Способ определения источника анеуплоидных клеток по крови беременной женщины - заявка 2016152686 на патент на изобретение в РФ

1. Способ определения источника анеуплоидных клеток по крови беременной женщины, включающий операции:
неинвазивный пренатальный ДНК-скрининг анеуплоидий плода по крови беременной женщины путем анализа свободно циркулирующей (внеклеточной) ДНК одним из стандартных методов высокопроизводительного секвенирования;
в случае обнаружения высокого риска анеуплоидии, определяют долю плодовой ДНК по хромосоме, для которой определен высокий риск анеуплоидии, с использованием всех секвенированных фрагментов вне зависимости от их длины;
путем анализа данных секвенирования проводят отбор фракции фрагментов свободно циркулирующей (внеклеточной) ДНК меньшей длины;
для полученной фракции определяют долю плодовой ДНК (ffX);
для хромосомы, для которой определен высокий риск анеуплоидии, определяют изменение доли плодовой ДНК, в зависимости от длины фрагментов внеклеточной ДНК, отобранных для анализа; в случае возрастания доли плодовой ДНК при уменьшении длины отобранных для анализа фрагментов внеклеточной ДНК следует предполагать плодовое происхождение анеуплоидий, в случае отсутствия возрастания доли плодовой ДНК - следует предполагать наличие анеуплоидий в клетках матери.
2. Способ по п. 1, в котором
долю ffX плодовой ДНК определяют по формуле:
ffX=2⋅|Nma-Nx|/Nma,
где: Nma - среднее покрытие аутосом, Nx - покрытие хромосомы, для которой определен риск анеуплоидии.
3. Способ определения источника анеуплоидных клеток по крови беременной женщины, включающий операции:
выделение из плазмы крови беременной женщины внеклеточной ДНК, содержащей материнскую и плодовую фракции;
секвенирование полученной внеклеточной ДНК с оценкой размера исходных фрагментов ДНК;
определение местоположения на геноме человека секвенированных фрагментов ДНК;
подсчет количества фрагментов, приходящихся на выбранную хромосому или участок хромосомы;
проверка статистической значимости увеличения количества фрагментов, приходящихся на выбранную хромосому для установления риска анеуплоидии плода, и при установлении такого риска - определение доли ff1 плодовой ДНК для всех секвенированных фрагментов ДНК по хромосоме, для которой выявлен высокий риск анеуплоидии по формуле:
ffX=2⋅|Nma-Nx|/Nma,
где: Nma - среднее покрытие аутосом, Nx - покрытие хромосомы, для которой определен риск анеуплоидии;
подсчет количества M1 всех секвенированных фрагментов;
отбор для анализа фрагментов короче 168 п.н.;
определение доли ff2 плодовой ДНК для фрагментов ДНК короче 168 п.н.;
подсчет количества М2 фрагментов ДНК короче 168 п.н.;
наличие или отсутствие роста доли ffX плодовой ДНК от длины фрагментов ДНК определяют по показателю:
К=[((ff2-ff1)/ff1)-1.29]:r,
где ff1 - доля плодовой ДНК по хромосоме, для которой выявлен высокий риск анеуплоидии при использовании для анализа всех секвенированных фрагментов ДНК; ff2 - доля плодовой ДНК для длины фрагментов ДНК короче 168 пар нуклеотидов; r=М2/М1 доля фрагментов оставшихся после отбора для анализа более коротких фрагментов внеклеточной ДНК для r≤0,7,
и при К равном или большем минус 2 относят анеуплоидии к плодовому происхождению, а при К меньшем минус 2 - к материнскому происхождению.
Наверх