Композиции, содержащие асимметричную интерферирующую рнк, которые подвергают сайленсингу k-ras, и способы их применения - заявка 2016131028 на патент на изобретение в РФ

1. Способ лечения злокачественного новообразования у субъекта, нуждающегося в этом, причем указанный способ включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, дуплексной молекулы РНК, содержащей
(i) первую цепь, содержащую нуклеотидную последовательность длиной 18-23 нуклеотида, где нуклеотидная последовательность первой цепи по существу комплементарна последовательности-мишени мРНК K-Ras, и
(ii) вторую цепь, содержащую нуклеотидную последовательность длиной 12-17 нуклеотидов, где вторая цепь по существу комплементарна первой цепи и образует двухцепочечный участок с первой цепью, где первая цепь имеет 3'-выступающий участок длиной 1-9 нуклеотидов и 5'-выступающий участок длиной 0-8 нуклеотидов,
и где указанная дуплексная молекула РНК способна вызывать селективный сайленсинг гена K-Ras.
2. Способ лечения злокачественного новообразования у выбранной популяции пациентов, причем указанный способ включает стадии:
(a) измерения уровня амплификации мутантного гена K-Ras в биологическом образце, полученном от подходящего пациента с диагностированным злокачественным новообразованием;
(b) подтверждения, что уровень амплификации мутантного гена K-Ras у подходящего пациента выше эталонного уровня; и
(c) введения подходящему пациенту дуплексной молекулы РНК, содержащей
(i) первую цепь, содержащую нуклеотидную последовательность длиной 18-23 нуклеотида, где нуклеотидная последовательность первой цепи по существу комплементарна последовательности-мишени мРНК K-Ras, и
(ii) вторую цепь, содержащую нуклеотидную последовательность длиной 12-17 нуклеотидов, где вторая цепь по существу комплементарна первой цепи и образует двухцепочечный участок с первой цепью,
где первая цепь имеет 3'-выступающий участок длиной 1-9 нуклеотидов, и 5'-выступающий участок длиной 0-8 нуклеотидов, и где указанная дуплексная молекула РНК способна вызывать селективный сайленсинг гена K-Ras.
3. Способ лечения злокачественного новообразования у выбранной популяции пациентов, причем указанный способ включает стадии:
(a) измерения уровня экспрессии мутантного гена K-Ras в биологическом образце, полученном от подходящего пациента с диагностированным злокачественным новообразованием;
(b) подтверждения, что уровень экспрессии мутантного гена K-Ras у подходящего пациента выше эталонного уровня; и
(c) введения подходящему пациенту дуплексной молекулы РНК, содержащей
(i) первую цепь, содержащую нуклеотидную последовательность длиной 18-23 нуклеотида, где нуклеотидная последовательность первой цепи по существу комплементарна последовательности-мишени мРНК K-Ras, и
(ii) вторую цепь, содержащую нуклеотидную последовательность длиной 12-17 нуклеотидов,
где вторая цепь по существу комплементарна первой цепи и образует двухцепочечный участок с первой цепью, где первая цепь имеет 3'-выступающий участок длиной 1-9 нуклеотидов, и 5'-выступающий участок длиной 0-8 нуклеотидов, и где указанная дуплексная молекула РНК способна вызывать селективный сайленсинг гена K-Ras.
4. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что злокачественное новообразование представляет собой рак желудочно-кишечного тракта, или субъект страдает раком желудочно-кишечного тракта или предрасположен к указанному заболеванию.
5. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что нуклеотидная последовательность первой цепи содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70% комплементарна последовательности-мишени мРНК K-Ras.
6. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что длина первой цепи составляет 19-23 нуклеотидов.
7. Способ по п. 6, отличающийся тем, что длина первой цепи составляет 21 нуклеотид.
8. Способ по п. 7, отличающийся тем, что длина второй цепи составляет 14-16 нуклеотидов.
9. Способ по п. 8, отличающийся тем, что длина второй цепи составляет 15 нуклеотидов.
10. Способ по п. 9, отличающийся тем, что первая цепь имеет 3'-выступающий участок длиной 2-4 нуклеотида.
11. Способ по п. 10, отличающийся тем, что первая цепь имеет 3'-выступающий участок длиной 3 нуклеотида.
12. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что дуплексная молекула РНК содержит по меньшей мере один модифицированный нуклеотид или его аналог.
13. Способ по п. 12, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере, один модифицированный нуклеотид или его аналог представляет собой рибонуклеотид, модифицированный по сахару, остову и/или основанию.
14. Способ по п. 13, отличающийся тем, что рибонуклеотид, модифицированный по остову, содержит модификацию в фосфодиэфирной связи с другим рибонуклеотидом.
15. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что первая цепь содержит последовательность антисмысловой цепи, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 638-955.
16. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что вторая цепь содержит последовательность смысловой цепи, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 320-637.
17. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что первая цепь содержит последовательность антисмысловой цепи, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 638-955, и вторая цепь содержит последовательность смысловой цепи, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 320-637.
18. Способ по любому из пп. 1-3, отличающийся тем, что субъектом является человек.
19. Дуплексная молекула РНК, содержащая
(i) первую цепь, содержащую нуклеотидную последовательность длиной 18-23 нуклеотида, где нуклеотидная последовательность первой цепи по существу комплементарна последовательности-мишени мРНК K-Ras, и
(ii) вторую цепь, содержащую нуклеотидную последовательность длиной 12-17 нуклеотидов,
где вторая цепь по существу комплементарна первой цепи и образует двухцепочечный участок с первой цепью, где первая цепь имеет 3'-выступающий участок длиной 1-9 нуклеотидов, и 5'-выступающий участок длиной 0-8 нуклеотидов, и где указанная дуплексная молекула РНК способна вызывать селективный сайленсинг гена K-Ras.
20. Дуплексная молекула РНК по п. 19, отличающаяся тем, что нуклеотидная последовательность первой цепи содержит последовательность, которая по меньшей мере на 70% комплементарна последовательности-мишени мРНК K-Ras.
21. Дуплексная молекула РНК по п. 19 или 20, отличающаяся тем, что длина первой цепи составляет 19-23 нуклеотида.
22. Дуплексная молекула РНК по п. 21, отличающаяся тем, что длина первой цепи составляет 21 нуклеотид.
23. Дуплексная молекула РНК по п. 22, отличающаяся тем, что длина второй цепи составляет 14-16 нуклеотидов.
24. Дуплексная молекула РНК по п. 23, отличающаяся тем, что длина второй цепи составляет 15 нуклеотидов.
25. Дуплексная молекула РНК по п. 24, отличающаяся тем, что первая цепь имеет 3’-выступающий участок длиной 2-4 нуклеотида.
26. Дуплексная молекула РНК по п. 25, отличающаяся тем, что первая цепь имеет 3'-выступающий участок длиной 3 нуклеотида.
27. Дуплексная молекула РНК по п. 19 или 20, отличающаяся тем, что указанная дуплексная молекула РНК содержит по меньшей мере один модифицированный нуклеотид или его аналог.
28. Дуплексная молекула РНК по п. 27, отличающаяся тем, что указанный по меньшей мере один модифицированный нуклеотид или его аналог представляет собой рибонуклеотид, модифицированный по сахару, остову и/или основанию.
29. Дуплексная молекула РНК по п. 28, отличающаяся тем, что рибонуклеотид, модифицированный по остову, содержит модификацию в фосфодиэфирной связи с другим рибонуклеотидом.
30. Дуплексная молекула РНК по п. 19 или 20, отличающаяся тем, что первая цепь содержит последовательность антисмысловой цепи, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 638-955.
31. Дуплексная молекула РНК по п. 19 или 20, отличающаяся тем, что вторая цепь содержит последовательность смысловой цепи, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 320-637.
32. Дуплексная молекула РНК по п. 19 или 20, отличающаяся тем, что первая цепь содержит последовательность антисмысловой цепи, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 638-955, и вторая цепь содержит последовательность смысловой цепи, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 320-637.
33. Способ лечения злокачественного новообразования у субъекта, нуждающегося в этом, включающий ингибирование экспрессии гена K-Ras или активности K-Ras у указанного субъекта.
34. Способ ингибирования выживаемости и/или пролиферации опухолевых стволовых клеток (ОСК) у субъекта, нуждающегося в этом, включающий ингибирование экспрессии гена K-Ras или активности K-Ras у указанного субъекта.
35. Способ по п. 34, отличающийся тем, что ингибирование экспрессии гена K-Ras или активности K-Ras включает введение субъекту, нуждающемуся в этом, дуплексной молекулы РНК, содержащей
(i) первую цепь, содержащую нуклеотидную последовательность длиной 18-23 нуклеотида, где нуклеотидная последовательность первой цепи по существу комплементарна последовательности-мишени мРНК K-Ras, и
(ii) вторую цепь, содержащую нуклеотидную последовательность длиной 12-17 нуклеотидов,
где вторая цепь по существу комплементарна первой цепи и образует двухцепочечный участок с первой цепью, где первая цепь имеет 3'-выступающий участок длиной 1-9 нуклеотидов, и 5'-выступающий участок длиной 0-8 нуклеотидов, и где указанная дуплексная молекула РНК способна вызывать селективный сайленсинг гена K-Ras.
Наверх