it биомаркеры и способы их применения - заявка 2016144405 на патент на изобретение в РФ

1. Способ определения экспрессии биомаркеров MiT (определение присутствия MiT биомаркера), включающий стадию определения, экспрессирует ли образец из индивидуума MiT биомаркер.
2. Способ по п. 1, в котором MiT представляет собой MITF.
3. Способ по п. 1, в котором MiT представляет собой TFEB.
4. Способ по п. 1, в котором MiT представляет собой TFEC.
5. Способ по п. 1, в котором MiT представляет собой TFE3.
6. Способ по п. 1, в котором MiT представляет собой SBNO2.
7. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором присутствие биомаркера указывает на наличие повышенного уровня экспрессии биомаркера (например, по сравнению с уровнем экспрессии контроля).
8. Способ по любому из пп. 1-6, в котором один или более биомаркеров содержит транслокацию или инверсию (например, перестройку и/или слияние), одного или нескольких генов, выбранных из MITF, TFEB, TFE3, TFEC и/или SBNO2.
9. Способ по п. 8, в котором транслокация представляет собой MITF транслокацию.
10. Способ по п. 9, в котором транслокация MITF содержит ACTG1 и MITF.
11. Способ по п. 10, в котором транслокация MITF содержит ACTG1 экзон 3.
12. Способ по п. 10, в котором транслокация MITF содержит ACTG1 экзон 3 и экзон 3 MITF.
13. Способ по п. 10, в котором транслокация MITF содержит SEQ ID NO: 13 и/или 30.
14. Способ по п. 10, в котором транслокация MITF содержит SEQ ID NO: 30.
15. Способ по п. 10, в котором транслокация MITF обнаруживается с помощью праймеров, которые состоят из или содержат последовательность SEQ ID NO: 11 и/или 12.
16. Способ по п. 10, в котором транслокация MITF обнаруживается с помощью праймеров, которые состоят из или содержат последовательность SEQ ID NO: 9, 10, 11 и/или 12.
17. Способ по п. 8, в котором транслокация MITF регулируется посредством промотора ACTG1.
18. Способ по п. 17, в котором транслокация MITF содержит AP3S1 и MITF.
19. Способ по п. 17, в котором транслокация MITF содержит AP3S1 экзон 3.
20. Способ по п. 17, в котором транслокация MITF содержит ACTG1 экзон 3 и MITF экзон 3.
21. Способ по п. 17, в котором транслокация MITF регулируется посредством промотора AP3S1.
22. Способ по п. 8, в котором транслокация представляет собой TFEB транслокацию.
23. Способ по п. 22, в котором транслокация TFEB содержит CLTC и TFEB.
24. Способ по п. 23, в котором транслокация TFEB содержит CLTC экзон 17.
25. Способ по п. 23, в котором транслокация TFEB содержит CLTC экзон 17 TFEB и экзон 6.
26. Способ по п. 23, в котором транслокация TFEB содержит SEQ ID NO: 19.
27. Способ по п. 23, в котором транслокация TFEB обнаруживается с помощью праймеров, которые состоят из или содержат SEQ ID NO: 17 и/или 18.
28. Способ по п. 23, в котором транслокация TFEB обнаруживается с помощью праймеров, которые состоят из или содержат SEQ ID NO: 15, 16, 17 и/или 18.
29. Способ по п. 23, в котором транслокация TFEB регулируется посредством промотора CLTC.
30. Способ по п. 8, в котором транслокация представляет собой инверсию SBNO2.
31. Способ по п. 30, в котором инверсия транслокации SBNO2 содержит MIDN и SBNO2.
32. Способ по п. 30, в котором инверсия SBNO2 содержит MIDN промотор.
33. Способ по п. 30, в котором инверсия SBNO2 содержит MIDN промотор и SBNO2 экзон 1.
34. Способ по п. 30, в котором инверсия SBNO2 содержит SEQ ID NO: 25.
35. Способ по п. 30, в котором инверсия SBNO2 обнаруживается с помощью праймеров, которые состоят из или содержат SEQ ID NO: 23 и/или 24.
36. Способ по п. 30, в котором инверсия SBNO2 обнаруживается с помощью праймеров, которые состоят из или содержат SEQ ID NO: 21, 22, 23 и/или 25.
37. Способ по п. 30, в котором инверсия SBNO2 регулируется посредством промотора CLTC.
38. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором транслокации в MiT приводит к повышенным уровням экспрессии МЕТ (например, по сравнению с контролем без MiT транслокации).
39. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором транслокация MiT (например, перестройка и/или слияние) приводит к повышенной активности и/или активации МЕТ (например, по сравнению с контролем без MiT транслокации).
40. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором транслокация MiT (например, MITF, TFEB, TFE3, TFEC и/или SBNO2) (например, перестройка и/или
слияние) приводит к повышенным уровням экспрессии BIRC7 (например, по сравнению с контролем без MiT транслокации).
41. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором транслокация MiT (например, перестройка и/или слияние) приводит к повышенной активности и/или активации BIRC7 (например, по сравнению с контролем без MiT транслокации.
42. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором транслокация представляет собой соматическую транслокацию.
43. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором транслокация представляет собой интра-хромосомную транслокацию.
44. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором транслокация представляет собой интер-хромосомную транслокацию.
45. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором транслокация представляет собой инверсию.
46. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором транслокация представляет собой делецию.
47. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором транслокация представляет собой слитый полинуклеотид транслокации (например, слитый полинуклеотид функциональной MiT-транслокации) и/или гибридный полипептид функциональной транслокации (например, гибридный полипептид функциональной MiT-транслокации).
48. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором образец представляет собой образец рака.
49. Способ по п. 48, в котором рак является плоскоклеточным раком (например, эпителиальным плоскоклеточным раком), раком легких, включая мелкоклеточный рак легкого (МРЛ), немелкоклеточный рак легкого (НМРЛ), аденокарциному легких и плоскоклеточный рак легкого, раком брюшной полости, гепатоцеллюлярным раком, язвой желудка или раком желудка, включая желудочно-кишечный рак, раком поджелудочной железы, глиобластомой, раком шейки матки, раком яичников, раком печени, раком мочевого пузыря, гепатомой, раком молочной железы (включая метастатический рак молочной железы), раком толстой кишки, раком прямой кишки, раком ободочной и прямой кишки, карциномой эндометрия или матки, карциномой слюнных желез, раком почек или ренальным раком, раком предстательной железы, раком вульвы, раком щитовидной железы, карциномой печени, анальной карциномой, карциномой полового
члена, раком яичка, раком пищевода, опухолью желчных путей, а также раком головы и шеи.
50. Способ по п. 48, в котором рак представляет собой рак почки (RCC).
51. Способ по п. 50, в котором RCC представляет собой несветлоклеточную почечно-клеточную карциному (nccRCC) или транслокационную RCC (tRCC).
52. Способ по п. 5, в котором RCC представляет собой nccRCC.
53. Способ лечения рака у индивидуума, включающий введение индивидууму эффективного количества антагониста MiT, в котором лечение основано на индивидууме, имеющим рак, содержащий MiT сверхэкспрессию.
54. Способ по п. 53, где рак представляет собой транслокацию MiT, включающий введение эффективного количества антагониста MiT.
55. Способ лечения рака у индивидуума, при условии, что было обнаружено, что индивидуум, который имеет рак, содержащий транслокацию MiT, причем указанный способ включает введение индивидууму эффективного количества антагониста MiT.
56. Способ лечения рака у индивидуума, причем способ включает этапы: определение того, что образец, полученный из индивидуума, содержит транслокацию MiT, и введение эффективного количества противоопухолевой терапии, содержащей антагонист MiT в индивидуум, в результате чего рак лечится.
57. Способ лечения рака, включающий: (а) выбор индивидуума, имеющего рак, где злокачественная опухоль, включает транслокацию MiT; и (b) введение индивидууму, выбранного таким образом, эффективного количества антагониста MiT, в результате чего рак лечится.
58. Способ идентификации индивидуума с раком, который более или менее вероятно, демонстрирует преимущество от лечения противоопухолевой терапией, содержащей антагонист MiT, причем указанный способ включает: определение наличия или отсутствия MiT транслокации в образце, полученным из индивидуума, в котором присутствие MiT транслокации в образце указывает на то, что индивидуум с большей вероятностью продемонстрирует преимущество от лечения противоопухолевой терапией, содержащей антагонист MiT, или отсутствие MiT транслокации показывает, что индивидуум, менее вероятно, что продемонстрирует преимущество от лечения противоопухолевой терапией, содержащей антагонист MiT.
59. Способ прогнозирования будет ли более или менее вероятно индивидуум с раком эффективно реагировать на лечение противоопухолевой терапией, содержащей антагонист MiT, включающий определение транслокации MiT, в соответствии с чем
присутствие MiT транслокации указывает на то, что индивидуум более вероятно будет эффективно реагировать на лечение с антагонистом MiT, и отсутствии транслокации MiT указывает на то, что индивидуум менее вероятно будет эффективно реагировать на лечение антагонистом MiT.
60. Способ прогнозирования ответа или отсутствие ответа у индивидуума с раком к противоопухолевой терапии, содержащей антагонист MiT, включающий обнаружение в образце, полученном от индивидуума, наличие или отсутствие транслокации MiT, в котором присутствие MiT транслокации позволяет прогнозировать ответ индивидуума на противоопухолевую терапию, содержащую антагонист MiT.
61. Способ по любому из пп. 58-60, в котором способ дополнительно включает в себя введение индивидууму эффективного количества антагониста MiT.
62. Способ ингибирования пролиферации раковой клетки nccRCC, включающий контактирование раковой клетки с эффективным количеством антагониста MiT-транслокации.
63. Способ лечения nccRCC у индивидуума, включающий введение индивидууму эффективного количества антагониста MiT-транслокации.
64. Способ по любому из пп. 62-63, в котором рак или раковая клетка содержит MiT транслокацию.
65. Способ по любому из пп. 62-63, в котором рак или раковая клетка содержит сверхэкспрессию MiT.
66. Способ по любому из пп. 62-63, в котором рак или раковая клетка содержит сверхэкспрессию BIRC7.
67. Способ по любому из пп. 53-66, в котором MiT представляет собой MITF.
68. Способ по любому из пп. 53-66, в котором MiT представляет собой TFEB.
69. Способ по любому из пп. 53-66, в котором MiT представляет собой TFEC.
70. Способ по любому из пп. 53-66, в котором MiT представляет собой TFE3.
71. Способ по любому из пп. 53-66, в котором MiT представляет собой SBNO2.
72. Способ по любому из пп. 53-71, в котором транслокация MiT представляет собой MITF транслокацию.
73. Способ по любому из пп. 53-71, в котором транслокация MiT представляет собой TFEB транслокацию.
74. Способ по любому из пп. 53-71, в котором транслокация MiT представляет собой транслокацию TFEC.
75. Способ по любому из пп. 53-71, в котором транслокация MiT представляет собой транслокацию TFE3.
76. Способ по любому из пп. 72-73, в котором транслокация детектируется с использованием любого из способов по пп. 1-52.
77. Способ по любому из пп. 53-76, где рак или рак представляет собой плоскоклеточный рак (например, эпителиальный плоскоклеточный рак), рак легких, включая мелкоклеточный рак легкого (МРЛ), немелкоклеточный рак легкого (НМКРЛ), аденокарциному легких и плоскоклеточный рак легкого, рак брюшной полости, гепатоцеллюлярный рак, язву желудка или рак желудка, включая желудочно-кишечный рак, рак поджелудочной железы, глиобластому, рак шейки матки, рак яичников, рак печени, рак мочевого пузыря, гепатому, рак молочной железы (включая метастатический рак молочной железы), рак толстой кишки, рак прямой кишки, колоректальный рак, карциному эндометрия или матки, карциному слюнных желез, рак почек или ренальный рак, рак предстательной железы, рак вульвы, рак щитовидной железы, карциному печени, анальную карциному, рак полового члена, тестикулярной рак, рак пищевода, опухоли желчных путей, а также рак головы и шеи.
78. Способ по любому из пп. 53-76, в котором рак или рак представляет собой почечно-клеточный рак (RCC).
79. Способ по п. 78, в котором RCC представляет собой несветлоклеточную почечно-клеточную карциному (nccRCC) или транслокационную RCC (tRCC).
80. Способ по п. 79, в котором RCC представляет собой nccRCC.
81. Способ по любому из пп. 53-80, в котором антагонист MiT представляет собой антитело, связывающий полипептид, малую молекулу или полинуклеотид.
82. Способ по п. 81, в котором антагонист MiT представляет собой антагонист МЕТ.
83. Способ по п. 81, в котором антагонист MiT представляет собой антагонист BIRC7.
84. Способ по п. 81, в котором антагонист MiT представляет собой антагонист MITF.
85. Способ по п. 81, в котором антагонист MiT представляет собой антагонист TFEB.
86. Способ по п. 81, в котором антагонист MiT представляет собой антагонист TFEC.
87. Способ по п. 81, в котором антагонист MiT представляет собой антагонист TFE3.
88. Способ по п. 81, в котором антагонист MiT связывается с MITF транслокацией.
89. Способ по п. 88, в котором транслокация MITF содержит ACTG1 и MITF.
90. Способ по п. 88, в котором транслокация MITF содержит ACTG1 экзон 3.
91. Способ по п. 88, в котором транслокация MITF содержит ACTG1 экзон 3 и MITF экзон 3.
92. Способ по п. 88, в котором транслокация MITF содержит SEQ ID NO: 13 и/или 30.
93. Способ по п. 88, в котором транслокация MITF содержит SEQ ID NO: 30.
94. Способ по п. 88, в котором транслокация MITF регулируется посредством промотора ACTG1.
95. Способ по п. 88, в котором транслокация MITF содержит AP3S1 и MITF.
96. Способ по п. 88, в котором транслокация MITF содержит AP3S1 экзон 3.
97. Способ по п. 88, в котором транслокация MITF содержит ACTG1 экзон 3 и MITF экзон 3.
98. Способ по п. 88, в котором транслокация MITF регулируется посредством промотора AP3S1.
99. Способ по п. 81, в котором антагонист MiT связывается с TFEB транслокацию.
100. Способ по п. 99, в котором транслокация TFEB содержит CLTC и TFEB.
101. Способ по п. 99, в котором транслокация TFEB содержит CLTC экзон 17.
102. Способ по п. 99, в котором транслокация TFEB содержит CLTC экзон 17 TFEB и экзон 6.
103. Способ по п. 99, в котором транслокация TFEB содержит SEQ ID NO: 19.
104. Способ по п. 99, в котором транслокация TFEB регулируется CLTC промотором.
105. Способ по п. 81, в котором антагонист MiT связывается с транслокацией SBNO2.
106. Способ по п. 105, в котором транслокация SBNO2 представляет собой инверсию.
107. Способ по п. 105, в котором инверсия SBNO2 содержит MIDN и SBNO2.
108. Способ по п. 105, в котором инверсия SBNO2 содержит MIDN промотор.
109. Способ по п. 105, в котором инверсия SBNO2 содержит MIDN промотор и SBNO2 экзон 1.
110. Способ по п. 105, в котором инверсия SBNO2 содержит SEQ ID NO: 25.
111. Способ по п. 105, в котором инверсия SBNO2 регулируется посредством промотора. CLTC
112. Способ по любому из пп. 53-111, в котором способ дополнительно включает введение дополнительного терапевтического агента.
Наверх