Новые полипептиды со специфическим связыванием и пути их применения - заявка 2016149596 на патент на изобретение в РФ

1. Полипептид со специфичностью связывания в отношении IL-17A и/или IL-23p19, где полипептид содержит мутеин липокалина, который связывает IL-17A с KD, составляющей приблизительно 1 нМ или меньше при измерении в анализе, по сути, описанном в примере 1.
2. Полипептид по п. 1, где мутеин липокалина способен ингибировать связывание IL-17A с его рецептором IL-17RA со значением IC50, составляющим приблизительно 100 пМ или меньше в формате конкурентного ELISA, по сути, описанном в примере 3.
3. Полипептид по п. 1, где мутеин липокалина способен ингибировать связывание IL-17A с его рецептором IL-17RA, и где указанный мутеин липокалина характеризуется средним значением EC50, по меньшей мере практически таким же или превосходящим среднее значение EC50 полипептида, содержащего (i) SEQ ID NO: 53 или 55 в качестве первой субъединицы и (ii) SEQ ID NO: 54 или 56 в качестве второй субъединицы, при измерении в анализе, по сути, описанном в примере 5.
4. Полипептид по п. 1, где указанный мутеин липокалина является перекрестнореагирующим с IL-17A человека, IL-17A макака-крабоеда и IL-17A игрунки.
5. Полипептид по п. 1, где мутеин липокалина предусматривает один или более из следующих подвергнутых мутации аминокислотных остатков в положениях 26-33, 56, 58, 60-61, 64, 92, 101, 104-106, 108, 111, 114 и 153 линейной полипептидной последовательности зрелого липокалина слезы человека (SEQ ID NO: 41): Arg 26 → Phe; Glu 27 → Trp; Phe 28 → Cys; Pro 29 → Ser; Glu 30 → Gly; Met 31 → Ile; Asn 32 → His; Leu 33 → Glu; Leu 56 → Asp; Ser 58 → Glu; Arg 60 → Phe; Cys 61 → Leu; Val 64 → Phe; His 92 → Arg; Cys101 → Ser; Glu 104 → Asp; Leu 105 → Cys; His 106 → Pro; делецию Lys 108; Arg 111 → Pro; Lys 114 → Trp и Cys 153 → Ser.
6. Полипептид по п. 1, где мутеин липокалина содержит аминокислотную последовательность с SEQ ID NO: 1.
7. Полипептид по п. 1, где мутеин липокалина характеризуется гомологией последовательности по меньшей мере c 75% идентичностью с аминокислотной последовательностью с SEQ ID NO: 1.
8. Применение полипептида по любому из предыдущих пунктов в диагностировании заболевания или нарушения, при этом связывание IL-17A является подходящим для такого диагностирования.
9. Применение полипептида по любому из пп. 1-7 для выявления IL-17A, включающее:
i. приведение полипептида в контакт с тестовым образцом, который, как предполагают, содержит IL-17A, при соответствующих условиях с обеспечением таким образом возможности образования комплекса между полипептидом и IL-17A или его доменом или фрагментом и
ii. выявление комплекса по соответствующему сигналу.
10. Применение полипептида по любому из пп. 1-7 для отделения IL-17A, включающее:
i. приведение полипептида в контакт с образцом, который, как полагают, содержит IL-17A, при соответствующих условиях с обеспечением таким образом возможности образования комплекса между полипептидом и IL-17A или его доменом или фрагментом и
ii. отделение комплекса от образца.
11. Диагностический или аналитический набор, содержащий полипептид по любому из пп. 1-7.
12. Способ выявления присутствия IL-17A в образце, при этом способ включает приведение образца в контакт с полипептидом по любому из пп. 1-7 при условиях, которые обеспечивают возможность образования комплекса мутеина и IL-17A.
13. Применение полипептида по любому из пп. 1-7 для связывания IL-17A в субъекте.
14. Способ связывания IL-17A в субъекте, включающий введение указанному субъекту эффективного количества одного или более полипептидов по любому из пп. 1-7.
15. Способ ингибирования связывания IL-17A с его рецептором в субъекте, включающий введение указанному субъекту эффективного количества одного или более полипептидов по любому из пп. 1-7.
16. Полипептид со специфичностью связывания в отношении IL-17A и/или IL-23p19, где полипептид содержит мутеин липокалина, который связывает IL-23p19 с KD, составляющей приблизительно 1 нМ или меньше при измерении в анализе, по сути, описанном в примере 6 или примере 13.
17. Полипептид по п. 16, где мутеин липокалина способен ингибировать связывание IL-23 с его рецептором IL-23R со значением IC50, составляющим приблизительно 0,55 нМ или меньше в формате конкурентного ELISA, по сути, описанном в примере 8 или примере 14.
18. Полипептид по п. 16, где мутеин липокалина способен ингибировать связывание IL-23 с его рецептором IL-23R, и где указанный мутеин липокалина характеризуется средним значением EC50, по меньшей мере практически таким же или превосходящим среднее значение EC50 полипептида, содержащего (i) SEQ ID NO: 57 или 59 в качестве первой субъединицы и (ii) SEQ ID NO: 58 или 60 в качестве второй субъединицы, при измерении в анализе, по сути, описанном в примере 10.
19. Полипептид по п. 16, где указанный мутеин липокалина является перекрестнореагирующим как с IL-23 человека, так и с IL-23 мыши.
20. Полипептид по п. 16, где мутеин липокалина предусматривает один или более из следующих подвергнутых мутации аминокислотных остатков в положениях 28, 36, 40-41, 49, 52, 68, 70, 72-73, 77, 79, 81, 87, 96, 100, 103, 106, 124-125, 127, 132 и 134 линейной полипептидной последовательности зрелого NGAL человека (SEQ ID NO: 43): Gln 28 → His; Leu 36 → Glu; Ala 40 → Leu; Ile 41 → Leu; Gln 49 → Arg; Tyr 52 → Thr; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Arg; Leu 70 → Glu; Arg 72 → Gly; Lys 73 → Ala или Val; Lys 75 → Thr; Asp 77 → Lys; Trp 79 → Gln или Arg; Arg 81 → Gly; Asn 96 → Gly; Lys 98 → Glu; Tyr 100 → Met; Leu 103 → Met; Tyr 106 → Phe; Asn 114 → Asp; Met 120 → Ile; Lys 125 → Tyr; Ser 127 → Tyr и Lys 134 → Glu.
21. Полипептид по п. 16, где мутеин липокалина предусматривает один из следующих комплектов аминокислотных замен по сравнению с линейной полипептидной последовательностью зрелого NGAL человека (SEQ ID NO: 43):
(1) Gln 28 → His; Leu 36 → Glu; Ala 40 →Leu; Ile 41 → Leu; Gln 49 → Arg; Tyr 52 → Thr; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Arg; Leu 70 → Glu; Arg 72 → Gly; Lys 73 → Ala; Lys 75 → Thr; Cys 76 → Tyr; Asp 77 → Lys; Trp 79 → Gln; Arg 81 → Gly; Asn 96 → Gly; Lys 98 → Glu; Tyr 100 → Met; Leu 103 → Met; Tyr 106 → Phe; Met 120 → Ile; Lys 125 → Tyr; Ser 127 → Tyr и Lys 134 → Glu;
(2) Gln 28 → His; Leu 36 → Glu; Ala 40 →Leu; Gln 49 → Arg; Tyr 52 → Thr; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Arg; Leu 70 → Glu; Arg 72 → Gly; Lys 73 → Val; Lys 75 → Thr; Cys 76 → Arg; Asp 77 → Lys; Trp 79 → Arg; Arg 81 → Gly; Asn 96 → Gly; Tyr 100 → Met; Leu 103 → Met; Tyr 106 → Phe; Lys 125 → Tyr; Ser 127 → Tyr и Lys 134 → Glu или
(3) Gln 28 → His; Leu 36 → Glu; Ala 40 → Leu; Ile 41 → Leu; Gln 49 → Arg; Tyr 52 → Thr; Asn 65 → Asp; Ser 68 → Arg; Leu 70 → Glu; Arg 72 → Gly; Lys 73 → Val; Lys 75 → Thr; Cys 76 → Tyr; Asp 77 → Lys; Trp 79 → Gln; Arg 81 → Gly; Asn 96 → Gly; Tyr 100 → Met; Leu 103 → Met; Tyr 106 → Phe; Asn 114 → Asp; Lys 125 → Tyr; Ser 127 → Tyr и Lys 134 → Glu.
22. Полипептид по п. 16, где мутеин липокалина содержит аминокислотную последовательность, выбранную из группы, включающей SEQ ID NO: 2 и 45-46.
23. Полипептид по п. 16, где мутеин липокалина характеризуется по меньшей мере 70% идентичностью или по меньшей мере 70% гомологией последовательности с аминокислотной последовательностью, выбранной из группы, включающей SEQ ID NO: 2 и 45-46.
24. Применение полипептида по любому из пп. 16-23 в диагностировании заболевания или нарушения, при этом связывание IL-23p19 является подходящим для такого диагностирования.
25. Применение мутеина по любому из пп. 17-23 для выявления IL-23p19, включающее:
i. приведение полипептида в контакт с тестовым образцом, который, как предполагают, содержит IL-23p19, при соответствующих условиях с обеспечением таким образом возможности образования комплекса между полипептидом и IL-23p19 или его доменом или фрагментом и
ii. выявление комплекса по соответствующему сигналу.
26. Применение полипептида по любому из пп. 16-23 для отделения IL-23p19, включающее:
i. приведение полипептида в контакт с образцом, который, как полагают, содержит IL-23p19, при соответствующих условиях с обеспечением таким образом возможности образования комплекса между полипептидом и IL-23p19 или его доменом или фрагментом и
ii. отделение комплекса от образца.
27. Диагностический или аналитический набор, содержащий полипептид по любому из пп. 16-23.
28. Способ выявления присутствия IL-23p19 в образце, при этом способ включает приведение образца в контакт с полипептидом по любому из пп. 16-23 при условиях, которые обеспечивают возможность образования комплекса мутеина и IL-23p19.
29. Применение полипептида по любому из пп. 16-23 для связывания IL-23p19 в субъекте.
30. Способ связывания IL-23p19 в субъекте, включающий введение указанному субъекту эффективного количества одного или более полипептидов по любому из пп. 16-23.
31. Способ ингибирования связывания IL-23 с его рецептором в субъекте, включающий введение указанному субъекту эффективного количества одного или более полипептидов по любому из пп. 16-23.
32. Полипептид по любому из пп. 1-7 и 16-23, где мутеин липокалина конъюгирован с соединением, выбранным из группы, включающей органическую молекулу, ферментную метку, радиоактивную метку, цветную метку, флуоресцентную метку, хромогенную метку, люминесцентную метку, гаптен, дигоксигенин, биотин, цитостатическое средство, токсины, комплексное соединение металла, металл и коллоидное золото.
33. Полипептид по любому из пп. 1-7 и 16-23, где мутеин липокалина слит на своем N-конце и/или своем C-конце с фрагментом, который представляет собой белок, или белковый домен, или пептид.
34. Полипептид по любому из пп. 1-7 и 16-23, где мутеин липокалина конъюгирован с фрагментом, который продлевает время полужизни мутеина в сыворотке крови.
35. Полипептид по п. 34, где фрагмент, который продлевает время полужизни в сыворотке крови, выбран из группы, включающей молекулу полиалкиленгликоля, гидроксиэтилкрахмал, Fc-часть иммуноглобулина, домен CH3 иммуноглобулина, домен CH4 иммуноглобулина, альбумин-связывающий домен, альбумин-связывающий пептид и альбумин-связывающий белок.
36. Полипептид по п. 35, где полиалкиленгликоль представляет собой полиэтиленгликоль (ПЭГ) или его активированное производное.
37. Применение (i) полипептида по любому из пп. 1-7 и (ii) полипептида по любому из пп. 16-23 для связывания IL-17A и IL-23p19 в субъекте.
38. Применение по п. 37, где указанный первый мутеин липокалина и указанный второй мутеин липокалина вводятся в комбинации, в том числе параллельно, одновременно или последовательно.
39. Применение по п. 37, где указанный первый мутеин липокалина и указанный второй мутеин липокалина вводятся независимо друг от друга, в том числе с индивидуальными временными интервалами в независимые моменты времени.
40. Способ связывания IL-17A и IL-23p19 в субъекте, включающий введение указанному субъекту эффективного количества (i) одного или более полипептидов по любому из пп. 1-7 и (ii) одного или более полипептидов по любому из пп. 16-23.
41. Способ ингибирования связывания IL-17A и IL-23 с их соответствующим(-ими) рецептором(-ами) в субъекте, включающий введение указанному субъекту эффективного количества (i) одного или более полипептидов по любому из пп. 1-7 и (ii) одного или более полипептидов по любому из пп. 16-23.
42. Комбинация (i) полипептида по любому из пп. 1-7 и (ii) полипептида по любому из пп. 16-23.
43. Композиция, содержащая (i) полипептид по любому из пп. 1-7 и (ii) полипептид по любому из пп. 16-23.
44. Композиция по п. 43, где указанная композиция дополнительно включает по меньшей мере одно фармацевтически приемлемое вспомогательное средство, разбавитель или носитель.
45. Способ выявления присутствия IL-17A и IL-23p19 в образце, при этом способ включает приведение образца в контакт с (i) полипептидом по любому из пп. 1-7 и (ii) полипептидом по любому из пп. 16-23 при условиях, которые обеспечивают возможность образования комплекса первого полипептида и IL-17A и комплекса второго полипептида и IL-23p19.
46. Способ по п. 45, дополнительно включающий выявление комплекса первого липокалина и IL-17A и комплекса второго липокалина и IL-23p19.
47. Набор, содержащий в одной или более емкостях, отдельно или в смеси, полипептид по любому из пп. 1-7.
48. Набор, содержащий в одной или более емкостях, отдельно или в смеси, полипептид по любому из пп. 16-23.
49. Набор, содержащий в одной или более емкостях, отдельно или в смеси, полипептид по любому из пп. 1-7 и полипептид по любому из пп. 16-23.
50. Набор составляющих, содержащий первую и вторую емкость, где первая емкость содержит полипептид по любому из пп. 1-7, и вторая емкость содержит полипептид по любому из пп. 16-23.
51. Полипептид по п. 1 или 16, где полипептид представляет собой белок слияния, содержащий по меньшей мере две субъединицы, при этом одна субъединица обладает специфичностью связывания в отношении IL-17A, а другая субъединица обладает специфичностью связывания в отношении IL-23p19.
52. Полипептид по п. 51, где белок слияния обладает аффинностью связывания в отношении IL-17A, измеренной при помощи KD, составляющей приблизительно 1 нМ или меньше в анализе, по сути, описанном в примере 2.
53. Полипептид по п. 51, где белок слияния обладает аффинностью связывания в отношении IL-23p19, измеренной при помощи KD, составляющей приблизительно 10 нМ или меньше в анализе, по сути, описанном в примере 7.
54. Полипептид по п. 51, где белок слияния способен ингибировать связывание IL-17A с его рецептором в формате конкурентного ELISA, по сути, описанном в примере 3, или в анализе, по сути, описанном в примере 5.
55. Полипептид по п. 51, где белок слияния способен ингибировать связывание IL-23 с его рецептором в формате конкурентного ELISA, по сути, описанном в примере 8 или примере 14, или в анализе, по сути, описанном в примере 10 или примере 15.
56. Полипептид по п. 51, где одна субъединица белка слияния содержит полипептид по любому из пп. 1-7.
57. Полипептид по п. 51, где одна субъединица белка слияния содержит полипептид по любому из пп. 16-23.
58. Полипептид по п. 51, где белок слияния включает линкер, который ковалентно соединяет одну субъединицу, содержащую мутеин липокалина, с другой субъединицей, содержащей мутеин липокалина.
59. Полипептид по п. 51, где одна субъединица белка слияния непосредственно или посредством химического линкера присоединена к другой субъединице белка слияния.
60. Полипептид по п. 51, где полипептид представляет собой белок слияния, содержащий по меньшей мере две субъединицы, где две субъединицы обладают специфичностью связывания в отношении IL-17A.
61. Полипептид по п. 60, где по меньшей мере одна субъединица белка слияния содержит мутеин липокалина, специфичный в отношении IL-17A.
62. Полипептид по п. 51, где белок слияния дополнительно содержит субъединицу, при этом субъединица обладает специфичностью связывания в отношении IL-23p19.
63. Полипептид по п. 51, где белок слияния дополнительно содержит субъединицу, при этом субъединица обладает специфичностью в отношении IL-17A.
64. Полипептид по п. 51, где белок слияния содержит аминокислотную последовательность, показанную под любым из SEQ ID NO: 3-4.
65. Полипептид по п. 51, где белок слияния конъюгирован с соединением, выбранным из группы, включающей органическую молекулу, ферментную метку, радиоактивную метку, цветную метку, флуоресцентную метку, хромогенную метку, люминесцентную метку, гаптен, дигоксигенин, биотин, цитостатическое средство, токсины, комплексное соединение металла, металл и коллоидное золото.
66. Полипептид по п. 51, где белок слияния слит с фрагментом, который представляет собой белок, или белковый домен, или пептид.
67. Полипептид по п. 51, где белок слияния конъюгирован с фрагментом, который продлевает время полужизни мутеина в сыворотке крови.
68. Полипептид по п. 67, где фрагмент, который продлевает время полужизни в сыворотке крови, выбран из группы, включающей молекулу полиалкиленгликоля, гидроксиэтилкрахмал, Fc-часть иммуноглобулина, домен CH3 иммуноглобулина, домен CH4 иммуноглобулина, альбумин-связывающий пептид и альбумин-связывающий белок.
69. Полипептид по п. 1 или 16, где полипептид представляет собой белок слияния, содержащий по меньшей мере две субъединицы, и где одна субъединица обладает специфичностью связывания в отношении IL-17A или обладает специфичностью связывания в отношении IL-23p19, причем белок слияния и другая субъединица содержат альбумин-связывающий домен (ABD) или альбумин-связывающий пептид.
70. Полипептид по п. 69, где альбумин-связывающий домен (ABD) или альбумин-связывающий пептид содержат аминокислотную последовательность с SEQ ID NO: 14 или SEQ ID NO: 15.
71. Полипептид по п. 69, где белок слияния содержит две субъединицы со специфичностью связывания в отношении IL-17A.
72. Полипептид по п. 69, где белок слияния способен к связыванию со всеми из HSA, IL-17A и IL-23p19 одновременно при измерении в анализе, по сути, описанном в примере 12.
73. Полипептид по п. 1 или 16, где полипептид представляет собой белок слияния, содержащий одну субъединицу, которая обладает специфичностью связывания в отношении IL-17A или обладает специфичностью связывания в отношении IL-23p19, и Fc-часть антитела человека.
74. Полипептид по п. 73, где белок слияния содержит по меньшей мере две субъединицы, при этом одна субъединица обладает специфичностью связывания в отношении IL-17A, а другая субъединица обладает специфичностью связывания в отношении IL-23p19.
75. Полипептид по любому из пп. 65-68, 70-72, 74, где полипептид содержит аминокислотную последовательность, показанную под любым из SEQ ID NO: 5-13.
76. Полипептид по п. 1 или 16, где полипептид представляет собой белок слияния, содержащий по меньшей мере две субъединицы, и где одна субъединица обладает специфичностью связывания в отношении IL-17A или обладает специфичностью связывания в отношении IL-23p19, причем белок слияния и другая субъединица содержат ингибирующий TNF белок.
77. Полипептид по п. 76, где белок слияния способен к связыванию 17A, и где указанный белок слияния характеризуется средним значением EC50, по меньшей мере практически таким же или превосходящим среднее значение EC50 мутеина липокалина, который включен в белок слияния, при измерении в анализе, по сути, описанном в примере 16.
78. Полипептид по п. 76, где белок слияния способен к связыванию IL-23, и где указанный белок слияния характеризуется средним значением EC50, по меньшей мере практически таким же или превосходящим среднее значение EC50 мутеина липокалина, который включен в белок слияния, при измерении в анализе, по сути, описанном в примере 17.
79. Полипептид по п. 76, где белок слияния способен к связыванию TNF-α, и где указанный белок слияния характеризуется средним значением EC50, по меньшей мере практически таким же или превосходящим среднее значение EC50 антитела, которое включено в белок слияния, при измерении в анализе, по сути, описанном в примере 18.
80. Полипептид по п. 76, где белок слияния способен к связыванию со всеми из TNF-α, IL-17A и IL-23p19 одновременно при измерении в анализе, по сути, описанном в примере 19.
81. Полипептид по п. 76, где ингибирующим TNF белком является антитело с SEQ ID NO: 61 и 62.
82. Полипептид по п. 76, где полипептид содержит аминокислотные последовательности с SEQ ID NO: 63 и 62 или аминокислотные последовательности с SEQ ID NO: 64 и 62.
83. Применение полипептида по любому из пп. 51-82 или композиции, содержащей такой полипептид, для связывания IL-17A и/или IL-23p19 в субъекте.
84. Применение полипептида по любому из пп. 51-82 или композиции, содержащей такой полипептид, ингибирующий связывание IL-17 и/или IL-23 с их соответствующим(-ими) рецептором(-ами) в субъекте.
85. Способ связывания IL-17A и/или IL-23p19 в субъекте, включающий введение указанному субъекту эффективного количества одного или более полипептидов по любому из пп. 51-82 или одной или более композиций, содержащих такие полипептиды.
86. Способ ингибирования связывания IL-17 и/или IL-23 с их соответствующим(-ими) рецептором(-ами) в субъекте, включающий введение указанному субъекту эффективного количества одного или более полипептидов по любому из пп. 51-82 или одной или более композиций, содержащих такие полипептиды.
87. Применение полипептида по любому из пп. 51-82 для образования комплекса с IL-17A и/или IL-23p19.
88. Применение полипептида по любому из пп. 51-82 для выявления IL-17A и/или IL-23p19.
89. Применение полипептида по любому из пп. 51-82 для выявления IL-17A и/или IL-23p19.
90. Набор, содержащий по меньшей мере один полипептид по любому из пп. 51-82 и одну или более инструкций по применению набора.
91. Молекула нуклеиновой кислоты, содержащая нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид по любому из пп. 1-7, 16-23 и 51-82.
92. Молекула нуклеиновой кислоты по п. 91, где молекула нуклеиновой кислоты функционально связана с регуляторной последовательностью для обеспечения экспрессии указанной молекулы нуклеиновой кислоты.
93. Молекула нуклеиновой кислоты по п. 91, где молекула нуклеиновой кислоты входит в состав вектора или фагмидного вектора.
94. Клетка-хозяин, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по п. 91.
95. Способ получения полипептида по любому из пп. 1-7, 16-23 и 51-82, где мутеин липокалина или белок слияния получают исходя из нуклеиновой кислоты, кодирующей мутеин липокалина или белок слияния, при помощи способов генной инженерии.
96. Способ по п. 95, где мутеин липокалина или белок слияния получают в бактериальном или эукариотическом организме-хозяине и выделяют из этого организма-хозяина или его культуры.
Наверх