Способ идентификации генов клинически значимых семейств β-лактамаз у грамотрицательных микроорганизмов

Изобретение относится к биохимии, в частности к способу идентификации генов клинически значимых семейств β-лактамаз у грамотрицательных микроорганизмов, например, у различных штаммов Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Burkholderia spp., Enterobacter spp., Stenotrophomonas maltophilia, Elizabethkingia meningoseptica, Serratia marcescens. Способ осуществляют путём амплификации фрагментов генов с помощью полимеразной цепной реакции с набором специфических олигонуклеотидных праймеров и последующим разделением продуктов реакции путём электрофореза в агарозном геле. С помощью указанного способа идентифицируют гены следующих семейств β-лактамаз SHV, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, ОХА, KPC, GES, GIM и SPM. Настоящее изобретение позволяет увеличить арсенал средств для идентификации генов семейств β-лактамаз SHV, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, ОХА, KPC, GES, GIM и SPM. 4 табл., 2 пр.

 

Изобретение относится к медицине, а точнее - к медицинской диагностике, и применяется для обнаружения генов, ответственных за синтез следующих разрушающих антибиотики β-лактамаз, имеющих важное клиническое значение: SHV, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, ОХА, KPC, GES, GIM, SPM у актуальных для медицины грамотрицательных микроорганизмов, в том числе у Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Burkholderia spp., Enterobacter spp., Stenotrophomonas maltophilia, Elizabethkingia meningoseptica, Serratia marcescens.

Известно, что для обнаружения генов, ответственных за синтез клинически значимых семейств β-лактамаз у грамотрицательных микроорганизмов, существует ряд способов.

Известен способ определения нуклеотидных последовательностей генов β-лактамаз грамотрицательных бактерий, который выполняется методом секвенирования по Сэнгеру (Lee СС, Lui G, Ip М, Ling TK, Lee N. Frequent detection of plasmid-mediated quinolone resistance (qnr) genes in multidrug-resistant Enterobacteriaceae blood isolates, Hong Kong. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2012 Nov; 31(11):3183-3189). В процессе секвенирования одна из цепочек анализируемой ДНК выступает в качестве матрицы для синтеза комплементарной цепочки ферментом ДНК-полимеразой. В полимеразную цепную реакцию добавляются дидезоксинуклеотиды с флуоресцентными метками с разными длинами волн испускания. У дидезоксирибонуклеотидов отсутствует 3'-гидроксильная группа, поэтому после их включения в цепь дальнейший синтез обрывается. В результате образуется набор фрагментов ДНК разной длины, которые заканчиваются тем или иным нуклеотидом. Реакционную смесь разделяют капиллярным электрофорезом в растворе, фрагменты ДНК, выходящие из капиллярной колонки, регистрируются детектором флуоресценции. Результаты анализируют с помощью компьютера и представляют в виде последовательности разноцветных пиков, соответствующих четырем нуклеотидам. Главный недостаток секвенирования генов β-лактамаз заключается в длительности его выполнения, - он реализуется в течение нескольких суток, что бывает недопустимым в тяжелых случаях заболеваний, когда требуется срочная диагностика по жизненным показаниям. Кроме этого способ секвенирование генов требует использования специализированного дорогостоящего оборудования.

Известен способ выявления генов β-лактамаз при помощи специализированных олигонуклеотидных микрочипов (Т. Naas, G. Cuzon, P. Bogaerts, Y. Glupczynski and P. Nordmann. Evaluation of a DNA Microarray (Check-MDR CT102) for Rapid Detection of ТЕМ, SHV, and CTX-M Extended-Spectrum β-Lactamases and of KPC, OXA-48, VIM, IMP, and NDM-1 Carbapenemases. J Clin Microbiol. 2011 Apr; 49(4):1608-1613). Олигонуклеотидные микрочипы представляют собой набор микроскопических ячеек, прикрепленных к твердой подложке. Каждая ячейка содержит несколько пикомоль одноцепочной ДНК со специфической последовательностью (ДНК-зонд), иммобилизованной в ячейке. Способ основан на гибридизации между двумя цепями ДНК - ДНК-зондом на чипе и ДНК-мишенью в растворе, чем выше их комплиментарность, тем стабильнее образующийся ДНК-дуплекс. Флуоресцентно меченая ДНК-мишень, связавшись с ДНК-зондом, производит флуоресцентный сигнал, зависящий от условий гибридизации. Сравнение уровней сигналов от различных ячеек позволяет сделать вывод о наличии специфических нуклеотидных последовательностей в исследуемом образце. Главный недостаток способа выявления генов β-лактамаз при помощи специализированных олигонуклеотидных микрочипов заключается в длительности его выполнения, - он реализуется не менее чем за двое суток. Кроме этого, указанный способ требует использования специализированного дорогостоящего оборудования для считывания сигналов с микрочипов и анализа полученной информации.

Наиболее близким к предлагаемому способу идентификации генов клинически значимых семейств β-лактамаз у грамотрицательных микроорганизмов является способ полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени, который используется для выявления генов β-лактамаз класса ОХА (Hemarajata Р, Yang S, Hindler JA, Humphries RM. Development of a Novel Real-Time PCR Assay with High-Resolution Melt Analysis To Detect and Differentiate OXA-48-Like β-Lactamases in Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae. Antimicrob Agents Chemother. 2015 Sep; 59(9):5574-5580). Указанный способ использует общие принципы ПЦР и выполняется в несколько этапов. На первом этапе проводится подготовка материала для исследования. Для этого из биологического материал (кровь, гной, моча, ликвор, экссудат, аспират и т.д.), полученного от пациента, производится экстракция ДНК при помощи коммерческих наборов для лизиса клеток и экстракции ДНК». На втором этапе производится ПЦР-амплификация фрагментов целевых генов β-лактамаз при помощи ПЦР в реальном времени. Предварительно подготовленный лизат смешивается с другими компонентами реакции - праймерами, ДНК-полимеразов, азотистыми основаниями, специальными буферными растворами - и загружается в амплификатор для проведения ПЦР в реальном времени. В способе используются следующие нуклеотидные последовательности праймеров для выявления генов ОХА-β-лактамаз - и . Режим проведения ПЦР - по варианту «горячего старта» в реальном времени. Оценка реакции производится по нарастанию уровня флуоресценции в последовательных циклах ПЦР, что свидетельствует о наличии у исследуемых штаммов генов ОХА-β-лактамаз. Позитивный результат, отражающий наличие конкретных генов β-лактамаз в исследуемом образце, подтверждается на основе опережения амплификации в пробах с праймерами, соответствующими данному гену. Отрицательные результаты, отражающие отсутствие генов β-лактамаз в исследуемом образце, подтверждаются на основе отсутствии разницы в скорости амплификации в пробах с праймерами, соответствующими данным генам. Главным недостатком способа ПЦР в реальном времени является то, что он позволяет выявлять одновременно только очень ограниченное число генов клинически значимых семейств β-лактамаз, принадлежащих лишь к семейству ОХА, тогда как другие клинически значимые гены β-лактамаз (SHV, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, KPC, GES, GIM, SPM) при помощи этого способа не могут быть обнаружены.

Таким образом, в настоящее время существует необходимость в создании нового способа одновременного обнаружения многих генов, ответственных за синтез клинически значимых семейств β-лактамаз, не требующего предварительной культивации патогенных микроорганизмов, дорогостоящих расходных материалов и оборудования, а также отличающегося простотой и быстротой проведения анализа, высокой специфичностью и чувствительностью.

Задачей настоящего изобретения является создание способа одновременного обнаружения клинически значимых семейств β-лактамаз у грамотрицательных микроорганизмов, включая β-лактамазы SHV, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, ОХА, KPC, GES, GIM, SPM.

Техническим решением поставленной задачи является быстрое и одновременное получение информации о наличии у исследуемых грамотрицательных бактерий генов β-лактамаз SHV, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, ОХА, KPC, GES, GIM, SPM.

Поставленная задача решается путем амплификации фрагментов генов с помощью полимеразной цепной реакции с набором специфических олигонуклеотидных праймеров и последующим разделением продуктов реакции путем электрофореза в агарозном геле. Набор специфичных олигонуклеотидных праймеров представлен: тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства СТХ-М с нуклеотидными последовательностями тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства GES с нуклеотидными последовательностями , тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства GIM с нуклеотидными последовательностями , одиннадцатью парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства IMP с нуклеотидными последовательностями тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства KPC с нуклеотидными последовательностями , тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства NDM с нуклеотидными последовательностями , двенадцатью парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства ОХА с нуклеотидными последовательностями , тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства SHV с нуклеотидными последовательностями тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства SPM с нуклеотидными последовательностями , тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства ТЕМ с нуклеотидными последовательностями , тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства VIM с нуклеотидными последовательностями .

Способ выполняется в несколько этапов.

ЭТАП 1. Подготовка материала для исследования

На 1-м этапе из биологического материал (кровь, гной, моча, ликвор, экссудат, аспират и т.д.), полученного от пациента, производится экстракция ДНК. Для этого биологический материал в количестве от 1 до 10 мл центрифугируется при 10000 оборотах в минуту в течение 2 минут, надосадочная жидкость удаляется, к осадку добавляется 0,35 мл ТЕ-буфера из коммерческого «Набора для лизиса ДНК» (производство AmliSens). Осадок в ТЕ-буфере обрабатывается на вортексе 30 секунд.

ЭТАП 2. ПЦР-амплификация фрагментов целевых генов

На 2-м этапе производится амплификация в исследуемом образце генов β-лактамаз (SHV, ОХА, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, KPC, GES, GIM, SPM) при помощи на ДНК-амплификаторе. Предварительно подготовленный лизат (см. выше - «Этап 1») в количестве 3 мкл смешивается с другими компонентами реакции в количествах и порядке, указанном в Таблице 1. Конечный объем реакционной смеси составляет 25 мкл с учетом добавления матричной ДНК. Нуклеотидные последовательности праймеров для выявления генов β-лактамаз, указаны в Таблице 2 и Перечне нуклеотидных последовательностей праймеров, прилагаемом к настоящей заявке. Праймеры для проведения полимеразной цепной реакции были синтезированы на автоматическом синтезаторе 394 DNA/RNA synthesizer (Applied Biosystems, США). Режим проведения ПЦР отражен в Таблице 3. В качестве положительного контроля используют синтетические цепочки ДНК, идентичные естественным генам β-лактамаз.

ЭТАП 3. Оценка результатов

Продукты амплификации, полученные с помощью полимеразной цепной реакции с использованием данного набора праймеров, подвергают разделению путем проведения электрофореза в агарозном геле в камере для электрофореза. Извлекают гель из электрофорезной камеры и просматривают в УФ-свете на транс иллюминаторе. Результаты документируют путем фотографирования геля и сохранения полученных изображений. Далее, проводится анализ полученных изображений электрофореграмм. По расположению специфических полос для продуктов амплификации проводится интерпретация электрофореграммы, вывод о наличии у анализируемых образцов идентифицируемых генов β-лактамаз делается не основе сравнения изображений исследуемых образцов и положительных контролей (см. Этап 2).

Эффективность предлагаемого способа продемонстрирована на следующих примерах.

Пример 1

В качестве объекта исследования использовали референсные музейные штаммы бактерий, несущих заведомо известные гены β-лактамаз: Acinetobacter baumannii, несущий ген β-лактамазы ОХА, Pseudomonas aeruginosa, несущая гены β-лактамаз VIM и IMP, Klebsiella pneumoniae, несущая гены β-лактамаз KPC и NDM, Burkholderia cepacia, несущая ген β-лактамазы SHV, Enterobacter faecalis, несущий ген β-лактамазы СТХ-М, Stenotrophomonas maltophilia, несущая ген β-лактамазы GES, Elizabethkingia meningoseptica, несущая ген β-лактамазы GIM, Serratia marcescens, несущая ген β-лактамазы SPM. Из суточных бульонных (бульон Мюллера-Хинтона) культур перечисленных выше бактерий было отобрано по 1 мл жидкости. Отобранный материал в количестве от 1 мл центрифугировался при 10000 оборотах в минуту в течение 2 минут, надосадочная жидкость была удалена, к осадку был добавлен ТЕ-буфера (0,35) мл из коммерческого «Набора для лизиса ДНК» (производство AmliSens). Осадок в ТЕ-буфере был обработан на вортексе 30 секунд. Затем в исследуемом образце была произведена амплификация генов β-лактамаз (SHV, ОХА, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, KPC, GES, GIM, SPM) на ДНК-амплификаторе «BioRad ThermoCycler С1000» со смесью праймеров, указанных в Таблице 2 в условиях, описанных выше. В качестве положительного контроля использовали синтетические цепочки ДНК, идентичные естественным генам β-лактамаз. Продукты амплификации, полученные с помощью полимеразной цепной реакции с использованием данного набора праймеров, были подвергнуты разделению путем проведения электрофореза в агарозном геле в камере для электрофореза. Результаты документированы путем фотографирования геля в трансиллюминаторе и сохранения полученных изображений. Далее, было проведено сравнение специфических полос положительного контроля и полос анализируемых образцов. Была выявлена идентичность полос в образцах с синтетическими цепочками ДНК, соответствующими генам SHV, ОХА, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, KPC, GES, GIM, SPM, и полос в анализируемых образцах. Результаты отражены в таблице 4. Данный пример показывает возможность быстрого и правильного выявления генов β-лактамаз SHV, ОХА, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, KPC, GES, GIM, SPM у возбудителей музейных штаммов.

Пример 2

В качестве объекта исследования использовали клинический материал - отделяемое из гнойной раны от больного из хирургического отделения. Предварительно путем классического микробиологического исследования в материале были обнаружены бактерии, относящиеся к виду Pseudomonas aeruginosa. Полученный материал в количестве от 1 мл центрифугировался при 10000 оборотах в минуту в течение 2 минут, надосадочная жидкость была удалена, к осадку был добавлен ТЕ-буфера (0,35) мл из коммерческого «Набора для лизиса ДНК» (производство AmliSens). Осадок в ТЕ-буфере был обработан на вортексе 30 секунд. Затем в исследуемом образце была произведена амплификация генов β-лактамаз (SHV, ОХА, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, KPC, GES, GIM, SPM) на ДНК-амплификаторе «BioRad ThermoCycler C1000» со смесью праймеров, указанных в Таблице 2, в условиях, описанных выше. В качестве положительного контроля использовали синтетические цепочки ДНК, идентичные естественным генам β-лактамаз. Продукты амплификации, полученные с помощью полимеразной цепной реакции с использованием данного набора праймеров, были подвергнуты разделению путем проведения электрофореза в агарозном геле в камере для электрофореза. Результаты документированы путем фотографирования геля в трансиллюминаторе и сохранения полученных изображений. Далее, было проведено сравнение специфических полос положительного контроля и полос анализируемых образцов. Была выявлена идентичность полос в образцах с синтетическими цепочками ДНК, соответствующими генам ОХА, СТХ-М, VIM, IMP, и полос в анализируемом образце. Это позволило сделать вывод о наличии генов β-лактамаз ОХА, СТХ-М, VIM, IMP у синегнойной палочки (Pseudomonas aeruginosa), изолированной из гнойной раны. Данный пример показывает возможность быстрого одновременного выявления генов β-лактамаз ОХА, СТХ-М, VIM, IMP у возбудителя из клинического образца.

Способ идентификации генов клинически значимых семейств β-лактамаз SHV, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, ОХА, KPC, GES, GIM, SPM у грамотрицательных микроорганизмов путем амплификации фрагментов генов с помощью полимеразной цепной реакции с набором специфических олигонуклеотидных праймеров и последующим разделением продуктов реакции путем электрофореза в агарозном геле и отличающися тем, что набор специфичных олигонуклеотидных праймеров представлен: тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства СТХ-М с нуклеотидными последовательностями cttctgacgctgggtcttgc, gatatcgttggtggtgatata, attctgacgctgggtcttgc, tatatcgttggtggtgatata, atactgacgctgggtctagc, tatgtcgtaggtggtgatgta, тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства GES с нуклеотидными последовательностями tatatccggtgtgatcgt, atgatgcttgcccctgct, catatccggtgtgatcgt, ttgatgcttgcccctgct, catgtccggtgtgatcgt, tagatgctagcccctgct, тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства GIM с нуклеотидными последовательностями ccttggttatggcttgcat, ggttggccatggctttat, acttggttatggcttgcat, cgttggccatggctttat, actaggtaatggctagcgt, cgtaggccgtggctatat, одиннадцатью парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства IMP с нуклеотидными последовательностями cttcgtttgargctgttctcgg, attctgatactctattatrat, gttcatacwtcgtttgctgctgtt, tgtgctttctgatactctattat, cgtttgctgctgttcttggttgg, tctattattgatgtactgt, tttgttgcattactgatgc, gtctatggtgtgtctctytgattgg, gtcgtttgargctgttctcgg, gttctgatactctattatrat, tttcatacwtcgtttgctgctgtt, agtgctttctgatactctattat, ggtttgctgctgttcttggttgg, actattattgatgtactgt, attgttgcattactgatgc, atctatggtgtgtctctytgattgg, gtcgtatgargctgtactcgg, gtactgatgctctataatrat, tatcgtacwtcgtatgctgctgta, agtgctatctgatgctctataat, ggtatgctgctgtactaggtagg, actataatagatgtactgt, тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства KPC с нуклеотидными последовательностями cgatcctacgttatgtctg, cttttgatcctccccccactgc, ggatcctacgttatgtctg, tttttgatcctccccccactgc, ggatcctacgtaatgtctg, tatatgatcctccccccgctgc, тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства NDM с нуклеотидными последовательностями atttgatgctgcattgat, atggcatgtcgtgattgg, gtttgatgctgcattgat, gtggcatgtcgtgattgg, gtatgatgctgcgtagat, gtggcgtgtcgtgatagg, двенадцатью парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства ОХА с нуклеотидными последовательностями ccggacatcctctggtgattcat, cgatctgggcattctctat, tgcacatctatgattctttt, cttctattctttgtggtg, ctcgcttttgatcgatct, cttgctgatttgctatgt, tgctctgtgctttgctctg, tgctcttctggtttctctggca, acggacatcctctggtgattcat, tgatctgggcattctctat, agcacatctatgattctttt, tttctattctttgtggtg, ttcgcttttgatcgatct, acttgctgatttgctatgt, ggctctgtgctttgctctg, cgctcttctggtttctctggca, acggacgtcctctggtgatacgt, tgatctgggcgtactctat, agcgcgtctatgatactata, tatctatactatgtggtg, tacgctatagatcgatct, actagctgatatgctatgt, ggctctgtgctatgctctg, cgctctactggtatctctggcg, тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства SHV с нуклеотидными последовательностями atgatccgcctggtgctg, ttgattgtgctcgatctg, ctgatccgcctggtgctg, gtgattgtgctcgatctg, ctgatccgcctggtgctg, gtgatagtgctcgatctg, тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства SPM с нуклеотидными последовательностями tgtcgacttgatctaccc, attgattttcccacggcga, agtcgacttgatctaccc, cttgattttcccacggcga, agtcgactagatctaccc, ctagatatacccgcggcga, тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства ТЕМ с нуклеотидными последовательностями cgttttatcctgatgtgcactt, tgatgcttttctgtgactgg, ggttttatcctgatgtgcactt, agatgcttttctgtgactgg, ggtataatcctgatgtgcgcta, agatgctatactgtgactgg, тремя парами олигонуклеотидных праймеров для амлификации генов семейства VIM с нуклеотидными последовательностями tgtctatacgcactttcatg, cgatgtgtgyatttcttgtga, agtctatacgcactttcatg, agatgtgtgyatttcttgtga, agtctatgcgcgctatcgtg, agatgtgtgyatatctagtga.



 

Похожие патенты:

Изобретение относится к области ветеринарной вирусологии и биотехнологии и касается штамма вируса нодулярного дерматита крупного рогатого скота (ВНД КРС). Описанный штамм выделен от коров, больных нодулярным дерматитом, и депонирован в Коллекции штаммов микроорганизмов ФГБУ «ВНИИЗЖ» под регистрационным номером - ВНД КРС/Дагестан/2015 (диагностический).

Изобретение относится к биотехнологии. Предложен способ определения безопасности пробиотических микроорганизмов, в котором в качестве тест-систем используются культуры клеток млекопитающих и человека.

Изобретение относится к санитарной микробиологии. Дифференциально-диагностическая питательная среда содержит аланин, натрия хлорид и дистиллированную воду в заданных соотношениях компонентов.

Группа изобретений относится к медицине, а именно к лабораторной диагностике, и может быть использована для in vitro прогнозирования прогрессирования ВИЧ-1 (вирус иммунодефицита человека типа 1) заболевания у пациента, инфицированного вирусом ВИЧ-1.
Группа изобретений относится к области ветеринарной биотехнологии, микробиологии и может быть использована для выявления антигена возбудителя йерсиниоза лососевых - Yersinia ruckeri в биологическом материале как для диагностики болезней рыб в ветеринарии, так и для научных исследований методом иммуноферментного анализа.

Настоящее изобретение относится к биохимии, в частности к лигандам для аффинной хроматографии на основе различных доменов белка A (SpA) Staphylococcus. Лиганд содержит либо несколько доменов C, либо несколько доменов B, либо несколько доменов Z белка SpA.

Изобретение относится к биохимии. Описано моноклональное антитело, которое специфически связывается с липоарабиноманнаном кислотоустойчивых бацилл, в частности с липоарабиноманнаном туберкулезной бациллы.

Изобретение относится к медицинской микробиологии и может быть использовано в гастроэнтерологии. Предложен способ определения чувствительности Helicobacter pylori к антибактериальным препаратам.

Настоящее изобретение относится к области бактериофаговой терапии для лечения и регулирования бактериальных инфекций. Представленная группа изобретений касается выделенного бактериофага, обладающего активностью против Pseudomonas aeruginosa, белков, кодируемых геномом такого бактериофага, фармацевтической композиции, содержащей такие белки, применяющейся для изготовления лекарственного средства для лечения инфекции, обусловленной Pseudomonas aeruginosa, способа диагностики бактериальной инфекции, вызванной Pseudomonas aeruginosa, и способа уменьшения или ингибирования колонизации или роста Pseudomonas aeruginosa на твердой поверхности.

Изобретение относится к биотехнологии. Предложен способ связывания Mycobacteria и/или фрагментов Mycobacteria, присутствующих в водной жидкости, с твердой поверхностью.

Изобретение относится к фармацевтической промышленности, а именно к способу диагностики бактериальной инфекции мочевыводящих путей in vitro. Способ диагностики бактериальной инфекции мочевыводящих путей in vitro у пациента, имеющего по меньшей мере один симптом, выбранный из группы, состоящей из повышенной температуры или гипотермии, лейкоцитоза/лейкопении, боли в пояснице и/или дизурии, признаков синдрома системной воспалительной реакции, лихорадки неизвестной природы, рецидивирующей инфекции мочевыводящих путей, включающий стадии определения концентрации прокальцитонина в пробах мочи и плазмы указанного пациента, и где величина соотношения между концентрацией прокальцитонина в моче и прокальцитонина в плазме крови более 1 является предиктором в отношении наличия инфекции мочевыводящих путей. Применение набора для диагностики бактериальных инфекций мочевыводящих путей in vitro. Вышеописанный способ позволяет эффективно диагностировать бактериальные инфекции мочевыводящих путей in vitro. 2 н. и 12 з.п. ф-лы, 2 ил., 2 пр.

Группа изобретений относится к определению уровней активности бактерий в легких пациентов. Группа изобретений раскрывает способ предсказания усиления уровня бактериальной активности Pseudomonas aeruginosa в легких пациента, а также способ определения эффективности лечения антибиотиком бактериальной инфекции легких, вызванной Pseudomonas aeruginosa, в которых осуществляется измерение уровней маркеров процесса захвата железа бактериями (например, сидерофоров) и уровней секретированных бактериальных белков с течением времени. Способы по настоящему изобретению характеризуются надежностью и высокой чувствительностью. Настоящая группа изобретений особенно подходит для определения уровней активности P. aeruginosa в легких пациентов с муковисцидозом. 2 н. и 14 з.п. ф-лы, 13 ил., 2 табл.

Группа изобретений относится к устройствам для отбора пробы мочи. Устройство для отбора пробы мочи содержит прозрачный лист, содержащий два слоя: слой для отбора пробы мочи, выполненный с возможностью приема и удерживания жидкости, и опорный слой. Устройство выполнено с возможностью размещения на обращенной к телу стороне гигиенического поглощающего изделия. При этом слой для отбора пробы мочи содержит гидрогель или материал, удерживающий жидкость, а опорный слой оснащен прозрачным средством крепления. Также раскрывается конструкция и система для отбора пробы мочи, гигиеническое поглощающее изделие и способ отбора пробы мочи. Группа изобретений обеспечивает съемное прикрепление устройства для сбора мочи к гигиеническому впитывающему изделию, что позволяет проводить непосредственный и более точный анализ. 5 н. и 14 з.п., 3 пр., 20 ил.

Изобретение относится к медицине, а именно иммунологии, и может быть использовано для оценки эффективности вакцинации против коклюша, дифтерии и столбняка. Способ заключается в полуколичественном определении напряженности поствакцинального иммунитета к антигенам возбудителей коклюша, дифтерии и столбняка. Для этого твердую фазу, представляющую собой тест-полоски из нитроцеллюлозной мембраны с диаметром пор 0,45 мкм и размером 0,5×2 см, сенсибилизируют путем нанесения дифтерийного 3,5 мкл с концентрацией 0,1 мг/мл и столбнячного 3,5 мкл с концентрацией 0,05 мг/мл анатоксинов, цельноклеточного коклюшного антигена 3,5 мкл, 20 МОЕ, а также 3,5 мкл раствора IgG мыши с концентрацией 0,1 мг/мл в качестве положительного контроля. После подсушивания тест-полосок, инкубации их с блокирующим раствором ЗФРТ в лунках планшета, размещенного на шейкере в термостате при температуре +37°С в течение 60 мин, после чего твердую фазу трехкратно по 5 минут отмывают ЗФРТ, инкубируют с тестируемыми образцами сыворотки крови и контрольными образцами сывороток в течение 30 минут при температуре 37°С. Вновь отмывают и «проявляют» антитела, связавшиеся с твердой фазой, при помощи диагностикума, представляющего собой конъюгат углеродных наночастиц с G белком стрептококка в разведении 1/45 в течение 60 минут. Оценивают результат при помощи программы для анализа сканированных изображений после сканирования тест-полосок в обычном планшетном сканере. При содержании противостолбнячных и противодифтерийных антител менее 0,1 МЕ/мл оценивают недостаточную защиту, при которой требуется иммунизация. При 0,1-1,0 МЕ/мл - достаточный уровень защиты, при которой необходима бустерная доза вакцины, а при значениях более 1,0 МЕ/мл - как высокий уровень защиты, и иммунизация необходима через 5 лет и более. Наличие протективного титра противококлюшных антител оценивают, рассчитывая пороговое значение: Х=0,128(А-В)+В, где X - пороговое значение оптической плотности, А - оптическая плотность сильно положительного образца, В - оптическая плотность слабоположительного образца, и если полученное значение оптической плотности образца выше порогового значения, то он содержит защитный уровень противококлюшных антител. Использование данного способа позволяет с помощью тест-системы полуколичественно оценивать наличие защитного поствакцинального иммунитета одновременно к трем инфекциям: коклюшу, дифтерии и столбняку. 2 табл., 2 пр.

Предложены композиция вакцины для предотвращения репродуктивно-респираторного синдрома свиней корейского типа, содержащая вирус репродуктивно-респираторного синдрома свиней (РРСС) корейского типа (номер доступа в КСТС 12096 ВР) в количестве от 2×105 до 2×107 БОЕ/мл в качестве эффективного ингредиента, способ предотвращения РРСС корейского типа, использующий такую вакцину, набор для диагностики вируса РРСС корейского типа и способ обнаружения вируса РРСС корейского типа. Вирус РРСС корейского типа JW-BPPCC (КСТС 12096 ВР) выделен в Корее и отличается от североамериканских и европейских штаммов. Изобретения позволяют предотвращать РРСС корейского типа, а также обеспечивают специфичную диагностику инфицирования вирусом РРСС корейского типа. 4 н. и 4 з.п. ф-лы, 8 ил., 19 табл., 8 пр.

Группа изобретений относится к области биотехнологии. Представлены рекомбинантные дрожжи штамма Kluyveromyces lactis DSM 25405, Kluyveromyces lactis DSM 25406 или Kluyveromyces lactis DSM 25407, несущие в качестве чужеродного гена ген для VP2-антигена вируса инфекционного бурсита (IBDV), интегрированный в геном дрожжей и обеспечивающий экспрессию VP2-антигена IBDV в качестве чужеродного белка. Представлен способ подкожной вакцинации с помощью целых дрожжевых клеток указанных рекомбинантных дрожжей. Группа изобретений позволяет сделать способ подкожной вакцинации более экономичным, а также обеспечивает эффективную защиту при вирусных инфекциях в результате подкожной вакцинации с использованием значительно меньших количеств дрожжей. 3 н. и 14 з.п. ф-лы, 13 ил., 1 табл., 9 пр.

Группа изобретений относится к области медицины. Предложены заготовка для изготовления тест-системы для проведения экспресс-диагностики инфекции Helicobacter pylori по уреазной активности биоптата и способ изготовления вышеуказанной тест-системы. Заготовка представляет собой продольную полосу из листа гибкой пленки с разделенными линиями перфорации секторами. Заготовка содержит N секторов для размещения чувствительного элемента, сектор для фиксации чувствительного элемента, сектор для визуального просмотра чувствительного элемента и сектор для закрывания чувствительного элемента. Способ включает изготовление заготовки путём нанесения контуров заготовки на одну из сторон листа гибкой пленки, нанесения адгезивного покрытия на поверхность, ограниченную нанесенным контуром, сушки покрытия антиадгезивным покрытием поверхности с отвердевшим адгезивным покрытием, сушки, отделения заготовки от листа гибкой пленки, снятия антиадгезивного покрытия, складывания секторов и горячего ламинирования. Изобретения обеспечивают упрощение способа изготовления тест-системы при повышении её чувствительности. 2 н. и 8 з.п. ф-лы, 4 ил., 1 табл., 3 пр.

Настоящее изобретение относится к вирусологии и медицине. Предложен штамм вируса гриппа свиней A/swine/Siberia/1sw/2016 H1N1-субтипа, выделенный из гомогената легочной ткани домашней свиньи на территории Западной Сибири и депонированный в Государственной коллекции вирусов на базе Института вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ «ФНИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России под номером 2803. Предложенный штамм может быть использован для приготовления антигенсодержащего субстрата и сыворотки для серодиагностики гриппа H1-субтипа в реакции торможения гемагглютинации (РТГА), а также может быть применен в качестве контрольного референс-образца при оценке специфичности тест-систем методом ПЦР. С помощью предложенного штамма возможно проводить оценку эффективности противовирусных препаратов против гриппа in vitro и in vivo. 2 ил., 3 табл., 4 пр.

Изобретение относится к области микробиологии и биотехнологии, а именно к способу повышения адгезивной активности культур лактобацилл. Способ повышения адгезивной активности культур лактобацилл, включающий в себя выращивание на плотной питательной среде MRS лактобактерий при температуре 36-38°C в течение 24-48 ч, подготовку суспензии лактобактерий до концентрации 1 OD и суспензии эритроцитов до концентрации 1012 кл./мл в физиологическом растворе хлорида натрия при рН, равном 7,2-7,4, инкубирование смеси суспензий бактерий 2,5 мл и эритроцитов 1 мл в шейкер-инкубаторе в течение 30 мин при 36-38°C, центрифугирование смеси в течение 5 мин при 1000 об./мин, декантирование надосадочной жидкости, ресуспендирование осадка в физиологическом растворе хлорида натрия при рН равном 7,2-7,4, фильтрацию ресуспендированного осадка через мембранный фильтр с диаметром пор 1,2 мкм для освобождения от неприкрепившихся к эритроцитам бактерий, пересев лактобактерий с поверхности фильтра на плотную питательную среду MRS и выращивание культуры при температуре 36-38°C в течение 24-48 часов. Вышеописанный способ позволяет эффективно повысить адгезивную активность культур лактобацилл по сравнению с исходными значениями. 2 табл., 6 пр.

Группа изобретений относится к области биохимии. Предложены способ и система для клеточного анализа. Способ включает обеспечение группы маркированных клеток, выбор имеющей интересующее свойство клетки в группе, запись локализации клетки, направление лазерного импульса на клетку и генерирование дискретного шлейфа, введение дискретного шлейфа в индуктивно сопряженную плазму и генерирование групп соответствующих маркеру элементарных ионов, обнаружение каждой из групп элементарных ионов одновременно для каждого дискретного шлейфа с помощью массовой цитометрии и корреляцию обнаруженных элементарных ионов с интересующим свойством. Система включает опрашивающее устройство для идентификации локализации подходящей клетки, хранилище данных для записи локализации клетки, систему лазерной абляции для направления лазерного импульса на локализацию клетки и массовый цитометр для обнаружения связанного с подходящей клеткой маркера. Изобретения обеспечивают расширение области клеточного анализа по сравнению с возможностями традиционных основанных на клетке методик отображения или визуализации. 2 н. и 13 з.п. ф-лы, 5 ил.

Изобретение относится к биохимии, в частности к способу идентификации генов клинически значимых семейств β-лактамаз у грамотрицательных микроорганизмов, например, у различных штаммов Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Burkholderia spp., Enterobacter spp., Stenotrophomonas maltophilia, Elizabethkingia meningoseptica, Serratia marcescens. Способ осуществляют путём амплификации фрагментов генов с помощью полимеразной цепной реакции с набором специфических олигонуклеотидных праймеров и последующим разделением продуктов реакции путём электрофореза в агарозном геле. С помощью указанного способа идентифицируют гены следующих семейств β-лактамаз SHV, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, ОХА, KPC, GES, GIM и SPM. Настоящее изобретение позволяет увеличить арсенал средств для идентификации генов семейств β-лактамаз SHV, СТХ-М, VIM, IMP, NDM, ОХА, KPC, GES, GIM и SPM. 4 табл., 2 пр.

Наверх