Гибридные белки fgfr - заявка 2016137179 на патент на изобретение в РФ

1. кДНК, кодирующая гибридный полипептид, содержащий полипептид FGFR2 и полипептид CCDC147 или полипептид VCL, при этом указанный полипептид FGFR2 представляет собой полноразмерный полипептид FGFR2 дикого типа, или его часть, или полноразмерный мутантный полипептид FGFR2 или часть мутантного полипептида FGFR2, которые содержат замену, делецию или вставку одной или более аминокислот по сравнению с указанным полипептидом дикого типа; указанный полипептид CCDC147 представляет собой полноразмерный полипептид CCDC147 дикого типа, или его часть, или полноразмерный мутантный полипептид CCDC147, или часть мутантного полипептида CCDC147, которые содержат замену, делецию или вставку одной или более аминокислот по сравнению с указанным полипептидом дикого типа; и указанный полипептид VCL представляет собой полноразмерный полипептид VCL дикого типа, или его часть, или полноразмерный мутантный полипептид VCL, или часть мутантного полипептида VCL, которые содержат замену, делецию или вставку одной или более аминокислот по сравнению с указанным полипептидом дикого типа.
2. кДНК по п. 1, отличающаяся тем, что указанный полипептид FGFR2 содержит полный тирозинкиназный домен.
3. кДНК по любому из пп. 1-2, отличающаяся тем, что указанная кДНК получена из транскрипта гена, выделенного из холангиокарциномы человека.
4. кДНК, кодирующая гибридный полипептид, содержащий полипептид FGFR2 и полипептид CCDC147 или полипептид VCL, при этом в указанной кДНК объединен первый полинуклеотид, кодирующий полноразмерный полипептид FGFR2 дикого типа, или его часть, или мутантный полинуклеотид, полученный из него путем замены, делеции или вставки одного или более кодонов; и второй полинуклеотид, кодирующий полноразмерный полипептид CCDC147 или его часть, или полипептид VCL дикого типа, или его часть, или мутантный полинуклеотид, полученный из них путем замены, делеции или вставки одного или более кодонов.
5. кДНК по п. 4, отличающаяся тем, что указанный полипептид FGFR2 содержит полный тирозинкиназный домен.
6. кДНК по п. 4, отличающаяся тем, что указанный первый полинуклеотид содержит экзоны 1-16 FGFR2 и часть или весь экзон 17 FGFR2, и в указанном втором полинуклеотиде отсутствует экзон 1 CCDC147 в случае гибрида FGFR2-CCDC147 или отсутствуют экзоны 1-14 VCL в случае гибрида FGFR2-VCL.
7. кДНК по любому из пп. 4-6, отличающаяся тем, что указанная кДНК получена из транскрипта гена, выделенного из холангиокарциномы человека.
8. Вектор для экспрессии гибридного полипептида, несущий кДНК по любому из пп. 1-7.
9. Вектор по п. 8, отличающийся тем, что указанный вектор представляет собой экспрессионный вектор.
10. Прокариотическая или эукариотическая клетка для получения гибридного полипептида, трансдуцированная вектором по п. 8 или 9.
11. Клетка по п. 10, отличающаяся тем, что указанная клетка представляет собой клетку Е. coli.
12. Клетка по п. 10, отличающаяся тем, что указанная клетка представляет собой клетку млекопитающего.
13. Полинуклеотидная последовательность SEQ ID NO: 1, кодирующая экзон 17 FGFR2 и экзон 15VCL.
14. Полинуклеотидная последовательность SEQ ID NO: 2, кодирующая экзон 17 FGFR2 и экзон 2 CCDC147.
15. Гибридный полипептид, содержащий полипептид FGFR2 и полипептид CCDC147 или полипептид VCL, при этом указанный полипептид FGFR2 представляет собой полноразмерный полипептид FGFR2 дикого типа, или его часть, или полноразмерный мутантный полипептид FGFR2, или часть мутантного полипептида FGFR2, с заменой, делецией или вставкой одной или более аминокислот по отношению к указанному полипептиду дикого типа; указанный полипептид CCDC147 представляет собой полноразмерный полипептид CCDC147 дикого типа, или его часть, или полноразмерный мутантный полипептид CCDC147, или часть мутантного полипептида CCDC147, с заменой, делецией или вставкой одной или более аминокислот по отношению к указанному полипептиду дикого типа; и указанный полипептид VCL представляет собой полноразмерный полипептид VCL дикого типа, или его часть, или полноразмерный мутантный полипептид VCL или часть мутантного полипептида VCL с заменой, делецией или вставкой одной или более аминокислот по отношению к указанному полипептиду дикого типа, и при этом указанный гибридный полипептид представляет собой рекомбинантный полипептид, выделен из раковой клетки, которую размножали in vitro или в виде ксенотрансплантата, или выделен из холангиокарциномы человека.
16. Антитело, или его антигенсвязывающий фрагмент, которое связывает гибридный полипептид по п. 1.
17. Пара праймеров, состоящая из смыслового и антисмыслового праймеров, при этом указанные праймеры способны специфично гибридизоваться с кДНК по любому из пп. 1-7 и направлять репликацию указанной кДНК или ее частей.
18. Олигонуклеотидный зонд, способный специфично гибридизоваться с кДНК по любому из пп. 1-7, с геном указанного гибридного полипептида по п. 1 или с транскриптом данного гена.
19. Антисмысловой олигонуклеотид, способный гибридизоваться в живой клетке с информационной РНК, кодирующей гибридный полипептид по п. 1, при этом указанная гибридизация обладает способностью предотвращать или снижать уровень трансляции указанной информационной РНК.
20. МиРНК, направленная на информационную РНК, кодирующую гибридный полипептид по п. 1.
21. Набор для обнаружения гибридного полипептида согласно п. 1, содержащий одно или более антител, или их антигенсвязывающих фрагментов, способных связывать указанный гибридный полипептид.
22. Набор для обнаружения гена или транскрипта гена, кодирующего гибридный полипептид согласно п. 1, содержащий пару праймеров согласно п. 17 или олигонуклеотидный зонд согласно п. 18.
23. Ингибитор активности киназы FGFR для применения в схеме лечения субъекта, страдающего от рака, при этом указанный субъект содержит или экспрессирует ген, кодирующий гибридный полипептид согласно п. 1, или экспрессирует гибридный полипептид согласно п. 1.
24. Ингибитор по п. 23, отличающийся тем, что указанный ингибитор активности киназы FGFR выбран из группы, состоящей из: 5-амино-1-(2-метил-1Н-бензимидазол-5-ил)-1Н-пиразол-4-ил]-(1Н-индол-2-ил)-метанона, PD173074, пазопаниба, AZD4547, понатиниба, довитиниба, BGJ398, E-3810, JNJ-42756493, ARQ 087, LY2874455, BAY1163877, ASP5878, E7090, ODM-203, нинтеданиба, TAS-120, PRN 1109 и PRN 1371.
25. Ингибитор по п. 23, отличающийся тем, что указанный ингибитор активности киназы FGFR представляет собой 5-амино-1-(2-метил-1Н-бензимидазол-5-ил)-1Н-пиразол-4-ил]-(1Н-индол-2-ил)-метанон.
26. Способ персонализированной терапии рака, включающий применение субъектом, содержащим или экспрессирующим ген, кодирующий гибридный полипептид согласно п. 1, или экспрессирующим гибридный полипептид согласно п. 1, схемы лечения, которая включает введение фармацевтической композиции, содержащей (1) ингибитор активности киназы FGFR, (2) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент согласно п. 16, (3) антисмысловой олигонуклеотид согласно п. 19 или (4) миРНК согласно п. 20.
27. Ингибитор по п. 26, отличающийся тем, что указанный ингибитор активности киназы FGFR выбран из группы, состоящей из: 5-амино-1-(2-метил-1Н-бензимидазол-5-ил)-1Н-пиразол-4-ил]-(1Н-индол-2-ил)-метанона, PD173074, пазопаниба, AZD4547, понатиниба, довитиниба, BGJ398, E-3810, JNJ-42756493, ARQ 087, LY2874455, BAY1163877, ASP5878, Е7090, ODM-203, нинтеданиба, TAS-120, PRN 1109 и PRN 1371.
28. Ингибитор по п. 26, отличающийся тем, что указанный ингибитор активности киназы FGFR представляет собой 5-амино-1-(2-метил-1Н-бензимидазол-5-ил)-1Н-пиразол-4-ил]-(1Н-индол-2-ил)-метанон.
29. Способ персонализированной терапии рака, включающий следующие этапы:
(a) получение биоптата или образца жидкости, содержащего раковые клетки или циркулирующую опухолевую ДНК, от субъекта, страдающего раком;
(b) определение того, содержат ли или экспрессируют ли клетки в указанном биоптате или образце жидкости ген, кодирующий гибридный полипептид охарактеризованный в п. 1, или экспрессируют ли гибридный полипептид охарактеризованный в п. 1;
(c) выбор субъекта, содержащего или экспрессирующего ген указанного гибридного полипептида или экспрессирующего указанный гибридный полипептид, для этапа лечения d; и
(d) применение по отношению к выбранному субъекту схемы лечения, которая включает введение фармацевтической композиции, содержащей (1) ингибитор активности киназы FGFR, (2) антитело или его антигенсвязывающий фрагмент согласно п. 16, (3) антисмысловой олигонуклеотид согласно п. 19 или (4) миРНК согласно п. 20.
30. Способ по п. 29, отличающийся тем, что указанный ингибитор активности киназы FGFR выбран из группы, состоящей из: 5-амино-1-(2-метил-1Н-бензимидазол-5-ил)-1Н-пиразол-4-ил]-(1Н-индол-2-ил)-метанона, PD173074, пазопаниба, AZD4547, понатиниба, довитиниба, BGJ398, E-3810, JNJ-42756493, ARQ 087, LY2874455, BAY1163877, ASP5878, Е7090, ODM-203, нинтеданиба, TAS-120, PRN 1109 и PRN 1371.
31. Способ по п. 29, отличающийся тем, что ингибитор активности киназы FGFR представляет собой 5-амино-1-(2-метил-1Н-бензимидазол-5-ил)-1Н-пиразол-4-ил]-(1Н-индол-2-ил)-метанон.
32. Способ характеристики опухоли у субъекта, представляющего собой человека, страдающего от рака, включающий анализ белка или нуклеиновых кислот в биоптате или образце жидкости, содержащем раковые клетки или циркулирующую опухолевую ДНК, из указанного субъекта, чтобы определить присутствие или отсутствие гена, кодирующего гибридный полипептид согласно п. 1, или экспрессированного гибридного полипептида согласно п. 1.
33. Способ согласно п. 32, отличающийся тем, что указанный рак представляет собой холангиокарциному.
34. Способ идентификации соединения, обладающего FGFR-ингибиторной активностью, включающий следующие этапы:
(a) культивирование клетки, которая экспрессирует гибридный полипептид охарактеризованный в п. 1 и рост которой зависит отданной экспрессии, в присутствии или в отсутствие тестируемого соединения, и определение уровня пролиферации клетки;
(b) сравнение уровня пролиферации культивированной клетки в присутствии и в отсутствие указанного тестируемого соединения; и
(c) вынесение заключения о том, что указанное тестируемое соединение обладает FGFR-ингибиторной активностью, если уровень пролиферации культивированной клетки в присутствии указанного тестируемого соединения ниже, чем таковой у культивированной клетки в отсутствие указанного тестируемого соединения.
35. Способ по п. 34, отличающийся тем, что указанная клетка представляет собой раковую клетку.
36. Способ по п. 34, отличающийся тем, что указанная раковая клетка представляет собой клетку холангиокарциномы.
Наверх