Количественный анализ трансгенных белков - заявка 2016148876 на патент на изобретение в РФ

1. Высокопроизводительный способ количественного анализа одного или более целевых белков с известной аминокислотной последовательностью в образце растительного происхождения, включающий:
(a) выделение белков из образца растительного происхождения;
(b) расщепление белков, выделенных в этапе (a), с получением пептидов;
(c) разделение пептидов в одну стадию;
(d) определение множества сигнатурных пептидов из целевого белка с известной аминокислотной последовательностью;
(e) измерение множества сигнатурных пептидов с помощью точной масс-спектрометрии высокого разрешения (МСВР HRAM); и
(f) количественное определение целевого белка с известной аминокислотной последовательностью на основе измерений сигнатурных пептидов.
2. Способ по п.1, где пептиды разделяют в одну стадию с помощью колоночной хроматографии.
3. Способ по п.2, где колоночная хроматография включает жидкостную колоночную хроматографию.
4. Способ по п.1, где масс-спектральные данные для пептидов, соответствующих целевому белку, получают в одной стадии.
5. Способ по п.1, где один или более целевых белков включают два целевых белка.
6. Способ по п.1, где один или более целевых белков включают четыре целевых белка.
7. Способ по п.1, где образец растительного происхождения получен из трансгенного растения.
8. Способ по п.7, где один или более целевых белков включают ожидаемый продукт экспрессии трансгена в трансгенном растении.
9. Способ по п.1, где один или более целевых белков включают 5-энолпирувилшикимат-3-фосфатсинтазу (2mEPSPS), арилоксиалканоатдиоксигеназу-12 (AAD-12) и/или фосфинотрицин-ацетилтрансферазу (PAT).
10. Способ по п.1, где множество сигнатурных пептидов включает по меньшей мере одну последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2-25, 27-45 и 47-60.
11. Способ по п.1, где множество сигнатурных пептидов включает по меньшей мере две последовательности, выбранные из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2-25, 27-45 и 47-60.
12. Способ по п.1, где множество сигнатурных пептидов включает по меньшей мере три последовательности, выбранные из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2-25, 27-45 и 47-60.
13. Способ по п.1, где множество сигнатурных пептидов включает: (1) SEQ ID NO: 3, 12 и 21; (2) SEQ ID NO: 28, 29 и 34; и/или (3) SEQ ID NO: 49, 55 и 56.
14. Способ по п.1, где множество сигнатурных пептидов состоит из: (1) SEQ ID NO: 3, 12 и 21; (2) SEQ ID NO: 28, 29 и 34; и/или (3) SEQ ID NO: 49, 55 и 56.
15. Способ по п.1, где измерение множества сигнатурных пептидов включает вычисление соответствующих высот пиков или площадей пиков.
16. Способ по п.1, где измерение множества сигнатурных пептидов включает сравнение данных, полученных в режиме высокой фрагментации и режиме низкой фрагментации.
17. Высокопроизводительная система для количественного анализа одного или более целевых белков с известной аминокислотной последовательностью в образце растительного происхождения, включающая:
(a) высокопроизводительное средство для выделения белков из образца растительного происхождения;
(b) модуль разделения для разделения пептидов в одну стадию;
(c) модуль отбора для отбора множества сигнатурных пептидов из целевого белка с известной аминокислотной последовательностью; и
(d) точную масс-спектрометрию высокого разрешения (МСВР HRAM) для измерения множества сигнатурных пептидов.
18. Система по п.17, где модуль разделения включает колоночную хроматографию.
19. Система по п.18, где колоночная хроматография включает жидкостную колоночную хроматографию.
20. Система по п.17, где точная масс-спектрометрия высокого разрешения (МСВР HRAM) включает тандемный масс-спектрометр.
21. Система по п.17, где точная масс-спектрометрия высокого разрешения (МСВР HRAM) не включает тандемный масс-спектрометр.
22. Система по п.17, где образец растительного происхождения получен из трансгенного растения.
23. Система по п.22, где один или более целевых белков включают ожидаемый продукт экспрессии трансгена в трансгенном растении.
24. Система по п.17, где один или более целевых белков включают 5-энолпирувилшикимат-3-фосфатсинтазу (2mEPSPS), арилоксиалканоатдиоксигеназу-12 (AAD-12) и/или фосфинотрицин-ацетилтрансферазу (PAT).
25. Система по п.17, где множество сигнатурных пептидов включает по меньшей мере одну последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2-25, 27-45 и 47-60.
26. Система по п.17, где множество сигнатурных пептидов включает по меньшей мере две последовательности, выбранные из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2-25, 27-45 и 47-60.
27. Система по п.17, где множество сигнатурных пептидов включает по меньшей мере три последовательности, выбранные из группы, состоящей из SEQ ID NO: 2-25, 27-45 и 47-60.
28. Система по п.17, где множество сигнатурных пептидов включает: (1) SEQ ID NO: 3, 12 и 21; (2) SEQ ID NO: 28, 29 и 34; и/или (3) SEQ ID NO: 49, 55 и 56.
29. Система по п.17, где множество сигнатурных пептидов состоит из: (1) SEQ ID NO: 3, 12 и 21; (2) SEQ ID NO: 28, 29 и 34; и/или (3) SEQ ID NO: 49, 55 и 56.
30. Высокопроизводительный способ количественного определения одного или более целевых белков с известной аминокислотной последовательностью в образце растительного происхождения, включающий применение системы по п.17.
Наверх