Способ диагностики рака молочной железы и рака яичников по уровню мрнк ммр-9 в плазме крови



Способ диагностики рака молочной железы и рака яичников по уровню мрнк ммр-9 в плазме крови
Способ диагностики рака молочной железы и рака яичников по уровню мрнк ммр-9 в плазме крови
Способ диагностики рака молочной железы и рака яичников по уровню мрнк ммр-9 в плазме крови
Способ диагностики рака молочной железы и рака яичников по уровню мрнк ммр-9 в плазме крови
Способ диагностики рака молочной железы и рака яичников по уровню мрнк ммр-9 в плазме крови
C12N15/00 - Получение мутаций или генная инженерия; ДНК или РНК, связанные с генной инженерией, векторы, например плазмиды или их выделение, получение или очистка; использование их хозяев (мутанты или микроорганизмы, полученные генной инженерией C12N 1/00,C12N 5/00,C12N 7/00; новые виды растений A01H; разведение растений из тканевых культур A01H 4/00; новые виды животных A01K 67/00; использование лекарственных препаратов, содержащих генетический материал, который включен в клетки живого организма, для лечения генетических заболеваний, для генной терапии A61K 48/00 пептиды вообще C07K)

Владельцы патента RU 2745424:

федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова" Министерства здравоохранения Российской Федерации (RU)

Изобретение относится к области медицинской биотехнологии. Способ основан на измерении в плазме крови уровня мРНК ММР-9 относительно представленности референсной РНК. Полученные показатели используют для вычисления отношения уровней экспрессии для каждого конкретного образца. Значение полученного показателя интерпретируется как маркер раннего опухолеобразования в молочной железе и яичниках. Изобретение может быть использовано для выявления ранних стадий рака молочной железы и рака яичников. Использование заявленного способа обеспечивает высокочувствительную и объективную количественную характеристику уровня экспрессии мРНК ММР-9, что позволяет провести раннюю малоинвазивную диагностику рака молочной железы и рака яичников. 2 табл., 2 ил.

 

Область техники, к которой относится изобретение:

Изобретение относится к области медицины, онкологии, молекулярной биологии и клинико-лабораторной диагностики и может быть использовано для ранней диагностики рака молочной железы и рака яичников. Способ основан на измерении в плазме крови уровня мРНК ММР-9 и сравнении уровня представленности мРНК ММР-9 с уровнем представленности референсных транскриптов. Для осуществления способа используют обратную транскрипцию и полимеразную цепную реакцию в «реальном времени». В качестве референсных транскриптов используют мРНК B2m и/или GUSB. Результат исследования считают положительным при разнице уровней представленности мРНК целевого гена и референсного более десяти раз. Изобретение может быть использовано для выявления ранних стадий рака молочной железы. Использование заявленного способа обеспечивает высокочувствительную и объективную количественную характеристику уровня экспрессии мРНК ММР-9, что позволяет провести раннюю малоинвазивную диагностику рака молочной железы и рака яичников.

Уровень техники:

Рак молочной железы (РМЖ) является наиболее распространенным онкологическим заболеванием среди женщин. В 2018 году в мире от рака молочной железы умерло 627000 женщин - это примерно 15% всех случаев смерти от рака среди женщин [1].

Рак яичников (РЯ) также является ведущей причиной смерти среди гинекологических онкологических заболеваний у женщин во всем мире. Уровни заболеваемости значительно различаются, но самые высокие в промышленно развитых странах, за исключением Японии. Рак яичников встречается в десять раз чаще, чем рак груди, но в три раза смертельнее. Высокий уровень смертности, как правило, объясняется его скрытым развитием, в результате чего на момент постановки диагноза у 75% женщин возникает запущенное и широко распространенное заболевание [2].

Учитывая растущее число случаев заболеваний РМЖ и РЯ, ранняя диагностика жизненно важна, особенно на начальных стадиях опухоли. Существенный прогресс в этой области был достигнут с помощью методов скрининга, которые включают ультразвуковое исследование, компьютерную томографию или магнитно-резонансную томографию. Однако в случае небольших злокачественных новообразований эти методы не очень эффективны. Поэтому поиск новых диагностических методов, которые могут помочь в раннем выявлении рака, в настоящее время является актуальной задачей. Онкомаркеры особенно полезны при мониторинге лечения и при обнаружении, локализации или идентификации метастатической стадии рака и раннем обнаружении его рецидива.

Во многих научных работах получены данные, демонстрирующие увеличение концентрации внеклеточных молекул рибонуклеиновых кислот (внРНК) благодаря гибели значительного числа клеток при опухолевом процессе [3-5].

мРНК циркулируют в плазме крови (внеклеточная фракция, внРНК) как здоровых, так и больных людей, таким образом, предоставляя возможность для выявления различий в уровне экспрессии генов у разных групп пациентов [6-8].

В настоящее время больше исследований проведено в отношении уровня внРНК в сыворотке и опухолевых тканях, чем в плазме. При этом качественный и количественный анализ внРНК в плазме крови в настоящее время можно считать наиболее перспективным диагностическим методом, поскольку он является сравнительно недорогим и малоинвазивным, а правильный выбор исследуемых генов позволит в ближайшем будущем использовать эти гены как маркеры развития РМЖ на разных стадиях этого заболевания.

Известно, что цитокины, а также гены роста и пролиферации участвуют в процессе опухолеобразования [9-11]. Поэтому анализ экспрессии внРНК генов цитокинов и факторов роста при РМЖ актуален не только для фундаментальных исследований, но и для клинических, одним из которых является диагностика заболевания на ранних стадиях.

Цитокины являются высокоиндуцируемыми секреторными белками, обеспечивающими межклеточную связь в иммунной системе. Они сгруппированы в несколько белковых семейств: факторы некроза опухоли, интерлейкины, интерфероны и колониестимулирующие факторы [9]. Согласно литературным данным, цитокины непосредственно вовлечены в патогенез РМЖ, они играют важную роль в регуляции как индукции, так и защиты при РМЖ [12, 13].

Патологический ангиогенез является отличительной чертой онкологических и различных ишемических и воспалительных заболеваний, его развитие устанавливает сосудистую сеть для роста опухоли и гематогенного метастазирования [14]. Следовательно, гены, вовлеченные в этот процесс, активно изучаются для разработки диагностических систем и терапевтических подходов к лечению рака и других заболеваний [15]. Цитокины и факторы роста, продуцируемые множеством типов клеток, присутствующих в микросреде солидных опухолей, образуют сложную динамическую сеть, в которой они индуцируют другие цитокины, изменяют экспрессию растворимых и связанных с поверхностью клетки рецепторов цитокинов, стимулируют пролиферацию эндотелиальных клеток [16].

Доступные онкомаркеры обладают низкой чувствительностью и специфичностью, и, таким образом, рак не обнаруживается на ранних стадиях. Одним из новых кандидатов в онкомаркеры, может быть ММР-9 - матриксная металлопротеиназа-9 (также известная как желатиназа В), продуцируется кератиноцитами, моноцитами, лейкоцитами и множеством злокачественных клеток и играет важную роль в прогрессировании РМЖ. Участвует в деградации внеклеточного матрикса, что повышает метастазирование груди. В опухоли, ММР-9 разрушает коллаген (тип IV) в сосудистой базальной мембране вблизи опухолевых клеток, которые проникают в окружающие ткани и способствуют метастазированию. Результаты исследования [17] указывают на полезность ММР-9 в диагностике пациентов с РМЖ, демонстрируя статистически значимое увеличение уровня ММР-9 в плазме в общей группе пациентов с РМЖ по сравнению со здоровыми женщинами. Согласно другому исследованию [18], было показано значительное увеличение экспрессии ММР-9 в клетках ткани карциномы по сравнению с нормальной тканью молочной железы. Авторы исследования [18] также утверждают, что дифференциальная экспрессия ММР-9 отражает степень клеточной дифференцировки в клетках рака груди и тесно связана с наиболее агрессивными подтипами рака груди. ММР-9 в сыворотке был значительно выше у пациентов с метастазами, чем у пациентов с неметастазами, указывая на его прогностическую ценность [19]. Кроме того, исследуя сывороточный уровень ММР-9, было показано, что экспрессия ММР-9 была значительно высокой у пациентов с распространенным раком яичников и коррелировала с плохим прогнозом [20]. Также в исследовании [21] ММР-9 в тканях показал более высокую экспрессию при карциноме эндометрия, чем при эндометриозе.

Таким образом, уровень экспрессии мРНК ММР-9 представляет диагностическую и прогностическую ценность у пациентов с диагнозом рак молочной железы и рак яичников.

Наиболее близким аналогом данного изобретения является патент РФ №2451937 «Способ диагностики рака молочной железы по уровню РНК интерлейкинов IL8 и/или IL18 в плазме крови», где для диагностики рака молочной железы используют измерения уровня мРНК интерлейкинов IL-8 и IL-18 в плазме крови.

Изобретение относится к области медицины, онкологии и молекулярной биологии и может быть использовано для диагностики рака молочной железы. Отличительным признаком изобретения является использование соотношения уровня РНК интерлейкинов IL-8 и/или IL-18 в сравнении с уровнем референсного транскрипта в плазме крови для диагностики рака молочной железы. Диагностическим маркером является соотношение представленности в плазме крови пациента РНК IL-8 и/или РНК IL-18 и любого другого транскрипта (или группы транскриптов), не меняющих уровень представленности в плазме крови при опухолеобразовании, например, ABL, HPRT или IL 1b. Для осуществления способа используют обратную транскрипцию и полимеразную цепную реакцию в «реальном времени». Результат исследования считают положительным при разнице уровней представленности РНК IL8 и HPRT более десяти раз. Использование заявленного способа позволяет осуществлять раннюю диагностику рака молочной железы. Патент не описывает применения ПНР в реальном времени для диагностики рака молочной железы путем соотношения уровня мРНК ММР-9 с уровнем референсных генов, таких как B2m и/или GUSB, не содержит описания метода определения мРНК ММР-9 и последовательностей праймеров и зондов. Таким образом, заявляемое изобретение не нарушает прав интеллектуальной собственности, описанной в патенте РФ №2451937.

Из данных отечественной и зарубежной литературы, патентов и патентных заявок известен также способ выявления опухоли молочной железы и дифференцировки злокачественных и доброкачественных образований путем измерения 18S рРНК, RASSF8 и Ki-67 методом метилспецифичной ПЦР [22].

Известен патент №CN 101346629 «Метод оценки риска рака молочной железы». Данное изобретение использует металлопротеиназы мочи, в частности ММР-9 и ММР-2 (ADAM 12) для оценки риска развития рака молочной железы. При этом показано, что эти показатели значительно повышены у женщин с высоким риском развития рака молочной железы и что мониторинг отсутствия или присутствия как ММР 9, так и ADAM 12 представляет собой новое средство для лечения рака молочной железы. Кроме того, показано, что уровни ММР 9 и ADAM 12 служат независимыми предикторами риска рака молочной железы.

Известен патент №RU 2430371 «Способ дифференциальной диагностики и прогноза миомы и рака эндометрия». Изобретение относится к области медицины, в частности к онкологии. Предложен способ дифференциальной диагностики злокачественной опухоли и миомы эндометрия. В материале опухоли матки пациента, полученном во время операции, определяют содержание цинка и уровень экспрессии металлопротеаз (ММР). При увеличении количества цинка в опухолевой ткани с 105 до 160 ppm и наличии экспрессии ММР 3, 9 делают прогноз о наличии злокачественной опухоли с тенденцией к метастазированию, при уменьшении содержания цинка от 153 до 75 ppm в опухолевой ткани по сравнению с нетрансформированной и наличии экспрессии ММР 2 делается вывод о наличии миомы матки. При этом активность металлопротеиназ определяют непосредственно в ткани методом мультиплексной ОТ-ПЦР. Из анализа распределения злокачественных опухолей матки по экспрессии ММР и содержанию ионов Zn можно заключить, что в большинстве случаев повышение экспрессии ММР 3 и 9 совпадает с повышенным содержанием Zn в сравнении с нетрансформированной тканью. Это может быть связано с неблагоприятным прогнозом рака эндометрия.

Известен патент №WO 2002053018 «Способ выявления полиморфизмов, связанных с карциномой молочной железы в генах МНС» (Major Histocompatibility Complex - главный комплекс гистосовместимости). Данное изобретение относится к диагностическим способам, основанным на полиморфизме у индивидуумов, указывающих на повышенный риск рака молочной железы. Более конкретно, данное изобретение относится к способу диагностики повышенного риска рака молочной железы путем скрининга на наличие генетических полиморфизмов у индивидуумов, в частности генов TNF-α и HSP70-2. Также предложен способ прогнозирования вероятной выживаемости пациента с полиморфизмом, связанным с карциномой молочной железы. Изобретение также обеспечивает скрининговые анализы и профилактические и терапевтические методы, обнаруженные с использованием таких скрининговых анализов.

Известен патент №RU 2403575 «Определение снижения уровня мРНК генов itga9, hyall и hyal2 как способ диагностики немелкоклеточного рака легкого и набор для его осуществления». Изобретение относится к области медицины, в частности к методам диагностики в онкологии. Предложено в качестве маркеров для диагностики плоскоклеточнго рака легкого (ПКРЛ) и аденокарциномы легкого (АК) использовать уровень мРНК генов ITGA9, HYAL1 и HYAL2. Сниженный уровень мРНК данных генов в предположительно пораженной раком ткани человека по сравнению с ее уровнем в здоровой ткани служит диагностическим признаком немелкоклеточного рака легкого. Предложенное изобретение позволяет с высокой достоверностью диагностировать немелкоклеточный рак легкого типа АК и ПКРЛ, в том числе на самой ранней клинической стадии опухолевого заболевания.

Известен патент № «Способ скрининга рака молочной железы и предрасположенности к нему». Изобретение относится к медицине, а именно к онкологии, и может быть использовано для скрининга рака молочной железы и предрасположенности к нему. Проводят маммографию и УЗИ. Дополнительно проводят радиотермометрическое исследование молочных желез и выделяют панель микро-РНК из биологических жидкостей, включающую miR-199а, miR-222, let-7a, miR-196а, miR-106а, miR-21, miR-137, miR-155. Способ обеспечивает возможность выделить из массы дисгормональных заболеваний молочных желез группу патологий молочной железы, которая в обозримом будущем перейдет в рак, за счет совместного использования радиотермометрии и панели микро-РНК.

Известен патент №WO 2011120984 «Способ предсказания рецидива рака молочной железы при эндокринном лечении» Изобретение относится к области биохимии, в частности к способу предсказания исхода рака молочной железы в положительной по рецептору эстрогена и отрицательной по HER2 опухоли у пациента с раком молочной железы, предусматривающему определение в образце опухоли от указанного пациента величины уровня экспрессии РНК генов UBE2C, BIRC5, DHCR7, STC2, AZGP1, RBBP8, EL6ST и MGP или генов UBE2C, RACGAP1, DHCR7, STC2, AZGP1, RBBP8, IL6ST и MGP, математическое комбинирование величин уровней экспрессии, где более высокий комбинированный показатель указывает на более худший прогноз у указанного пациента по сравнению с более низким комбинированным показателем. Изобретение позволяет эффективно предсказывать исход рака молочной железы.

Известен патент №RU 2517082 «Метод прогноза эффективности иммунотерапии на основании оценки уровня экспрессии мРНК цитокинов в ткани рака почки». Изобретение относится к области медицины. Предложен способ определения чувствительности рака почки к иммунотерапии после проведения нефрэктомии, включающий верификацию диагноза, проведение нефрэктомии рака почки, забор опухолевой и нормальной ткани почки для определения уровня экспрессии цитокинов IL-4, IL-6, IL-10, TGFβ и расчет соотношения уровня экспрессии цитокинов в опухолевой и нормальной ткани почки. При превышении уровня экспрессии цитокинов в опухолевой ткани почки над нормальной терапию считают показанной. Изобретение позволяет эффективно определять чувствительность рака почки к иммунотерапии на основании данных экспрессии цитокинов в опухолевой ткани.

Известен патент №RU 2473555 «Новые способы функционального анализа большого количества экспериментальных данных и групп генов, идентифицированных из указанных данных», который раскрывает способ оценки клинического прогноза для индивида, страдающего раком молочной железы, основанный на измерении экспрессии генов в образце рака молочной железы в следующих дескрипторных группах: (1) ERBB2, STAED3, GRB7, THRAP4, PPARBP; (2) ESR1, GATA3, ХВР1, TFF3, ACADSB; (3) KRT5, KRT17, TRIM29, GABRP; (4) KRT18, KRT8, РРР2СА, KRT8L2; (5) PLAU, COL5A2, FAP, THY1; (6) STAT1, UBE2L6, ТАР1, LAP3 и (7) SEACAM5, SEACAM6, SEACAM7. При этом сверхэкспрессия большинства генов в дескрипторной группе по сравнению с образцом нормальной ткани молочной железы указывает на то, что образец ткани является положительным для данной группы, а отсутствие сверхэкспрессии большинства генов в дескрипторной группе по сравнению с образцом нормальной ткани молочной железы указывает на то, что образец ткани является отрицательным для данной группы.

Известен патент №RU 2699561 «Способ прогнозирования исхода распространенного рака яичников после адъювантной химиотерапии по схеме АР». Изобретение относится к медицине, а именно к онкологии, и может быть использовано для прогнозирования исхода распространенного рака яичников после адъюватной химиотерапии по схеме АР (цисплатин 75 мг/м2 + доксорубицин 50 мг/м2). Для этого проводят одномоментное определение уровней матричной РНК (мРНК) васкулоэндотелиального фактора роста (Vascular endothelial growth factor (VEGF-A)) и кросс-комплементирующих генов эксцизионной репарации (ERCC - excision repair cross complementing (ERCC1)). Определение уровней матричной РНК проводят в опухолевой ткани первичной больной, полученной интраоперационно, с последующим расчетом интегрального показателя I по предложенной формуле, и при значении I<2 прогноз считается положительным с вероятностью 81%, а при значении I>2 прогноз считается неблагоприятным в 75% случаев. Изобретение обеспечивает прогнозирование исхода рака яичников после адъювантной химиотерапии по схеме АР для индивидуализации тактики и улучшения результатов лечения больных.

Таким образом, в настоящее время в РФ нет действующих аналогов заявляемого изобретения.

Описание (раскрытие) изобретения

Предложен способ диагностики опухолей человека путем оценки уровня представленности отдельных мРНК в плазме крови (внеклеточной фракции).

Техническим результатом изобретения является ранняя диагностика рака молочной железы и рака яичников на основе оценки и сопоставления уровня представленности мРНК ММР-9 с уровнем мРНК B2m и/или GUSB в плазме периферической крови.

В плазме крови больных РМЖ и РЯ (даже на ранних стадиях заболевания, например, на стадии T1N0M0) существенно возрастает относительное количество мРНК ММР-9. Так, относительное количество мРНК ММР-9 существенно превышает относительное количество мРНК этих цитокинов в плазме крови здоровых индивидов при нормировке по уровню мРНК стабильно представленных транскриптов. Кроме того, у больных с метастазирующим раком уровень мРНК ММР-9 в плазме периферической крови выше, чем у больных с ранним раком молочной железы (стадия T1N0M0).

Уровень представленности внеклеточных РНК цитокинов при развитии РМЖ и РЯ может служить дополнительно исследуемым параметром при диагностике и оценке степени прогрессии заболевания. В частности, уровень мРНК ММР-9 позволяет проводить раннюю диагностику РМЖ и РЯ, делая ее малоинвазивной, а также позволяет осуществлять мониторинг течения заболевания.

Для оценки уровня представленности исследуемых мРНК в плазме периферической крови можно использовать биохимические, генетические, молекулярно-биологические и иные методы, а также их сочетания.

В частности, для оценки уровня представленности исследуемых РНК в плазме периферической крови можно использовать методы обратной транскрипции (ОТ-ПЦР) и полимеразной цепной реакции (ПЦР). В том числе метод полимеразной цепной реакции с регистрацией накопления продуктов реакции в режиме «реального времени».

Для клинической диагностики можно использовать определение уровня представленности в плазме крови пациента мРНК ММР-9 относительно любого другого мРНК гена (или группы мРНК генов), не меняющих уровень представленности в плазме крови при опухолеобразовании.

В частности, можно использовать определение уровня представленности в плазме крови пациента мРНК генов ММР-9 относительно уровня представленности мРНК одного из генов «домашнего хозяйства» (например, B2m и/или GUSB)

На основании экспериментальных данных при сравнении пациентов с РМЖ / РЯ и условно-здоровых пациентов без признаков воспалительных заболеваний методами ОТ-ПЦР и ПЦР «в реальном времени» могут быть получены и проанализированы результаты определения уровня представленности мРНК генов ММР-9 относительно референсных мРНК генов β2-микроглобулина (B2m) человека и/или β-глюкуронидаза (GUSB).

Уровень экспрессии мРНК следует измерять в относительных единицах, определяемых методом ΔΔ Ct с применением нормировочных генов [23].

Осуществление (реализация) изобретения:

Образцы венозной крови необходимо забирать в пробирки с ЭДТА. Процедуру экстракции нуклеиновых кислот желательно начинать не позднее, чем через 2 часа с момента забора крови. Для получения плазмы пробирки с кровью центрифугируют при 3000 g в течение 20 мин). После центрифугирования верхнюю фракцию переносят в новую пробирку. Выделение РНК проводят согласно прилагающейся инструкции, используя коммерческий набор реагентов «ПРОБА-НК» производства ООО «НПО ДНК-Технология» (Россия), затем выделенную РНК в объеме 16,5 мкл немедленно используют для постановки обратной транскрипции.

Метод обратной транскрипции использовали для получения препарата кДНК. Ингредиенты набора «ОТ-буфер», «Смесь праймеров ОТ и dNTP» и «Ревертазу» - реакционную смесь для проведения обратной транскрипции готовили согласно инструкции производителя по следующей прописи в стерильной пробирке объемом 1,5 мл:

1. ОТ-буфер - 2×(N+1) мкл;

2. «Праймеры+dNTP» - (N+1) мкл;

3. Ревертаза MuMLV 2 ед./мкл - 0,5×(N+1) мкл,

где N - количество анализируемых образцов с учетом отрицательного контроля. Капли со стенок пробирок собирали центрифугированием в течение 3-5 сек.

В пробирки, содержащие по 16,5 мкл препарата подготовленной РНК, добавляли по 3,5 мкл смеси для обратной транскрипции. При постановке отрицательного контроля использовали пробирку, содержащую 16,5 мкл очищенной воды. Перемешивали реакционные смеси 5-7-кратным пипетированием. Пробирки инкубировали при 40°С в течение 30 мин, затем останавливали реакцию прогреванием при 95°С в течение 5 мин. Капли со стенок пробирок собирали центрифугированием в течение 3-5 сек. Полученный препарат кДНК можно хранить при -20°С, либо можно использовать в качестве матрицы сразу для постановки ПЦР-РВ. В качестве матрицы для проведения одной ПЦР-реакции использовали 5 мкл полученного препарата, разбавленного в 2 раза.

Для определения уровня представленности исследуемых мРНК (например, ММР-9) используют метод ПЦР «в реальном времени» в стандартных условиях с праймерами, специфичными к последовательности определяемых РНК. Для исключения коамплификации геномной ДНК желательно расположить праймеры на стыках зкзонов. Желательно, чтобы длины продуктов амплификации всех анализируемых генов отличались друг от друга незначительно и находились в диапазоне 100-300 п. н. Проявку накопления продуктов реакции можно вести как с помощью интеркалирующих красителей, так и с использованием флуоресцентно-меченых олигонуклеотидов (зондов). Нормированные значения, соответствующие уровню представленности транскриптов каждого гена, можно рассчитывать с помощью метода ΔΔCt или аналогичного.

Для проведения ПЦР использовали следующие олигонуклеотидные праймеры и зонды:

где BHQ1 означает присоединенный к 3'-концевому нуклеотиду темновой гаситель флуоресценции, a FAM - флуоресцентный краситель FAM, присоединенный к нуклеотиду С на 5'-конце пробы; на основании полученных пороговых циклов (Ct) вычисляют уровень экспрессии генов.

Пробирки (приготовленные как описано выше) устанавливали в детектирующий термоциклер ДТ-прайм (ООО «НПО ДНК-Технология», Москва) и проводили реакцию со следующими параметрами циклирования:

Программа амплификации:

Для каждой реакции программное обеспечение термоциклера автоматически вычисляло величину порогового цикла Ct (Фигура 1, 2).

В частности, при сравнении уровня экспрессии в плазме крови пациента мРНК ММР-9 относительно уровня экспрессии мРНК B2m и/или GUSB результат исследования считают положительным (развитие опухоли зарегистрировано) при достоверной разнице (р<0.01) уровней экспрессии мРНК ММР-9 в группе больных относительно группы здоровых людей. Результат исследования считают отрицательным (развитие опухоли не зарегистрировано) при отсутствии достоверной разницы (р<0.01) экспрессии мРНК ММР-9 в группе больных относительно группы здоровых людей. Конкретные показатели разницы полученных значений для исследуемых мРНК (например, ММР-9) могут отличаться от приведенных в примере вследствие различий в методиках и для каждой конкретной методики должны быть подобраны экспериментально.

Фигура 1. Типичный вид результатов количественного измерения мРНК ММР-9 и B2m в плазме крови контрольной группы (контроль).

Фигура 2. Типичный вид результатов количественного измерения мРНК ММР-9 и B2m в плазме крови больных (эксперимент).

Список использованных источников

1. WHO. Breast cancer. WHO (2018). // https://www.who.int/cancer/prevention/diagnosis-screening/breast-cancer/en/

2. Bray F., Ferlay J., Soerjomataram I., Siegel R.L., Torre L.A., Jemal A. Global Cancer Statistics 2018: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J Clin, in press. The online GLOBOCAN 2018 database is accessible at http://gco.iarc.fr/. as part of IARC's Global Cancer Observatory.

3. Seiden M.V., Kantoff P.W., Krithivas K., Propert K. et al. Detection of circulating tumor cells in men with localized prostate cancer. // J Clin Oncol. - 1994. - Vol 12. - №12. - P. 2634-2639.

4. Silva J.M. et al. Detection of epithelial messenger RNA in the plasma of breast cancer patients is associated with poor prognosis tumor characteristics. // Clin. Cancer Res. - 2001. - Vol 7. - №9. - P. 2821-2825.

5. Rykova E.Y., Skvortsova Т.E., Hoffmannet A.L. et al. Breast cancer diagnostics based on extracellular DNA and RNA circulating in blood. // Biochem. Suppl. Ser. В Biomed. Chem. - 2008 - Vol 2. - №2. - P. 208-213.

6. Турчанинова M.А., Ребриков Д.В. Профиль РНК цитокинов в плазме крови при нормальном физиологическом состоянии организма. // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2009. - Т. 24. -№2. - С. 68-71. [Turchaninova MA Rebrikov DV Profil RNK tsitokinov v plazme krovi pri normalnom fiziologicheskom sostoianii organizma. // Molekuliarnaia genetika mikrobio-logiia i virusologiia 2009. - Vol 24. - №2. -P. 68-71.(InRuss.)].

7. Турчанинова M.А., Мещеряков А.А., Рахманкулова З.П., Ребриков Д.В. Внеклеточные РНК плазмы крови как диагностический маркер опухолей молочной железы. // Биоорг. химия. - 2011 - Т. 37. - №3 - С. 393-398. [Turchaninova MA, Meshcheriakov АА, Rakhmankulova ZP, Rebrikov DV. Vnekletochnye RNK plazmy krovi kak diagnosticheskii marker opukholei molochnoi zhelezy. // Bioorg khimiia. - 2011. - Vol 37 - №3. - P. 393-398.(InRuss.)]

8. Тыщик E.А., Кометова В.В., Родионов В.В., Ребриков Д.В. Оценка представленности внеклеточных РНК изоформ VEGF в плазме крови пациенток с раком молочной железы. // Вестник РГМУ. - 2017. - №4. - С. 26-30. [Tyshchik ЕА. Kometova W, Rodionov W, Rebrikov DV. Otsenka predstavlennosti vnekletochnykh RNK izoform VEGF v plazme krovi patsientok s rakom molochnoi zhelezy. // Vestnik RGMU. - 2017 - №4 - P. 26-30. (In Russ.)].

9. Esquivel-Velazquez M. et al. The role of cytokines in breast cancer development and progression. // J. Interf. Cytokine Res. - 2015. - Vol 35 - №1. - P. 1-16.

10. Ma Y., Ren Y., Dai Z.J., Wu C.J., Ji Y.H., Xu J. IL-6, IL-8 and TNF-α levels correlate with disease stage in breast cancer patients. // Adv Clin Exp Med. - 2017. - Vol 26 - №3. - P. 421-426.

11. Nicolini A, Carpi A, Rossi G. Cytokines in breast cancer. // Cytokine Growth Factor Rev. - 2006. - Vol 17 - №5. - P. 325-337.

12. Bertazza L, Mocellin S. The dual role of tumor necrosis factor (TNF) in cancer biology. // Curr. Med. Chem. - 2010. - Vol 17 - №29. - P. 3337-3352.

13. Jones VS, et al. Cytokines in cancer drug resistance: cues to new therapeutic strategies. // Biochim. biophys. acta-rev. cancer. - 2016. - Vol 1865 - №2. - P. 255-265.

14. Carmeliet P., Jain R.K., Angiogenesis in cancer and other diseases. // Nature. - 2000 - Vol 407 - №6801. - P. 249-257.

15. Welti J, Loges S, Dimmeler S, Carmeliet P. Recent molecular discoveries in angiogenesis and antiangiogenic therapies in cancer. // J. Clin. Invest. - 2013. - Vol 123 - №8. - P. 3190-3200.

16. Leek R.D., Harris A.L., Lewis С.E. Cytokine networks in solid human tumors: regulation of angiogenesis. // J. Leukoc. Biol. - 1994. - Vol 56 - №4 - Р. 423-435.

17. S., Zajkowska M., E.K., G.E., Szmitkowski M. Plasma levels and diagnostic utility of VEGF, MMP-9, and TIMP-1 in the diagnosis of patients with breast cancer. // Onco Targets Ther. - 2016. - Vol 9: P. 911-919. doi: 10.2147/OTT.S99959

18. Yousef E.M., Tahir M.R., St-Pierre Y., Gaboury L.A. MMP-9 expression varies according to molecular subtypes of breast cancer. // BMC Cancer. - 2014. - Vol 14: 609. doi: 10.1186/1471-2407-14-609.

19. Rashad Y.A., Elkhodary T.R., El-Gayar A.M., Eissa L.A. Evaluation of serum levels of HER2, MMP-9, nitric oxide, and total antioxidant capacity in egyptian breast cancer patients: correlation with clinico-pamological parameters. // Sci Pharm. - 2013. - Vol 82, №1. - P. 129-145. doi: 10.3797/scipharm. 1306-18.

20. Hu X., Li D., Zhang W., Zhou J., Tang В., Li L. Matrix metalloproteinase-9 expression correlates with prognosis and involved in ovarian cancer cell invasion. // Arch Gynecol Obstet. - 2012. - Vol 286, №6. - P. 1537-1543. doi: 10.1007/s00404-012-2456-6.

21. Weigel M.Т., J., Schem C., Wenners A., Alkatout I., Jonat W., et al. Differential expression of MMP-2, MMP-9 and PCNA in endometriosis and endometrial carcinoma. // Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol. - 2012. - Vol 160, №1. - P. 74-78. doi: 10.1016/j.ejogrb.2011.09.040.

22. Рытова E.Ю. Циркулирующие внеклеточные ДНК и РНК крови в диагностике опухолей молочной железы. // Биоорганическая химия. - 2008 - Т.54 - №1. - С. 94-103. [Rytova Е. Yu. Circulating extracellular DNA and RNA of blood in the diagnosis of breast tumors. // Bioorg kriimiia. - 2008. - Vol 54 - №1. - P. 94-103. (In Russ.)].

23. Livak K.J., Schmittgen T.D. Analysis of Relative Gene Expression Data Using RealTime Quantitative PCR and the 22DDCT Method. // Methods. - 2001. - Vol 25 - №4. - P. 402-408.

Способ диагностики рака молочной железы и рака яичников по уровню мРНК ММР-9 в плазме крови, отличающийся тем, что в качестве метода определения уровня мРНК используют обратную транскрипцию и полимеразную цепную реакцию в режиме реального времени, в качестве референсных маркеров используют мРНК генов В2m человека и/или GUSB, в качестве способа определения мРНК генов ММР-9 используют праймеры и пробу, соответствующую определенному участку генов ММР-9:

где BHQ1 означает присоединенный к 3'-концевому нуклеотиду темновой гаситель флуоресценции, a FAM - флуоресцентный краситель FAM, присоединенный к нуклеотиду С на 5'-конце пробы; на основании полученных пороговых циклов (Ct) вычисляют уровень экспрессии генов; при сравнении уровня экспрессии в плазме крови пациента мРНК ММР-9 относительно уровня экспрессии мРНК В2m и/или GUSB результат исследования считают положительным - развитие опухоли зарегистрировано - при достоверной разнице (р<0.01) уровней экспрессии мРНК ММР-9 в группе больных относительно группы здоровых людей, результат исследования считают отрицательным - развитие опухоли не зарегистрировано - при отсутствии достоверной разницы (р<0.01) экспрессии мРНК ММР-9 в группе больных относительно группы здоровых людей.



 

Похожие патенты:

Изобретение относится к области медицинской биотехнологии и касается способа определения уровня экспрессии гена, кодирующего IL-18 в тканях глаза кролика (Oryctolagus cuniculus), и набор для его определения.

Предложенная группа изобретений относится к области медицины, в частности к кардиологии. Предложен набор праймеров для диагностики наследственной кардиомиопатии, включающий в себя, по меньшей мере, один набор праймеров для секвенирования последовательности нуклеотидов гена, выбранного из группы, включающей LMNA, TNNT2, RYR2, TMEM43, SCN5A, MYL3, DSP, MYBPC3, PKP2, MYH7, TPM1, JUP, DSC2, TNNI3, TTN, DES, TNNC1, PLN, FLNC, PRKAG2, MYPN, VCL, RBM20, BAG3, CSRP3, MYL2, PTPN11, TGFB3, ACTC1, TTR, DMD, GLA, LAMP2, TAZ.

Группа изобретений относится к способам лечения злокачественной опухоли. Способ лечения субъекта, имеющего ассоциированную с Trk злокачественную опухоль, включаюет (а) введение одной или нескольких доз первого ингибитора Trk субъекту в течение некоторого периода времени, где первый ингибитор Trk представляет собой сульфат (S)- N-(5-((R)-2-(2,5-дифторфенил)пирролидин-1-ил)пиразолo[1,5-a]пиримидин-3-ил)-3-гидроксипирролидин-1-карбоксамида; и (б) после (a) подвергание лечению, включающему второй ингибитор Trk, субъекта, где второй ингибитор Trk представляет собой (6R,15R)-9-фтор-15-метил-2,11,16,20,21,24- гексаазапентацикло[16.5.2.02,6.07,12.021,25]пентакоза-1(24),7,9,11,18(25),19,22-гептен-17-он, где ассоциированная с Trk злокачественная опухоль является устойчивой к первому ингибитору Trk.

Изобретение относится к области медицины, в частности к кардиоонкологии и медицинской генетике, и предназначено для прогнозирования развития подострой антрациклин-опосредованной кардиотоксичности у онкологических пациентов.

Изобретение относится к области медицины, в частности к кардиоонкологии и медицинской генетике, и предназначено для прогнозирования развития подострой антрациклин-опосредованной кардиотоксичности у онкологических пациентов.

Изобретение относится к биотехнологии. Предложен способ скрининга анеуплоидий.

Изобретение относится к области биотехнологии и представляет собой набор тест-систем для определения аллелей N (нуклеотид С) и n (нуклеотид Т) гена RYR1 (однонуклеотидная замена С -> Т, 47357966-й нуклеотид в последовательности NC_010448.4), аллелей С (нуклеотид G) и Т (нуклеотид А) гена DMD (однонуклеотидная замена G -> А, 28309227-й нуклеотид в последовательности NC_010461.5) и аллелей А (нуклеотиды А, Т) и В (нуклеотиды G, G) гена ESR1 (две сцепленные между собой нуклеотидные замены А, Т -> G, G; нуклеотиды №14418786, №14418789 в последовательности NC_010443.5) методом ПЦР с детекцией результатов в режиме реального времени либо с помощью приборов высокопроизводительного генотипирования в формате ПЦР-микрочипов с детекцией по конечной точке.
Изобретение относится к области биотехнологии. Предложен реагентно-программный комплекс для проведения таргетного анализа.

Изобретение относится к биотехнологии, в частности к генетической инженерии, и позволяет получить линию клеток млекопитающих с искусственной хромосомой человека, которую можно использовать для обнаружения ранее неидентифицированных генов, участвующих в процессах репликации и сегрегации хромосом человека, а также для поиска лекарственных кандидатов, потенциально вызывающих хромосомную нестабильность.

Изобретение относится к биотехнологии, в частности к генетической инженерии, и позволяет получить линию клеток млекопитающих с искусственной хромосомой человека, которую можно использовать для обнаружения ранее неидентифицированных генов, участвующих в процессах репликации и сегрегации хромосом человека, а также для поиска лекарственных кандидатов, потенциально вызывающих хромосомную нестабильность.

Группа изобретений относится к области химии антисмысловых соединений, молекулярной биологии и медицины. Предложены соединения, способные снижать экспрессию РНК или белка 4R изоформы Tau, композиции на их основе и способы модулирования сплайсинга мРНК Tau у животного.
Наверх