Композиция и способ для стабилизации нуклеиновых кислот в биологических образцах - заявка 2016138077 на патент на изобретение в РФ

1. Способ стабилизации нуклеиновой кислоты, содержащейся в биологическом образце, при температуре окружающей среды, причем указанный способ включает следующие этапы:
a) получение биологического образца;
b) приведение указанного биологического образца в контакт с водной композицией, содержащей хелатирующее средство, причем указанное хелатирующее средство присутствует в концентрации по меньшей мере приблизительно 150 мМ и причем указанная композиция характеризуется значением рН по меньшей мере 9,5, для образования смеси;
c) гомогенизацию смеси согласно (b) с образованием гомогенной смеси; и
d) хранение гомогенной смеси при температуре окружающей среды.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК) или рибонуклеиновую кислоту (РНК).
3. Способ по п. 1 или 2, отличающийся тем, что указанный биологический образец выбирают из образца фекалий, образца почвы, образца канализационных вод, образца сточных вод или образца воды, предпочтительно, указанный биологический образец представляет собой образец фекалий, полученный от млекопитающего, такого как человек.
4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанное хелатирующее средство выбирают из 1,2-циклогександиаминтетрауксусной кислоты (CDTA), диэтилентриаминпентауксусной кислоты (DTPА), тетраазациклододекантетрауксусной кислоты (DOTA), тетраазациклотетрадекантетрауксусной кислоты (ТЕТА), дезферриоксамина или хелатирующих аналогов указанных соединений, предпочтительно указанное хелатирующее средство представляет собой CDTA.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что концентрация указанного хелатирующего средства составляет от приблизительно 150 мМ до приблизительно 500 мМ или от приблизительно 250 мМ до приблизительно 350 мМ, предпочтительно приблизительно 300 мМ.
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная композиция характеризуется значением рН от 9,5 до 11,5 или от 10,5 до 11,5, предпочтительно 11.
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная композиция дополнительно содержит:
по меньшей мере одно буферное средство, способное поддерживать буферные свойства в диапазоне от рН 9,5 до 11,5, такое как бета-аланин; и/или
водорастворимый органический растворитель, такой как C16 алканол.
8. Способ по п. 7, отличающийся тем, что указанный водорастворимый органический растворитель представляет собой этанол, который возможно присутствует в композиции в концентрации менее чем приблизительно 30% по объему, предпочтительно менее чем приблизительно 24% по объему.
9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная композиция дополнительно содержит:
детергент, такой как додецилсульфат натрия; и/или
противовспенивающее средство, такое как Antifoam А.
10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанную смесь гомогенизируют с применением средства гомогенизации; возможно указанное средство гомогенизации представляет собой по меньшей мере один шарик для перемешивания, такой как шарик для перемешивания из нержавеющей стали или шарик для перемешивания из карбида вольфрама.
11. Способ по п. 10, отличающийся тем, что указанный способ включает образование смеси биологического образца и композиции в контейнере для образца, содержащем по меньшей мере один шарик для перемешивания, запечатывание контейнера для образца и гомогенизацию смеси посредством встряхивания смеси в присутствии по меньшей мере одного шарика для перемешивания; возможно указанное встряхивание осуществляют рукой.
12. Способ по п. 11, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один шарик для перемешивания представляет собой шарик для перемешивания из нержавеющей стали, диаметр которого составляет приблизительно 5,6-11,1 мм и плотность которого составляет по меньшей мере приблизительно 7,6 г/см3.
13. Способ по п. 12, отличающийся тем, что диаметр указанного шарика для перемешивания из нержавеющей стали составляет приблизительно 7,1-8,7 мм, и указанный контейнер для образца представляет собой круглодонную пробирку, внутренний диаметр которой составляет приблизительно 12,9 мм.
14. Способ по п. 3, отличающийся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой ДНК человека.
15. Способ по п. 14, отличающийся тем, что указанный способ делает ДНК человека стабильной в течение:
по меньшей мере 7 дней, по меньшей мере 14 дней, по меньшей мере 30 дней или по меньшей мере 60 дней при комнатной температуре;
по меньшей мере 7 дней или по меньшей мере 14 дней при температуре от приблизительно 37°C до приблизительно 50°C; и/или
по меньшей мере 30 дней при температуре -20°C.
16. Способ по п. 3, отличающийся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой микробную ДНК, и указанный способ стабилизирует профиль микробиома биологического образца.
17. Способ по п. 16, отличающийся тем, что указанный способ делает профиль микробиома биологического образца стабильным в течение:
по меньшей мере 7 дней, по меньшей мере 14 дней, по меньшей мере 30 дней или по меньшей мере 60 дней при комнатной температуре;
по меньшей мере 7 дней или по меньшей мере 14 дней при температуре от приблизительно 37°C до приблизительно 50°C; и/или
по меньшей мере 30 дней при температуре -20°C.
18. Водная композиция для стабилизации нуклеиновой кислоты, содержащейся в биологическом образце, при температуре окружающей среды, причем указанная композиция содержит хелатирующее средство, причем указанное хелатирующее средство присутствует в концентрации по меньшей мере приблизительно 150 мМ, и причем указанная композиция характеризуется значением рН по меньшей мере приблизительно 9,5.
19. Композиция по п. 18, отличающаяся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК) или рибонуклеиновую кислоту (РНК).
20. Композиция по п. 18 или 19, отличающаяся тем, что указанный биологический образец выбирают из образца фекалий, образца почвы, образца канализационных вод, образца сточных вод или образца воды, предпочтительно указанный биологический образец представляет собой образец фекалий, полученный от млекопитающего, такого как человек.
21. Композиция по п. 18, отличающаяся тем, что указанное хелатирующее средство выбирают из CDTA, DTPA, DOTA, ТЕТА, дезферриоксамина или хелатирующих аналогов указанных соединений, предпочтительно указанное хелатирующее средство представляет собой CDTA.
22. Композиция по п. 18, отличающаяся тем, что концентрация указанного хелатирующего средства составляет от приблизительно 150 мМ до приблизительно 500 мМ или от приблизительно 250 мМ до приблизительно 350 мМ, предпочтительно приблизительно 300 мМ.
23. Композиция по п. 18, отличающаяся тем, что указанная композиция характеризуется значением рН от 9,5 до 11,5 или от 10,5 до 11,5, предпочтительно 11.
24. Композиция по п. 18, отличающаяся тем, что указанная композиция дополнительно содержит:
по меньшей мере одно буферное средство, способное поддерживать буферные свойства в диапазоне рН от 9,5 до 11,5, такое как бета-аланин; и/или
водорастворимый органический растворитель, такой как C16 алканол.
25. Композиция по п. 24, отличающаяся тем, что указанный водорастворимый органический растворитель представляет собой этанол, который возможно присутствует в композиции в концентрации менее чем приблизительно 30% по объему, предпочтительно менее чем приблизительно 24% по объему.
26. Композиция по п. 18, отличающаяся тем, что указанная композиция дополнительно содержит:
детергент, такой как додецилсульфат натрия; и/или
противовспенивающее средство, такое как Antifoam А.
27. Композиция по п. 20, отличающаяся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой ДНК человека.
28. Композиция по п. 20, отличающаяся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой микробную ДНК, и указанная композиция предназначена для стабилизации профиля микробиома биологического образца.
29. Набор для стабилизации нуклеиновой кислоты, содержащейся в биологическом образце, при температуре окружающей среды, причем указанный набор содержит:
a) контейнер для образца, содержащий перепломбируемое средство укупорки;
b) водную композицию, содержащую хелатирующее средство, причем указанное хелатирующее средство присутствует в концентрации по меньшей мере приблизительно 150 мМ, причем указанная композиция характеризуется значением рН по меньшей мере приблизительно 9,5 и причем указанная композиция необязательно содержится в контейнере для образца;
c) средство гомогенизации, которое необязательно содержится в контейнере для образца;
d) средство для переноса биологического образца или части указанного образца в контейнер для образца; и
e) инструкции по применению.
30. Набор по п. 29, отличающийся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК) или рибонуклеиновую кислоту (РНК).
31. Набор по п. 29 или 30, отличающийся тем, что указанный биологический образец выбирают из образца фекалий, образца почвы, образца канализационных вод, образца сточных вод или образца воды, предпочтительно указанный биологический образец представляет собой образец фекалий, полученный от млекопитающего, такого как человек.
32. Набор по п. 29, отличающийся тем, что указанное хелатирующее средство выбирают из CDTA, DTPA, DOTA, ТЕТА, дезферриоксамина или хелатирующих аналогов указанных соединений, предпочительно указанное хелатирующее средство представляет собой CDTA.
33. Набор по п. 29, отличающийся тем, что концентрация указанного хелатирующего средства составляет от приблизительно 150 мМ до приблизительно 500 мМ или от приблизительно 250 мМ до приблизительно 350 мМ, предпочтительно приблизительно 300 мМ.
34. Набор по п. 29, отличающийся тем, что указанная композиция характеризуется значением рН от 9,5 до 11,5 или от 10,5 до 11,5, предпочтительно 11.
35. Набор по п. 29, отличающийся тем, что указанная композиция дополнительно содержит:
по меньшей мере одно буферное средство, способное поддерживать буферные свойства в диапазоне рН от 9,5 до 11,5, такое бета-аланин; и/или
водорастворимый органический растворитель, такой как C16 алканол.
36. Набор по п. 35, отличающийся тем, что указанный водорастворимый органический растворитель представляет собой этанол; который возможно присутствует в композиции в концентрации менее чем приблизительно 30% по объему, менее чем приблизительно 24% по объему.
37. Набор по п. 29, отличающийся тем, что указанная композиция дополнительно содержит:
детергент, такой как додецилсульфат натрия; и/или
противовспенивающее средство, такое как Antifoam А.
38. Набор по п. 31, отличающийся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой ДНК человека.
39. Набор по п. 31, отличающийся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой микробную ДНК, и указанный набор предназначен для стабилизации профиля микробиома биологического образца.
40. Набор по п. 29, отличающийся тем, что указанное средство гомогенизации представляет собой по меньшей мере один шарик для перемешивания, такой как шарик для перемешивания из нержавеющей стали или шарик для перемешивания из карбида вольфрама.
41. Набор по п. 40, отличающийся тем, что указанный по меньшей мере один шарик для перемешивания представляет собой шарик для перемешивания из нержавеющей стали, диаметр которого составляет приблизительно 5,6-11,1 мм и плотность которого составляет по меньшей мере приблизительно 7,6 г/см3.
42. Набор по п. 41, отличающийся тем, что диаметр указанного шарика для перемешивания из нержавеющей стали составляет приблизительно 7,1-8,7 мм, и указанный контейнер для образца представляет собой круглодонную пробирку, внутренний диаметр которой составляет приблизительно 12,9 мм.
43. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой ДНК, указанный биологический образец представляет собой образец фекалий, полученный от млекопитающего, указанная композиция характеризуется значением рН от 10,5 до 11,5, предпочтительно 11, и указанная композиция содержит, по существу состоит или состоит из:
CDTA в количестве от приблизительно 250 мМ до приблизительно 350 мМ, предпочтительно приблизительно 300 мМ;
β-аланина в количестве от приблизительно 30 мМ до приблизительно 70 мМ, предпочтительно приблизительно 50 мМ;
этанола в количестве от приблизительно 21,5% до приблизительно 23,5% по объему, предпочтительно приблизительно 23,5% по объему;
додецилсульфата натрия в количестве от приблизительно 0 до приблизительно 1% (масс./об.), предпочтительно приблизительно 0,5% (масс./об.); и
Antifoam А в количестве от приблизительно 0 до приблизительно 0,2% (об./об.), предпочтительно приблизительно 0,1% (об./об.);
возможно указанный способ включает образование смеси образца фекалий и композиции в круглодонной пробирке, внутренний диаметр которой составляет приблизительно 12,9 мм и которая содержит по меньшей мере один шарик для перемешивания из нержавеющей стали, диаметр которого составляет приблизительно 5,6-11,1 мм и плотность которого составляет по меньшей мере приблизительно 7,6 г/см3, запечатывание круглодонной пробирки и гомогенизацию смеси посредством встряхивания смеси рукой в присутствии по меньшей мере одного шарика для перемешивания из нержавеющей стали.
44. Способ по п. 43, отличающийся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой микробную ДНК, и указанный способ стабилизирует профиль микробиома образца фекалий, причем указанный профиль микробиома образца фекалий остается стабильным в течение:
по меньшей мере 7 дней, по меньшей мере 14 дней, по меньшей мере 30 дней или по меньшей мере 60 дней при комнатной температуре;
по меньшей мере 7 дней или по меньшей мере 14 дней при температуре от приблизительно 37°С до приблизительно 50°С; и/или
по меньшей мере 30 дней при температуре -20°С.
45. Композиция по п. 18, отличающаяся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой ДНК, указанный биологический образец представляет собой образец фекалий, полученный от млекопитающего, указанная композиция характеризуется значением рН от приблизительно 10,5 до приблизительно 11,5, предпочтительно 11, и указанная композиция содержит, по существу состоит или состоит из:
CDTA в количестве от приблизительно 250 мМ до приблизительно 350 мМ, предпочтительно 300 мМ;
β-аланина в количестве от приблизительно 30 мМ до приблизительно 70 мМ, предпочтительно 50 мМ;
этанола в количестве от приблизительно 21,5% до приблизительно 23,5% по объему, предпочтительно 23,5% по объему;
додецилсульфата натрия в количестве от приблизительно 0 до приблизительно 1% (масс./об.), предпочтительно 0,5% (масс./об.); и
Antifoam А в количестве от приблизительно 0 до приблизительно 0,2% (об./об.), предпочтительно 0,1% (об./об.).
46. Композиция по п. 45, отличающаяся тем, что указанная композиция предназначена для стабилизации профиля микробиома образца фекалий.
47. Набор по п. 29, отличающийся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой ДНК, указанный биологический образец представляет собой образец фекалий, полученный от млекопитающего, указанная композиция характеризуется значением рН от 10,5 до 11,5, предпочтительно 11, и указанная композиция содержит, по существу состоит или состоит из:
CDTA в количестве от приблизительно 250 мМ до приблизительно 350 мМ, предпочтительно 300 мМ;
β-аланина в количестве от приблизительно 30 мМ до приблизительно 70 мМ, предпочтительно 50 мМ;
этанола в количестве от приблизительно 21,5% до приблизительно 23,5% по объему, предпочтительно 23,5% по объему;
додецилсульфата натрия в количестве от приблизительно 0 до приблизительно 1% (масс./об.), предпочтительно приблизительно 0,5% (масс./об.); и
Antifoam А в количестве от приблизительно 0 до приблизительно 0,2% (об./об.), предпочтительно приблизительно 0,1% (об./об.).
48. Набор по п. 47, отличающийся тем, что указанная нуклеиновая кислота представляет собой микробную ДНК, и указанный набор предназначен для стабилизации профиля микробиома биологического образца.
49. Набор по п. 48, отличающийся тем, что указанное средство гомогенизации представляет собой по меньшей мере один шарик для перемешивания из нержавеющей стали, диаметр которого составляет приблизительно 5,6-11,1 мм и плотность которого составляет по меньшей мере приблизительно 7,6 г/см3, и указанный контейнер для образца представляет собой круглодонную пробирку, внутренний диаметр которой составляет приблизительно 12,9 мм.
Наверх