Высокопроизводительная и высокомультиплексная визуализация при помощи программируемых зондов на основе нуклеиновых кислот - заявка 2016139490 на патент на изобретение в РФ

1. Способ, включающий
приведение образца, тестируемого на наличие одной или нескольких мишеней, в контакт с одним или несколькими специфичными для мишени партнерами по связыванию, где каждый специфичный для мишени партнер по связыванию соединен с докинг-цепью и где специфичные для мишени партнеры по связыванию с разной специфичностью соединены с разными докинг-цепями,
необязательно удаление несвязанных специфичных для мишени партнеров по связыванию,
приведение образца в контакт с мечеными визуализирующими цепями с нуклеотидной последовательностью, которая комплементарна докинг-цепи,
необязательно удаление несвязанных меченых визуализирующих цепей,
визуализацию образца с целью выявления расположения и количества связанных меченых визуализирующих цепей,
тушение сигнала от связанной меченой визуализирующей цепи и
повторение стадий (3)-(6) каждый раз с меченой визуализирующей цепью с уникальной нуклеотидной последовательностью по отношению ко всем остальным меченым визуализирующим цепям.
2. Способ по п. 1, где на стадии (1) образец приводят в контакт с несколькими специфичными для мишени партнерами по связыванию.
3. Способ по п. 1, где специфичный для мишени партнер по связыванию представляет собой антитело или фрагмент антитела.
4. Способ по п. 1, где меченые визуализирующие цепи мечены идентично.
5. Способ по п. 1, где каждая из меченых визуализирующих цепей содержит отличную от других метку.
6. Способ по п. 1, где меченые визуализирующие цепи представляют собой флуоресцентно меченные визуализирующие цепи.
7. Способ по п. 1, где одна или несколько мишеней представляют собой белки.
8. Способ по п. 1, где образец представляет собой клетку, клеточный лизат или тканевой лизат.
9. Способ по п. 1, где образец визуализируют на стадии (5) с применением конфокальной или эпифлуоресцентной микроскопии.
10. Способ по п. 1, где тушение сигнала на стадии (6) предусматривает фотообесцвечивание.
11. Композиция, содержащая
образец, связанный с несколькими специфичными для мишени партнерами по связыванию, при этом каждый партнер по связыванию связан с докинг-цепью, и
по меньшей мере одну докинг-цепь, стабильно связанную с меченой визуализирующей цепью.
12. Способ, включающий
приведение образца, тестируемого на наличие одной или нескольких мишеней, в контакт с одним или несколькими специфичными для мишени партнерами по связыванию, где каждый специфичный для мишени партнер по связыванию соединен с нуклеиновой кислотой для докинга, и где специфичные для мишени партнеры по связыванию с разной специфичностью соединены с разными нуклеиновыми кислотами для докинга,
необязательно удаление несвязанных специфичных для мишени партнеров по связыванию,
приведение образца в контакт с мечеными визуализирующими нуклеиновыми кислотами с нуклеотидной последовательностью, которая комплементарна нуклеиновой кислоте для докинга,
необязательно удаление несвязанных меченых визуализирующих нуклеиновых кислот,
визуализацию образца с целью выявления расположения и количества связанных меченых визуализирующих нуклеиновых кислот,
удаление связанных меченых визуализирующих нуклеиновых кислот от нуклеиновых кислот для докинга путем изменения температуры и/или условий буфера и
повторение стадий (3)-(6) каждый раз с меченой визуализирующей нуклеиновой кислотой с уникальной нуклеотидной последовательностью по отношению ко всем остальным меченым визуализирующим нуклеиновым кислотам.
13. Способ по п. 12, где на стадии (1) образец приводят в контакт с несколькими специфичными для мишени партнерами по связыванию.
14. Способ по п. 12, где специфичный для мишени партнер по связыванию представляет собой антитело или фрагмент антитела.
15. Способ по п. 12, где специфичный для мишени партнер по связыванию представляет собой природный или сконструированный лиганд, малую молекулу, аптамер, пептид или олигонуклеотид.
16. Способ по п. 12, где меченые визуализирующие нуклеиновые кислоты мечены идентично.
17. Способ по п. 12, где каждая из меченых визуализирующих нуклеиновых кислот содержит отличную от других метку.
18. Способ по п. 12, где меченые визуализирующие нуклеиновые кислоты представляют собой флуоресцентно меченные визуализирующие нуклеиновые кислоты.
19. Способ по п. 12, где одна или несколько мишеней представляют собой белки.
20. Способ по п. 12, где образец представляет собой клетку, клеточный лизат или тканевой лизат.
21. Способ по п. 12, где образец визуализируют на стадии (5) с применением конфокальной или эпифлуоресцентной микроскопии.
22. Способ по п. 12, где меченые визуализирующие нуклеиновые кислоты удаляют от нуклеиновых кислот для докинга путем снижения концентрации соли, добавления денатуранта или повышения температуры.
23. Способ по п. 22, где соль представляет собой соль Mg++.
24. Способ по п. 22, где денатурант представляет собой формамид, мочевину или DMSO.
25. Способ по п. 12, где меченые визуализирующие нуклеиновые кислоты не удаляют от нуклеиновых кислот для докинга путем замещения цепи в присутствии конкурирующей нуклеиновой кислоты.
26. Способ по п. 12, где несвязанная нуклеиновая кислота для докинга является частично двухцепочечной.
27. Способ по п. 12, где несвязанная визуализирующая нуклеиновая кислота является частично двухцепочечной.
28. Способ по п. 12, где визуализирующая нуклеиновая кислота представляет собой молекулярный маяк или имеет вторичную структуру со шпильками.
29. Способ по п. 12, где визуализирующая нуклеиновая кислота представляет собой молекулярный маяк или имеет вторичную структуру со шпильками, которая обладает свойством самогашения.
30. Способ по п. 12, где визуализирующая нуклеиновая кислота представляет собой полудуплекс.
31. Способ по п. 30, где полудуплекс обладает свойством самогашения.
32. Способ по п. 12, где нуклеиновая кислота для докинга имеет вторичную структуру со шпильками.
33. Способ по п. 12, где визуализирующая нуклеиновая кислота связана с несколькими испускающими сигнал компонентами посредством дендримерной структуры или полимерной структуры.
34. Способ, включающий
приведение образца, тестируемого на наличие одной или нескольких мишеней, в контакт с одним или несколькими специфичными для мишени партнерами по связыванию, где каждый специфичный для мишени партнер по связыванию соединен с нуклеиновой кислотой для докинга, и где специфичные для мишени партнеры по связыванию с разной специфичностью соединены с разными нуклеиновыми кислотами для докинга,
необязательно удаление несвязанных специфичных для мишени партнеров по связыванию,
приведение образца в контакт с мечеными визуализирующими нуклеиновыми кислотами с нуклеотидной последовательностью, которая комплементарна нуклеиновой кислоте для докинга,
необязательно удаление несвязанных меченых визуализирующих нуклеиновых кислот,
визуализацию образца с целью выявления расположения и количества связанных меченых визуализирующих нуклеиновых кислот,
инактивацию связанных меченых визуализирующих нуклеиновых кислот путем удаления или модификации их испускающих сигнал компонентов без полного удаления визуализирующей нуклеиновой кислоты и
повторение стадий (3)-(6) каждый раз с мечеными визуализирующими нуклеиновыми кислотами с уникальной нуклеотидной последовательностью по отношению ко всем остальным меченым визуализирующим нуклеиновым кислотам.
35. Способ по п. 34, где на стадии (1) образец приводят в контакт с несколькими специфичными для мишени партнерами по связыванию.
36. Способ по п. 34, где специфичный для мишени партнер по связыванию представляет собой антитело или фрагмент антитела.
37. Способ по п. 34, где специфичный для мишени партнер по связыванию представляет собой природный или сконструированный лиганд, малую молекулу, аптамер, пептид или олигонуклеотид.
38. Способ по п. 34, где меченые визуализирующие нуклеиновые кислоты мечены идентично.
39. Способ по п. 34, где каждая из меченых визуализирующих нуклеиновых кислот содержит отличную от других метку.
40. Способ по п. 34, где меченые визуализирующие нуклеиновые кислоты представляют собой флуоресцентно меченные визуализирующие нуклеиновые кислоты.
41. Способ по п. 34, где одна или несколько мишеней представляют собой белки.
42. Способ по п. 34, где образец представляет собой клетку, клеточный лизат или тканевой лизат.
43. Способ по п. 34, где образец визуализируют на стадии (5) с применением конфокальной или эпифлуоресцентной микроскопии.
44. Способ по п. 34, где несвязанная нуклеиновая кислота для докинга является частично двухцепочечной.
45. Способ по п. 34, где несвязанная визуализирующая нуклеиновая кислота является частично двухцепочечной.
46. Способ по п. 34, где визуализирующая нуклеиновая кислота представляет собой молекулярный маяк или имеет вторичную структуру со шпильками.
47. Способ по п. 34, где визуализирующая нуклеиновая кислота представляет собой молекулярный маяк или имеет вторичную структуру со шпильками, которая обладает свойством самогашения.
48. Способ по п. 34, где визуализирующая нуклеиновая кислота представляет собой полудуплекс.
49. Способ по п. 48, где полудуплекс обладает свойством самогашения.
50. Способ по п. 34, где нуклеиновая кислота для докинга имеет вторичную структуру со шпильками.
51. Способ по п. 34, где визуализирующая нуклеиновая кислота связана с несколькими испускающими сигнал компонентами посредством дендримерной структуры или полимерной структуры.
Наверх