Химерные белки и способы для идентификации ингибиторов бромодоменов - заявка 2015144279 на патент на изобретение в РФ

1. Химерный белок, содержащий по меньшей мере один хроматинсвязывающий модуль и по меньшей мере одни модуль-репортер, при этом множество химерных белков способны образовывать центры скопления.
2. Химерный белок по п. 1, отличающийся тем, что указанный химерный белок содержит первый хроматинсвязывающий полипептид, содержащий по меньшей мере один хроматинсвязывающий модуль, при этом по меньшей мере один из указанных хроматинсвязывающих модулей указанного первого хроматинсвязывающего полипептида делегирован, замещен и/или заменен на по меньшей мере один хроматинсвязывающий модуль второго хроматинсвязывающего полипептида.
3. Химерный белок по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанный химерный белок содержит первый хроматинсвязывающий полипептид, содержащий по меньшей мере один хроматинсвязывающий модуль, при этом по меньшей мере один из указанных хроматинсвязывающих модулей указанного первого хроматинсвязывающего полипептида заменен на по меньшей мере один бромодоменный модуль второго хроматинсвязывающего полипептида.
4. Химерный белок по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один модуль-репортер содержит по меньшей мере один флуоресцентный модуль-репортер.
5. Химерный белок по п. 4, отличающийся тем, что указанный по меньшей мерс один модуль-репортер содержит EGFP, TurboGFP. dsRed2, dsRed-Express2 или ZsGreen.
6. Химерный белок по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанный химерный белок содержит сигнал ядерной локализации (NLS).
7. Химерный белок по п. 6, отличающийся тем, что указанным NLS является NLS большого Т-антигена SV40 или NLS нуклеоплазмина.
8. Химерный белок по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один хроматинсвязывающий модуль расположен на 5'-конце указанного модуля-репортера.
9. Химерный белок по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один хроматинсвязывающий модуль расположен на 3'-конце указанного модуля-репортера.
10. Химерный белок по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанным по меньшей мере одним хроматинсвязывающим модулем является бромодоменный модуль, модуль PHD-пальцев, хромодоменный модуль, модуль домена МВТ, модуль домена tudor, модуль домена PWWP. модуль домена ADD. модуль домена Zf-CW, модуль анкириновых повторов или модуль WD40.
11. Химерный белок по п. 10, отличающийся тем, что указанным по меньшей мере одним хроматинсвязывающим модулем является бромодоменный модуль.
12. Химерный белок по п. 11, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один бромодоменный модуль содержит по меньшей мере один бромодомен любого из BRG1, PCAF/KAT2B, BAZ2B, BRD1, BRD8, BRFP1, BRFP3, BRG1, CBP/CREBBP, PCAF/KAT2B, TRIM24 и/или ZMYND8.
13. Химерный белок по п. 11, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один бромодоменный модуль содержит по меньшей мере один бромодомен любого из BRD2, BRD3, BRD4, BRD9, BRDT и/или BRG1.
14. Химерный белок по п. 11, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один бромодоменный модуль содержит по меньшей мере один бромодомен любого из BRG1, BRPF1, CECR2, PCAF и/или TAF1.
15. Химерный белок по п. 11, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один бромодоменный модуль содержит по меньшей мере один бромодомен BRD4 и/или BRD9.
16. Химерный белок по любому из пп. 11-15, отличающийся тем, что указанный бромодоменный полипептид содержит аминокислотную последовательность любого из BRG1, PCAF/KAT2B, BAZ2B, BRD1, BRD8, BRFP1, BRFP3, BRG1, СВР/CREBBP, PCAF/KAT2B, TRIM24 и/или ZMYND8, или их фрагмент, содержащий по меньшей мере один бромодоменный модуль.
17. Химерный белок по любому из пп. 11-15, отличающийся тем, что указанный бромодоменный полипептид содержит аминокислотную последовательность любого из BRD2, BRD3, BRD4, BRD9, BRDT и/или BRGI, или их фрагмент, содержащий по меньшей мере один бромодоменный модуль.
18. Химерный белок по любому из пп. 11-15, отличающийся тем, что указанный бромодоменный полипептид содержит аминокислотную последовательность любого из BRGI, BRPFI, CECR2, PCAF и/или TAF1,
или их фрагмент, содержащий по меньшей мере один бромодоменный модуль.
19. Химерный белок по любому из пп. 11-15, отличающийся тем, что указанный бромодоменный полипептид содержит аминокислотную последовательность BRD4 и/или BRD9, или их фрагмент, содержащий по меньшей мере один бромодоменный модуль.
20. Химерный белок по п. 16, отличающийся тем, что указанный бромодоменный полипептид содержит полноразмерный бромодоменный полипептид.
21. Химерный белок по п. 17, отличающийся тем, что указанный бромодоменный полипептид содержит полноразмерный бромодоменный полипептид.
22. Химерный белок по п. 18, отличающийся тем, что указанный бромодоменный полипептид содержит полноразмерный бромодоменный полипептид.
23. Химерный белок по п. 19, отличающийся тем, что указанный бромодоменный полипептид содержит полноразмерный бромодоменный полипептид.
24. Химерный белок по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанный химерный белок способен образовывать мультимеры.
25. Химерный белок по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанный химерный белок способен образовывать димер, тример или тетрамер.
26. Химерный белок по п. 25, отличающийся тем, что указанный химерный белок способен образовывать димер.
27. Химерный белок по п. 25, отличающийся тем, что указанный химерный белок способен образовывать тетрамер.
28. Последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующая химерный белок по любому из пп. 1-27.
29. Кассета экспрессии, содержащая последовательность нуклеиновой кислоты по п. 28.
30. Клетка, содержащая химерный белок по любому из пп. 1-27.
31. Клетка по п. 30, которая является клеткой CHO-К1, COS-7, НЕК293, НЕК293Т, HEK2 93FT, HeLa, MDCK или U20S.
32. Клетка по п. 31, которая является клеткой COS-7, HeLa или U20S.
33. Способ определения того, является ли исследуемое соединение соединением, ингибирующим бромодомены, включающий (а) приведение в контакт клетки по любому из пп. 30-32 с указанным исследуемым соединением и (b) определение того, вызывает ли указанное исследуемое соединение изменение локализации химерного белка и/или усиление образования центров скопления химерного белка, при этом изменение локализации указанного химерного белка и/или усиление образования центров скопления указывает на то, что исследуемое соединение является соединением, ингибирующим бромодомены.
34. Набор, содержащий химерный белок по любому из пп. 1-27, последовательность нуклеиновой кислоты по п. 28, кассету экспрессии по п. 29 или клетку по любому из пп. 30-32.
Наверх