидрогеназа

BI01085	838356	839291	-	белок системы оттока катионов
BI01086	839460	840182	-	pen рессор LexA
BI01087	840333	840680	+	белок домена LysM
BI01088	840736	841173	+	консервативный гипотетический белок TIGR00244
BI01089	841314	842510	-	D-3-фосфоглицератдегидрогеназа
BI01090	842524	844800	-	COG3973:Суперсемейство I ДНК и РНК геликаз
BI01091	845133	845651	+	консервативный гипотетический белок TIGR00242
BI01092	845654	846730	+	S-аденозил-метилтрансфераза MraW
BI01093	846740	847186	+	гипотетический белок Blon020568
BI01094	847186	848985	+	пенициллинсвязывающий белок, предположительно
BI01095	849015	849884	+	консервативный гипотетический белок
BI01096	849936	851384	+	УДФ-N-ацетилмурамоилаланил-D-глутамил-2,6-диаминопимелат-D-аланил-D-аланил лигаза
BI01097	851453	852535	+	фосфо-N-ацетилмурамоил-пентапептид-трансфераза
BI01098	852593	854035	+	УДФ-N-ацетилмурамоилаланин-D-глутамат лигаза
BI01099	854025	855239	+	белок клеточного деления, семейство FtsW/RodA/SpoVE, предположительно
BI01100	855258	856436	+	УДФ-N-ацетилглюкозамин-N-ацетил-мурамил(пентапептид) пирофосфорил-ундекапренол N-ацетилглюкозамин трансфераза
BI01101	856651	858075	+	УДФ-N-ацетилмурамат-аланин лигаза
BI01102	858078	859139	+	гипотетический белок клеточного деления FtsQ
BI01103	859565	860983	+	гипотетическое семейство процессингового фермента Appr-1-p

BI01104	861241	861813	+	неизвестный
BI01105	861640	861885	-	гипотетический белок
BI01106	861906	862391	+	D-тирозил-тРНК(Tyr) деацилаза
BI01107	862494	863735	-	переносчик глюкозы/галактозы, предположительно
BI01108	863844	864230	-	гипотетический белок семейства глиоксалазы
BI01109	864308	865201	-	фруктокиназа, предположительно
BI01110	865277	866488	-	регулятор транскрипции ROK семейства VC2007 [импортированный], предположительно
BI01111	866715	867626	+	глюкокиназа, предположительно
BI01112	867792	868913	-	регулятор транскрипции NagC/XylR-типа
BI01113	869251	870060	+	глюкозамин-6-фосфат изомераза
BI01114	870119	871393	+	N-ацетилглюкозамин-6-фосфат деацетилаза
BI01115	871646	873307	+	переносчик дипептидов ABC, дипептидсвязывающий белок
BI01116	873480	874568	+	переносчик олигопептидов ABC, белок пермеазы
BI01117	874714	875739	+	переносчик дипептидов ABC, белок пермеазы
BI01118	875746	877452	+	АТФ-связывающий белок переносчика ABC
BI01119	877508	878026	-	белок семейства MutT/nudix
BI01120	878078	879670	-	Хаа-Pro аминопептидаза I
BI01121	879977	880954	-	консервативный гипотетический белок
BI01122	882044	883672	+	folC
BI01123	883736	887410	+	семейство SMC, семейство С-терминального домена
BI01124	887535	888527	-	консервативный гипотетический белок
BI01125	888652	890202	-	УДФ-N-ацетилмурамоилаланил-D-глутамат-2,6-диаминопимелат лигаза
BI01126	890377	891126	+	фактор сигма-70 РНК полимеразы, подсемейство ECF
BI01127	891129	891446	+	консервативный гипотетический белок
BI01128	891719	892660	-	суперсемейство альдоза 1-эпимеразы
BI01129	892788	893741	-	суперсемейство альдоза 1-эпимеразы
BI01130	894032	895021	+	гидроксиметилбутенил пирофосфат редуктаза
BI01131	895067	895573	-	регулятор транскрипции, предположительно
BI01132	895670	896725	-	глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа, тип I
BI01133	896968	897690	-	Тиамин пирофосфокиназа, семейство каталитического домена
BI01134	897586	898923	+	гипотетическая спермин/спермидин синтаза
BI01135	899364	899930	+	фактор инициации трансляции IF-3, С-терминальный домен
BI00041g	899764	900105	+	рибосомальный белок L35
BI01136	900161	900541	+	рибосомальный белок L20
BI01137	900605	901537	+	Интеграза
BI01138	901668	904511	+	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI01139	904656	905612	+	белок семейства Soj
BI01140	905634	906545	+	Неохарактеризованный ACR, COG 1354
BI01141	906675	907274	+	консервативный гипотетический белок TIGR00281
BI01142	907409	908233	+	белок семейства MutT/nudix
BI01143	908296	909573	+	комплекс хинолинатсинтетазы, А субъединица
BI01144	909668	911296	+	L-аспартатоксидаза
BI01145	911303	912193	+	никотинат-нуклеотид пирофосфорилаза
BI01146	912292	913443	+	возможно, пиридоксаль-фосфат-зависимая аминотрансфераза
BI01147	913478	914824	+	переносчик семейства главного посредника
BI01148	915142	917070	+	ГТФ-связывающий белок ТурА
BI01149	917197	917616	+	консервативный гипотетический белок
BI01150	917699	918673	+	префенат дегидратаза, предположительно

BI01151	918670	919734	+	префенат дегидрогеназа
BI01152	919947	920201	+	консервативный гипотетический белок
BI01153	920239	921303	+	белок семейства фаговой интегразы
BI01154	921559	923196	+	белок, связывающий растворенные вещества, системы переносчика ABC возможно, для пептидов
BI01155	923500	924423	+	dppB
BI01156	924445	925446	+	dppC
BI01157	925505	927478	+	переносчик ABC-типа, дуплицированный компонент АТФазы
BI01158	927793	928650	-	экзодезоксирибонуклеаза III
BI01159	928775	929626	+	консервативный гипотетический белок
BI01160	929645	930400	+	узко консервативный гипотетический трансмембранный белок
BI01161	930393	931658	+	RNA метилтрансфераза, семейство TrmA
BI01162	931673	932365	+	липопротеин, предположительно
BI01163	932483	935032	+	катион-транспортирующая АТФаза, семейство Е1-Е2
BI01164	935156	937852	+	аконитат гидратаза 1
BI01165	938001	938360	+	белок лента-спираль-спираль, белок домена семейства copG
BI01166	938363	938851	+	домен PIN, предположительно
BI01167	938917	941019	-	Белок с неизвестной функцией семейства DUF262
BI01168	941112	941777	-	ацетилтрансфераза, семейство GNAT семейство
BI01169	941793	942608	-	ДНК-связывающий регулятор ответа, предположительно
BI01170	942553	943935	-	атипичный сенсор гистидинкиназы двухкомпонентной системы
BI01171	944117	944959	+	консервативный гипотетический белок
BI01172	945143	946039	+	мембранный белок, предположительно
BI01173	946326	947195	+	мембранный белок, предположительно

BI01174	947234	948073	-	ГТФ пирофосфокиназа [импортированный]
BI01175	948115	949554	+	TPHK-i(6)A37 тиотрансфераза фермент MiaB
BI01176	949568	950551	+	тРНК дельта(2)-изопентенилпирофосфат трансфераза
BI01177	950591	951517	-	семейство белков Fic
BI01178	951663	954437	+	белок клеточного деления FtsK
BI01179	954635	955267	+	CDP-диацилглицерин-глицерин-3-фосфат 3-фосфатидилтрансфераза
BI01180	955282	955812	+	компетентность/повреждение-индуцируемый белок, белок домена CinA
BI01181	955881	956387	+	возможно, ДНК-связывающий белок
BI01182	956502	956732	+	консервативный гипотетический белок
BI01183	957036	958226	+	белок recA
BI01184	958232	958822	+	регуляторный белок RecX
BI01185	959702	960361	+	белок семейства S30AE
BI01186	960556	963417	+	препротеин-транслоказа, субъединица SecA
BI00044g	963734	963970	-	COG3464: Транспозаза и инактивированные производные
BI01187	963974	964096	-	COG3464: Транспозаза и инактивированные производные
BI00045g	964219	964602	+	гипотетический белок BL0497
BI01188	964674	965717	+	антранилатфосфорибозилтрансфераза
BI01189	965964	966686	-	гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI01190	966447	967418	+	гипотетическая ацилтрансфераза
BI01191	967476	969722	-	серин/треонин протеинкиназа, предположительно
BI01192	969893	970858	-	idsA2
BI01193	971179	971838	+	консервативный гипотетический белок
BI01194	972002	973465	+	РНК полимераза главный сигма-фактор, сигма 70
BI01195	973526	975799	+	ДНК-гираза, субъединица В

BI01196	975969	977192	+	мембранный белок, предположительно
BI01197	977269	978228	+	рибокиназа
BI01198	978247	982977	+	белок домена DEAD/DEAH бокса геликазы
BI01199	982994	983779	-	ДНК-связывающий регулятор ответа TcrA, предположительно
BI01200	983927	986953	-	ДНК-гираза субъединица А
BI01201	986925	988169	+	консервативный гипотетический белок
BI01202	988185	989189	-	консервативный гипотетический белок
BI01203	989432	989722	+	консервативный гипотетический белок
BI01204	989725	990198	+	дезоксиуридин-5-трифосфат нуклеотидогидролаза
BI01205	990335	992656	+	ГТФ пирофосфокиназа
BI01206	992780	993058	-	orfB
BI01207	993226	994425	+	возможно, интеграза/рекомбиназа
BI01640t	994500	995387	+	возможно, интеграза/рекомбиназа
BI01208	995387	996439	+	интеграза/рекомбиназа XerC, возможно, [импортированный], предположительно
BI01209	996532	997095	-	COG2801: Транспозаза и инактивированные производные
BI00053g	997107	997619	-	ASOPSNART-11OSRSI
BI01210	997719	998264	-	возможно, пептидил-пролил цис-транс изомераза
BI01211	998331	999296	-	COG3391: Неохарактеризованный консервативный белок
BI01212	999519	999623	-	гипотетический белок
BI01213	999683	1000615	-	мембранный белок, предположительно
BI01214	1000747	1001295	+	гипотетическ цитозольный белок
BI01215	1001329	1002621	-	консервативный гипотетический белок
BI01216	1002648	1003532	+	возможно, фосфоглицерат мутаза
BI01217	1003650	1004597	+	переносчик магния, семейство CorA
BI01218	1004615	1005538	+	glnH, предположительно
BI01219	1005776	1008544	+	лейцил-тРНК синтетаза
BI01220	1008708	1009484	+	белок компетентности ComEA белок домена спираль-шпилька-спираль участок повтора
BI01221	1009553	1011235	+	консервативный гипотетический трансмембранный белок, родственный с ComA
BI01222	1011378	1012721	+	возможно, пролидаза (Х-Pro дипептидаза) или хлоргидролаза
BI01223	1012791	1013759	+	консервативный гипотетический белок
BI01224	1013783	1014346	+	консервативный гипотетический белок TIGR00150
BI01225	1014411	1015289	+	консервативный гипотетический белок
BI01226	1015308	1015859	+	рибосомальный-белок-аланин ацетилтрансфераза
BI01227	1015859	1016899	+	O-сиалогликопротеин эндопептидаза
BI01228	1017438	1017539	-	гипотетический белок
BI01229	1017569	1018501	+	возможно, интеграза/рекомбиназа
BI01230	1018564	1018887	-	консервативный гипотетический белок
BI01231	1018909	1019787	-	консервативный гипотетический белок
BI01232	1019849	1020361	-	консервативный гипотетический белок
BI01233	1020474	1021376	-	семейство белков Fic
BI01234	1021357	1021929	-	гипотетический белок BL1463
BI01235	1021949	1023763	-	консервативный гипотетический белок
BI01236	1023782	1024864	-	консервативный гипотетический белок
BI01237	1024893	1025600	-	консервативный гипотетический белок
BI01238	1025761	1026843	-	возможно, TraG-родственный белок
BI01239	1026843	1027799	-	гипотетический белок Blon020262
BI01240	1027799	1028164	-	гипотетический белок Blon020261
BI01242	1028379	1028669	+	гипотетический белок Blon020260
BI01241	1028588	1030942	+	ДНК-топоизомераза III
BI01243	1030771	1031448	+	гипотетический белок Blon020258
BI01244	1031753	1032193	+	COG 1758: ДНК-направленная РНК полимераза, субъединица K/омега
BI01245	1032161	1032553	-	гипотетический белок Blon020256
BI01246	1032621	1033400	-	семейство белков Fic

BI01247	1033518	1034822	+	MC38, предположительно
BI01248	1034848	1036128	-	предположительно, белок регулятора транскрипции HIPA
BI01249	1036128	1036439	-	гипотетический белок Blon020251
BI01250	1036545	1037675	-	консервативный гипотетический белок
BI01251	1038618	1040387	-	МС40
BI01252	1040507	1041145	-	консервативный гипотетический белок
BI01253	1041250	1042281	-	консервативный гипотетический белок
BI01254	1042389	1042865	-	консервативный гипотетический белок
BI01255	1043244	1044842	-	АТФ-связывающий белок-подобный белок
BI01256	1044857	1046341	-	консервативный гипотетический белок
BI01257	1046369	1048195	-	липопротеин, предположительно
BI01258	1048370	1048669	-	консервативный гипотетический белок
BI01259	1048710	1049189	-	МС47, предположительно
BI01713t	1049183	1050538	+	гипотетический белок BL1487
BI01260	1049206	1050405	-	гипотетический белок
BI01261	1050435	1051070	-	гипотетический белок Blon020236
BI01262	1051396	1056213	-	гипотетическая COG2217: АТФаза катионного транспорта
BI01263	1056508	1057458	-	гипотетический белок Blon020231
BI01264	1057844	1058440	-	гипотетические COG1192: АТФазы, вовлеченные в распределение хромосом
BI01265	1059167	1059430	-	COGI 192: АТФазы, вовлеченные в распределение хромосом
BI01266	1059569	1060042	-	возможно, WhiB-подобный фактор транскрипции
BI01267	1060036	1061400	-	консервативный гипотетический белок
BI01727t	1061400	1061597	-	гипотетический белок Blon020220
BI01268	1061748	1061894	-	гипотетический белок
BI01730t	1061882	1062055	-	гипотетический белок Blon020217
BI01269	1062779	1062997	-	консервативный гипотетический белок
BI01270	1063127	1063546	+	белок домена спираль-поворот-спираль
BI01733t	1064092	1064778	+	консервативный гипотетический белок

BI01271	1064862	1066490	-	липопротеин, предположительно
BI01272	1066742	1067959	-	изоцитрат дегидрогеназа, NADP-зависимая
BI01273	1068051	1069208	+	белок семейства IMP дегидрогеназ
BI01274	1069373	1069861	+	гипотетический белок Blon020211
BI01275	1069955	1072039	+	длинноцепочечная жирная кислота-СоА лигаза, предположительно
BI01276	1072049	1072534	+	полипептид деформилаза
BI01277	1072876	1073736	+	рибосомальный белок S2
BI01278	1073818	1074666	+	фактор элонгации трансляции Ts
BI01279	1074978	1075580	+	уридилат киназа
BI01280	1075660	1076208	+	фактор рециркуляции рибосом
BI01281	1076309	1077217	+	фосфатидат цитидилилтрансфераза
BI01282	1077557	1078597	+	фермент радикала SAM, семейство Cfr
BI01283	1078604	1079149	-	протеаза I
BI01284	1079324	1080091	+	имидазолглицеринфосфат синтаза, субъединица циклазы
BI01285	1080228	1080620	+	фосфорибозил-АМР циклогидролаза
BI01286	1080704	1082257	+	антранилатсинтаза компонент I
BI01287	1082328	1082564	-	консервативный гипотетический белок
BI01288	1082576	1084174	+	АТФ-связывающий белок переносчика ABC
BI01289	1084221	1084925	+	оксидоредуктаза, семейство коротко-цепочечной дегидрогеназы/ редуктазы, предположительно
BI01290	1084999	1085364	+	узко консервативный белок с неизвестной функцией
BI01291	1085423	1086091	-	консервативный гипотетический белок
BI01292	1086091	1087701	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI01293	1087704	1088600	-	возможный переносчик ABC пермеаза для кобальта
BI01294	1088405	1089049	-	узко консервативный белок с неизвестной функцией
BI01295	1089261	1090877	+	консервативный гипотетический белок
BI01296	1090916	1091548	+	консервативный гипотетический белок

BI01297	1091551	1095093	+	гипотетический миозин-подобный белок с неизвестной функцией
BI01298	1095170	1096351	+	консервативный гипотетический белок
BI01299	1096680	1097084	+	гипотетический белок BL0701
BI01300	1097367	1100384	+	эксинуклеаза ABC, субъединица А
BI01301	1100532	1102895	+	эксинуклеаза ABC, субъединица С
BI01302	1103007	1103975	+	aroE
BI01303	1103978	1104961	+	Предсказанная киназа, содержащая Р-петлю
BI01304	1105247	1106110	+	Неохарактеризованный BCR, COG 1481
BI01305	1106282	1107484	+	фосфоглицерат киназа
BI01306	1107546	1108346	+	триосефосфат изомераза
BI01307	1108365	1108658	+	препротеин-транслоказа, субъединица SecG
BI01308	1108763	1109710	+	L-лактат дегидрогеназа
BI01309	1109710	1110558	+	белок семейства Cof
BI01310	1110672	1112225	+	аминотрансфераза, класс I
BI01311	1112360	1113466	-	мембранный белок, предположительно
BI01312	1113642	1114943	-	аминокислота с разветвленной цепью белок-носитель транспортной системы II
BI01313	1115108	1116208	-	трансальдолаза
BI01314	1116332	1118392	-	транскетолаза
BI01315	1118812	1119927	+	индуцируемый теплом репрессор транскрипции HrcA
BI01316	1119986	1121128	+	белок dnaJ
BI01317	1121180	1121968	-	COG3001: Неохарактеризованный BCR
BI01318	1122113	1122994	+	ундекапренол киназа, предположительно
BI01319	1123157	1124146	-	консервативный гипотетический белок
BI01320	1124807	1126837	+	треонил-тРНК синтетаза
BI01321	1127061	1127561	+	белок семейства HIT
BI01322	1127703	1128455	+	консервативный гипотетический белок TIGR01033
BI01323	1128464	1129045	+	эндодезоксирибонуклеаза соединения с перекрещивающимися цепями RuvC
BI01324	1129106	1129729	+	структура Холл идея ДНК-геликаза RuvA
BI01325	1129732	1130793	+	структура Холлидея ДНК-геликаза RuvB
BI01326	1130876	1131292	+	препротеин-транслоказа, субъединица YajC
BI01327	1131359	1131937	+	аденин фосфорибозилтрансфераза
BI01328	1132037	1133236	+	сукцинил-СоА синтетаза, бета-субъединица
BI01329	1133239	1134147	+	сукцинил-СоА синтаза, альфа-субъединица
BI01330	1133954	1135546	+	мембранный белок, предположительно
BI01331	1135497	1137131	+	фосфорибозиламиноимидазолкарбоксамид формилтрансфераза/IMP циклогидролаза
BI01332	1137280	1137579	+	гипотетический белок
BI01333	1137484	1138449	-	аквапорин Z, предположительно
BI01334	1138645	1139412	+	рибосомальная большая субъединица псевдоуридин синтазы В
BI01335	1139514	1141538	+	возможно, ГТФ-связывающий белок
BI01336	1141896	1143422	+	УДФ-глюкоза пирофосфорилаза
BI01337	1143565	1145475	+	консервативный гипотетический белок
BI01338	1145489	1145803	+	гипотетический белок Blon020144
BI01339	1145819	1148407	+	helY
BI01340	1148524	1148868	+	консервативный гипотетический белок
BI01341	1149001	1149717	+	гидролаза, дегалогеназа галоидных кислот-подобное семейство
BI01833t	1149744	1149995	+	консервативный гипотетический белок
BI01342	1150135	1150497	-	гипотетический белок Blon020140
BI01343	1150673	1151302	-	COG0789: Предсказанные регуляторы транскрипции
BI01344	1151406	1151846	-	возможно, сигнальный белок трансдукции
BI01345	1151856	1152596	-	консервативный гипотетический белок
BI01346	1152693	1153022	-	малый основной белок
BI01347	1153025	1153999	-	консервативный гипотетический белок
BI01348	1153992	1154684	-	CDP-диацилглицерин-глицерин-3-фосфат 3-фосфатидилтрансфераза, предположительно

BI01349	1154623	1155471	-	АТР фосфорибозилтрансфераза
BI01350	1155486	1155746	-	фосфорибозил-АТР пирофосфогидролаза
BI01351	1155812	1156477	-	рибулоза-фосфат 3-эпимераза
BI01352	1156556	1157500	-	пролипопротеин диацилглицерил трансфераза
BI01353	1157614	1158480	-	триптофан синтаза, альфа-субъединица
BI01354	1158507	1160591	-	триптофан синтаза, бета-субъединица
BI01355	1161120	1161968	-	эндонуклеаза IV
BI00066g	1161414	1162400	+	пермеаза аминокислоты
BI01356	1162340	1162834	+	пермеаза аминокислоты
BI01357	1162503	1162667	+	пермеаза аминокислоты
BI01358	1163206	1164216	-	гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI01359	1164333	1164536	-	гипотетический белок
BI01360	1164570	1164860	-	белок абортивной инфекции AbiGI, предположительно
BI01361	1164981	1165262	+	гипотетический белок
BI01362	1165260	1165715	-	lin2984
BI01363	1165903	1166406	+	ацетилтрансфераза, семейство GNAT, предположительно
BI01364	1166567	1166746	+	lin0863
BI01365	1166793	1167323	-	ацетилтрансфераза, семейство GNAT
BI01366	1167392	1167961	-	ацетилтрансфераза, семейство GNAT
BI01367	1168315	1168992	-	гипотетический белок
BI01368	1169017	1169823	-	гипотетический белок
BI01369	1169832	1170527	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI01370	1170352	1171263	+	гипотетический приемный домен регулятора ответа
BI01371	1171317	1172225	+	гипотетический белок
BI01372	1172194	1172631	-	гипотетический интегральный мембранный белок
BI01373	1172956	1173576	-	гипотетический белок
BI01374	1173576	1174301	-	гипотетический белок

BI01873t	1174309	1174962	-	переносчик бактериоцина ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно
BI01375	1175274	1176518	+	семейство IS30, транспозаза [импортированный]
BI01376	1176714	1177379	-	ДНК-связывающий регулятор ответа
BI01377	1177379	1179001	-	гипотетическая АТФаза, белок гистидинкиназы-, ДНК-гиразы В- и HSP90-подобного домена
BI01378	1179039	1179881	-	гипотетическая пермеаза, предположительно
BI01379	1180057	1180956	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI01380	1181077	1181259	+	гипотетический белок
BI01381	1181154	1181684	-	гипотетический белок
BI01382	1182016	1182315	+	BIsA
BI01383	1182321	1182662	+	гипотетический белок
BI01384	1182847	1183050	-	гипотетический белок
BI01385	1183324	1183446	+	гипотетический белок BL0771
BI01386	1183489	1183932	+	гипотетический белок Blon020116
BI01387	1183955	1184314	-	COG0388: Предсказанная амидогидролаза
BI01388	1184376	1184531	-	гипотетический белок
BI01389	1184840	1185853	-	внутренний мембранный белок, 60 кДа VC0004 [импортированный]
BI01390	1186097	1186555	-	гипотетический белок
BI01391	1186942	1187067	+	гипотетический белок
BI01392	1187122	1188783	+	пермеаза аминокислоты
BI01393	1188993	1189640	-	сигнальная пептидаза I
BI00067g	1189800	1190303	+	консервативный гипотетический белок
BI01394	1189721	1190146	-	гипотетический белок Blon020104
BI01395	1190467	1191420	+	Hn0466
BI01396	1191479	1191799	+	узко консервативный гипотетический белок
BI01397	1191887	1192165	+	узко консервативный гипотетический белок
BI01398	1192540	1193727	+	Неизвестный, предположительно
BI01399	1193770	1195530	+	белок семейства YjeF, предположительно

BI01400	1195635	1196261	+	возможно, альфа бета-гидролаза
BI01401	1196417	1197286	+	регулятор транскрипции, семейство LysR
BI01402	1197447	1198565	-	консервативный гипотетический белок
BI01403	1198783	1198932	-	гипотетический белок
BI01404	1199044	1199736	-	оротат фосфорибозилтрансфераза
BI01405	1199748	1200716	-	дигидрооротат дегидрогеназа
BI01406	1200722	1201543	-	дигидрооротат дегидрогеназа, субъединица переноса электрона
BI01407	1201682	1202632	-	оротидин 5-фосфат декарбоксилаза
BI01408	1202653	1203939	-	дигидрооротаза
BI01921t	1204146	1204562	-	Аспартат карбамоилтрансфераза регуляторная цепь, аллостерический домен
BI01409	1204565	1205524	-	аспартат карбамоилтрансфераза
BI01410	1205669	1208896	-	семейство глутамат-аммиаклигазы аденилилтрансфераз
BI01411	1208955	1209905	-	EF0040
BI01412	1210042	1210893	-	5,10-метилентетрагидрофолат редуктаза
BI01413	1210955	1213255	-	5-метилтетрагидроптероилтриглутамат-гомоцистеин S-метилтрансфераза
BI01414	1213369	1213923	-	фосфогистидин фосфатаза SixA, предположительно
BI01415	1214024	1215091	-	консервативный гипотетический белок
BI01416	1215168	1215803	+	серин эстераза, предположительно
BI01417	1215850	1216806	-	оксидоредуктаза, семейство альдо/кето редуктаз 2
BI01418	1217063	1217995	+	lipC, предположительно
BI01419	1218234	1219178	+	гипотетическая оксидоредуктаза, семейство цинксвязывающей дегидрогеназы
BI01420	1219340	1219642	-	возможно, АТФ-связывающий белок переносчика ABC
BI01421	1220459	1221484	+	транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно
BI00069g	1221277	1221948	+	гипотетический белок

BI01422	1221948	1222706	+	Tpase2
BI01423	1222896	1223972	+	гипотетический белок
BI01424	1224236	1224811	+	гипотетический белок
BI01425	1224888	1225190	-	регулятор транскрипции, семейство НТН 3
BI01426	1225221	1226144	-	гипотетический белок
BI01427	1226238	1227140	-	гипотетический белок
BI01428	1227158	1228765	-	гипотетический белок
BI01429	1229279	1230097	-	гипотетическая ADP-рибозилглико-гидролаза
BI01430	1231271	1231726	-	гипотетический белок
BI01431	1232085	1232906	+	консервативный гипотетический белок
BI01432	1233000	1233539	-	bcp
BI01433	1233681	1234511	-	возможно, амидаза [импортированный]
BI01434	1234511	1235365	-	гидролаза, дегалогеназа галоидных кислот-подобное семейство, предположительно
BI01435	1235520	1236365	-	транспортный белок аминокислоты
BI01436	1236462	1237709	-	возможно, гликозилтрансфераза
BI01437	1237841	1238302	-	консервативный гипотетический белок
BI01438	1238382	1239917	-	gltD
BI01439	1239922	1244265	-	Консервативный участок в семействе глутамат синтазы
BI01440	1244835	1245116	+	регулятор транскрипции, семейство Lacl [импортированный]
BI01441	1245175	1246197	-	консервативный гипотетический белок
BI01442	1246656	1246979	+	консервативный гипотетический белок
BI01443	1247042	1247227	-	гипотетический белок
BI01444	1247493	1248536	-	регулятор транскрипции, семейство Lacl, предположительно
BI01445	1249246	1250073	+	консервативный гипотетический белок
BI01446	1250275	1250571	-	гипотетический белок
BI00071g	1250541	1250888	-	консервативный гипотетический белок
BI01447	1250658	1250807	+	гипотетический белок
BI01448	1251252	1252538	+	белок семейства оттока MATE, предположительно
BI01449	1252678	1252794	-	гипотетический белок
BI01450	1253083	1254216	+	IS30 семейство, транспозаза [импортированный]
BI01451	1254323	1255327	-	глицерат киназа
BI01452	1255679	1256734	+	регулятор транскрипции, семейство Lacl, предположительно
BI01453	1256820	1258094	-	кислород-независимая копропорфириноген III оксидаза, предположительно
BI01454	1258229	1259890	-	ГТФ-связывающий белок LepA
BI01455	1260253	1260510	+	рибосомальный белок S20
BI01456	1260768	1261556	-	консервативный гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией
BI01457	1261807	1262703	-	регулятор транскрипции, семейство MazG
BI01458	1262903	1264027	-	аминотрансфераза аминокислоты с разветвленной цепью
BI01459	1264254	1264871	-	связующий белок Е-петли рибосомальной 5S рРНК Ctc/L25nL5
BI01460	1265298	1266332	+	консервативный гипотетический белок
BI01461	1266474	1267895	-	NAD(P) трансгидрогеназа, бета-субъединица [импортированный]
BI01462	1267898	1268200	-	NAD(P) трансгидрогеназа, альфа-субъединица
BI01463	1268219	1269379	-	NAD(P) трансгидрогеназа, альфа-субъединица [импортированный]
BI01464	1269798	1271828	+	длинноцепочечная жирная кислота-СоА лигаза
BI01465	1271887	1272948	-	ГТФ-связывающий белок Era
BI01466	1272953	1274383	-	белок домена CBS
BI01467	1274462	1275052	-	консервативный гипотетический белок TIGR00043
BI01468	1275000	1276172	-	белок семейства PhoH

BI01469	1276194	1276529	-	белок семейства Hit
BI01470	1276581	1277375	-	консервативный гипотетический белок TIGR00046
BI01471	1277619	1278494	+	белок семейства spoU pPHK метилазы
BI01472	1278758	1279939	+	глюкоза-1-фосфат аденилилтрансфераза
BI01473	1280035	1280532	-	гомолог белка mrp
BI01474	1280635	1281171	-	белок сборки SUF системы FeS, семейство NifU
BI01475	1281201	1282472	-	аминотрансфераза, класс-V
BI01476	1282614	1283390	-	FeS АТФаза сборки SufC
BI01477	1283419	1284651	-	FeS белок сборки SufD
BI01478	1284660	1286156	-	FeS белок сборки SufB
BI01479	1286383	1287849	-	консервативный гипотетический белок
BI01480	1288225	1289883	-	СТР синтаза
BI01481	1290032	1291585	-	дипептидаза, предположительно
BI01482	1291684	1292127	-	3-дегидрохинат дегидратаза, тип II
BI01483	1292294	1293835	-	3-дегидрохинат синтаза
BI01484	1293999	1295132	-	хоризмат синтаза
BI01485	1295247	1295717	+	COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника
BI01486	1295891	1297003	-	неохарактеризованный BCR, YceG семейство COGI559
BI01487	1297083	1297535	-	консервативный гипотетический белок TIGR00250
BI01488	1297550	1300228	-	аланил-тРНК синтетаза
BI01489	1300359	1300592	-	гипотетический белок Blon020010
BI01490	1300595	1300990	-	консервативный гипотетический белок
BI01491	1301196	1301921	-	фосфоглицерат мутаза
BI01492	1302158	1304008	+	белок домена семейства ацилтрансферазы
BI01493	1304105	1304728	-	рибосомальный белок S4
BI01494	1304930	1305895	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI01495	1305900	1307114	-	гипотетический трансмембранный белок с неизвестной функцией

BI01496	1307208	1307603	-	консервативный гипотетический белок
BI01497	1307751	1310450	-	гипотетическая UvrD/REP геликаза
BI01498	1310567	1311145	+	ксантин фосфорибозилтрансфераза
BI01499	1311199	1312560	+	белок семейства ксантин/урацил пермеазы
BI01500	1312696	1312902	-	регулятор транскрипции, семейство Cro/CI [импортированный]-родственный белок
BI01501	1312912	1313169	-	гипотетический белок
BI01502	1313326	1314144	-	гидролаза, семейство альфа/бета-складки, предположительно
BI01503	1314432	1315367	+	консервативный гипотетический белок
BI01504	1315462	1315860	-	белок семейства глиоксалазы
BI01505	1316019	1316630	+	изохоризматаза
BI01506	1316885	1318360	+	консервативный гипотетический белок
BI01507	1318371	1319780	-	мембранный белок, предположительно
BI01508	1319770	1321005	-	мембранный белок, предположительно
BI01509	1321109	1322089	-	резистентность к даунорубицину АТФ-связывающий белок
BI01510	1322192	1322296	-	гипотетический белок
BI01511	1322475	1323824	+	гистидинкиназный сенсор двухкомпонентной системы
BI01512	1323917	1324477	+	ДНК-связывающий регулятор ответа
BI01513	1324667	1325287	-	подсемейство белка с неизвестной функцией
BI01514	1325308	1326324	-	белок семейства переносчика фосфата
BI01515	1326480	1326674	-	консервативный гипотетический белок
BI01516	1326735	1329005	-	белок углеродного голодания А
BI01517	1329406	1330668	+	гликозилгидролаза, семейство 13, предположительно
BI01518	1330703	1331404	-	регулятор транскрипции, семейство TetR, предположительно
BI01519	1331486	1333669	-	возможно, АТФ-зависимая РНК геликаза
BI01520	1334052	1335338	-	урацил-ксантин пермеаза
BI01521	1335446	1336273	-	белок домена семейства фосфоглицерат мутазы
BI01522	1336327	1336905	-	консервативный гипотетический белок
BI01523	1337061	1337612	+	консервативный гипотетический белок
BI01524	1337738	1338898	-	консервативный гипотетический белок
BI01525	1339275	1340816	-	консервативный гипотетический белок
BI01526	1341250	1341687	+	гипотетическая COG0653: Препротеин-транслоказа субъединица SecA (АТФаза, РНК-геликаза)
BI01527	1341752	1343449	+	белок домена протеинкиназы
BI01528	1343493	1344980	-	пермеаза, предположительно
BI01529	1345295	1347565	-	переносчик резистентности к лекарственным препаратам, подсемейство EmrB/QacA
BI01530	1347576	1347776	-	гипотетический белок
BI01531	1347947	1348309	+	гипотетический домен с неизвестной функцией (DUF307)
BI01532	1348405	1349910	-	гипотетический белок
BI01533	1349906	1351072	-	гипотетический белок
BI01534	1351166	1351474	-	гипотетический белок
BI02085t	1351280	1351477	+	гипотетический белок Blon021394
BI01535	1351807	1352478	+	COG4186: Предсказанная фосфоэстераза или фосфогидролаза
BI01536	1352565	1354004	+	консервативный гипотетический белок
BI01537	1354044	1354253	+	гипотетический белок BL0925
BI01538	1354253	1354612	+	гипотетический белок BL0925
BI01539	1354729	1355193	+	гипотетический белок
BI01540	1355496	1356380	-	гипотетический белок
BI01541	1356380	1357450	-	гипотетическое семейство фаговой интегразы
BI01542	1357650	1358675	+	транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно
BI00076g	1358468	1359139	+	гипотетический белок
BI01543	1359139	1359897	+	Tpase2

BI01544	1360305	1361546	-	ГТФ-связывающий белок YchF
BI01545	1361533	1362351	-	пирролин-5-карбоксилат редуктаза
BI01546	1362416	1363891	-	пролин иминопептидаза
BI01547	1363977	1366433	+	гистидинкиназный сенсор двухкомпонентной системы
BI01548	1366551	1367345	+	ДНК-связывающий регулятор ответа
BI01549	1367384	1370233	-	возможно, транспортный белок
BI01550	1370265	1371176	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI01551	1371528	1372841	-	O-ацетилгомосерин сульфгидрилаза
BI01552	1373315	1374184	+	пиридоксалькиназа, предположительно
BI01553	1374424	1374924	+	консервативный гипотетический белок TIGR00252
BI01554	1374983	1376515	+	Mg хелатаза-родственный белок
BI01555	1376515	1378212	+	ДНК-процессирующий белок DprA, предположительно
BI01556	1378272	1380134	+	sdhA
BI01557	1380233	1381195	+	sdhB
BI01558	1381277	1381954	+	возможно, метилтрансфераза
BI01559	1382006	1382944	-	консервативный гипотетический белок TIGR00730
BI01560	1383180	1384595	-	Na+/H+ антипортер [импортированный]
BI01561	1385070	1386485	-	АТФ-зависимая CIp протеаза, АТФ-связывающая субъединица CIpX
BI01562	1386610	1387308	-	АТФ-зависимая CIp протеаза, протеолитическая субъединица CIpP
BI01563	1387317	1387907	-	АТФ-зависимая CIp протеаза, протеолитическая субъединица CIpP
BI01564	1388046	1388423	-	гипотетический белок Blon021418
BI01565	1388538	1390001	-	белок семейства управляемых потенциалом хлоридных каналов, предположительно
BI01566	1390189	1391565	-	инициирующий фактор
BI01567	1391623	1392921	-	белок домена 3-5 экзонуклеазы
BI01568	1392921	1393730	-	COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника
BI01569	1393622	1394500	-	пируватформиат-лиаза 1 активирующий фермент
BI01570	1394613	1396985	-	формиат ацетилтрансфераза
BI01571	1397254	1397475	-	консервативный гипотетический белок
BI01572	1397531	1399093	-	NH(3)-зависимая NAD+ синтетаза
BI01573	1399577	1400725	-	пептидаза, семейство М20/М25/М40
BI01574	1400817	1401500	-	белок пермеазы системы переносчика ABC
BI01575	1401500	1402702	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок
BI01576	1402839	1403816	-	липопротеин, семейство YaeC
BI01577	1404020	1404847	+	гидролаза, дегалогеназа галоидных кислот-подобное семейство
BI01578	1404975	1407449	-	D-ксилулоза 5-фосфат/D-фруктоза 6-фосфат фосфокетолаза
BI01579	1407895	1409454	+	GMP синтаза
BI01580	1409723	1410304	+	COG0798: Насос оттока арсенита ACR3 и родственные пермеазы
BI01581	1410343	1410720	+	белок резистентности к мышьяку/арсенат редуктаза
BI01582	1411265	1411771	+	гипотетическое семейство транспозазы IS66
BI00078g	1411579	1412214	+	гипотетический белок Blon021471
BI01583	1412111	1413136	+	транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно
BI00079g	1412929	1413600	+	гипотетический белок
BI01584	1413600	1414358	+	Tpase2
BI01585	1414423	1414911	+	гипотетические COG3436: Транспозаза и инактивированные производные
BI02159t	1415037	1416323	-	COG0477: Пермеазы суперсемейства главного посредника
BI01586	1416510	1417160	+	предположительно, АТФ-связывающий белок
BI01587	1417164	1418444	+	Неохарактеризованный консервативный белок

BI01588	1418440	1418820	+	гипотетический белок Blon021466
BI01589	1418965	1420548	+	консервативный гипотетический белок
BI01590	1420796	1422598	+	ацилтрансфераза, предположительно
BI01591	1422687	1423706	+	prsA
BI01592	1423991	1425370	+	УДФ-N-ацетилглюкозамин пирофосфорилаза
BI01593	1425377	1425787	+	iojap-родственный белок
BI01594	1425942	1426637	+	фосфоглицерат мутаза, предположительно
BI01595	1427363	1428961	+	фосфат ацетилтрансфераза
BI01596	1429099	1429695	+	ацетат киназа
BI01597	1429811	1430326	+	гипотетическая COG0282: Ацетат киназа
BI01598	1430503	1431867	-	3-фосфошикимат 1-карбоксивинил-трансфераза
BI01599	1431867	1433036	-	мембранный белок, предположительно
BI01600	1433757	1434125	-	гипотетическая COG2217: АТФаза катионного транспорта
BI01601	1434688	1436172	-	симпортер галактозида
BI01602	1436515	1439583	+	бета-галактозидаза, предположительно
BI01603	1440389	1441246	+	гипотетический белок
BI01604	1441301	1441966	-	гипотетический белок Blon020709
BI01605	1442167	1442559	-	гипотетический белок
BI01606	1442574	1442990	-	гипотетический белок
BI01607	1442990	1444792	-	гипотетический белок
BI01608	1444688	1445566	+	COG3757: Лизозим М1 (1,4-бета-N-ацетилмурамидаза)
BI01609	1445667	1445948	+	гипотетический белок
BI01610	1446119	1446796	+	гипотетический белок
BI01611	1447212	1448801	+	гипотетическая С-5 цитозин-специфическая ДНК-метилаза
BI01612	1448804	1449997	-	гипотетический белок Psyc022392
BI01613	1450130	1450393	+	гипотетический белок
BI01614	1450514	1450891	-	гипотетический белок
BI01615	1451253	1452203	-	гипотетический белок

BI01616	1452503	1452802	-	TnpB
BI01617	1452909	1453127	+	IS861, транспозаза OrfB
BI01618	1453248	1453586	+	предположительно, субъединица транспозазы
BI01619	1455179	1455604	-	белок клеточного деления FtsZ
BI01620	1455752	1459864	-	гипотетическая UvrD/REP геликаза
BI01621	1459861	1463163	-	COG3857: АТФ-зависимая нуклеаза, субъединица В
BI01622	1463295	1465877	-	гипотетическая ДНК-полимераза III, альфа-субъединица
BI01623	1466012	1467055	+	консервативный гипотетический белок
BI01624	1467089	1467886	-	узко консервативный гипотетический мембранный белок
BI01625	1468160	1468507	-	гипотетический белок BL0124
BI01626	1468949	1469908	-	Псевдоуридилат синтазы, 23S РНК-специфические
BI01627	1469911	1470456	-	сигнальная пептидаза липопротеина
BI01628	1470481	1471857	-	консервативный гипотетический белок
BI01629	1472000	1472299	-	COG0762: Предсказанный интегральный мембранный белок
BI01630	1472424	1472900	-	консервативный гипотетический белок
BI01631	1472916	1473830	-	гипотетическое семейство тубулин/FtsZ, С-терминальный домен
BI01632	1474239	1475480	-	TIM-баррель-белок, семейство NifR3
BI01633	1475628	1476938	-	глицил-тРНК синтетаза
BI01634	1477533	1478474	+	гидроксиэтилтиазол киназа
BI01635	1478743	1481310	+	белок биосинтеза тиамина ThiC
BI01636	1481353	1481679	-	гипотетический белок
BI01637	1481820	1482626	+	фосфометилпиримидин киназа
BI01638	1482680	1483054	+	COG0011. Неохарактеризованный ACR
BI01639	1483563	1484939	+	пермеаза, предположительно
BI02235t	1485571	1485978	+	консервативный гипотетический белок
BI01640	1486039	1487433	+	суперсемейство серпина (ингибитор сериновой протеазы)
BI01641	1487717	1488517	+	регулятор транскрипции, семейство Lad, предположительно
BI01642	1488728	1490068	+	транспортный белок сахарозы
BI01643	1490082	1491635	+	сахароза-6-фосфат гидролаза, предположительно
BI01644	1491833	1492612	+	переносчик ABC, белок пермеазы, семейство cysTW, предположительно
BI01645	1492927	1493943	+	фермент биосинтеза прекурсора пиримидина, предположительно
BI02246t	1494070	1495254	+	инозин-уридин-предпочитающая нуклеозид гидролаза
BI01646	1495416	1496207	-	ундекапренил дифосфат синтаза
BI01647	1496207	1496923	-	белок репарации ДНК RecO
BI01648	1496975	1498684	-	консервативный гипотетический белок
BI01649	1498808	1500028	-	1-гидрокси-2-метил-2-(Е)-бутенил 4-дифосфат синтаза
BI01650	1500028	1501215	-	1-дезокси-D-ксилулоза 5-фосфат редуктоизомераза
BI01651	1501215	1502915	-	консервативный гипотетический белок
BI01652	1503387	1503809	-	консервативный гипотетический белок
BI01653	1503919	1504797	-	белок семейства домена PDZ
BI01654	1505129	1506760	+	консервативный гипотетический белок
BI01655	1506836	1508407	-	АТФ-зависимая ДНК-геликаза PcrA
BI01656	1508553	1510205	+	консервативный гипотетический белок
BI01657	1510357	1510578	+	предположительно, АТФ-связывающий белок
BI01658	1510645	1511535	-	семейство РНР домена N-терминального участка
BI01659	1511673	1512407	+	узко консервативный гипотетический трансмембранный белок
BI01660	1512419	1513309	-	диаминопимелат эпимераза
BI01661	1513417	1514208	+	глутамат рацемаза

BI01662	1514340	1515182	+	семейство пататина
BI01663	1515255	1516151	-	неизвестный
BI01664	1516314	1516580	-	фермент транс-сульфурирования
BI00087g	1516749	1517024	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно
BI00086g	1517139	1517573	+	консервативный гипотетический белок в upfD074
BI01665	1517692	1517940	-	консервативный гипотетический белок
BI01666	1518187	1519422	-	цистатионин бета-лиаза
BI01667	1519661	1520560	-	переносчик глутамина ABC, периплазматический глутаминсвязывающий белок (glnH)
BI01668	1520629	1521417	-	переносчик аминокислот ABC, АТФ-связывающий белок
BI01669	1521413	1521952	-	переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы SP0710 [импортированный]
BI01670	1522074	1522730	-	переносчик аминокислот ABC, белок пермеазы
BI01671	1522793	1523605	+	гипотетическая фосфолипаза/ карбоксилэстераза
BI01672	1523620	1525872	-	Tn916, белок резистентности к тетрациклину, предположительно
BI01673	1526091	1526723	+	ДНК-полимераза III, эпсилон-субъединица
BI01674	1526731	1527318	-	гуанилат киназа
BI01675	1527501	1528418	-	оротидин 5'-фосфат декарбоксилаза, предположительно
BI01676	1528421	1531801	-	карбамоил-фосфат синтаза, большая субъединица
BI01677	1531806	1533176	-	карбамоил-фосфат синтаза, малая субъединица
BI01678	1533219	1533788	-	фактор антитерминации транскрипции NusB
BI01679	1533846	1534154	-	фактор элонгации Р (EF-P)
BI01680	1534514	1535248	+	неизвестный, предположительно

BI01681	1535248	1536033	+	консервативный гипотетический белок TIGR00245
BI01682	1536066	1536770	-	неизвестный
BI01683	1536878	1539436	-	гипотетический EAL-домен
BI01684	1539444	1540751	-	возможно, трансмембранный белок гидролазы
BI01685	1541332	1543257	+	гликозилтрансфераза
BI01686	1543387	1543551	-	гипотетический белок
BI01687	1543710	1544600	-	3-гидроксиацил-СоА дегидрогеназа
BI01688	1544959	1546782	-	альфа-ксилозидаза
BI01689	1546897	1547199	-	гипотетический COG1653: система транспорта сахара ABC-типа, периплазматический компонент
BI01690	1547359	1549491	-	возможно, бета-гексозаминидаза А
BI01691	1549605	1550417	-	переносчик ABC, белок пермеазы, семейство MalFG
BI01692	1551035	1551862	+	консервативный гипотетический белок
BI01693	1552142	1553254	-	mrp
BI01694	1553434	1556193	-	ДНК-лигаза, NAD-зависимая
BI01695	1556261	1559881	-	консервативный гипотетический белок
BI01696	1560102	1562237	+	мембранный белок, предположительно
BI01697	1562555	1564141	+	гипотетический белок Blon021196
BI01698	1564204	1564977	-	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно
BI01699	1565037	1566299	-	аминотрансфераза, класс I, предположительно
BI01700	1566573	1567337	-	белок семейства ROK
BI01701	1567583	1568365	+	белок семейства нитроредуктазы
BI01702	1568413	1569423	-	возможно, гликозилтрансфераза
BI01703	1569675	1570325	+	консервативный гипотетический белок
BI01704	1570459	1572888	+	переносчик ABC, АТФ-связывающий белок, предположительно
BI01705	1572963	1573265	+	предсказанныый РНК-связывающий белок, содержащий KH-домен
BI01706	1573370	1573732	-	консервативный гипотетический белок
BI01707	1573842	1574456	+	гипотетический ТМ2-домен
BI01708	1574885	1575301	+	гипотетический белок Blon021592
BI01709	1575432	1576415	-	белок семейства D-изомер-специфической 2-оксикислоты дегидрогеназы
BI01710	1576714	1578168	+	переносчик резистентности к лекарственным препаратам, семейство EmrB/QacA, предположительно
BI01711	1578399	1579418	-	переносчик рибозы ABC, белок пермеазы VCA0129 [импортированный], предположительно
BI01712	1579418	1580485	-	переносчик рибозы ABC, белок пермеазы VCA0129 [импортированный], предположительно
BI01713	1580490	1582028	-	АТФ-связывающий белок переносчика ABC
BI01714	1582172	1583152	-	переносчик рибозы ABC, периплазматический D-рибозасвязывающий белок
BI01715	1583472	1585199	-	липопротеин, предположительно
BI01716	1585199	1586752	-	сенсорная гистидинкиназа MtrB
BI01717	1586893	1587837	-	гипотетический приемный домен регулятора ответа
BI01718	1587674	1589005	-	консервативный АТФ/ГТФ связующий белок
BI01719	1589136	1591535	-	COG0513: Суперсемейство II ДНК и РНК геликаз
BI01720	1591837	1592907	-	семейство домена с неизвестной функцией (DUF344)
BI02350t	1592976	1593215	-	консервативный гипотетический белок
BI01721	1593208	1593801	-	COG0737: 5'-нуклеотидаза/2',3'-циклическая фосфодиэстераза и родственные эстеразы
BI01722	1593841	1595364	-	гипотетический секретируемый белок с возможным доменом кислотной фосфатазы

BI01723	1595471	1596568	-	переносчик глутамина ABC, глутаминсвязывающий белок/белок пермеазы, предположительно
BI01724	1596577	1597251	-	переносчик глутамина ABC, белок пермеазы
BI01725	1597254	1598090	-	переносчик аминокислот ABC, аминокислота-связывающий белок, предположительно
BI01726	1598125	1598964	-	переносчик аминокислот ABC, АТФ-связывающий белок
BI01727	1599401	1600468	+	консервативный гипотетический белок
BI01728	1600932	1602728	-	аспартил-тРНК синтетаза
BI01729	1602767	1604107	-	гистидил-тРНК синтетаза
BI01730	1604264	1605721	+	консервативный гипотетический белок
BI01731	1605933	1607723	-	белок семейства 5-нуклеотидазы, предположительно
BI01732	1607898	1608653	-	креатинин амидогидролаза, креатининаза
BI01733	1608742	1610115	-	переносчик пролина/бетаина
BI01734	1610158	1610328	+	гипотетический белок
BI01735	1610308	1611378	-	гипотетический белок, слабо схожий с предположительным регулятором транскрипции Streptomyces
BI01736	1611950	1613266	+	белок семейства N-ацил-D-аминокислота деацилазы, предположительно
BI01737	1613452	1616058	-	АТФ-зависимая CIp протеаза, АТФ-связывающая субъединица CIpC
BI01738	1616208	1617170	+	demannu, предположительно
BI01739	1617288	1618208	-	гипотетический белок Blon021510
BI01740	1618484	1618870	-	cspB
BI01741	1618943	1620931	-	сенсорная гистидинкиназа
BI01742	1620965	1621738	-	ДНК-связывающий регулятор ответа
BI01743	1621689	1622492	-	консервативный гипотетический белок
BI01744	1622567	1622854	+	консервативный гипотетический белок

BI01745	1622957	1624579	-	шаперон
BI01746	1624820	1625056	-	белок семейства домена холодового шока
BI01747	1625289	1625870	-	гипотетический белок Blon020592
BI01748	1626163	1626771	+	урацил-DNA гликозилаза
BI01749	1626814	1627890	+	АТФаза, семейство MoxR
BI01750	1628022	1628837	+	Белок семейства с неизвестной функцией
BI01751	1628840	1629388	+	консервативный гипотетический белок
BI01752	1629388	1630443	+	консервативный гипотетический белок
BI01753	1630443	1631471	+	консервативный гипотетический белок
BI01754	1631444	1632070	+	тромбоцит-связывающий белок GspB, предположительно
BI01755	1632316	1632660	+	консервативный гипотетический белок
BI01756	1632660	1634261	+	консервативный гипотетический белок
BI01757	1634531	1634893	+	консервативный гипотетический белок
BI01758	1635034	1635672	-	гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией
BI01759	1635805	1637238	+	аденилосукцинат лиаза VC1126 [импортированный]
BI01760	1637373	1639931	+	узко консервативный гипотетический мембранный белок
BI01761	1640080	1640358	+	ДНК-связывающий белок HU
BI01762	1640480	1641937	-	возможно, ДНК-связывающий белок
BI01763	1641940	1642203	-	гипотетический белок с неизвестной функцией (DUF797)
BI01764	1642234	1643133	-	возможно, инозит монофосфатаза
BI01765	1643139	1644803	-	гипотетический протеосома-ассоциированный белок
BI01766	1644828	1646390	-	белок контроля клеточного деления 48, семейство ААА
BI01767	1646454	1647149	-	белок семейства DedA
BI01768	1647410	1647919	+	фосфосерин фосфатаза SerB
BI01769	1648166	1650271	+	примосомальный белок N
BI01770	1650333	1651034	+	возможно, альфа бета-гидролаза

BI01771	1651061	1652044	+	метионил-тРНК формилтрансфераза
BI01772	1652142	1653908	-	дигидрокси-кислота дегидратаза
BI01773	1654203	1654484	+	ДНК-направленная РНК полимераза, омега-субъединица
BI01774	1654765	1655982	+	S-аденозилметионин синтетаза
BI02420t	1656352	1657425	+	гипотетический белок CV1232

Открытые рамки считывания (ORF), перечисленные в Таблице 1, определяются по их положению в геномной последовательности SEQ ID NO. 1. Например, BI00001 определяется нуклеотидной последовательностью оснований №№1667321 и 1667608 (включительно) SEQ ID NO. 1.

Примеры

Приведенные далее примеры дополнительно описывают и демонстрируют варианты исполнения, входящие в объем изобретения. Примеры приводятся только для иллюстрации и не должны истолковываться как ограничения настоящего изобретения, поскольку возможны многие его варианты, не выходящие за пределы сущности и объема изобретения.

Пример 1 - Выделение Bifidobacterium lonsum биотип infantis UCC 35624

Проводили скрининг аппендиксов и срезов большой и малой кишки ЖКТ человека, полученных при реконструктивной хирургии, на пробиотические бактериальные штаммы. Все образцы сохраняли немедленно после хирургии при -80°С в стерильных контейнерах. Замороженные ткани оттаивали, взвешивали и помещали в цистеинированный (0,05%) раствор Рингера четвертинной крепости. Каждый образец осторожно встряхивали для удаления слабо прикрепленных микроорганизмов. После переноса во второй объем раствора Рингера, образец обрабатывали на вихревой мешалке в течение 7 мин для удаления прочно прикрепленных бактерий. Для выделения бактерий, внедренных в ткани, образцы также гомогенизировали в смесителе Braun. Растворы серийно разбавляют и высеивают на поверхности чашек (100 мкл) со следующими агаровыми средами: RCM (обогащенная среда для клостридий) и RCM, доведенная до рН 5,5 с помощью уксусной кислоты; TPY (триптиказо-пептонная с дрожжевым экстрактом), Chevalier, P. et al. (1990). MRS (среда de Mann-Rogosa-Sharpe); ROG (ацетатная среда (SL) Rogosa); LLA (печеночно-лактозный агар Lapiere); BHI (агар с сердечно-мозговым настоем); LBS (Lactobacillus-селективный агар) и TSAYE (триптон-соевый агар с добавкой 0,6% дрожжевого экстракта). Все агаровые среды поставлялись фирмой Oxoid Chemicals, за исключением агара TPY. Пластинки инкубируют в анаэробных банках (BBL, Oxoid) с использованием наборов для генерирования CO₂ (Anaerocult A, Merck) в течение 2-5 дней при 37°С.

Изоляты грампозитивных, каталаза-негативных палочковидных или раздвоенных/плеоморфных бактерий высеивали штрихами для определения чистоты на комплексную неселективную среду (TPY). Изоляты в обычном порядке культивируют в среде TPY, если не указано иное, при 37°С в анаэробных условиях. Предполагаемые виды бифидобактерий помещали в 40% глицерин и хранили при -20 и -80°С.

Было отобрано приблизительно полторы тысячи каталаза-негативных бактериальных изолятов из разных образцов и охарактеризовано по показателям реакции на окраску по методу Грама, размера клеток и морфологии, роста при 15°С и 45°С и конечным продуктам ферментации из глюкозы. Более шестидесяти процентов исследованных изолятов были грампозитивными, гомоферментативными кокками, объединенными в тетрады, цепи или группы. Восемнадцать процентов изолятов были грамнегативными палочкообразными и гетероферментативными коккобациллами.

Остальные изоляты (двадцать два процента) представляли собой преимущественно гомоферментативные коккобациллы. Тридцать восемь штаммов были охарактеризованы более детально. Все тридцать восемь изолятов были негативными как по восстановлению нитратов, так и по продуцированию индола из триптофана.

Штамм 35624 Bifidobacterium longum биотип infantis был выбран из этой группы штаммов для полного секвенирования генома вследствие его подтвержденной противовоспалительной активности в мышиных моделях колита (McCarthy et al., 2004) и его иммуномодулирующих эффектов после перорального приема пациентами с синдромом раздраженного кишечника (IBS) (O'Mahony et al., 2005).

Пример 2 - Секвенирование генома Bifidobacterium longum infantis 35624

Последовательность генома штамма 35624 Bifidobacterium longum биотип infantis была определена с использованием метода дробовика. С этой целью были сконструированы две библиотеки: библиотека малых инсерций (размер инсерций в интервале значений от 2 до 4 т.п.о.) с использованием вектора pGEM-Т easy (Promega) и космидная библиотека больших инсерций (размер инсерций в интервале значений от 40 до 45 т.п.о.) (Epicentre Technologies). Отбор последовательностей из этих банков дал чуть больше 26828618 пар оснований, пригодных для использования данных о последовательности, что соответствует примерно 11,9-кратному покрытию генома Bifidobacterium longum биотип infantis штамм 35624 (выполнен фирмой MWG-Biotech, Ebersberg, Germany). Результаты расшифровки последовательности были собраны с помощью Phrap (Green) в 11 контигов. Перекрывание гэпов и повышение качества первичной сборки последовательности достигалось с помощью дополнительного праймер-направленного секвенирования с использованием предварительно идентифицированных клонов из библиотек, что привело к единому контигу, представлявшему собой кольцевую хромосому длиной 2264374 п.о. На основе конечной консенсусной балльной оценки качества, мы оценили общую частоту ошибок в <1 на 4×10⁵ оснований.

Пример 3 - Анализ генома Bifidobacterium longum биотип infantis 35624

Кодирующие белки открытые рамки считывания (ORF) были предсказаны с использованием комбинации способов Glimmer (Delcher et al., 1999b; Salzberg et al., 1998) и GeneBuilder (программное обеспечение собственной разработки), а также сравнительного анализа с использованием BLASTX (Altschul et al., 1997)

Результаты, полученные с помощью программ определения генов, объединяли вручную, и предварительную идентификацию ORF производили на основании анализа с использованием BLASTP (Altschul et al., 1997) по сравнению с не содержащей повторяющихся последовательностей (non-redundant) базой данных для белков, предоставленной Национальным центром биотехнологической информации (National Centre for Biotechnology Information) (Wheeler et al., 2005). Программа Artemis (Rutherford et al., 2000) была использована для проверки идентифицированных ORF и ассоциированных с ними результатов BLASTP. Проверка вручную проводилась для подтверждения или, в случае необходимости, переопределения начала и конца каждого предсказанного кодирующего участка. Программа Annotation использовала возможность Artemis построения графиков содержания ГЦ в рамках (GC frame plot feature), информацию о рибосомасвязывающем сайте, полученную от RBSfinder (Suzek et al., 2001), результаты выравнивания со схожими ORF других организмов, и анализ содержания G+C.

Пример 4 - Идентификация уникальных генов в геноме Bifidobacterium longum infantis 35624

Соотнесение функций белков с предсказанными кодирующими областями генома Bifidobacterium longum биотип infantis штамм 35624 осуществляли с использованием программного обеспечения собственной разработки и проверки вручную. Первичная функциональная классификация генных продуктов Bifidobacterium longum биотип infantis штамм 35624 производилась в соответствии с правилами Riley (Riley, 1998a; Riley, 1993). Соотнесение COG осуществляли с использованием XUGNITOR (Tatusov). HMMER (Eddy) была использована для установления соответствия классификации PFAM (Bateman et al., 2002) с предсказанными белками. ТМНММ (Krogh et al., 2001) была использована для предсказания трансмембранных последовательностей, и SignalP (Bendtsen et al., 2004) была использована для предсказания сигнальных пептидов. Гены рибосомальных РНК детектировали на основе поиска BLASTN и аннотировались вручную. Гены транспортных РНК идентифицировали с помощью tRNAscan-SE (Lowe and Eddy, 1997). Различные кодирующие РНК идентифицировали по базе данных Rfam (Griffiths-Jones et al., 2005), используя пакет программ INFERNAL (Eddy, 2002). Элементы последовательностей инсерций идентифицировали с помощью Repeatfinder (Volfovsky et al., 2001), Reputer (Kurtz & Schleiermcher, 1999) и BLAST (Altschul et al., 1990) и аннотировали вручную. Семейства IS определяли с помощью ISFinder (http://www-is.biotoul.fr/is.html). Ферменты, проявляющие активность по отношению к углеводам, идентифицировали на основании сходства с записями базы данных активных по отношению к углеводам ферментов (CAZy) (Coutinho & Henrissat, 1999), и классы COG и PFAM аннотировали с указанием активности ферментов углеводного обмена. Классификация переносчиков осуществлялась в соответствии со схемой TC-DB (Busch & Saier, 2002).

Мы идентифицировали область оснований №№44824-472245 (включительно) SEQ ID NO. 1, которую обозначили как область 1 экзополисахарида (EPS) (SEQ ID NO. 2). Область 1 EPS кодирует следующие гены:

Таблица 2
Открытые рамки считывания области 1 EPS генома UCC 35624
Ген	Нить	Описание	Последовательность ДНК	Белковая последовательность
BI00778	+	гликозил трансфераза CpsE	SEQ. ID NO. 93	SEQ. ID NO. 133
BI00779	+	COG0840: Метил-акцептирующий белок хемотаксиса	SEQ. ID NO. 94	SEQ. ID NO. 134
BI00780	+	возможно, Etk-подобная тирозинкиназа, вовлеченная в биосинтез Eps	SEQ. ID NO. 95	SEQ. ID NO. 135
BI00781	+	белок семейства гипотетической гликозилтрансферазы, группа 1	SEQ. ID NO. 96	SEQ. ID NO. 136
BI00782	+	предположительно, белок гликозилтрансферазы	SEQ. ID NO. 97	SEQ. ID NO. 137
BI00783	+	белок семейства NAD-зависимой эпимеразы/дегидратазы	SEQ. ID NO. 98	SEQ. ID NO. 138
BI00784	+	УДФ-глюкоза 6-дегидрогеназа	SEQ. ID NO. 99	SEQ. ID NO. 139
BI00785	+	белок семейства гипотетической гликозилтрансферазы, группа 1	SEQ. ID NO. 100	SEQ. ID NO. 140
BI00786	+	гипотетический Eps 111	SEQ. ID NO. 101	SEQ. ID NO. 141
BI00787	+	гипотетический гексапептид бактериальной трансферазы (три повтора)	SEQ. ID NO. 102	SEQ. ID NO. 142
BI00788	+	гипотетический белок синтеза капсульного полисахарида	SEQ. ID NO. 103	SEQ. ID NO. 143
BI00789	+	гипотетический белок	SEQ. ID NO. 104	SEQ. ID NO. 144
BI00790	+	Eps9K	SEQ. ID NO. 105	SEQ. ID NO. 145
BI00791	+	гипотетический белок биосинтеза полисахарида	SEQ. ID NO. 106	SEQ. ID NO. 146
BI00792	+	гипотетический гексапептид бактериальной трансферазы (три повтора)	SEQ. ID NO. 107	SEQ. ID NO. 147
BI00793	-	белок семейства NAD-зависимой эпимеразы/дегидратазы,	SEQ. ID NO. 108	SEQ. ID NO. 148

		предположительно
BI00794	-	транспозаза, вырожденная	SEQ. ID NO. 109	SEQ. ID NO. 149
BI00795		гипотетические COG2963: Транспозаза и инактивирован-ные производные	SEQ. ID NO. 110	SEQ. ID NO. 150
BI00796	+	dTDP-глюкоза 4,6-дегидратаза	SEQ. ID NO. 111	SEQ. ID NO. 151
BI00797	+	dTDP-4-дегидрорамноза 3,5-эпимераза	SEQ. ID NO. 112	SEQ. ID NO. 152
BI00798	+	глюкоза-1-фосфат тимидилилтрансфераза	SEQ. ID NO. 113	SEQ. ID NO. 153

Мы также идентифицировали область оснований №№2071426-2097099 (включительно) SEQ ID NO. 1, которую мы обозначили как область 2 EPS (SEQ ID NO. 3). Область 2 EPS кодирует следующие гены:

Таблица 3
Открытые рамки считывания области 2 EPS генома UCC 35624
Ген	Нить	Описание	Последовательность ДНК	Белковая последовательность
BI00319	+	dTDP-глюкоза 4,6-дегидратаза	SEQ. ID NO. 114	SEQ. ID NO. 154
BI00320	+	консервативный гипотетический белок	SEQ. ID NO. 115	SEQ. ID NO. 155
BI00321	+	консервативный гипотетический белок	SEQ. ID NO. 116	SEQ. ID NO. 156
Bl00423t	+	Консервативная, предположительно, транспозаза	SEQ. ID NO. 117	SEQ. ID NO. 157
BI00322	-	IS1533,OrfB	SEQ. ID NO. 118	SEQ. ID NO. 158
BI00323		транспозаза (25) ВН3998 [импортированный], предположительно	SEQ. ID NO. 119	SEQ. ID NO. 159
BI00324	-	гликозилтрансфераза, предположительно	SEQ. ID NO. 120	SEQ. ID NO. 160
BI00325		консервативная сиаловая кислота-специфическая 9-O-ацетилэстераза	SEQ. ID NO. 121	SEQ. ID NO. 161
BI00326	+	гипотетическое семейство ацилтрансферазы	SEQ. ID NO. 122	SEQ. ID NO. 162
BI00327		консервативныый гипотетический мембранный белок с неизвестной функцией	SEQ. ID NO. 123	SEQ. ID NO. 163
BI00328	-	гипотетическая гликозил трансфераза семейство 8	SEQ. ID NO. 124	SEQ. ID NO. 164
BI00329		белок семейства гипотетической гликозил трансферазы, групп 2	SEQ. ID NO. 125	SEQ. ID NO. 165
BI00330		полисахарид переносчик ABC, АТФ-связывающий белок	SEQ. ID NO. 126	SEQ. ID NO. 166
BI00331		Полисахарид, переносчик ABC, белок пермеазы, предположительно	SEQ. ID NO. 127	SEQ. ID NO. 167
BI00332	+	гипотетическая гликозил трансфераза семейство 8	SEQ. ID NO. 128	SEQ. ID NO. 168
BI00333	-	УДФ-глюкоза 6-дегидрогеназа	SEQ. ID NO. 129	SEQ. ID NO. 169
BI00334	+	гипотетическое семейство NAD-зависимой эпимеразы/ дегидратазы	SEQ. ID NO. 130	SEQ. ID NO. 170
BI00335	-	мембранный белок, предположительно	SEQ. ID NO. 131	SEQ. ID NO. 171
BI00336	-	консервативный гипотетический белок	SEQ. ID NO. 132	SEQ. ID NO. 172

Пример 5 - Выделение и скрининг EPS-продуцирующего штамма бифидобактерий из образцов фекалий

Приготовление образца фекалий

Образцы фекалий собирали у субъектов с использованием системы сбора образцов из гигиенических приспособлений для ухода за лежачими больными (commode specimen collection) Kendall Precision. Собранные образцы хранили в замороженном состоянии в термоконтейнере с пакетированными охлаждающими элементами (cold pack) до обработки образцов. Для анализов использовались только образцы, взятые за последние двадцать четыре часа.

Образец 10,0 г смешанного материала фекалий помещают в пластиковый пакет для гомогенизатора, содержащий 90 мл солевого раствора. Суспензию обрабатывают в гомогенизаторе в течение 2 минут. Суспензию фильтруют через марлевый компресс, помещенный в воронку одноразового пользования. После фильтрации, 45 мл фильтрованного гомогената фекалий переносят в центрифужную пробирку для одноразового использования на 50 мл. Эту суспензию фекалий впоследствии используют для экстракции ДНК или для выделения бактерий.

Скрининг образцов фекалий с использованием трех анализов методом ПЦР в реальном времени TaqMan.

Получение ДНК образца фекалий. Получают осадок аликвоты 2,0 мл гомогената фекалий с помощью микроцентрифуги. Осадки ресуспендируют в 20 мг/мл лизозима в течение 2 часов при 37°С. ДНК экстрагируют с помощью набора QIAamp DNA Stool Mini Kit (Qiagen). Концентрацию ДНК измеряют с использованием метода анализа Pico Green (Molecular Probes). После измерения концентрации ДНК, ДНК хранят при 4°С.

Реакции ПНР в реальном времени TaqMan. Тестируемые образцы разбавляют до концентрации ДНК, равной 2 нг/мкл, так чтобы в 5 мкл содержалось в целом 10 нг ДНК. Образцы оценивют в общем с использованием трех отдельных методов анализа.

Готовят следующую реакционную смесь:

Вода	15,75 мкл
10 мкМ прямого праймера	1,5 мкл (конечная концентрация 300 нМ)
10 мкМ обратного праймера	1,5 мкл (конечная концентрация 300 нМ)
10 мкМ зонда TaqMan	1 мкл (конечная концентрация 200 нМ)
BSA (бычий сывороточный альбумин) (20 мг/мл)	0,25 мкл (конечная концентрация 0,1 мкг/мл)
Универсальная реакционная смесь для ПЦР TaqMan	25 мкл

Готовят общую смесь для ряда образцов для анализа. Аликвоту 45 мкл дозируют в каждую лунку 96-луночного микротитровального планшета, затем прибавляют в каждую лунку 5 мкл ДНК. Планшет кратковременно центрифугируют и помещают в термоциклер (АВ1 7900 НТ). Используют стандартный протокол термоциклирования TaqMan.

Программа TaqMan RT-PCR (ПЦР с обратной транскрипцией). Стандартный протокол количественного ПЦР-термоциклирования TaqMan выглядит следующим образом:

Стадия 1: 95°С в течение 10 минут (для активации полимеразы AmpliTaq Gold)

Стадия 2: 95°С в течение 15 секунд (стадия денатурации)

Стадия 3: 60°С в течение 60 секунд (стадия праймирования/полимеризации)

Стадии 2 и 3 повторяют 40 раз. Данные флуоресценции собирают на стадии 3.

Праймеры и зонды для трех анализов TaqMan RT-PCR. Образцы ДНК фекалий подвергают скринингу с использованием EPS ген-специфического анализа и двух В.infantis 35624 неизвестный ген-специфических анализов (неизвестные гены UNK1 и UNK2). Конкретные используемые гены и наборы праймеров TaqMan для них приведены в Таблице 4 ниже.

Таблица 4
UCC 35624 набор праймеров для TaqMan PCR
Ген-мишень	Название	Последовательность 5'-3'	Начало в геноме	Конец в геноме	Метка зонда TaqMan
BI01615 (UNK-1)	UNK1-F1	CCATGAGCGGTTTCACGAA (SEQ ID NO. 4)	1451446	1451428	5' 6-FAM
	UNK1-R1	TTGGACGGTGCCTGTGATTA (SEQ ID NO. 5)	1451393	1451412	3' NFQ-MG
	UNK1-MGB1	CGGGCAATCAAC (SEQ ID NO. 6)	1451426	1451415
BI02420t (UNK-2)	UNK2- F1	ACTTGACGTACCGTTTTGAGATTT С (SEQ ID NO. 7)	1656479	1656503	5' 6-FAM
	UNK2-R1	CTAAGCATGGCAAGGCTGATAGT (SEQ ID NO. 8)	1656562	1656540	3' NFQ-MGB
	UNK2-MGB1	TGCGACCAACACGC (SEQ ID NO. 9)	1656525	1656538
BI00783 (EPS)	EPS-F1	GGGTCCAATAAGAAGGTTCCATA TT (SEQ ID NO. 10)	456491	456515	5' 6-FAM
	EPS-R1	GCATGTGCCAACAGCTCATC (SEQ ID NO. 11)	456591	456572	3' TAMR
EPS-TAMRA	CGGATGACAAGGTAGATAATCCA GTGAGCCTATAC (SEQ ID NO. 12)	456519	456553

Образцы фекалий, демонстрировавшие высокую концентрацию ДНК по результатам ген-специфического анализа EPS B.infantis 35624, но негативные реакции при проведении В.infantis 35624 неизвестный ген-специфических анализов, использовались в дальнейшем для выделения потенциальных EPS-продуцирующих бактерий.

Пример 6 - Выделение и характеризация BL1207 из образцов фекалий.

Один миллилитр бактериальной суспензии (см. Пример 5 выше) переносят в 9,0 мл стерильного фосфатно-солевого буфера, что соответствует разбавлению 10^-1. Один миллилитр этого разбавления 10^-1 переносят в 9,0 мл стерильного фосфатно-солевого буфера, что соответствует разбавлению 10^-2. Этот процесс повторяют до получения разбавления 10^-10. Затем 0,1 мл каждого разбавления высеивают на поверхности пластин обогащенного агара для клостридий (RCA) (BD или эквивалентный) и пластин агара для Lactobacillus Man-Rogosa Sharpe (MRSA) (BD или эквивалентный). Пластины инкубируют в анаэробных условиях (анаэробная камера COY) при 33±2°С в течение 48-72 часов.

После инкубации отбирают отдельные колонии (в общей сложности приблизительно 100 колоний) с пластин RCA и MRSA и высеивают штрихом на новые пластины для очистки изолята. Пластины с высеянными штрихом колониями инкубируют в анаэробных условиях (анаэробная камера COY) при 33±2°С в течение 48-72 часов. После инкубации, чистые колонии, полученные на пластинках, используют для экстракции ДНК.

Скрининг изолятов фекалий с использованием трех анализов TaqMan ПЦР в реальном времени

Бактериальную ДНК экстрагируют с использованием системы Preman™ Ultra Sample Preparation Reagent and Protocol (Applied Biosystems). ДНК затем анализируют с использованием трех анализов TaqMan RT-PCR (EPS ген-специфический анализ [EPS-1] и двух В.infantis 35624 неизвестный ген-специфических анализов [UNK1 и UNK2], как описано выше в Примере 5. Только один изолят продемонстрировал позитивный B.infantis 35624 EPS ген-специфический анализ, но негативные В.infantis 35624 неизвестный ген-специфические анализы. Этот изолят был затем идентифицирован путем секвенирования 16S рДНК.

Идентификация потенциально EPS-продуцирующего штамма путем секвенирования 16S рДНК.

Амплифицируют фрагмент гена 16S рРНК и секвенируют с использованием набора для ПЦР ABI Full Gene PCR (Applied Biosystems, Foster City, CA).

(1) Амплификация гена 16S рРНК:

ПЦР-амплификацию проводят с помощью термоциклера GeneAmp PCR System 9700 со следующей программой:

Начальное выдерживание:	95°С в течение 10 минут
30 циклов:	95°С в течение 30 секунд (денатурация)
	60°С в течение 30 секунд (отжиг)
	72°С в течение 45 секунд (удлинение)
Конечное наращивание:	72°С в течение 10 минут

(2) Секвенирование гена 16S рРНК:

Секвенирование затем проводят в термоциклере с использованием следующей программы:

25 циклов:	96°С в течение 10 секунд (денатурация)
	50°С в течение 5 секунд (отжиг)
	60°С в течение 4 минут (удлинение)
Конечная стадия	выдерживание при 4°С

Продукт ПЦР-секвенирования далее очищают с помощью набора для выделения ДНК DyeEX™ 2.0 и секвенируют с помощью прибора 3130 xl Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA).

(3) Анализ данных последовательности:

Сравнение консенсусных последовательностей с последовательностями GenBank проводят с использованием Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Поиск в GenBank показал, что В infantis 35624 EPS ген-специфически позитивный, но В.infantis 35624 неизвестный ген-специфически негативный штамм представляет собой Bifidobacterium longum. Этот штамм обозначен BL1207.

Пример 7 - Выделение и скрининг EPS-экспрессирующих штаммов Bifidobacterium longum

Выделение бактериальных штаммов

Бактерии выделяют из тканей кишечника и/или образцов фекалий с использованием методологии, описанной в Примере 1 выше. В частности, штамм Bifidobacterium longum AH121A выделяют из ткани кишечника кошки и штамм Bifidobacterium longum AH1714 выделяют из ткани, полученной при биопсии толстой кишки здоровых людей.

Скрининг генного кластера EPS

Бактериальные штаммы подвергали скринингу на присутствие генов из кластера 1 EPS (Таблица 2 выше) и кластера 2 EPS (Таблица 3 выше) с использованием праймеров, перечисленных в Таблицах 5 и 6, ниже. Вкратце, для ПЦР-скрининга генного кластера EPS используют следующую методологию:

Инокулируют асептически 10 мл модифицированной бульонной питательной среды Rogosa (+0,05% цистеина) свежевыращенной колонией бактериального штамма и инкубируют анаэробно при 37°С до помутнения (от примерно 16 до примерно 24 часов). Бульонные культуры центрифугируют и ДНК выделяют из полученного осадка, используя процедуру экстракции Sigma™. Используют нанокаплю для установления концентрации ДНК в образце и образцы разбавляют обработанной диэтилпирокарбонатом стерильной водой до конечной концентрации 50 нг/мкл ДНК на образец. Образцы матричной ДНК используют в индивидуальных ПЦР-реакциях с наборами праймеров, перечисленными в Таблицах 5 и 6 ниже, в следующих условиях:

Стадия	Температура (°С)	Время (с)
1	95	240
2	95	45
3	60	45
4	72	45	стадии 2-4 повторяют 25 раз
5	4	выдерживание

Праймеры были специально предназначены для амплификации продукта ПЦР размером приблизительно 500 пар оснований для 40 генов кластеров 1 и 2 EPS. Продукты ПЦР визуализируют после электрофореза на агарозном геле с соответствующей линейкой ДНК-маркеров молекулярного веса для сравнительного определения размера. Присутствие (ДА) или отсутствие (НЕТ) 500 п.о. продукта ПЦР указано в Таблицах 7 и 8 ниже.

Таблица 5
Праймеры для скрининга бактериальных штаммов на присутствие генов из кластера 1 EPS
Ген	Название праймера	LRFR	Последовательность	SEQ ID NO.
BI00778	1.01	L	tat gtt gcc ggc att tat ca	SEQ ID NO. 13
BI00778	1.01	R	tgc gcg ttc atg tea ata at	SEQ ID NO. 14
BI00779	1.02	L	ggc gta gca agt tea agg ag	SEQ ID NO. 15
BI00779	1.02	R	aat aac cgc tgc agg aac ac	SEQ ID NO. 16
BI00780	1.03	L	gtg cag gac ggt aat gga gt	SEQ ID NO. 17
BI00780	1.03	R	get teg ggt ctg gat cat ta	SEQ ID NO. 18
BI00781	1.04	L	tgc tga caa gtg gag tct gg	SEQ ID NO. 19
BI00781	1.04	R	cca cgt eta cga gca act ca	SEQ ID NO. 20
BI00782	1.05	L	gaa age gaa gag tgg tct gg	SEQ ID NO. 21
BI00782	1.05	R	ccg get gat ttg atg aga tt	SEQ ID NO. 22
BI00783	1.06	L	tgc cgc tgt act ggt cac	SEQ ID NO. 23
BI00783	1.06	R	gca tgt gcc aac age tea	SEQ ID NO. 24
BI00784	1.07	L	cca аса cgt ate tgg cac tg	SEQ ID NO. 25
BI00784	1.07	R	teg gag cca aag aag gta ga	SEQ ID NO. 26
BI00785	1.08	L	ata ccg cgt atg ctt tgg ac	SEQ ID NO. 27
BI00785	1.08	R	aaa egg taa cca etc get tg	SEQ ID NO. 28
BI00786	1.09	L	atg gga teg atg cat gaa at	SEQ ID NO. 29

BI00786	1.09	R	ttc teg gca ata aac cgt tc	SEQ ID NO. 30
BI00787	1.10	L	cca gcg gtt att teg ttg tt	SEQ ID NO. 31
BI00787	1.10	R	ggt ggc atg ate ctt atg ct	SEQ ID NO. 32
BI00788	1.11	L	get ate ttc ace gca ttg gt	SEQ ID NO. 33
BI00788	1.11	R	cca gtc agg gaa ggt cac at	SEQ ID NO. 34
BI00789	1.12	L	tga aat аса cgc aac ccg ta	SEQ ID NO. 35
BI00789	1.12	R	aatgcgtcaaaaccgatacc	SEQ ID NO. 36
BI00790	1.13	L	gga aag caa tga gga age tg	SEQ ID NO. 37
BI00790	1.13	R	gat ttg atg caa age aag ca	SEQ ID NO. 38
BI00791	1.14	L	gtg agt ace gtt tec gca at	SEQ ID NO. 39
BI00791	1.14	R	ttc ctt ggt tec cgt gat ag	SEQ ID NO. 40
BI00792	1.15	L	get ggg att ttg gaa gtg aa	SEQ ID NO. 41
BI00792	1.15	R	tgt tac ccc egg cat aat aa	SEQ ID NO. 42
BI00793	1.16	L	ace ggt aac gtt cag att gc	SEQ ID NO. 43
BI00793	1.16	R	gca ata ccg cct tga cct ta	SEQ ID NO. 44
BI00794	1.17	L	ttg tac cac cac acg tac eg	SEQ ID NO. 45
BI00794	1.17	R	cgc gag ttc aat ggc tat g	SEQ ID NO. 46
BI00795	1.18	L	аса teg ace tec ate tec ag	SEQ ID NO. 47
BI00795	1.18	R	ata cgt aac age ggc tec ac	SEQ ID NO. 48
BI00796	1.19	L	aag tac gat gtg cgc tac ca	SEQ ID NO. 49
BI00796	1.19	R	cat cac ggt cag gat gtc ac	SEQ ID NO. 50
BI00797	1.20	L	cga ata cac gga cat caa eg	SEQ ID NO. 51
BI00797	1.20	R	gag aat cga gca get gga ac	SEQ ID NO. 52
BI00798	1.21	L	tgg gag agg agt tea teg ac	SEQ ID NO. 53
BI00798	1.21	R	gta tec age cat gcg taa cc	SEQ ID NO. 54

Таблица 6
Праймеры для скрининга бактериальных штаммов на присутствие генов из EPS кластера 2
Ген	Название праймера	LRFR	Последовательность	SEQ ID NO.
BI00319	2.01	L	acg gac tea aaa cca cca tc	SEQ ID NO. 55
BI00319	2.01	R	ace ctg ctt ccg gta ctt tt	SEQ ID NO. 56
BI00320	2.02	L	gcc tac gca aga cct tat gc	SEQ ID NO. 57

BI00320	2.02	R	cgt tat acg cgt get tga ga	SEQ ID NO. 58
BI00321	2.03	L	tgg aac gca ata ttc aac ga	SEQ ID NO. 59
BI00321	2.03	R	cca agt atg get cca cga at	SEQ ID NO. 60
BI00423t	2.04	L	acg cct gtc tat ggt tgg aa	SEQ ID NO. 61
BI00423t	2.04	R	egg tag gac teg ttc teg tc	SEQ ID NO. 62
BI00322	2.05	L	teg agg ttc gag gtg aag at	SEQ ID NO. 63
BI00322	2.05	R	cct gtt cga gaa gga gaa eg	SEQ ID NO. 64
BI00323	2.06	L	atg gaa gca tgt ggt cct tc	SEQ ID NO. 65
BI00323	2.06	R	att tec tgg tgg tgt cgt tc	SEQ ID NO. 66
BI00324	2.07	L	atg gcg aaa ctg ttg gac tc	SEQ ID NO. 67
BI00324	2.07	R	get ace gtg cct tct cat tc	SEQ ID NO. 68
BI00325	2.08	L	gee gaa teg ctt ttg aaa ta	SEQ ID NO. 69
BI00325	2.08	R	aaa tec tea teg ggg aaa ac	SEQ ID NO. 70
BI00326	2.09	L	gtt tat ttt cgc cgt gee ta	SEQ ID NO. 71
BI00326	2.09	R	aat tec aat ggc ttt tgc tg	SEQ ID NO. 72
BI00327	2.10	L	atg tgc gaa tec gac ata ca	SEQ ID NO. 73
BI00327	2.10	R	tgc tta tct cgt ccc cat tc	SEQ ID NO. 74
BI00328	2.11	L	gca aaa tgc ttg get tct tc	SEQ ID NO. 75
BI00328	2.11	R	ctg gat tec gat gat get tt	SEQ ID NO. 76
BI00329	2.12	L	ctg cac gta teg gga ttt tt	SEQ ID NO. 77
BI00329	2.12	R	etc ggc aga gga cag gat ag	SEQ ID NO. 78
BI00330	2.13	L	gat cat cga cac gca atg ac	SEQ ID NO. 79
BI00330	2.13	R	taa ggc cat cct cat caa gg	SEQ ID NO. 80
BI00331	2.14	L	tct ggg gaa age agg tta tg	SEQ ID NO. 81
BI00331	2.14	R	ctg tgc ggt ace tgt ttg tg	SEQ ID NO. 82
BI00332	2.15	L	aat tac gtc ccg atg etc ac	SEQ ID NO. 83
BI00332	2.15	R	caa tac ace ggc ttg gaa gt	SEQ ID NO. 84
BI00333	2.16	L	tgt aga cct tgt cgc tea eg	SEQ ID NO. 85
BI00333	2.16	R	gca teg gtg acg get ata at	SEQ ID NO. 86
BI00334	2.17	L	gtg etc gac aag ctg acg ta	SEQ ID NO. 87
BI00334	2.17	R	gtg ttc cgc ata cca ate g	SEQ ID NO. 88
BI00335	2.18	L	ggc gag tgc ace aaa taa at	SEQ ID NO. 89

BI00335	2.18	R	cga ttc cgt eta ttg gtt eg	SEQ ID NO. 90
BI00336	2.19	L	ata agt ccg gtg gca ate ag	SEQ ID NO. 91
BI00336	2.19	R	caa tgg atg ata egg tgc tg	SEQ ID NO. 92

Таблица 7
Результаты скрининга гена кластера 1 EPS
Ген	Набор праймеров	B.longum 35624	В.longum 1207	В.longum АН121А	В.longum 1714
BI00778	1.01	ДА	ДА	НЕТ	ДА
BI00779	1.02	ДА	ДА	НЕТ	ДА
BI00780	1.03	ДА	ДА	НЕТ	ДА
BI00781	1.04	ДА	ДА	ДА	ДА
BI00782	1.05	ДА	ДА	ДА	ДА
BI00783	1.06	ДА	ДА	ДА	ДА
BI00784	1.07	ДА	ДА	ДА	ДА
BI00785	1.08	ДА	ДА	ДА	ДА
BI00786	1.09	ДА	ДА	ДА	ДА
BI00787	1.10	ДА	ДА	ДА	ДА
BI00788	1.11	ДА	ДА	ДА	НЕТ
BI00789	1.12	ДА	ДА	ДА	ДА
BI00790	1.13	ДА	ДА	ДА	ДА
BI00791	1.14	ДА	ДА	ДА	ДА
BI00792	1.15	ДА	ДА	ДА	ДА
BI00793	1.16	ДА	ДА	НЕТ	ДА
BI00794	1.17	ДА	ДА	НЕТ	ДА
BI00795	1.18	ДА	ДА	НЕТ	ДА
BI00796	1.19	ДА	ДА	ДА	ДА
BI00797	1.20	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00798	1.21	ДА	ДА	ДА	ДА
Где ДА указывает на присутствие и НЕТ указывает на отсутствие 500 п.о. продукта ПЦР.

Таблица 8
Результаты скрининга гена кластера 1 EPS
Ген	Набор праймеров	B.longum 35624	В.longum 1207	В.longum АН121А	В.longum 1714
BI00319	2.01	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00320	2.02	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00321	2.03	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00423t	2.04	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00322	2.05	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00323	2.06	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00324	2.07	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00325	2.08	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00326	2.09	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00327	2.10	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00328	2.11	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00329	2.12	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00330	2.13	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00331	2.14	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00332	2.15	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00333	2.16	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00334	2.17	ДА	НЕТ	НЕТ	НЕТ
BI00335	2.18	ДА	ДА	НЕТ	ДА
BI00336	2.19	ДА	ДА	ДА	ДА
Где ДА указывает на присутствие и НЕТ указывает на отсутствие 500 п.о. продукта ПЦР

Скрининг на агаре с конго красным

Скрининг на агаре с конго красным используют для фенотипического скрининга бактериальных штаммов, экспрессирующих EPS. Вкратце, 10 мл модифицированной бульонной питательной среды Rogosa (+0,05% цистеина) инокулируют асептически свежевырощенной колонией бактериального штамма и инкубируют анаэробно при 37°С до помутнения (от примерно 16 до примерно 24 часов). Бульонные культуры асептически высеивают штрихом на агаровые пластинки с конго красным и инкубируют анаэробно при 37°С в течение 48 часов. Считается, что EPS, продуцируемый как побочный продукт роста и/или метаболизма определенных штаммов, препятствует поглощению красителя конго красного, что приводит к образованию колоний сливочной/белой морфологии. Штаммы (stains), продуцирующие меньшее количество EPS, легко поглощают краситель конго красный, давая розовую/красную морфологию колоний. Штаммы, не продуцирующие EPS, окрашиваются в красный цвет и выглядят почти прозрачными на фоне красного агара.

На Фиг.6-12 представлены следующие наблюдавшиеся морфологии колоний:

Таблица 9
Морфологии колоний при скрининге на агаре с конго красным
Бактериальный штамм	Морфологии колоний
В.longum 35624 (Фиг.6)	Выпуклые, мукоидные, ярко-белые колонии
В.longum АН121А (Фиг.7)	Выпуклые, мукоидные, ярко-белые колонии
В.longum AH1714 (Фиг.8)	Выпуклые, мукоидные, ярко-белые колонии
В.longum AH0119 (Фиг.9)	Выпуклые, мукоидные, бледно-розовые / беловатые колонии
В.breve UCC2003 (Фиг.10)	Выпуклые, мукоидные, бледно-розовые / беловатые колонии
L.rhamnosus AH308 (Фиг.11)	Плоские, полумукоидные, бледно-розовые / беловатые колонии
L.salivarius UCC1 (Фиг.12)	Плоские, немукоидные, светлые/прозрачные колонии

Пример 8 - B.infantis 35624 и BL1207 индуцируют почти идентичные профили цитокинов в РВМС.

Мононуклеарные клетки периферической крови (РВМС) изолируют из свежей периферической крови человека, используя пробирки BD Vacutainer CPT (каталог BD 362761), в соответствии с инструкциями производителя. РВМС промывают и ресуспендируют в модифицированной по Дульбекко среде Игла (Dulbecco's MEM) (каталог Gibco 10569-010) плюс 25 мМ HEPES, 10% сыворотки плода коровы (каталог Sigma F4135) и 1% пенициллина/стрептомицина (каталог Sigma P0781). Высеивают 2×10⁵ РВМС (в 200 мкл DMEM) в каждую лунку 96-луночного культурального планшета.

Бактерии выращивают в среде Difco MRS и собирают сразу после достижения стационарной фазы. Все клетки выращивают в анаэробных условиях при 37°С. Для каждых условий роста строят кривые роста (зависимость оптической плотности (OD) от числа живых клеток) и промытые клетки нормируют по числу клеток перед прибавлением к РВМС.

Бактерии (20 мкл в фосфатно-солевом буфере (PBS)) прибавляют в каждую лунку РВМС для получения общего числа бактерий, указанного для каждого эксперимента. Испытания проводились с тремя разными количествами бактерий: 1,25Е+07, 6,25Е+06 и 3,13Е+06 прибавляли в разные лунки с РВМС. Также проводился контроль без использования бактерий. Все анализы выполнялись с тремя параллельными измерениями. После 2 дней инкубирования при 37°С планшеты центрифугировали при 300×g и супернатанты удаляли и хранили в замороженном состоянии при -80°С до проведения анализа.

Цитокины в супернатантах культур анализировали с использованием 96-луночного набора для анализа фирмы Meso Scale Discovery (Gaithersburg, MD; каталог K15008 В-1). Интерлейкин 1-бета человека (II-1b), интерлейкин 10 (II-10), интерлейкин 12р70 (II-12р70) и фактор некроза опухолей-альфа (TNFα) определяли количественно и выражали в пикограммах на миллилитр. Каждый образец анализировали с двумя параллельными измерениями.

Фиг.2-5 показывают результаты типичного эксперимента. Для каждого представленного цитокина, В.infantis 35624 и BL1207 индуцировали почти идентичные уровни цитокинов. Эти уровни очень сильно отличаются от уровней, индуцируемых тремя другими штаммами бифидобактерий, с которыми производилось сравнение.

Пример 9 - Бифидобактерии со схожими генами EPS и высоким уровнем продуцирования EPS индуцируют значительно повышенное соотношение IL-10:IL-12 по сравнению со штаммами, не имеющими этих генов.

Мононуклеарные клетки периферической крови (РВМС) изолируют из периферической крови здорового человека с помощью пробирок BD Vacutainer СРТ (BD каталог 362761), в соответствии с инструкциями производителя. РВМС промывают и ресуспендируют в Dulbecco's Modified Eagle Medium (модифицированная по Дульбекко среда Игла)-Glutamax™ (Glutamax (заменитель глутамина) + пируват + 4,5 г/л глюкозы (каталог Gibco 10569-010), 10% сыворотке плода коровы (каталог Sigma F4135) и 1% пенициллина/стрептомицина (каталог Sigma P0781). Инкубируют РВМС (2×10⁵ клеток на лунку) в плоскодонных 96-луночных планшетах и прибавляют 20 мкл бактериальной суспензии (с концентрацией 1×10⁷ КОЕ/мл). Ко-инкубируют РВМС с бактериями в течение 48 часов при 37°С / 5% СО₂ в инкубаторе. После 2-дневного периода инкубирования, планшеты центрифугируют при 300×g и супернатанты отбирают и хранят замороженными при -80°С до проведения анализа. Количественно определяют кровни интерлейкина-10 (IL-10) и интерлейкина-12р70 (IL-12p70) в супернатантах культур с использованием 96-луночного набора для анализов фирмы Meso Scale Discovery (Gaithersburg, MD; каталог K15008B-1)

Бактерии готовят для экспериментов с сокультивированием в двух форматах, (а) Свежевырощенные бактерии выращивают в среде Difco MRS и собирают сразу после перехода в стационарную фазу. Все клетки выращивают в анаэробных условиях при 37°С. (b) Бактерии выращивают в анаэробных условиях при 37°С в среде Difco MRS и собирают сразу после перехода в стационарную фазу. Лиофилизированные порошки получают для каждой из таких бактерий и хранят при -80°С во флаконах на 100 мг с предварительно отмерянными аликвотами. Непосредственно перед использованием, одну аликвоту каждого штамма вынимают из морозильной камеры и дают ей согреться до комнатной температуры. Каждый штамм промывают 3 раза по 10 мл раствора Рингера (ringers) с последующим центрифугированием. Каждый раз используют свежий флакон. Строят кривые роста (зависимость оптической плотности (OD) от числа живых клеток) для каждых условий выращивания и промытые клетки нормируют по числу клеток перед прибавлением к РВМС. Все эксперименты также включают безбактериальный контроль. Все анализы проводят с тремя параллельными измерениями.

Бифидобактерии, содержавшие многие гены EPS, проявляли схожий эффект воздействия на индукцию IL-10:IL-12, в то время как бактериальные штаммы, не содержащие гены EPS, индуцировали значительно более низкое соотношение IL-10:IL-12 (Фиг.13). Как свежевыращенные, так и лиофилизированные культуры проявляли аналогичный эффект, выражавшийся в том, что штаммы, содержащие схожие гены EPS, индуцировали более высокое соотношение IL-10:IL-12, чем штаммы, не содержащие этих генов.

Контроль воспалительных заболеваний проявляется на ряде уровней. Факторы контроля включают гормоны, простагландины, реакционноспособные промежуточные соединения кислорода и азота, лейкотриены и цитокины. Цитокины представляют собой низкомолекулярные биологически активные белки, вовлеченные в вырабатывание и контроль иммунологических и воспалительных ответов. Ряд клеточных типов продуцируют такие цитокины, причем основными источниками при воспалительных реакциях являются нейтрофилы, моноциты и лимфоциты вследствие их больших количеств на месте поражения.

Существуют многочисленные механизмы, по которым цитокины генерируют воспалительный ответ в местах воспаления. Хемотаксис стимулирует хоминг воспалительных клеток к месту повреждения, а определенные цитокины промотируют инфильтрацию клеток в ткань. Цитокины, выделяемые в пораженной ткани, приводят к активации воспалительного инфильтрата. Большинство цитокинов являются плейотропными и экспрессируют множество биологически перекрывающихся активностей. Неконтролируемые воспалительные ответы могут привести к заболеваниям, таким как IBD (болезнь раздраженного кишечника), и есть основания предполагать, что у лиц, страдающих такими болезнями, нарушено продуцирование цитокинов.

Интерлейкин-10 (IL-10) представляет собой противовоспалительный цитокин, который продуцируется многими типами клеток, включая моноциты, макрофаги, дендритные клетки, мастоциты и лимфоциты (в частности, регуляторные Т-клетки). IL-10 осуществляет понижающую регуляцию экспрессии провоспалительных цитокинов Th1, антигенов МНС класса II и костимулирующих молекул на антиген-презентирующих клетках. Он также увеличивает выживаемость В-клеток, пролиферацию и продуцирование антител. Этот цитокин может блокировать активность NF-κВ, вовлечен в регуляцию сигнального пути JAK-STAT. Исследования на нокаут-мышах продемонстрировали существенную роль IL-10 в иммунорегуляции, поскольку у IL-10KO-мышей развивался тяжелый колит. Кроме того, было показано, что бактерии, являющиеся сильными индукторами IL-10, промотируют дифференцировку регуляторных Т-клеток in vivo, тем самым внося свой вклад в иммунологический гомеостаз (O'Mahony et al., AJP 2006; O'Mahony et al., PLoS Pathogens 2008).

Интерлейкин-12 (IL-12) поедставляет собой провоспалительный цитокин, ассоциированный с поляризацией Th1-эффекторных Т-клеточных ответов и стимулирует продуцирование других провоспалительных Th1 цитокинов, таких как интерферон-гамма (IFN-γ) и фактор некроза опухолей-альфа (TNF-α), Т-клетками и природными клетками-убийцами (NK). Высокие уровни экспрессии IL-12 ассоциированы с аутоиммунитетом. Было показано, что введение IL-12 лицам, страдающим от аутоиммунных заболеваний, ухудшает симптомы болезни. В отличие от этого, IL-12-нокаут-мыши или введение мышам антител, нейтрализующих IL-12, ослабляло заболевание.

Воспалительный ответ контролируется цитокиновыми каскадами и сетями, а не действием конкретного цитокина на конкретный тип клеток. Относительные уровни экспрессии, или баланс, двух цитокинов (таких как IL-10 и IL-12) являются более информативными, чем экспрессия одного цитокина. В этих исследованиях мы стимулировали РВМС человека рядом различных бактериальных штаммов. Все штаммы индуцировали IL-10 и все штаммы индуцировали IL-12. Однако анализ соотношения между индукцией IL-10 и IL-12 показал, что некоторые бактериальные штаммы индуцировали более высокую величину соотношения (то есть, больше IL-10 и меньше IL-12) по сравнению с другими штаммами. Это важное наблюдение, поскольку именно баланс таких противодействующих сигналов в конечном счете определяет иммунологический исход. Ожидается, что высокое соотношение IL-10:IL-12 будет промотировать противовоспалительный ответ, ассоциированный с соответствующей иммунорегуляторной активностью, в то время как низкое соотношение IL-10:IL-12 будет способствовать ТП1-поляризации иммунного ответа. Таким образом, соотношение IL-10:IL-12 РВМС является важным критерием выбора при идентификации бактериальных штаммов, обладающих иммунорегуляторными свойствами.

Размеры и значения величин, раскрытые тут, не следует понимать как строго ограниченные приведенными точными численными значениями. Вместо этого, если не указано иное, каждый такой размер должен обозначать как приведенное значение, так и функционально эквивалентый интервал, окружающий данное значение. Например, размер, раскрытый как "40 мм", должен обозначать "примерно 40 мм".

Все документы, упоминаемые в детальном описании изобретения, в релевантной части, включаются сюда в качестве ссылок; упоминание любого документа не должно истолковываться как допущение того, что он представляет собой известный уровень техники по отношению к настоящему изобретению. В той степени, в которой любое значение или определение термина в данном документе противоречит любому значению или определению этого же термина в документе, включенном в качестве ссылки, главенствующим должно считаться значение или определение, указанное для такого термина в данном документе.

Хотя были проиллюстрированы и описаны конкретные варианты исполнения настоящего изобретения, квалифицированным специалистам в данной области техники должно быть очевидно, что различные другие изменения и модификации могут быть выполнены без выхода за пределы сущности и объема изобретения. Поэтому предполагается, что приложенная формула изобретения будет охватывать все такие изменения и модификации, входящие в объем настоящего изобретение.

Литература

Altschul, S.F., Madden, T.L, Schaffer, A.A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W. and Lipman, D.J. (1997). Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25, 3389-3402.

Altschul S.F., Gish W., Miller W., Myers E.W. and Lipman D.J. (1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 215: 403-410.

Bateman, A., Birney, E., Cerruti, L, Durbin, R., Etwiller, L, Eddy, S.R., Griffiths-Jones, S., Howe, K.L., Marshall, M., and Sonnhammer, E.L. (2002). The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res 30, 276-280.

Bendtsen J.D., Nielsen H., von Heijne G. and Brunak S. (2004) Improved prediction of signal peptides: SignalP 3.0. J Mol Biol. 340: 783-795.

Bouhnik Y. Survival And Effects Of Bacteria Ingested In Fermented Milk In Man Lait 73(2): 241-247 1993

Busch W., Saier M.H. The Transporter Classification (TC) system, 2002 Critical Reviews In Biochemistry And Molecular Biology 37 (5): 287-337 2002

Chevalier, P. et al. (1990) J. Appl. Bacteriol 68, 619-624)

Coutinho & Henrissat, 1999

Delcher A.L., Harmon D., Kasif S., White O., Salzberg S.L. Improved microbial gene identification with GLIMMER Nucleic Acids Research 27 (23): 4636-4641 DEC 1 1999

Eddy, S.R. The HMMER software tools, (http://hmmer.janelia.org/). http://hmmerjaneliaorg/.

Eddy S.R. A memory-efficient dynamic programming algorithm for optimal alignment of a sequence to an RNA secondary structure BMC BIOINFORMATICS 3: Art. No. 18 2002

Green, P. The Phred/Phrap/Consed system home page (http://www.phrap.org). http://wwwphraporg.

Griffiths-Jones S., Moxon S., Marshall M., Khanna A., Eddy S.R., Bateman A. Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes Nucleic Acids Research 33: D121-D124 Sp. Iss. SI JAN 1 2005

Krogh A., Larsson В., von Heijne G., Sonnhammer E.L.L., Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: Application to complete genomes Journal Of Molecular Biology 305 (3): 567-580 JAN 19 2001

Kurtz S., Schleiermacher C. REPuter: fast computation of maximal repeats in complete genomes Bioinformatics 15 (5): 426-427 MAY 1999

Lowe T.M., Eddy S.R. tRNAscan-SE: A program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence Nucleic Acids Research 25 (5): 955-964 MAR 1 1997

Liu M., van Enckevort F.H., Siezen R.J., Genome update: lactic acid bacteria genome sequencing is booming Microbiology 2005, vol 151 pp 3811-3814

McCarthy et al., 2004

O'Mahony L., McCarthy J., Kelly P., Hurley G., Luo F., Chen K., O'Sullivan G.C., Kiely В., Collins J.K., Shanahan F., Quigley E.M. Lactobacillus and bifidobacterium in irritable bowel syndrome: symptom responses and relationship to cytokine profiles. Gastroenterology. 2005 Mar, 128(3):541-51.

O'Mahony et al., AJP 2006

O'Mahony et al., PLoS Pathogens 2008

Riley, 1993

Riley, 1998a

Rutherford, K., Parkhill, J., Crook, J., Horsnell, Т., Rice, P., Rajandream, M.A., and Barrell, B. (2000). Artemis: sequence visualization and annotation. Bioinformatics 16, 944-945.

Salzberg S., Delcher A.L., Fasman K.H., Henderson J. A decision tree system for finding genes in DNA Journal Of Computational Biology 5 (4): 667-680 WIN 1998

Suzek, B.E., Ermolaeva, M.D., Schreiber, M., and Salzberg, S.L. (2001). A probabilistic method for identifying start codons in bacterial genomes. Bioinformatics 17, 1123-1130.

Tatusov, R.L, The XUGNITOR software ftp://ftp.ncbi.nih.g0v/pub/COG/old/util/xugnitor.c.

Volfovsky et al, 2001

Wheeler et al, 2005

1. Изолированный штамм Bifidobacterium longum BL1207 (РТА-9608), экспрессирующий экзополисахарид, при этом указанный штамм индуцирует соотношение [IL10]:[IL12], равное по меньшей мере 10, по результатам анализа ко-инкубированием с мононуклеарными клетками периферической крови (РМВС), при концентрации бактерий 1×10⁷ КОЕ/мл.

2. Изолированный штамм Bifidobacterium longum АН121А (NCIMB 41675), экспрессирующий экзополисахарид, при этом указанный штамм индуцирует соотношение [IL10]:[IL12], равное по меньшей мере 10, по результатам анализа ко-инкубированием с мононуклеарными клетками периферической крови (РМВС), при концентрации бактерий 1×10⁷ КОЕ/мл.

3. Изолированный штамм Bifidobacterium longum АН1714 (NCIMB 41676), экспрессирующий экзополисахарид, при этом указанный штамм индуцирует соотношение [IL10]:[IL12], равное по меньшей мере 10, по результатам анализа ко-инкубированием с мононуклеарными клетками периферической крови (РМВС), при концентрации бактерий 1×10⁷ КОЕ/мл.

4. Изолированный штамм по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что находится в форме жизнеспособных клеток.

5. Изолированный штамм по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что находится в форме нежизнеспособных клеток.

6. Пробиотический состав, пригодный для приема внутрь, содержащий изолированный штамм Bifidobacterium longum по любому из пп. 1-5, и пригодный для приема внутрь носитель.

7. Пробиотический состав по п. 6, отличающийся тем, что пригодный для приема внутрь носитель представляет собой фармацевтически приемлемый носитель, такой как капсула, таблетка или порошок.

8. Пробиотический состав по п. 6, отличающийся тем, что пригодный для приема внутрь носитель представляет собой пищевой продукт, такой как сквашенное молоко, йогурт, замороженный йогурт, сухое молоко, молочный концентрат, пастообразные сырные продукты, соусы или напитки.

9. Пробиотический состав по любому из пп. 6-8, отличающийся тем, что штамм присутствует в количестве более 10⁶ КОЕ на грамм пригодного для приема внутрь носителя.

10. Фармацевтическая пробиотическая композиция, содержащая изолированный штамм Bifidobacterium longum по любому из пп. 1-5 и фармацевтически приемлемый носитель.

11. Применение штамма Bifidobacterium longum по любому из пп. 1-5 в качестве пробиотического штамма.