Иммуногенные продукты, полученные на основе аминокислотных последовательностей мутеинового амилоида β(aβ), и способы их применения - заявка 2017103527 на патент на изобретение в РФ

1. Иммуногенный продукт, содержащий аминокислотную последовательность амилоида β (Αβ), которая на 62,5% или более, на 68,75% или более, на 75% или более, на 81,25% или более, на 87,5% или более или на 93,75% или более идентична аминокислотной последовательности:
V18F19F20A21E22D23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33 [SEQ ID NO:2; Αβ(18-33)], где указанный продукт
i) реагирует с моноклональным антителом, выбранным из группы, состоящей из моноклонального антитела 7C6, получаемого из гибридомы, имеющейся в Американской коллекции типовых культур под депозитарным номером PTA-7240; моноклонального антитела 4D10, получаемого из гибридомы, имеющейся в Американской коллекции типовых культур под депозитарным номером PTA-7405, или моноклонального антитела 5F7, получаемого из гибридомы, имеющейся в Американской коллекции типовых культур под депозитарным номером PTA-7241, где моноклональное антитело предпочтительно связывает продукт с KD от 1x10-6 М или более высокой аффинностью; и
ii) обладает способностью продуцировать поликлональную антисывороту, не обладающую перекрестной реактивностью или обладающую низкой перекрестной реактивностью с тромбоцитарным фактором 4 (PF-4).
2. Продукт по п.1, который также характеризуется одним или более из нижеследующих свойств:
(а) поликлональной антисывороткой является поликлональная антисыворотка, взятая у мышей или кроликов.
(b) поликлональной антисывороткой является аффинно очищенная антисыворотка, обогащенная антителами, связывающимися с продуктом;
(с) перекрестная реактивность с PF-4 по меньшей мере в 10 раз, например, по меньшей мере в 20 раз, по меньшей мере в 30 раз или по меньшей мере в 50 раз, а более предпочтительно, по меньшей мере в 100 раз, например, по меньшей мере в 200 раз, по меньшей мере в 300 раз, или по меньшей мере в 500 раз, еще более предпочтительно, по меньшей мере в 1000 раз, например, по меньшей мере в 2000 раз, по меньшей мере в 3000 раз, или по меньшей мере в 5000 раз, еще более предпочтительно, по меньшей мере в 10000 раз, например, по меньшей мере в 20000 раз, по меньшей мере в 30000 раз, или по меньшей мере в 50000 раз, а наиболее предпочтительно, по меньшей мере в 100000 раз ниже перекрестной реактивности эталонного анти-PF-4 антитела с PF-4;
(d) тромбоцитарным фактором 4 является PF-4 в плазме собакоподобных обезьян или PF-4 в человеческий плазме;
(е) перекрестной реактивностью является способность поликлональной антисыворотки связываться с PF-4 плазмы, и где поликлональная антисыворотка является иммобилизованной.
3. Продукт по п. 1, где поликлональная антисыворотка обладает аффинностью связывания с глобуломером Aβ, которая по меньшей мере в 2 раза, например, по меньшей мере в 3 раза или по меньшей мере в 5 раз, а предпочтительно, по меньшей мере в 10 раз, например, по меньшей мере в 20 раз, по меньшей мере в 30 раз или по меньшей мере в 50 раз, а более предпочтительно, по меньшей мере в 100 раз, например, по меньшей мере в 200 раз, по меньшей мере в 300 раз, или по меньшей мере в 500 раз, еще более предпочтительно, по меньшей мере в 1000 раз, например, по меньшей мере в 2000 раз, по меньшей мере в 3000 раз, или по меньшей мере в 5000 раз, еще более предпочтительно, по меньшей мере в 10000 раз, например, по меньшей мере в 20000 раз, по меньшей мере в 30000 раз, или по меньшей мере в 50000 раз, а наиболее предпочтительно, по меньшей мере в 100000 раз превышает аффинность связывания антисыворотки по меньшей мере с одной формой Aβ, выбранной из группы, состоящей из мономерной формы Aβ(1-42), мономерной формы Aβ(1-40), фибрилломерной формы Aβ(1-42) и фибрилломерной формы Aβ(1-40);
где глобуломер Aβ, предпочтительно, выбран из группы, состоящей из глобуломеров Aβ(1-42), глобуломеров (12-42) и глобуломер Aβ(1-42), где глобуломер Aβ предпочтительно выбран из глобуломеров Aβ(1-42), глобуломеров Aβ(12-42) и глобуломеров Aβ(20-42).
4. Продукт по п.1, где поликлональная антисыворотка обладает аффинностью связывания с глобуломером Aβ(20-42), которая по меньшей мере в 2 раза, например, по меньшей мере в 3 раза или по меньшей мере в 5 раз, а предпочтительно, по меньшей мере в 10 раз, например, по меньшей мере в 20 раз, по меньшей мере в 30 раз или по меньшей мере в 50 раз, а более предпочтительно, по меньшей мере в 100 раз, например, по меньшей мере в 200 раз, по меньшей мере в 300 раз, или по меньшей мере в 500 раз, еще более предпочтительно, по меньшей мере в 1000 раз, например, по меньшей мере в 2000 раз, по меньшей мере в 3000 раз, или по меньшей мере в 5000 раз, еще более предпочтительно, по меньшей мере в 10000 раз, например, по меньшей мере в 20000 раз, по меньшей мере в 30000 раз, или по меньшей мере в 50000 раз, а наиболее предпочтительно, по меньшей мере в 100000 раз превышает аффинность связывания антисыворотки по меньшей мере с одним глобуломером Aβ, выбранным из группы, состоящей из глобуломера Aβ(1-42) и глобуломера Aβ(12-42).
5. Продукт по п. 1, который также отличается одним из нижеперечисленных признаков:
(а) по меньшей мере часть указанной аминокислотной последовательности образует петлю, а предпочтительно, β-шпилечную петлю;
(b) части аминокислотной последовательности продукта, соответствующего F19F20A21 (SEQ ID NO: 8) и A30I31I32 (SEQ ID NO: 9), присутствуют а антипараллельной ориентации;
(c) часть аминокислотной последовательности образует петлю, содержащую последовательность, выбранную из группы, состоящей из V24G25S26N27 (SEQ ID NO: 10) и D23V24G25S26N27K28 (SEQ ID NO: 11).
6. Продукт по п. 1, который представляет собой олигомер, содержащий множество, предпочтительно, 2-48, указанных аминокислотных последовательностей Aβ.
7. Продукт по п. 1, который получают способом, включающим следующие стадии:
(a) растворения пептида Aβ, содержащего указанную аминокислотную последовательность Aβ, в растворителе;
(b) добавления амфипатического агента к раствору пептиды Aβ; и
(c) инкубирования полученной смеси с образованием олигомера;
(d) необязательно, протеолитического расщепления олигомера.
8. Продукт по п. 1, где аминокислотная последовательность Aβ на 72% или более, 77% или более, 81% или более, 86% или более, 90% или более или 95% или более идентична аминокислотной последовательности V18F19F20A21E22D23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39 (SEQ ID NO: 3).
9. Продукт по п. 8, который также отличается одним или более из нижеследующих признаков:
(а) первая аминокислотная последовательность LA34MA35VA36GA37GA38 (SEQ ID NO:5), находится в параллельной ориентации по отношению ко второй аминокислотной последовательности LB34MB35VB36GB37GB38 (SEQ ID NО:5), где межпротонное расстояние по меньшей мере для одной пары атомов, выбранных из группы, состоящей из MA35(NH)-VB36(NH), GA37(NH)-GB38(NH), LA34(NH)-LB34(CδH3), MA35(NH)-VB36(CγH3), составляет от 1,8 до 6,5 Ангстрем,
(b) первая аминокислотная последовательность GA33LA34MA35VA36GA37GA38VA39 (SEQ ID NO: 6) находится в параллельной ориентации по отношению ко второй аминокислотной последовательности GB33LB34MB35VB36GB37GB38VB39 (SEQ ID NO: 6), где межпротонное расстояние по меньшей мере для одной пары атомов, выбранных из группы, состоящей из GA33(NH)-GB34(NH), MA35(NH)-VB36(NH), GA37(NH)-GB38(NH), LA34(NH)-LB34(CδH3), MA35(NH)-VB36(CγH3), GA38(NH)-VB39(CγH3) и VA39(NH)-VB39(CγH3), составляет от 1,8 до 6,5 Ангстрем;
(с) продукт содержит межмолекулярную параллельную β-складку, расположенную между двумя аминокислотными последовательностями Aβ, где межмолекулярная параллельная β-складка содержит перкую аминокислотную последовательность GA33LA34MA35VA36GA37GA38VA39 (SEQ ID NO:7); и вторую аминокислотную последовательность GB33LB34MB35VB36GB37GB38VB39 (SEQ ID NО:7), и где, предпочтительно, пары атомов GA33(CO)-LB34(N), LB34(CO)-MA35(N), MA35(CO)-VB36(N), VB36(CO)-GA37(N) и GB37(CO)-GA38(N) могут быть расположены на расстоянии 3,3 ± 0,5 Å, где CO означает атом кислорода остова, где углы фи (ϕ) остатков составляют от -180 до -30, а углы пси (φ) остатков составляют приблизительно от 60 до 180 или приблизительно от -180 до -150
10. Продукт по п. 1, где аминокислотная последовательность Aβ на 62,5% или более, 64% или более, 67% или более, 71% или более, 75% или более, 78% или более, 82% или более, 85% или более, 89% или более, 92% или более, или на 96% или более идентична части (X-Y) аминокислотной последовательности V12H13H14Q15K16L17V18F19F20A21E22D23V24 G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39 (SEQ ID NO: 4), где X выбран из группы, состоящей из чисел 12..18, а Y выбран из группы, состоящей из чисел 33..39.
11. Продукт по п. 10, где по меньшей мере один из аминокислотных остатков, соответствующих V12, H13, H14, Q15, K16, L17, V18, F19, F20, A21, E22 или D23 и по меньшей мере один из аминокислотных остатков, соответствующих K28, G29, A30, I31, I32, G33, L34, M35, V36, G37, G38, V39 ковалентно связаны друг с другом.
12. Продукт по п. 1, который также отличается одним или более из нижеследующих признаков:
(а) (b) где аминокислота, соответствующая F19, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина, аспарагина, серина, треонина, глутамина, аланина, глицина, пролина, валина, лейцина, метионина и изолейцина;
(с) аминокислота, соответствующая F20, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина, аспарагина, серина, треонина, глутамина, пролина, аланина, глицина, валина, лейцина, метионина и изолейцина;
(d) аминокислота, соответствующая A21, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, глицина, пролина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, фенилаланина, тирозина и триптофана;
(e) аминокислота, соответствующая E22, выбрана из группы, состоящей из валина, лейцина, метионина, изолейцина, фенилаланина, тирозина, триптофана, аланина, цистеина, аспарагина, серина, треонина, пролина и глутамина;
(f) аминокислота, соответствующая D23, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, валина, лейцина, метионина, изолейцина, фенилаланина, тирозина, триптофана, пролина, цистеина, аспарагина, серина, треонина и глутамина;
(g) аминокислота, соответствующая V24, выбранв из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина, аспарагина, серина, треонина, глутамина, пролина, фенилаланина, тирозина и триптофана;
(h) аминокислота, соответствующая G25, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, валина, лейцина, метионина, изолейцина, фенилаланина, тирозина, триптофана, пролина, аспарагиновой кислоты и глутаминовой кислоты;
(i) аминокислота, соответствующая S26, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, пролина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, фенилаланина, тирозина и триптофана;
(j) аминокислота, соответствующая N27, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, валина, лейцина, метионина, изолейцина, фенилаланина, тирозина, триптофана, пролина, аспарагиновой кислоты и глутаминовой кислоты;
(k) аминокислота, соответствующая K28, выбрана из группы, состоящей из аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, аланина, глицина, валина, лейцина, метионина, изолейцина, фенилаланина, тирозина, триптофана, пролина, цистеина, аспарагина, серина, треонина и глутамина;
(l) аминокислота, соответствующая G29, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина, аспарагина, серина, треонина, глутамина, валина, лейцина, метионина, изолейцина, фенилаланина, тирозина, триптофана и пролина;
(m) аминокислота, соответствующая А30, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина, аспарагина, серина, треонина, глутамина, глициан, валина, лейцина, метионина, изолейцина, фенилаланина, тирозина, триптофана и пролина;
(n) аминокислота, соответствующая I31, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина, аспарагина, серина, треонина, глутамина, пролина, фенилаланина, тирозина и триптофана;
(o) аминокислота, соответствующая I32, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина, аспарагин, серина, треонина, глутамина, пролина, фенилаланина, тирозина и триптофана;
(p) аминокислота, соответствующая G33, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина, аспарагина, серина, треонина, глутамина, валина, лейцина, метионина, изолейцина, фенилаланина, тирозина, триптофана и пролина;
(q) аминокислота, соответствующая F20, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина, аспарагина, серина, треонина, глутамина, пролина, аланиан, глицина, валина, лейцина, метионина и изолейцина; а аминокислота, соответствующая E22, выбрана из группы, состоящей из аланина, валина, пролина, фенилаланина, метионина, изолейцина, триптофана, цистеина, аспарагина, серина, треонина, тирозина и лейцина;
(r) аминокислота, соответствующая F20, представляет собой глицин, а аминокислота, соответствующая E22, представляет собой аланин;
(s) аминокислота, соответствующая F20, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина, аспарагина, серина, треонина, глутамина, пролина, аланина, глицина, валина, лейцина, метионин и изолейцина; а аминокислота, соответствующая I31, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, цистеина, аспарагина, серина, треонина, глутамина, пролина, фенилаланина, тирозина и триптофана;
(t) аминокислота, соответствующая А21, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, глицина, пролина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, фенилаланина, тирозина и триптофана; а аминокислота, соответствующая E22, выбрана из группы, состоящей из аланина, валина, пролина, фенилаланина, метионина, изолейцина, триптофана, цистеина, аспарагина, серина, треонина, тирозина и лейцина;
(u) аминокислота, соответствующая А21, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, глицина, пролина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, фенилаланина, тирозина и триптофана; а аминокислота, соответствующая D23, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, валина, лейцина, метионина, изолейцина, фенилаланина, тирозина, триптофана, пролина, цистеина, аспарагина, серина, треонина и глутамина;
(v) аминокислота, соответствующая E22, выбрана из группы, состоящей из валина, лейцина, метионина, изолейцина, фенилаланина, тирозина, триптофана, аланина, цистеина, аспарагина, серина, треонина, пролина и глутамина; а аминокислота, соответствующая G25, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, валина, лейцина, метионина, изолейцина, фенилаланина, тирозина, триптофана, пролина, аспарагиновой кислоты и глутаминовой кислоты;
(w) аминокислота, соответствующая E22, выбрана из группы, состоящей из валина, лейцина, метионина, изолейцина, фенилаланина, тирозина, триптофана, аланина, цистеина, аспарагина, серина, треонина, пролина и глутамина; а аминокислота, соответствующая S26, выбрана из группы, состоящей из гистидина, аргинина, лизина, пролина, аспарагиновой кислоты, глутаминовой кислоты, фенилаланина, тирозина и триптофана.
13. Композиция, содержащая продукт по любому из пп. 1-12.
14. Продукт по любому из пп. 1-12, используемый для лечения или предупреждения амилоидоза.
15. Способ лечения или предупреждения амилоидоза у индивидуума, нуждающегося в этом, где указанный способ включает введение индивидууму продукта по любому из пп. 1-12.
16. Продукт по п.14 или способ по п. 15, где продукт используется для активной иммунизации.
17. Продукт по любому из пп. 1-12, применяемый для диагностики амилоидоза.
18. Способ диагностики амилоидоза, включающий взятие образца у индивидуума с подозрением на амилоидоз; контактирование этого образца с продуктом по любому из пп. 1-12 в течение определенного периода времени и в условиях, подходящих для образования комплекса, содержащего продукт и антитело, где присутствие такого комплекса указывает на наличие амилоидоза у индивидуума.
19. Продукт по любому из пп. 14, 16 и 17 или способ по любому из пп. 15, 16 и 18, где амилоидозом является болезнь Альцгеймера или синдром Дауна
20. Способ идентификации агента, способного связываться с продуктом по любому из пп. 1-12, где указанный способ включает стадии: a) обработки одного или более представляющих интерес агентов продуктом в течение определенного периода времени и при определенных условиях, подходящих для связывания одного или более агентов с данным продуктом; и b) идентификации агентов, которые связываются с данным продуктом;
где агент, предпочтительно, выбран из антител, неантительных связывающих молекул, аптамероа и низкомолекулярных соединений.
21. Молекула, содержащая аминокислотную последовательность, идентичную части (X-Y) аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из:
D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18A19F20A21E22D23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:13); D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19A20A21E22D23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:14); D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20A21A22D23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:15); D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20A21F22D23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:16); D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20A21V22D23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:17); D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20A21L22D23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:18); D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20A21E22K23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:19); D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20A21E22L23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:20; Αβ(1-43)D23L);
D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20A21E22D23V24V25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:21); D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20A21E22D23V24G25S26N27K28G29G30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:22);
D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19G20A21A22D23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:23);
D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19A20A21E22D23V24G25S26N27K28G29A30A31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:24);
D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19C20A21E22D23V24G25S26N27K28G29A30C31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:25);
D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20Q21L22D23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:26); D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20L21Q22D23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:27); D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20Q21E22N23V24G25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:28); D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20A21A22D23V24A25S26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:29); и D1A2E3F4R5H6D7S8G9Y10E11V12H13H14Q15K16L17V18F19F20A21A22D23V24G25A26N27K28G29A30I31I32G33L34M35V36G37G38V39V40I41A42T43 (SEQ ID NO:30),
где X выбран из группы, состоящей из чисел 1..18, 4..18 или 12..18 или равен 18; а Y выбран из группы, состоящей из чисел 33..43, 33..42, 33..41 или 33..40; или представляет собой его перекрестносвязанное производное, где по меньшей мере 2 не-смежных остатка аминокислотной последовательности ковалентно связаны друг с другом;
где (X-Y), предпочтительно, выбран из группы, состоящей из (1-42), (4-42), (12-42) или (18-42).
Наверх