Днк-чип для идентификации генетических детерминант антибиотикорезистентности возбудителей инфекций, приводящих к нарушению репродуктивных функций человека, набор олигонуклеотидов для иммобилизации на днк-чипе - заявка 2016146366 на патент на изобретение в РФ

1. ДНК-чип для идентификации генетических детерминант антибиотикорезистентности возбудителей инфекций, приводящих к нарушению репродуктивных функций человека: Treponema pallidum, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Gardnerella vaginalis, Ureaplasma parvum, Ureaplasma urealyticum, Atopobium vaginae, Enterococcus faecalis, Trichomonas vaginalis, Escherichia coli, Mobiluncus mulieris, Streptococcus anginosus, Fusobacterium nucleatum, Staphylococcus epidermidis, Bacteroides fragilis, к антимикробным препаратам, включающим антибиотики пенициллинового ряда, цефалоспорины, тетрациклины, фторхинолоны, макролиды, нитроимидазолы, спектиномицин, характеризующийся тем, что он представляет собой матрицу элементов, размещенных на подложке из стекла или пластика, причем матрица включает:
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 1-33, соответствующими 16S рРНК Т. pallidum, N. gonorrhoeae, С. trachomatis, М. genitalium, М. hominis, G. vaginalis, U. parvum, U. urealyticum, A. vaginae, E. faecalis, T vaginalis, E. coli, M. mulieris, S. anginosus, F. nucleatum, S. epidermidis, B. fragilis, для установления принадлежности анализируемой ДНК к перечисленным выше видам микроорганизмов, являющимися возбудителями инфекций, приводящих к нарушению репродуктивных функций человека;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 34-42, соответствующими последовательностям гена gyrA изолятов N. gonorrhoeae дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена gyrA, приводящих к аминокислотным заменам S91F, S91T, D95N, D95G, встречающихся у изолятов N. gonorrhoeae, резистентных к фторхинолонам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 43-55, соответствующими последовательностям гена gyrA изолятов Е. coli дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена gyrA, приводящих к аминокислотным заменам S83L, S83W, S83A, D87N, D87G, D87Y встречающихся у изолятов Е. coli, резистентных к фторхинолонам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 56-58, соответствующими последовательностям гена gyrA изолятов S. epidermidis дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена gyrA, приводящих к аминокислотным заменам S83T, S83F, встречающихся у изолятов S. epidermidis, резистентных к фторхинолонам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 59-63, соответствующими последовательностям гена gyrA изолятов F. nucleatum дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена gyrA, приводящих к аминокислотным заменам S83L, S83T, G87R, встречающихся у изолятов F. nucleatum, резистентных к фторхинолонам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 64-67, соответствующими последовательностям гена gyrA изолятов Е. faecalis дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена gyrA, приводящих к аминокислотным заменам S83T, S83I, S83R, встречающихся у изолятов Е. faecalis, резистентных к фторхинолонам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID 68-73, соответствующими последовательностям гена gyrA изолятов S. anginosus дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена gyrA, приводящих к аминокислотным заменам S83T, S83F, встречающихся у изолятов S. anginosus, резистентных к фторхинолонам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 74-82, соответствующими последовательностям гена parC изолятов N. gonorrhoeae дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена parC, приводящих к аминокислотным заменам S87N, S87R, E91Q, E91G, E91K, E91A, встречающихся у изолятов N. gonorrhoeae, резистентных к фторхинолонам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 83-90, соответствующими последовательностям гена parC изолятов М. genitalium дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена parC, приводящих к аминокислотным заменам S83N, S83I, S83R, D87N, D87Y, D87V, встречающихся у изолятов М. genitalium, резистентных к фторхинолонам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 91-95, соответствующими последовательностям гена parC изолятов М. hominis дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена parC, приводящих к аминокислотным заменам S83I, S83N, E87K, встречающихся у изолятов М. hominis, резистентных к фторхинолонам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 96-99, соответствующими последовательностям гена parC изолятов U. urealyticum дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов гена parC, приводящих к аминокислотным заменам D82N, S83L, встречающихся у изолятов U. urealyticum, резистентных к фторхинолонам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 100-103, соответствующими последовательностям генов ntr4tv и ntr6tv изолятов Т. vaginalis дикого типа, либо последовательностям их мутантных вариантов с нуклеотидными заменами C213G (Y71STOP) в гене ntr4tv, А238Т (K80STOP) в гене ntr6tv, встречающихся у изолятов Т. vaginalis, резистентных к нитроимидазолам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 104-109, соответствующими последовательностям генов nimB, nimC, nimD, nimE, nimF, nimG, наличие которых приводит к резистентности микроорганизма(ов) к нитроимидазолам;
- элемент с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидной последовательностью SEQ ID NO: 110, соответствующей последовательности плазмидных генов blaSHV-12 blaLEN-17, наличие которых приводит к резистентности микроорганизма(ов) к антибиотикам пенициллинового ряда и цефалоспоринам;
- элемент с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидной последовательностью SEQ ID NO: 111, соответствующей последовательности плазмидного гена blaSHV-97, наличие которого приводит к резистентности микроорганизма(ов) к антибиотикам пенициллинового ряда;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 112-117, соответствующими последовательностям плазмидных генов blaTEM и blaSHV, наличие которых приводит к резистентности микроорганизма(ов) к антибиотикам пенициллинового ряда, либо последовательностям мутантного варианта гена blaTEM с аминокислотными заменами М182Т и G238S, одновременное наличие которых приводит к резистентности микроорганизма(ов) к антибиотикам пенициллинового ряда и цефалоспоринам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 118-119, соответствующими последовательностям гена penA изолятов N. gonorrhoeae дикого типа, либо последовательностям мутантного варианта гена penA, приводящего к инсерции аспарагиновой кислоты (D) в положение 345, встречающегося у изолятов N. gonorrhoeae, резистентных к антибиотикам пенициллинового ряда;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 120-123, соответствующими последовательностям гена ponA изолятов N. gonorrhoeae дикого типа, либо последовательностям мутантного варианта гена ponA с аминокислотной заменой L421P, встречающейся у изолятов N. gonorrhoeae, резистентных к антибиотикам пенициллинового ряда;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 124-126, соответствующими последовательностям гена rpsJ изолятов N. gonorrhoeae дикого типа, либо последовательностям мутантного варианта гена rpsJ с аминокислотной заменой V57M, V57L, встречающихся у изолятов N. gonorrhoeae, резистентных к тетрациклинам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 127-128, соответствующими последовательностям генов tetM, наличие которых у Е. faecalis, E. coli, М. genitalium, М. hominis, N. gonorrhoeae, G. vaginalis приводит к резистентности к тетрациклинам;
- элемент с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидной последовательностью SEQ ID NO: 129, соответствующей последовательности гена tetO, наличие которого у изолятов Е. faecalis, S. epidermidis приводит к резистентности к тетрациклинам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 130-139, соответствующими последовательностям 23S РНК изолятов U. urealyticum, U. hominis, S. anginosus, F. nucleatum, E. faecalis, T. pallidum, E. coli, N. gonorrhoeae, C. trachomatis, M. genitalium, M. hominis, S. epidermidis, B. fragilis дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов с заменами G2057A, A2058G, A2058C, A2059G, встречающихся у изолятов перечисленных возбудителей, резистентных к макролидам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 140-141, соответствующими последовательности гена mefA, наличие которого приводит к резистентности S. anginosus, N. gonorrhoeae, S. epidermidis, В. fragilis к макролидам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 142-150, соответствующими последовательностям 16S РНК изолятов N. gonorrhoeae дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов с заменами C1192T, G1064C, встречающихся у изолятов N. gonorrhoeae, резистентных к спектиномицину;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 148, 151-155, соответствующими последовательностям 16S РНК изолятов С. trachomatis, E. coli, F. nucleatum, A. vaginae, T. pallidum, U. urealyticum, U. hominis, S. anginosus, S. epidermidis, M. genitalium, M. hominis, M. mulieris, B. fragilis дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов с заменами G1058C, G1064C встречающихся у изолятов перечисленных возбудителей, резистентных к тетрациклину;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 156-161, соответствующими последовательностям гена помпы эффлюкса mtrR дикого типа, либо последовательностям мутантных вариантов промоторной области гена mtrR, приводящих к делеции аденина А в положении -35 или инсерциям тимидина T или TT в положении -10, встречающихся у изолятов возбудителей, резистентных к антибиотикам пенициллинового ряда, тетрациклинам, макролидам, цефалоспоринам;
- элементы с иммобилизованными олигонуклеотидами с нуклеотидными последовательностями SEQ ID NO: 162-163, соответствующими последовательности гена поринового белка porB изолятов N. gonorrhoeae дикого типа, либо последовательности мутантного варианта гена porB, приводящей к аминокислотной замене G120К, встречающегося у изолятов N. gonorrhoeae, резистентных к антибиотикам пенициллинового ряда, цефалоспоринам, тетрациклинам.
2. Набор олигонуклеотидов для иммобилизации на ДНК-чипе, используемый для получения ДНК-чипа для идентификации генетических детерминант резистентности микроорганизмов - возбудителей инфекций, приводящих к нарушению репродуктивных функций человека: Treponema pallidum, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Gardnerella vaginalis, Ureaplasma parvum, Ureaplasma urealyticum, Atopobium vaginae, Enterococcus faecalis, Trichomonas vaginalis, Escherichia coli, Mobiluncus mulieris, Streptococcus anginosus, Fusobacterium nucleatum, Staphylococcus epidermidis, Bacteroides fragilis к антимикробным препаратам, включающим антибиотики пенициллинового ряда, цефалоспорины, тетрациклины, фторхинолоны, макролиды, нитроимидазолы, спектиномицин, причем олигонуклеотиды имеют последовательности SEQ ID NO: 1-163.
Наверх