Способ прогнозирования риска лимфогенного метастазирования при раке молочной железы на основе экспрессии гена белка ykl-39

Изобретение относится к области медицины, в частности к онкологии, и предназначено для прогнозирования риска лимфогенного метастазирования при раке молочной железы. Проводят молекулярно-генетическое исследование биопсийных образцов опухолевой ткани с последующим выделением РНК и определением уровня гена YKL-39 с помощью количественной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени. В качестве калибратора используют нормальную ткань молочной железы, в которой уровень экспрессии YKL-39 составляет 1 УЕ. При уровне экспрессии YKL-39 более 1 УЕ прогнозируют низкий риск развития лимфогенных метастазов. При уровне экспрессии YKL-39 менее 1 УЕ прогнозируют высокий риск лимфогенного метастазирования. Изобретение обеспечивает повышение точности способа за счет выявления новых маркеров и их числовых показателей, позволяющих прогнозировать течение заболевания и оценивать риск возникновения лимфогенного метастазирования у больных раком молочной железы. 1 табл., 2 пр.

 

Изобретение относится к области медицины, конкретно к онкологии, и касается способов прогнозирования риска вероятности развития лимфогенного метастазирования при раке молочной железы.

На протяжении многих лет актуальным направлением для исследований в онкологии является поиск маркеров, позволяющих прогнозировать вероятность развития разных форм прогрессирования заболевания [1, 2].

При раке молочной железы одним из факторов, определяющих вероятность лимфогенного и гематогенного метастазирования, является взаимодействие опухоли с компонентами микроокружения [3, 4, 5, 6, 8]. При этом одним из ключевых компонентов микроокружения выступают макрофаги, которые могут способствовать или препятствовать формированию очагов метастатического поражения. Такая возможность определяется свойствами, которыми обладают данные клетки окружающего внеклеточного матрикса. В зависимости от наличия различных поверхностных и секретируемых белков макрофаги подразделяются на несколько субпопуляций. Наличие и особенности разных поверхностных и/или секретируемых белков во многом определяют свойства и возможности макрофагальных клеток к созданию условий для формирования метастазов [7, 9, 10].

Одним из таких белков является YKL-39 - хитиназоподобный протеин макрофагов, относящийся к новому классу внеклеточных медиаторов, которые сочетают в себе свойства цитокинов и факторов роста. Уже известно, что большая часть YKL-39 локализуется не в цитоплазматических везикулах, а в ядерных гранулах, это обстоятельство позволяет предположить не только внеклеточную роль YKL-39 как белка, секретируемого макрофагами, но и его регуляторную функцию для «программирования» самих макрофагов. Изменение уровня хитиназоподобных белков в тканях и в кровотоке отмечается при различной патологии и является ценным диагностическим критерием, в особенности, при злокачественном онкологическом процессе [11, 14].

Наиболее близким к предлагаемому является способ прогнозирования лимфогенного метастазирования при двухсторонней синхронной инвазивной карциноме неспецифического типа молочных желез [патент РФ №2578462, опубл. 27.03.2016], включающий гистологическое исследование препаратов ткани новообразований, определение количества клеточных тубулярных структур в опухолевой ткани молочной железы на светооптическом уровне, причем проводят гистологическое исследование обеих молочных желез, при котором проводят гистологическую оценку инфильтративного компонента ткани новообразования, где подсчитывают количество разных типов структур (от 1 до 5), среди которых дополнительно учитывают альвеолярные, трабекулярные, солидные структуры и дискретные группы опухолевых клеток и при наличии структур одного любого типа в инфильтративном компоненте опухоли данный показатель оценивают в 1 балл, при наличии двух разных типов структур - в 2 балла и так дальше, затем, учитывают наличие либо отсутствие в инфильтративном компоненте дискретных групп опухолевых клеток, при их отсутствии показатель оценивают в 1, а при наличии в 2 балла, также оценивают выраженность воспалительной инфильтрации стромы опухоли, при отсутствии таковой или наличии слабо выраженной воспалительной инфильтрации стромы показатель оценивают в 1 балл, при умеренной в 2 балла, при наличии резко выраженной инфильтрации стромы показатель оценивают в 3 балла, также оценивают выраженность гиалиноза стромы опухоли, при отсутствии такового или наличии слабо выраженного гиалиноза стромы показатель оценивают в 1 балл, при умеренно выраженном гиалинозе в 2 балла, при наличии резко выраженного гиалиноза стромы в 3 балла, после этого рассчитывают значение уравнения регрессии Y по формуле

Y=(18-47,8X1+7,5Х2-4,7Х3+44,4Х4),

где (18) - значение коэффициента регрессии свободного члена;

X1 - наличие дискретных групп опухолевых клеток в инфильтративном компоненте (1 - нет, 2 - есть),

(-47,8) - значение коэффициента регрессии этого признака;

Х2 - количество разных типов структур в инфильтративном компоненте опухоли (1 - один, 2 - два, 3 - три, 4 - четыре, 5 - пять),

(7,5) - значение коэффициента регрессии этого признака;

Х3 - выраженность воспалительной инфильтрации в строме опухолевого узла (1 - отсутствие либо слабо выраженная воспалительная инфильтрация, 2 - умеренная воспалительная инфильтрация, 3 - резко выраженная воспалительная инфильтрация в строме опухолевого узла),

(-4,7) - значение коэффициента регрессии этого признака;

Х4 - выраженность гиалиноза в строме опухолевого узла (1 - слабо выражен, 2 - умеренно выражен, 3 - резко выражен),

(44,4) - значение коэффициента регрессии этого признака,

далее значение вероятности развития лимфогенных метастазов Р определяют по формуле:

Р=eY/(1+eY), где е - математическая константа, равная 2,72,

и при Р≥50% определяют высокий, а при Р<50% - низкий риск развития лимфогенных метастазов.

Область применения известного способа ограничена

Новый технический результат - расширение области применения способа за счет выявления новых маркеров и определения их числовых значений, позволяющих прогнозировать течение заболевания и оценить риск возникновения лимфогенного метастазирования у больных раком молочной железы.

Для решения поставленной задачи в способе прогнозирования риска лимфогенного метастазирования при раке молочной железы на основе экспрессии гена белка YKL-39, включающем исследование препаратов ткани новообразований и последующий рассчет диагностических показателей, проводят молекулярно-генетическое исследование биопсийных образцов опухолевой ткани, которые берут у пациенток под контролем ультразвукового метода исследования до проведения неоадъювантной химиотерапии, с последующим выделением РНК и определением уровня гена, экспрессируемого макрофагами с помощью количественной обратно-транскриптазной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени RT-qPCR, определяют уровень экспрессии YKL-39 по технологии TaqMan с помощью специфичных праймеров и пробы Sense 5'-aacaacaaggttatcatcaaggac-3', AntiSense 5'-tttgggattcttggttttgag-3', Probe FAM-5'-agtgaagtgatgctctaccagaccat-3'-BHQ1, далее проводят ПЦР-анализ экспрессии гена белка YKL-39, оценивают относительную экспрессию гена белка YKL-39 с помощью метода Pfaffl в условных единицах (УЕ) относительно гена рефери GAPDH, причем в качестве калибратора используют нормальную ткань молочной железы, в которой при проведении исследования аналогичным выше описанному способом уровень экспрессии гена белка YKL-39 составляет 1, и при уровне экспрессии YKL-39 более 1 УЕ прогнозируют низкий, риск развития лимфогенных метастазов, а при уровне экспрессии гена белка YKL-39 менее 1 УЕ - высокий риск лимфогенного метастазирования

Способ осуществляют следующим образом.

Для молекулярно-генетических исследований используют биопсийные образцы опухолевой ткани (~10 мм3), которые берут у пациенток под контролем ультразвукового метода исследования до проведения неоадъювантной химиотерапии. Образцы ткани опухоли помещают в раствор RNALater (Ambion, USA) и сохраняют при температуре 80°С (после 24-часовой инкубации при температуре +4°С) для дальнейшего выделения РНК и ДНК.

РНК из взятых биопсийных образцов опухолевой ткани выделяют с помощью набора RNeasy Plus mini Kit, содержащего ДНК-азу I (Qiagen, Germany, # 74134). Ha спектрофотометре NanoDrop-2000 (Thermo Scientific, USA) оценивают концентрацию и чистоту выделения РНК. Целостность РНК оценивают при помощи капиллярного электрофореза на приборе TapeStation (Agilent Technologies, USA) и набора R6K ScreenTape (Agilent Technologies, USA # 5067-5367). С полученной РНК осуществляют синтез ДНК. Уровень экспрессии гена белка YKL-39 оценивают при помощи количественной обратно-транскриптазной полимеразной цепной реакции (ПЦР) в режиме реального времени (RT-qPCR) по технологии TaqMan с помощью специфичных праймеров и пробы Sense 5'-aacaacaaggttatcatcaaggac-3', AntiSense 5'-tttgggattcttggttttgag-3', Probe FAM-5'-agtgaagtgatgctctaccagaccat-3'-BHQ1, на амплификаторе RotorGene-6000 (Corbett Research, Australia). С полученной ДНК проводят ПЦР-анализ экспрессии гена белка YKL-39. Относительную экспрессию гена белка YKL-39 оценивают с помощью метода Pfaffl в условных единицах (УЕ) относительно гена рефери GAPDH. В качестве калибратора используют нормальную ткань молочной железы, в которой уровень экспрессии гена белка YKL-39 составляет 1.

И при уровне экспрессии YKL-39 более 1 УЕ прогнозируют низкий риск развития лимфогенных метастазов, а при уровне экспрессии гена белка YKL-39 менее 1 УЕ - высокий риск лимфогенного метастазирования

Сущность предлагаемого способа иллюстрируется следующими примерами.

Пример 1. Больная Ж., 45 лет, с инвазивной карциномой неспецифического типа молочной железы. Уницентрическая форма роста опухоли, HER2-позитивный молекулярно-генетический тип. Размер первичного опухолевого узла составляет 7,3 см. При проведении молекулярно-генетического исследования образцов ткани опухоли молочной железы, взятых до проведения неоадъювантной химиотерапии, согласно предлагаемому способу значение уровня экспрессии гена белка YKL-39 составило 1,51. Несмотря на большой размер первичной опухоли, при морфологическом исследовании операционного материала в 8 исследованных аксиллярных лимфоузлах клетчатки метастазов обнаружено не было.

Пример 2. Больная Е., 54 лет, с инвазивной карциномой неспецифического типа молочной железы. Уницентрическая форма рост опухоли, люминальный В молекулярно-генетический тип. Размер первичного опухолевого узла составляет 1,3 см. При проведении молекулярно-генетического исследования образцов ткани опухоли молочной железы, взятых до проведения неоадъювантной химиотерапии, согласно предлагаемому способу значение уровня экспрессии гена белка YKL-39 составило 0,41. Несмотря на малый размер первичной опухоли, при морфологическом исследовании операционного материала лимфогенные метастазы были обнаружены в 4 из 11 исследованных лимфоузлов аксиллярной клетчатки.

Предлагаемый способ основан на анализе данных морфологического и молекулярно-генетического методов исследования биопсийного и операционного материала.

Изучался биопсийный материал от 73 пациенток больных раком молочной железы стадии IIA-IIIC (T1-4N0-3M0) в возрасте от 28 до 68 лет (средний возраст больных составил 47,4±0,8 лет). Все пациентки проходили лечение в отделении общей онкологии Томского НИИ онкологии в период с 2006 по 2010 г. Исследование проходило в соответствии с Хельсинской Декларацией 1964 г. (исправленной в 1975 и 1983 годах), а также с разрешения локального этического комитета института, все пациенты подписали информированное согласие на исследование. Гистологический тип опухоли молочной железы устанавливался согласно рекомендациям ВОЗ (Женева, 2012 г.).

В плане комбинированного лечения все пациентки на предоперационном этапе получили 2-4 курса полихимиотерапии по схеме FAC (5-фторурацил 500 мг/м2 в 1-й день, адриамицин 50 мг/м2 в 1-й день, циклофосфамид 500 мг/м2 в 1-й день, внутривенно; проведение курсов через 21 день), по схеме САХ (циклофосфан 100 мг/м2 внутримышечно в течение 14 дней, адриамицин 30 мг/м2 внутривенно в 1-й и 8-й дни, кселода 1000 мг/м2 2 раза в день, per os, в течение 14 дней; проведение курсов через 21 день), или монотерапия таксотером (100 мг/м2 внутривенно, часовая инфузия в день). Оценка эффективности неоадъювантной химиотерапии осуществлялась по шкале RECIST (Response Evaluation Criteriain Solid Tumors от 2000 г.) спустя 14 дней после второго и четвертого курсов химиотерапии на основании результатов клинического осмотра, УЗИ молочных желез и маммографии. Оперативный этап осуществлялся через 14-21 день после завершения курсов неоадъювантной химиотерапии. Операция выполнялась в объеме радикальной мастэктомии, радикальной или секторальной резекции молочной железы с аксиллярной лимфаденэктомией.

Для морфологического исследования в течение первого часа после выполнения оперативного вмешательства в операционном материале осуществляли взятие образцов опухолевой ткани. Производили вырезку фрагментов ткани новообразования размером 1×0,5×0,5 см. Кроме того, проводили вырезку всех лимфатических узлов аксиллярной клетчатки на предмет выявления метастатического поражения. Материал фиксировали в 10-12% растворе рН-нейтрального формалина. Проводку материала и изготовление гистологических препаратов осуществляли по стандартной методике. Препараты окрашивали гематоксилином и эозином. Проводили верификацию диагноза, гистологический тип опухоли молочной железы устанавливали согласно рекомендациям ВОЗ (Женева, 2012 г.). Среди гистологических типов рака молочной железы в исследование были включены инвазивная карцинома неспецифического типа, инвазивный дольковый рак, медуллярный рак, а также другие редкие типы опухоли. В каждом случае в лимфатических узлах определяли наличие метастатического поражения, а также подсчитывали количество лимфоузлов, пораженных метастазами.

Для молекулярно-генетических исследований были использованы биопсийные образцы опухолевой ткани (~10 мм3), которые были взяты у пациенток под контролем ультразвукового метода исследования до проведения неоадъювантной химиотерапии. Образцы ткани опухоли помещали в раствор RNALater (Ambion, USA) и сохраняли при температуре 80°С (после 24-часовой инкубации при температуре +4°С) для дальнейшего выделения РНК и ДНК.

РНК из взятых биопсийных образцов опухолевой ткани выделяли с помощью набора RNeasy Plus mini Kit, содержащего ДНК-азу I (Qiagen, Germany, # 74134). Ha спектрофотометре NanoDrop-2000 (Thermo Scientific, USA) оценивали концентрацию и чистоту выделения РНК. Концентрация РНК составляла от 80 до 250 нг/мкл, А260280=1,95-2,05; А260230=1,90-2,31. Целостность РНК оценивали при помощи капиллярного электрофореза на приборе TapeStation (Agilent Technologies, USA) и набора R6K ScreenTape (Agilent Technologies, USA # 5067-5367). RIN составил 5,6-7,8. С полученной РНК осуществляли синтез ДНК. Уровень экспрессии гена белка YKL-39 оценивали при помощи количественной обратно-транскриптазной полимеразной цепной реакции (ПЦР) в режиме реального времени (RT-qPCR) по технологии TaqMan с помощью специфичных праймеров и пробы Sense 5'-aacaacaaggttatcatcaaggac-3', AntiSense 5'-tttgggattcttggttttgag-3', Probe FAM-5'-agtgaagtgatgctctaccagaccat-3'-BHQ1 на амплификаторе RotorGene-6000 (Corbett Research, Australia). С полученной ДНК проводили ПЦР-анализ экспрессии гена белка YKL-39. Относительная экспрессия гена белка YKL-39 оценивалась с помощью метода Pfaffl в условных единицах (УЕ) относительно гена рефери GAPDH. В качестве калибратора использовалась нормальная ткань молочной железы, взятая от 10 пациенток, у которых при морфологическом исследовании материала каких-либо патологических изменений обнаружено не было. Исследование уровня экспрессии гена белка YKL-39 в данных образцах нормальной ткани молочной железы было проведено аналогичным выше описанному способом. При этом уровень экспрессии гена белка YKL-39 в образцах нормальной ткани молочной железы составил 1.

Уровень экспрессии YKL-39 в биопсийных образцах ткани опухоли у больных раком молочной железы более 1 УЕ (YKL-39>1) рассматривается как гиперэкспрессия и оценивается как благоприятный критерий, указывающий на низкий риск развития лимфогенных метастазов. Наоборот, уровень экспрессии гена белка YKL-39 ниже 1 УЕ (YKL-39<1) рассматривается как гипоэкспрессия и оценивается как неблагоприятный показатель, указывающий на высокий риск развития лимфогенного метастазирования.

Статистическая обработка полученных результатов выполнялась с помощью пакета программ «STATISTICA 8.0» (StatSoft Inc., США). Для проверки гипотезы о значимости различий между исследуемыми группами использовали критерий Вилкоксона-Манна-Уитни, непараметрический критерий Вилкоксона для связанных групп. Сравнение частот по качественным данным анализировали при помощи двухстороннего критерия Фишера.

Таким образом, при исследовании частоты встречаемости лимфогенных метастазов у пациенток больных раком молочной железы в зависимости от уровня экспрессии гена белка YKL-39 в опухолевой ткани были получены следующие результаты. Исследование показало, что наибольшая частота развития, а соответственно, более высокий риск возникновения лимфогенных метастазов у пациенток с раком молочной железы сопряжены с низким уровнем экспрессии в ткани новообразования гена белка YKL-39 (уровень экспрессии YKL-39<1) (р=0,036) (табл. 1). Для оценки значимости показателя экспрессии гена белка YKL-39 как прогностического маркера высокого риска лимфогенного метастазирования определяли значение отношения шансов (OR), доверительный интервал [15].

Источники информации

1. Page D.L. Prognosis and breast cancer. Recognition of lethal and favourable prognostic types / D.L. Page // Am. J. Surg. Pathol. - 1991. - Vol. 15. - P. 334-349.

2. Телегина Н.С. Связь гематогенной диссеминации с лимфогенным метастазированием при различных молекулярно-генетических вариантах рака молочной железы / Н.С. Телегина, О.Д. Брагина, К.Ю. Христенко, М.В. Завьялова, С.В. Вторушин, В.М. Перельмутер, Е.М. Слонимская, Е.В. Денисов, Н.В. Чердынцева // Бюллетень сибирской медицины. - 2013. - Том 12, №6. - С. 62-66.

3. Осинский С.П. Микроокружение опухолевых клеток и опухолевая прогрессия. Факторы стромального микроокружения / С.П. Осинский // Онкология. Здоровье Украины. - Червень. - 2013. - Тематический номер. - С. 36-39.

4. Sleeman J.P. Concept of metastasis in flux: the stromal progression model / J.P. Sleeman, G. Christofori, R. Fodde [et al.] // Seminar in Cancer Biology. - 2012. - Vol. 22. - P. 174-186.

5. Smith H.A. The metastasis-promoting roles of tumor-associated immune cells / H.A. Smith, Y. Kang // J. Mol. Med. (Berl). - 2013. - Vol. 91(4). - P. 411-429.

6. Quail D.F. Microenvironmental regulation of tumor progression and metastasis / D.F. Quail, J.A. Joyce // Nat. Med. - 2013. - Vol. 19(11). - P. 1423-1437.

7. Mao Y. Stromal cells in tumor microenvironment and breast cancer / Y. Mao, E.T. Keller, D.H. Garfield et al. // Cancer Metastasis Rev. - 2013. - Vol. 32(1-2). - P. 303-315.

8. Kerkar S. P. Cellular Constituents of Immune Escape within the Tumor Microenvironment / S.P. Kerkar, N.P. Restifo // Cancer Research Reviews. - 2012. -Vol. 72(13). - P. 3125-3130.

9. Finger E.C Hypoxia, inflammation, and the tumor microenvironment in metastatic disease / E.C. Finger, A.J. Giaccia // Cancer metastasis reviews. - 2010. - Vol. 29. - P. 285-293.

10. Galli S.J. Phenotypic and functional plasticity of cells of innate immunity: macrophages, mast cells and neutrophils / S.J. Galli, N. Borregaard, T.A. Wynn // Nature immunology. - 2011. - Vol. 12. - P. 1035-1044.

11. Areshkov P.A., Kavsan V.M. Chitinase 3-like protein 2 (CHI3L2, YKL-39) activates phosphorylation of extracellular signal-regulated kinases ERK1/ERK2 in human embryonic kidney (hek 293) and human glioblastoma (U87 MG) cells // Цитология и генетика. - 2010. - Vol. 44, N. 1. - С. 3-9.

12. Cobleigh M.A. Gene expression markers for breast cancer prognosis / Cobleigh M.A., S. Shak, J.B. Baker, M.T. Cronin // Patent Application Publication. Pub. No: US 2011/0312532 A1. Pub. Date: Dec. 22, 2011.

13. Litviakov N.V. Changing the expression vector of multidrug resistance genes is related to neoadjuvant chemotherapy response / Litviakov N.V. et al. // Cancer Chemotherapy and Pharmacology. - 2013. - Vol. 71, N. l. - P. 153-163.

14. Holness C.L. Molecular cloning of CD68, a human macrophage marker related to lysosomal glycoproteins / Holness C.L., Simmons D.L. // Blood. - 1993. - Vol. 81, N. 6. - P. 1607-1613.

15. Реброва О.Ю. Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ Statistica / О.Ю. Реброва // Медиа Сфера. - Москва. - 2006. - 312 с.

Способ прогнозирования риска лимфогенного метастазирования при раке молочной железы на основе экспрессии гена белка YKL-39, включающий исследование препаратов ткани новообразований и последующий рассчет диагностических показателей, характеризующийся тем, что проводят молекулярно-генетическое исследование биопсийных образцов опухолевой ткани, которые берут у пациенток под контролем ультразвукового метода исследования до проведения неоадъювантной химиотерапии, с последующим выделением РНК и определением уровня гена, экспрессируемого макрофагами с помощью количественной обратно-транскриптазной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени RT-qPCR, определяют уровень экспрессии YKL-39 по технологии TaqMan с помощью специфичных праймеров и пробы Sense 5'-aacaacaaggttatcatcaaggac-3', AntiSense 5'-tttgggattcttggttttgag-3', Probe FAM-5'-agtgaagtgatgctctaccagaccat-3'-BHQ1, далее проводят ПЦР-анализ экспрессии гена белка YKL-39, оценивают относительную экспрессию гена белка YKL-39 с помощью метода Pfaffl в условных единицах (УЕ) относительно гена рефери GAPDH, причем в качестве калибратора используют нормальную ткань молочной железы, в которой при проведении исследования аналогичным выше описанному способом уровень экспрессии гена белка YKL-39 составляет 1, и при уровне экспрессии YKL-39 более 1 УЕ прогнозируют низкий риск развития лимфогенных метастазов, а при уровне экспрессии гена белка YKL-39 менее 1 УЕ - высокий риск лимфогенного метастазирования.



 

Похожие патенты:

Группа изобретений относится к медицине, а именно к онкологии, и может быть использована для диагностики злокачественных опухолей. Способы по изобретению включают приведение образца мочи, полученного от индивидуума, в контакт с антителом, которое связывает FRα, чем осуществляется определение уровня FRα, который не связан с клеткой, в указанном образце мочи, сравнение уровня FRα, который не связан с клеткой, в указанном образце мочи, полученном от указанного индивидуума, с уровнем FRα в контрольном образце, установление повышения уровня FRα в указанном образце мочи, полученном от указанного индивидуума, по сравнению с уровнем FRα в контрольном образце, и определение того, что индивидуум страдает злокачественной опухолью, экспрессирующей FRα, на основании указанного повышения.

Изобретение относится к медицине в области онкологии и представляет собой способ прогнозирования резистентности опухоли к таргетной терапии цетуксимабом у больных плоскоклеточным раком языка и слизистой дна полости рта, включающий исследование крови, отличающийся тем, что за два дня до начала полихимиотерапевтического лечения с включением таргетной терапии цетуксимабом, у больного плоскоклеточным раком языка и слизистой дна определяют EGF, sEGFR, затем рассчитывают соотношение EGF/sEGFR и при значении этого соотношения в пределах 55,3-66,9 прогнозируют отсутствие резистентности опухоли к терапии цетуксимабом, а при значении этого показателя в пределах 92,6-117,8 прогнозируют наличие резистентности опухоли к терапии цетуксимабом.

Изобретение относится к области медицины, в частности к онкологии и молекулярной биологии, и предназначено для определения риска возникновения рецидива онкологических заболеваний молочной железы.

Группа изобретений относится к медицине, а именно к иммунологии, и может быть использована для диагностики колоректального рака. Способ включает одновременное количественное определение онкомаркеров белковой природы, антител к гликанам, иммуноглобулинов G, А и M в крови человека на биологическом микрочипе.

Изобретения относятся к способам обнаружения рака поджелудочной железы с применением новых маркеров опухоли. Представленные способы обнаружения рака поджелудочной железы включают измерение наличия или количества полипептида, обладающего реактивностью в форме специфического связывания с антителом против белка CAPRIN-1 через взаимодействие антиген-антитело, или наличия или количества нуклеиновой кислоты, кодирующей этот полипептид, в образце, взятом от индивидуума, где полипептид, подлежащий измерению, представляет собой белок CAPRIN-1, состоящий из аминокислотной последовательности, соответствующей любой из SEQ ID NO: 2-30 с четным номером, и где наличие или количество нуклеиновой кислоты, кодирующей полипептид, определяют путем определения нуклеиновой кислоты, кодирующей полипептид, содержащийся в образце.

Изобретение относится к области медицины и касается способа экспресс диагностики заболеваний молочных желез. Сущность способа заключается в том, что проводят физикальный осмотр, пальпацию, макроскопическую характеристику выделений из сосков и цитологическое исследование выделений из молочной железы.

Изобретение относится к области медицины, в частности к онкологии и молекулярной биологии, и предназначено для дифференциальной диагностики рака предстательной железы (РПЖ).

Изобретение относится к медицине, а именно гастроэнтерологии, и может быть использовано для определения генерализации злокачественного процесса после оперативного лечения рака головки поджелудочной железы.

Изобретение относится к области медицины. Предложен способ определения вероятности рецидивирования рака молочной железы у субъекта - млекопитающего, включающий измерение уровня экспрессии РНК-транскриптов KI67, CCND1, PTEN, NDRG1, TERT в биологическом образце, содержащем опухолевые клетки и определение показателя рецидивирования для указанного субъекта с учетом измеренных уровней экспрессии генов как точки на графике с двумя координатами X и Y.

Изобретение относится к области медицины, в частности к онкологии, и молекулярной биологии. Предложен способ диагностики папиллярной почечноклеточной карциномы (ППК), включающий стадии получения исходной пары образцов ткани от пациента, выделение и очистку препаратов РНК, синтез кДНК на матрице РНК с использованием олигонуклеотидных праймеров, проведение количественной реакции амплификации фрагмента гена CALL и сравнение количества амплифицированного фрагмента CALL для образца, полученного из предположительно пораженной раком ткани, с количеством амплифицированного фрагмента ДНК для образца, полученного из нормальной ткани.

Настоящее изобретение относится к биохимии, биотехнологии, молекулярной биологии, в частности к набору олигонуклеотидных праймеров для идентификации медицински значимых микромицетов методом секвенирования ДНК путём амплификации и последующего определения нуклеотидной последовательности фрагмента гена 28S рРНК.
Изобретение относится к области медицины и биотехнологии. Заявлен набор для оценки полиморфизма генов фолатного цикла методом ПЦР, включающий компоненты для выделения ДНК, видоспецифичные олигонуклеотидные пары праймеров для проведения одностадийной экспресс-идентификации нескольких однонуклеотидных замен в аллелях генов MTHFR, MTR, MTRR и компоненты для детекции результатов гель-электрофорезом.

Изобретение относится к области биотехнологии и медицины. Описан способ химической модификации антитромбинового аптамера и к получения нового антитромбинового аптамера, обладающего антикоагулянтными свойствами и пролонгированной антитромботической активностью.

Изобретение относится к области медицины, а именно к генетике и онкологии, и касается способа выявления генных мутаций BRAF в опухолях человека. Осуществляют амплификацию исследуемого фрагмента гена BRAF посредством асимметричной ПЦР в реальном времени с двумя зондами TaqMan: BRAF-15-sense – 5'-ROX-aggtgattttggtctagctacagtgaaatc-BHQ2 и BRAF-15-antisense – 5'-Су5-acccactccatcgagatttcactgta-BHQ2 и праймерами: прямой – 5'-gagatctactgttttcctttactt, обратный – 5'-ggccaaaaatttaatcagt.

Изобретение относится к биотехнологии. Описана композиция для стандартизации эффективности амплификации набора олигонуклеотидных праймеров для амплификации перестроенных последовательностей нуклеиновых кислот, кодирующих один или более рецепторов адаптивной иммунной системы в биологическом образце, полученном из лимфоидных клеток субъекта-млекопитающего, причем каждый рецептор адаптивной иммунной системы содержит вариабельный участок и соединительный участок, причем композиция содержит: множество синтетических матричных олигонуклеотидов, причем каждый синтетический матричный олигонуклеотид имеет известную концентрацию до амплификации и олигонуклеотидную последовательность общей формулы: , причем: (а) V представляет собой олигонуклеотидную последовательность, содержащую по меньшей мере 20 и не более 1000 последовательных нуклеотидов генной последовательности, кодирующей вариабельный (V) участок рецептора адаптивной иммунной системы или его комплемент, и каждый V содержит уникальную олигонуклеотидную последовательность V-участка; (b) J представляет собой олигонуклеотидную последовательность, содержащую по меньшей мере 15 и не более 600 последовательных нуклеотидов генной последовательности, кодирующей соединительный (J) участок рецептора адаптивной иммунной системы или его комплемент, и каждый J содержит уникальную олигонуклеотидную последовательность J-участка; (с) U1 либо отсутствует, либо содержит олигонуклеотидную последовательность, выбранную из (i) первой универсальной последовательности олигонуклеотида-адаптера и (ii) первой специфической для секвенирующей платформы олигонуклеотидной последовательности, которая связана с положением 5' и находится в нем относительно первой универсальной последовательности олигонуклеотида-адаптера; (d) U2 либо отсутствует, либо содержит олигонуклеотидную последовательность, выбранную из (i) второй универсальной последовательности олигонуклеотида-адаптера и (ii) второй специфической для секвенирующей платформы олигонуклеотидной последовательности, которая связана с положением 5' и находится в нем относительно второй универсальной последовательности олигонуклеотида-адаптера; (e) присутствует по меньшей мере один из B1, В2, В3 и В4 и каждый из B1, В2, В3 и В4 содержит олигонуклеотид В, содержащий последовательность штрихкода из 3-25 последовательных нуклеотидов, которая уникальным образом идентифицирует в качестве спаренной комбинации, (i) уникальную олигонуклеотидную последовательность V-участка из (а) и (ii) уникальную олигонуклеотидную последовательность J-участка из (b); (f) R либо отсутствует, либо содержит сайт распознавания рестрикционного фермента, который содержит олигонуклеотидную последовательность, отсутствующую в (а)-(е); и причем: (g) множество синтетических матричных олигонуклеотидов содержит количество по меньшей мере а или по меньшей мере b уникальных олигонуклеотидных последовательностей в зависимости от того, какое значение больше, причем а представляет собой количество уникальных сегментов гена, кодирующего V-участок рецептора адаптивной иммунной системы у субъекта, а b представляет собой количество уникальных сегментов гена, кодирующего J-участок рецептора адаптивной иммунной системы у субъекта, и композиция содержит по меньшей мере один синтетический матричный олигонуклеотид для каждой уникальной олигонуклеотидной последовательности V-участка и по меньшей мере один синтетический матричный олигонуклеотид для каждой уникальной олигонуклеотидной последовательности J-участка.

Предложенная группа изобретений относится к области медицины, в частности к неврологии и молекулярной биологии. Предложены способ и набор реагентов для выявления генетического полиморфизма в полиморфных точках rs9652490 LINGO1 (A>G), rs11856808 LINGO1 (C>Т), rs10968280 LINGO2 (А>Т), rs7033345 LINGO2 (C>Т), rs1412229 LINGO2 (А>Т), rs10812774 LINGO2 (C>Т) и rs3794087 SLC1A2 (А>С), определяющих генетическую ассоциацию с эссенциальным тремором.

Изобретение относится к области биохимии. Описана группа изобретений, включающая композицию для реакции обратной транскрипции с горячим стартом, способ подготовки вышеуказанной композиции, композицию для ПЦР с обратной транскрипцией и горячим стартом, способ подготовки вышеуказанной композиции, набор для реакции обратной транскрипции с горячим стартом, который включает в себя композицию для реакции обратной транскрипции с горячим стартом и реакционную пробирку, набор для ПЦР с обратной транскрипцией и горячим стартом, способ обратной транскрипции РНК-матрицы, способ амплификации нуклеиновой кислоты, композицию ПЦР с обратной транскрипцией для диагностики злокачественного новообразования.

Изобретение относится к области биохимии, в частности к способу определения зиготности гена fad-3c в растении канолы. Также раскрыт набор для осуществления указанного способа.

Изобретение относится к области биохимии. Описана группа изобретений, включающая набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов для идентификации злокачественного поражения толстого кишечника и прямой кишки посредством анализа в образцах ДНК метелирования сайтов RCGY в заданных положениях регуляторных областей генов-онкомаркеров методом GLAD-ПЦР и способ идентификации злокачественного поражения толстого кишечника и прямой кишки посредством анализа в образцах ДНК метилирования сайтов RCGY в заданных положениях регуляторных областей генов-онкомаркеров методом GLAD-ПЦР.

Настоящее изобретение относится к биохимии, в частности к способу диагностики заболеваний, сопровождающихся повышенной гибелью клеток, и набору для его осуществления.
Наверх