Способ и тест-система для определения доли плодовой днк в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования



Способ и тест-система для определения доли плодовой днк в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования
Способ и тест-система для определения доли плодовой днк в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования
Способ и тест-система для определения доли плодовой днк в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования
Способ и тест-система для определения доли плодовой днк в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования
Способ и тест-система для определения доли плодовой днк в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования
Способ и тест-система для определения доли плодовой днк в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования
Способ и тест-система для определения доли плодовой днк в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования
Способ и тест-система для определения доли плодовой днк в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования
Способ и тест-система для определения доли плодовой днк в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования
Способ и тест-система для определения доли плодовой днк в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования
G01N33/50 - химический анализ биологических материалов, например крови, мочи; испытания, основанные на способах связывания биоспецифических лигандов; иммунологические испытания (способы измерения или испытания с использованием ферментов или микроорганизмов иные, чем иммунологические, составы или индикаторная бумага для них, способы образования подобных составов, управление режимами микробиологических и ферментативных процессов C12Q)

Владельцы патента RU 2636618:

Общество с ограниченной ответственностью "Научно-производственная фирма ДНК-Технология" (RU)
Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова" Министерства здравоохранения Российской Федерации (RU)

Изобретение относится к области медицины, в частности к акушерству, и предназначено для определения доли плодовой ДНК в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования. Используют 53 однонуклеотидных полиморфизма (ОНП), расположенных на 1-12 хромосомах с частотой встречаемости гетерозиготы 40-50%, и специфические праймеры к ним. Долю плодовой ДНК определяют как медиану значений доли плодовой ДНК для всех информативных ОНП. Изобретение обеспечивает эффективное определение доли плодовой ДНК в плазме крови беременной женщины вне зависимости от пола плода. 4 табл., 2 пр.

 

Настоящий способ относится к области молекулярной генетики, акушерства. Предложенный способ позволяет определить долю плодовой ДНК в плазме крови беременной женщины вне зависимости от пола плода.

Уровень техники.

В плазме крови беременной женщины помимо свободноциркулирующей ДНК (сцДНК) самой женщины есть еще и ДНК, принадлежащая плоду. Это используется для скрининга наличия ряда генетических нарушений, таких как изменения числа хромосом (анеуплоидии). При проведении таких исследований важным параметром, влияющим на чувствительность метода, является доля плодовой ДНК среди всей сцДНК. В случае беременности с плодом мужского пола для определения доли плодовой ДНК может быть использована представленность фрагментов Y хромосомы, что не представляет технической сложности. В случае беременности плодом женского пола определение доли плодовой ДНК требует проведения дополнительных исследований.

На данный момент в мире применяется несколько способов определения доли фетальной ДНК в общем пуле сцДНК. Все они основаны на пределении подсчете фрагментов, для которых можно определить их происхождение. Например, использование фрагментов специфичных для Y хромосомы, что возможно только для плода мужского пола или вне зависимости от пола: по-разному метилированных фрагментов сцДНК, однонуклеотидные полиморфизмы, различия плодовой и материнской ДНК по длине.

Существует патент (Methods for non-invasive prenatal ploidy calling US 2011/0288780 A1), описывающий процедуру определения наличия анеуплоидий плода с использованием около 20000 полиморфных локусов, включающий в том числе этап определения доли плодовой ДНК. Однако точность оценки доли плодовой ДНК достигается использованием значительного количества исследуемых локусов.

Существует патент (Resolving genome fractions using polymorphism counts US 21012/0264121 A1), описывающий процедуру определения доли ДНК примеси, в том числе доли плодовой ДНК, на основании подсчета частоты встречаемости полиморфных аллелей, в том числе ОНП. Метод также предполагает использования большого числа локусов.

При использовании однонуклеотидных полиморфизмов для определения доли плодовой ДНК, информативными (пригодными для определения доли плодовой ДНК) будут точки, в которых мать имеет гомозиготный генотип АА, а плод гетерозиготный АВ. В этом случая доля плодовой ДНК может быть определена, как удвоенное отношение количества прочтений аллеля B ко всем прочтениям: Доля плодовой ДНК=2*В/(А+В).

Наибольшая вероятность получить информативный вариант ОНП при одинаковом соотношении частот встречаемости обоих аллелей. Для выбора ОНП с подходящей частотой встречаемости можно использовать данные широкомасштабных популяционных исследований Hapmap (International, Т. & Consortium, Н. The International НарМар Project Nature 426, 789-796 (2003)).

Задача изобретения - определение доли плодовой ДНК в плазме крови беременной женщины вне зависимости от пола плода.

Данное изобретение отличается от перечисленных выше использованием небольшого числа ОНП с высокой частотой встречаемости гетерозиготы для определения доли плодовой ДНК и набором праймеров.

Описание изобретения

Для определения доли плодовой ДНК используется 53 однонуклеотидных полиморфизма (ОНП) расположенных на 1-12 хромосомах с частотой встречаемости гетерозиготы 40-50%. Список ОНП их позиций в геноме и частоты встречаемости в российской популяции приведен в таблице 1. Список праймеров приведен в таблице 2.

Способ осуществляется следующим образом.

1. Проводят забор периферической крови из вены у беременной женщины

2. С помощью последовательного центрифугирования или любым другим адаптированным для данного исследования способом отделяют плазму.

3. Из плазмы выделяется внеклеточная ДНК, содержащая материнскую и плодовую фракции.

4. Проводят амплификацию фрагментов ДНК, включающих ОНП.

5. Определяют последовательности (проводят секвенированирование) полученных фрагментов ДНК с помощью методов высокопроизводительного секвенирования.

6. Для каждого из ОНП подсчитывают представленность обоих аллелей. ОНП с долей менее представленного аллеля от 0.0075 до 0.20 и суммарным покрытием не менее 1000 фрагментов считают информативными. И для каждого ОНП рассчитывают долю плодовой ДНК по формуле: 2*B/(A+B), где A доля более представленного аллеля, а B - доля менее представленного аллеля.

7. Доля плодовой ДНК определяется как медиана значений доли плодовой ДНК для всех информативных аллелей.

Реализация изобретения (пример)

Результаты определения доли плодовой ДНК с помощью ОНП сравнивали с результатами определения доли плодовой ДНК по Y хромосоме.

Образец 1: доля плодовой ДНК по Y хромосоме - 14%.

В таблице 3 приведены результаты подсчета частоты встречаемости аллелей для каждого ОНП. Всего 13 информативных ОНП. Доля плодовой ДНК, определенная на основании секвенирования последовательностей ОНП, 13%.

Образец 2: доля плодовой ДНК по Y хромосоме - 11%.

В таблице 4 приведены результаты подсчета частоты встречаемости аллелей для каждого ОНП. Всего 17 информативных ОНП. rs7696439 исключен из рассмотрения из-за низкого покрытия - 204 фрагмента. Доля плодовой ДНК, определенная на основании секвенирования последовательностей ОНП, 11,4%.

Способ определения доли плодовой ДНК в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования отличается тем, что используют 53 однонуклеотидных полиморфизма (ОНП), расположенных на 1-12 хромосомах с частотой встречаемости гетерозиготы 40-50%, и специфические праймеры к ним:

,

при этом для каждого из ОНП подсчитывают представленность обоих аллелей, ОНП с долей менее представленного аллеля от 0.0075 до 0.20 и суммарным покрытием не менее 1000 фрагментов считают информативными; для каждого информативного ОНП рассчитывают долю плодовой ДНК по формуле: 2*В/(А+В), где А доля более представленного аллеля, а В - доля менее представленного аллеля; долю плодовой ДНК определяют как медиану значений доли плодовой ДНК для всех информативных ОНП.



 

Похожие патенты:

Изобретение относится к медицине, а именно к онкологии, и может быть использовано для ех vivo определения чувствительности клеток пациента к лекарственным препаратам.

Группа изобретений относится к области косметологии и раскрывает систему получения индивидуализированной композиции для обработки волос, а также способ приготовления окрашивающей композиции с использованием вышеуказанной системы.

Изобретение относится к области медицины, в частности к репродуктивной медицине и вспомогательным репродуктивным технологиям, а также к области науки, в частности к молекулярной биологии и эмбриологии.

Изобретение относится к области медицины, а именно к офтальмологии и неврологии, и предназначено для прогнозирования развития рассеянного склероза (PC) у больных с оптическим невритом (ОН) подострого течения.

Изобретение относится к области иммунологии. Предложены варианты антител, связывающих опухолеассоциированный антигенный полипептид ТАТ425.

Группа изобретений относится к биотехнологии. Предложены олигонуклеотидный биочип для идентификации генетических детерминант резистентности N.

Изобретение относится к области медицины, в частности к онкологии, и предназначено для детекции молекулярно-генетических маркеров, ассоциированных с прогрессией пищевода Барретта.
Изобретение относится к области медицины, а именно к педиатрии и микробиологии, и представляет собой способ прогнозирования развития атопического дерматита у младенцев путем определения гистидиндекарбоксилазной активности бактерий.
Изобретение относится к медицине, а именно к онкологии, и может быть использовано для прогнозирования развития рецидивов у больных раком слизистой оболочки полости рта.
Изобретение относится к медицине и касается способа прогнозирования раннего рецидивирования поверхностного рака мочевого пузыря, включающего иммуноферментное исследование мочи и иммуногистохимическое исследование ткани опухоли, где у больных поверхностным раком мочевого пузыря в утренней порции мочи, собранной до операции, определяют уровень матриксной металлопротеиназы-2, рассчитывают соотношение фермента к уровню экскретируемого креатинина, а также в ткани опухоли, удаленной во время операции, определяют уровень экспрессии матриксной металлопротеиназы-2.

Группа изобретений относится к области биохимии. Предложен способ конъюгирования подложки с биомолекулярным комплексом и способ конъюгирования полимерной частицы с полинуклеотидным комплексом.

Настоящее изобретение относится к биохимии, в частности к способу определения последовательности представляющей интерес молекулы нуклеиновой кислоты. Для осуществления указанного способа предоставляют твёрдый субстрат, на котором иммобилизована РНК-полимераза, и последовательно детектируют местоположения первого, второго и третьего из четырёх нуклеотидов, а оставшиеся положения, не занятые первыми тремя, определяют как положения четвёртого нуклеотида.

Изобретение относится к медицине, в том числе к лабораторным методам исследования в микробиологии, а именно - к способам обнаружения ДНК патогенных бактерий (Mycobacterium leprae, Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) и Treponema pallidum) с использованием полимеразной цепной реакции в режиме реального времени.

Группа изобретений относится к биотехнологии. Предложены олигонуклеотидный биочип для идентификации генетических детерминант резистентности N.

Изобретения касаются способов для создания библиотеки нуклеотидных последовательностей человеческого иммуноглобулина для выявления последовательностей нуклеиновых кислот, кодирующих подвергшиеся соматической гипермутации вариабельные области иммуноглобулина, которые способствуют связыванию с представляющим интерес антигеном, и наборов для использования в указанных способах.

Изобретение относится к области биотехнологии, конкретно к применению выделенного антитела к CXCR4 в диагностике рака, что может быть использовано в медицине. В частности, раскрыты способы диагностики и/или прогнозирования онкогенного расстройства, связанного с экспрессией CXCR4, определения, является ли указанное расстройство или пациент, страдающий им восприимчивым к лечению анти-CXCR4 антителом, способы определения эффективной схемы лечения и наборы для лечения указанных заболеваний.

Изобретение относится к области биохимии. Описана группа изобретений, включающая способ прогнозирования чувствительности роста опухолевых клеток к подавлению ингибитором Wnt, набор для анализа, предназначенный для отбора больного раком, у которого согласно прогнозу может быть достигнут или не достигнут благоприятный результат от терапевтического введения ингибитора Wnt.

Изобретение относится к области медицины, в частности к онкологии, и предназначено для детекции молекулярно-генетических маркеров, ассоциированных с прогрессией пищевода Барретта.

Предложенная группа изобретений относится к области медицины, в частности к онкологии. Предложены способ и набор для прогнозирования высокой вероятности положительного эффекта от лечения антагонистами VEGF у пациента с метастатическим раком молочной железы, где такой эффект определяют у пациента с генотипом VEGF (-1154АА).

Изобретение относится к сельскохозяйственной области биотехнологии и животноводству и касается способа оценки плодовитости свиней пород ландрас и крупная белая. Способ включает выделение ДНК, амплификацию фрагмента гена LIF с использованием праймеров 5'-ATGTGGATGTGGCCTACGG-3' и 5'GGGAACAAGGTGGTGATGG-3', рестрикцию амплифицированного фрагмента гена LIF эндонуклеазой рестрикции DraIII, определение генотипов и отбор животных с генотипом AA/LIF, причем один фрагмент размером 407 п.

Изобретение относится к области медицины, в частности к гинекологии, и предназначено для лечения вагинальной атрофии у женщин в постменопаузе с учетом состояние биоценоза влагалища. Биоматериал берут с помощью вагинального или уретрального зонда путем соскоба влагалища. Методом ПЦР в режиме реального времени с помощью комплекта реагентов «Фемофлор-16» определяют количество геном-эквивалентов микроорганизмом и их долю в общей бактериальной массе. Если доля Lactobacillus spp. больше 80%, диагностируют нормоценоз, характеризующийся доминированием нормофлоры. Если доля Lactobacillus spp. менее 80%, диагностируют дисбиоз. При вагинальной атрофии на фоне нормоценоза назначают гормональную терапию. При вагинальной атрофии на фоне дисбиоза назначают гормональную терапию и препараты, содержащие лактокультуру. Изобретение обеспечивает разработку индивидуальных подходов лечения вагинальной атрофии у женщин в постменопаузе с учетом состояния биоценоза влагалища. 5 табл., 3 пр.

Изобретение относится к области медицины, в частности к акушерству, и предназначено для определения доли плодовой ДНК в плазме крови беременной женщины с помощью методов высокопроизводительного секвенирования. Используют 53 однонуклеотидных полиморфизма, расположенных на 1-12 хромосомах с частотой встречаемости гетерозиготы 40-50, и специфические праймеры к ним. Долю плодовой ДНК определяют как медиану значений доли плодовой ДНК для всех информативных ОНП. Изобретение обеспечивает эффективное определение доли плодовой ДНК в плазме крови беременной женщины вне зависимости от пола плода. 4 табл., 2 пр.

Наверх