Способ и система для лизиса микроорганизмов с применением периодатов - заявка 2016141811 на патент на изобретение в РФ

1. Композиция, содержащая окисляющий агент и буфер, причем указанный окисляющий агент представляет собой иодную кислоту, периодат или персульфат.
2. Композиция по п. 1, дополнительно содержащая соль лития, хелатор и денатурирующий агент.
3. Композиция по п. 2, отличающаяся тем, что указанная соль лития представляет собой LiCl.
4. Композиция по п. 2 или 3, отличающаяся тем, что указанный денатурирующий агент представляет собой анионный детергент, катионный детергент или неионный детергент.
5. Композиция по п. 4, отличающаяся тем, что указанный анионный детергент представляет собой додецилсульфат натрия (SDS), додецилсульфат лития (LDS) или лаурилсульфат натрия (SLS).
6. Композиция по п. 4, отличающаяся тем, что указанный катионный детергент представляет собой бромид цетилтриметиламмония, бромид цетилпиридина или хлорид алкилбензилдиметиламмония.
7. Композиция по п. 4, отличающаяся тем, что указанный неионный детергент представляет собой Tween, Triton X или Brij.
8. Композиция по любому из пп. 2-7, отличающаяся тем, что указанный хелатор представляет собой этиленгликоль тетрауксусную кислоту (EGTA), (2-гидроксиэтил)этилендиаминтриуксусную кислоту (HEDTA), диэтилентриаминпентауксусную кислоту (DTPA), нитрилотриуксусную кислоту (NTA), этилендиаминтриуксусную кислоту (EDTA), циклогександиаминтетрауксусную кислоту (CDTA), N,N-бис(карбоксиметил)глицин, безводный цитрат, цитрат натрия, цитрат кальция, цитрат аммония, бицитрат аммония, лимонную кислоту, цитрат диаммония, цитрат аммония железа, цитрат лития или любую комбинацию указанных веществ.
9. Композиция по любому из пп. 1-8, для экстракции нуклеиновой кислоты из микроорганизма или комбинации микроорганизмов и/или сохранения нуклеиновой кислоты микроорганизма или комбинации микроорганизмов.
10. Композиция по любому из пп. 1-9, отличающаяся тем, что указанная композиция имеет рН от приблизительно 6,5 до приблизительно 13 или от приблизительно 8 до приблизительно 10,5.
11. Композиция по любому из пп. 1-10, отличающаяся тем, что указанный периодат включает метапериодат, ортопериодат или комбинацию указанных веществ.
12. Композиция по любому из пп. 1-11, отличающаяся тем, что указанный периодат представляет собой периодат натрия, периодат калия или периодат лития.
13. Композиция по любому из пп. 1-12, отличающаяся тем, что указанный персульфат представляет собой персульфат натрия, персульфат калия или персульфат аммония.
14. Композиция по любому из пп. 1-13, отличающаяся тем, что указанный буфер представляет собой глицин.
15. Способ экстракции нуклеиновой кислоты из микроорганизма, включающий смешивание образца, предположительно содержащего указанный микроорганизм, с окисляющим агентом и нагревание полученной в результате смеси, причем указанный окисляющий агент представляет собой иодную кислоту, периодат или персульфат.
16. Способ по п. 15, отличающийся тем, что указанный периодат или персульфат находится в композиции, содержащей буфер, такой, что указаная композиция имеет рН от приблизительно 6,5 до приблизительно 13 или от приблизительно 8 до приблизительно 10,5.
17. Способ по п. 15 или 16, отличающийся тем, что указанную смесь нагревают до температуры приблизительно 50°C или выше, или от приблизительно 50°C до приблизительно 100°C, или от приблизительно 70°C до приблизительно 80°C.
18. Способ по любому из пп. 15-17, отличающийся тем, что указанную смесь нагревают в течение по меньшей мере 10 минут, по меньшей мере 15 минут, по меньшей мере 20 минут, от приблизительно 15 минут до приблизительно 60 минут или от приблизительно 15 минут до приблизительно 20 минут.
19. Способ по любому из пп. 15-18, отличающийся тем, что указанный периодат включает метапериодат, ортопериодат или комбинацию указанных веществ.
20. Способ по любому из пп. 15-19, отличающийся тем, что указанный периодат представляет собой периодат натрия, периодат калия или периодат лития.
21. Способ по любому из пп. 15-20, отличающийся тем, что указанный персульфат представляет собой персульфат натрия, персульфат калия или персульфат аммония.
22. Способ по любому из пп. 15-21, отличающийся тем, что концентрация периодата или персульфата в итоговой смеси составляет от приблизительно 0,1 мМ до приблизительно 300 мМ, от приблизительно 5 мМ до приблизительно 30 мМ или приблизительно 15 мМ.
23. Способ по любому из пп. 15-22, который дополнительно включает добавление к указанному образцу соли лития.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что указанная соль лития представляет собой LiCl.
25. Способ по любому из пп. 15-24, который дополнительно включает добавление к указанному образцу денатурирующего агента.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что указанный денатурирующий агент представляет собой анионный детергент, катионный детергент или неионный детергент.
27. Способ по п. 26, отличающийся тем, что указанный анионный детергент представляет собой додецилсульфат натрия (SDS), додецилсульфат лития (LDS) или лаурилсульфат натрия (SLS).
28. Способ по п. 26, отличающийся тем, что указанный катионный детергент представляет собой бромид цетилтриметиламмония, бромид цетилпиридина или хлорид алкилбензилдиметиламмония.
29. Способ по п. 26, отличающийся тем, что указанный неионный детергент представляет собой Tween, Triton X или Brij.
30. Способ по любому из пп. 15-29, отличающийся тем, что указанный микроорганизм представляет собой бактерию или гриб.
31. Способ по п. 30, отличающийся тем, что указанный микроорганизм представляет собой бактерию.
32. Способ по п. 31 отличающийся тем, что указанная бактерия представляет собой Mycobacterium tuberculosis, виды комплекса Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium smegmatis, Mycobacterium bovis, Mycobacterium africanum, Mycobacterium microti, Mycobacterium canetti, Mycobacterium caprae, Mycobacterium pinnipedi, Mycobacterium marinum, Mycobacterium leprae, Mycobacterium Lepromatosis, внутриклеточные Mycobacterium avium, Mycobacterium avium paratuberculosis, Mycobacterium ulcerans, Mycobacterium gordonae, виды Bacillus, Bacillus subtilis, Helicobacter pylori, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Toxoplasma gondii, виды Streptococcus, виды Staphylococcus, Dientamoeba fragilis, Borrelia burgdorferi и другие виды, виды Clostridia, Fusobacterium nucleatum, виды Salmonella, виды Campylobacter, бактерии Firmicutes, виды Bartonella, виды Rickettsia, виды Yersinia, виды Francisella, виды Brucella, виды Bordetella, виды Burkholderia, виды Pseudomonas, виды Shigella, виды Chlamydophila, виды Legionella, виды Listeria, виды Corynebacterium, виды Enterococcus, виды Escherichia, виды Haemophilus, виды Helicobacter, виды Leptospira, виды Mycoplasma, виды Neisseria, виды Treponema или виды Vibrio.
33. Способ по п. 30, отличающийся тем, что указанный микроорганизм представляет собой гриб.
34. Способ по п. 33, отличающийся тем, что указанный гриб относится к родам Saccharomyces, Candida, Aspergillus, Histoplasma, Pneumocystis, Stachybotrys или Cryptococcus.
35. Набор для экстракции нуклеиновой кислоты, причем указанный набор содержит (i) композицию для экстракции, содержащую периодат или персульфат в концентрации от приблизительно 5 мМ до приблизительно 300 мМ и буфер при рН от приблизительно 7 до приблизительно 13; и (ii) инструкции по применению.
36. Набор по п. 35, отличающийся тем, что указанная композиция для экстракции дополнительно содержит соль лития, денатурирующий агент и/или хелатор.
37. Набор по п. 35 или 36, отличающийся тем, что указанный набор также содержит контейнер для реактива и/или контейнер для приема образца.
38. Набор по п. 37, отличающийся тем, что указанный контейнер для реактива и/или контейнер для приема образца содержит емкость для приема композиции для экстракции и участок для приема образца.
39. Способ количественного определения общего количества нуклеиновой кислоты в образце, включающий
(i) обработку указанного образца кислотой и нагревание окисленного образца;
(ii) нейтрализацию указанного окисленного образца; и
(iii) анализ нейтрализованного образца способом ВЭЖХ с применением колонки с обращенной фазой и контроля элюирования способом УФ-спектроскопии для обнаружения пика, соответствующего аденину;
(iv) подсчет площадей под кривыми для пиков аденина как показателя общего количества нуклеиновой кислоты в образце.
40. Способ по п. 39, отличающийся тем, что на этапе (i) указанный образец окисляют с применением HCl.
41. Способ по п. 39 или 40, отличающийся тем, что на этапе (ii) окисленный образец нейтрализуют с применением NaOH.
42. Способ по любому из пп. 39-41, который дополнительно включает подсчет площадей под кривыми для пиков, соответствующих 2'- и 3'-АМФ.
43. Способ по любому из пп. 39-42, отличающийся тем, что указанный образец содержит микроорганизм или предположительно содержит микроорганизм.
Наверх