Терапевтические соединения для лечения болезни хантингтона - заявка 2016150050 на патент на изобретение в РФ

1. Нуклеиновая кислота, кодирующая искусственный первичный транскрипт miRNA (pri-miRNA), состоящая, в порядке расположения, из 5'-фланкирующей области, ненаправляющей области, петлевой области, направляющей области и 3'-фланкирующей области, при этом направляющая область состоит из SEQ ID NO: 37 (miHDss3), SEQ ID NO: 6 (miHDS1v5U) или SEQ ID NO: 7 (miHDS1v6A), и ненаправляющая область является по меньшей мере на 80% комплементарной направляющей области.
2. Нуклеиновая кислота по п. 1, в которой 5'-фланкирующая область непрерывно связана с ненаправляющей областью и направляющей областью, и направляющая область непрерывно связана с 3'-фланкирующей областью.
3. Нуклеиновая кислота по п. 1 или 2, в которой 5'-фланкирующая область содержит 5'-соединяющую последовательность, непрерывно связанную с ненаправляющей областью.
4. Нуклеиновая кислота по п. 3, в которой 5'-соединяющая последовательность состоит из 5-8 нуклеотидов.
5. Нуклеиновая кислота по п. 4, в которой 5'-соединяющая последовательность состоит из 7 нуклеотидов.
6. Нуклеиновая кислота по п. 3, в которой 5'-соединяющая последовательность кодирует GUGAGCGA (SEQ ID NO: 13) или GUGAGCGC (SEQ ID NO: 14).
7. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 3-6, в которой 5'-фланкирующая область дополнительно содержит 5'-выступающую последовательность, расположенную выше (в направлении 3') от 5'-соединяющей последовательности.
8. Нуклеиновая кислота по п. 7, в которой 5'-выступающая последовательность содержит сайт клонирования.
9. Нуклеиновая кислота по п. 7, в которой 5'-выступающая последовательность состоит примерно из 1-10 нуклеотидов.
10. Нуклеиновая кислота по п. 7, в которой 5'-выступающая последовательность кодирует UAAACUCGA (SEQ ID NO: 15).
11. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 7-10, в которой 5'-фланкирующая область, кроме того, содержит 5'-спейсерную последовательность, расположенную выше (в направлении 3') от 5'-выступающей последовательности.
12. Нуклеиновая кислота по п. 11, в которой 5'-спейсерная последовательность состоит из 10-12 нуклеотидов.
13. Нуклеиновая кислота по п. 11, в которой 5'-спейсерная последовательность кодирует UGGUACCGUU (SEQ ID NO: 16).
14. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 11-13, в которой 5'-фланкирующая область, кроме того, содержит 5'-апстрим последовательность, расположенную выше (в 3'-направлении) от 5'-спейсерной последовательности.
15. Нуклеиновая кислота по п. 14, в которой 5'-апстрим последовательность имеет длину примерно 30-2000 нуклеотидов.
16. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-15, в которой 3'-фланкирующая область содержит 3'-соединяющую последовательность, непрерывно связанную с направляющей областью.
17. Нуклеиновая кислота по п. 16, в которой 3'-соединяющая последовательность состоит из 5-8 нуклеотидов.
18. Нуклеиновая кислота по п. 16, в которой 3'-соединяющая последовательность является по меньшей мере на 85% комплементарной 5'-соединяющей последовательности.
19. Нуклеиновая кислота по п. 16, в которой 3'-соединяющая последовательность кодирует CGCCUAC (SEQ ID NO: 18).
20. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 16-19, в которой 3'-фланкирующая область, кроме того, содержит 3'-выступающую последовательность, расположенную ниже (в 5'-направлении) от 3'-соединяющей последовательности.
21. Нуклеиновая кислота по п. 20, в которой 3'-выступающая последовательность содержит сайт клонирования.
22. Нуклеиновая кислота по п. 20, в которой 3'-выступающая последовательность состоит примерно из 1-10 нуклеотидов.
23. Нуклеиновая кислота по п. 20, в которой 3'-выступающая последовательность кодирует UAG (SEQ ID NO: 30).
24. Нуклеиновая кислота по п. 20, в которой 5'-выступающая последовательность является комплементарной 3'-выступающей последовательности только у одного нуклеотида на каждом конце выступающей последовательности.
25. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 20-24, в которой 3'-фланкирующая область, дополнительно, содержит 3'-спейсерную последовательность, расположенную ниже (в 5'-направлении) от 3'-выступающей последовательности.
26. Нуклеиновая кислота по п. 25, в которой 3'-спейсерная последовательность состоит из 10-12 нуклеотидов.
27. Нуклеиновая кислота по п. 25, в которой 3'-спейсерная последовательность кодирует AGCGGCCGCCA (SEQ ID NO: 19).
28. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 25-27, в которой 3'-спейсерная последовательность является по меньшей мере примерно на 70% комплементарной 5'-спейсерной последовательности.
29. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 25-28, в которой 3'-фланкирующая область, дополнительно, содержит 3'-даунстрим последовательность, расположенную ниже (в 5-направлении) от 3'-спейсерной последовательности.
30. Нуклеиновая кислота по п. 29, в которой 5'-апстрим последовательность значительно не спаривается с 3'-даунстрим последовательностью.
31. Нуклеиновая кислота по п. 29 или 30, в которой 3'-даунстрим последовательность имеет длину примерно 30-2000 нуклеотидов.
32. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-31, в которой петлевая область имеет длину 15-25 нуклеотидов.
33. РНК, кодируемая нуклеиновой кислотой по любому из пп. 1-32.
34. Экспрессионная кассета, кодирующая выделенную нуклеиновую кислоту, описанную в любом из пп. 1-32.
35. Экспрессионная кассета по п. 34, дополнительно содержащая промотор, непрерывно связанный с нуклеиновой кислотой.
36. Экспрессионная кассета по п. 35, в которой промотор представляет собой промотор polII или polIII.
37. Экспрессионная кассета по п. 36, в которой промотор polIII представляет собой промотор U6.
38. Экспрессионная кассета по п. 36, в которой промотор polIII представляет собой промотор U6 мыши.
39. Экспрессионная кассета по п. 36, в которой промотор представляет собой промотор polII.
40. Экспрессионная кассета по п. 35, в которой промотор представляет собой тканеспецифический промотор.
41. Экспрессионная кассета по п. 35, в которой промотор представляет собой индуцибельный промотор.
42. Экспрессионная кассета по любому из пп. 35-41, дополнительно содержащая маркерный ген.
43. Вектор, содержащий экспрессионную кассету по любому из пп. 34-42.
44. Вектор по п. 43, который представляет собой вектор на основе аденоассоциированного вируса (AAV).
45. Вектор по п. 44, в котором AAV представляет собой AAV1, AAV2, AAV5, AAV6 и/или AAV9.
46. Вектор по п. 45, в котором AAV представляет собой AAV2.
47. Вектор по п. 45, в котором AAV представляет собой AAV2/1.
48. Выделенная нуклеиновая кислота длиной 80-4000 нуклеотидов, включающая нуклеиновую кислоту, кодирующую искусственный первичный транскрипт miRNA (pri-miRNA), состоящую, в порядке расположения, из 5'-фланкирующей области, ненаправляющей области, петлевой области, направляющей области и 3'-фланкирующей области, при этом направляющая область состоит из SEQ ID NO: 37 (miHDss3), SEQ ID NO: 6 (miHDS1v5U) или SEQ ID NO: 7 (miHDS1v6A), и ненаправляющая область является по меньшей мере на 80% комплементарной направляющей области.
49. Выделенная нуклеиновая кислота, состоящая из Pri-miHDS1v5U (SEQ ID NO: 8), Pri-miHDS1v6A (SEQ ID NO: 9), Pre-miHDS1v5U (SEQ ID NO: 10) или Pre-miHDS1v6A (SEQ ID NO: 11).
50. Дуплекс выделенной РНК, содержащий направляющую область нуклеиновой кислоты и ненаправляющую область нуклеиновой кислоты, при этом направляющая область состоит из SEQ ID NO: 37 (miHDss3), SEQ ID NO: 6 (miHDS1v5U) или SEQ ID NO: 7 (miHDS1v6A), и ненаправляющая область является по меньшей мере на 80% комплементарной направляющей области.
51. Дуплекс выделенной РНК по п. 44, который имеет длину 19-30 пар оснований.
52. Животное, отличное от человека, несущее нуклеиновую кислоту по любому из пп. 1-33 или 48-49, экспрессионную кассету по любому из пп. 34-42, вектор по любому из пп. 43-47 или дуплекс по любому из пп. 50-51.
53. Способ индукции РНК-интерференции, включающий введение субъекту эффективного количества нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-33 или 48-49, экспрессионной кассеты по любому из пп. 34-42, вектора по любому из пп. 43-47 или дуплекса по любому из пп. 50-51.
54. Нуклеиновая кислота по любому из пп. 1-33 или 48-49, экспрессионная кассета по любому из пп. 34-42, вектор по любому из пп. 43-47 или дуплекс по любому из пп. 50-51 для применения в терапии.
55. Применение нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-33 или 48-49, экспрессионной кассеты по любому из пп. 34-42, вектора по любому из пп. 43-47 или дуплекса по любому из пп. 50-51 для лечения болезни Хантингтона.
56. Выделенная молекула микроРНК, содержащая нуклеиновую кислоту п. 1, имеющую выступ на 3' конце.
57. Выделенная молекула микроРНК по п. 56, в которой выступ представляет собой повтор, содержащий от 2 до 5 нуклеотидов.
58. Выделенная молекула микроРНК по п. 56 или 57, которая представляет собой природную микроРНК.
59. Выделенная молекула микроРНК по п. 56 или 57, которая представляет собой искусственную микроРНК.
60. Выделенная микроРНК по любому из пп. 56-59, которая обеспечивает пониженный уровень нецелевой токсичности.
61. Выделенная микроРНК по п. 56, в которой выступ представляет собой последовательность UU (SEQ ID NO: 24), UUU (SEQ ID NO: 25) или UUUU (SEQ ID NO: 26).
62. Выделенная микроРНК по п. 56, в которой выступ представляет собой последовательность CUU (SEQ ID NO: 27), CUUU (SEQ ID NO: 28) или CUUUU (SEQ ID NO: 29).
63. Способ индукции РНК-интерференции с низкой токсичностью, включающий введение субъекту нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-33 или 48-49, экспрессионной кассеты по любому из пп. 34-42, вектора по любому из пп. 43-47 или дуплекса по любому из пп. 50-51.
64. Способ по п. 63, в котором экспрессионная кассета содержит промотор polII.
65. Способ индукции РНК-интерференции с низкой токсичностью, включающий введение субъекту экспрессионной кассеты по п. 35, кодирующей промотор polII, оперативно связанный с нуклеиновой кислотой, кодирующей miRNA.
66. Способ по п. 65, в котором miRNA содержит выступ на 5'- или 3'-конце размером 2 или 3 нуклеотида.
67. Способ по п. 65 или 66, в котором miRNA содержит выступ на 3'-конце размером 2 нуклеотида.
68. Способ по любому из пп. 65-67, в котором miRNA представляет собой искусственную miRNA.
69. Способ лечения субъекта, имеющего болезнь Хантингтона, включающий введение субъекту нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-33 или 48-49, экспрессионной кассеты по любому из пп. 34-42, вектора по любому из пп. 43-47 или дуплекса по любому из пп. 50-51 для лечения болезни Хантингтона.
70. Способ по любому из пп. 53 или 63-69, в котором терапевтический агент вводят в головной мозг субъекта напрямую или посредством кровотока.
71. Способ по п. 70, в котором терапевтический агент вводят интракраниально.
72. Способ по п. 71, в котором терапевтический агент вводят в мостомозжечковую цистерну, стриатум, кортекс или желудочек, субарахноидальное пространство и/или интратекальное пространство.
73. Способ по любому из пп. 70-72, в котором субъектом является человек.
74. Способ по любому из пп. 70-73, в котором агент инъецируют в 1-5 локализаций в центральной нервной системе (CNS).
75. Способ по любому из пп. 70-73, в котором агент инъецируют в одну локализацию в головном мозге.
76. Способ приведения в контакт клетки с нуклеиновой кислотой по любому из пп. 1-33 или 48-49, экспрессионной кассетой по любому из пп. 34-42, вектором по любому из пп. 43-47 или дуплексом по любому из пп. 50-51 для лечения болезни Хантингтона, отличающийся тем, что клетка представляет собой эпендимальную, пиальную, эндотелиальную клетку, клетку желудочка головного мозга и/или менингеальную клетку.
Наверх