Патенты автора Гуткина Надежда Игоревна (RU)
Изобретение относится к области молекулярной биологии и генетической инженерии. Предложен способ присоединения олигонуклеотидных штрихкодов к продуктам таргетной амплификации ДНК посредством формирования «липких» концов ампликонов с помощью Pfu ДНК-полимеразы. На первом этапе проводят дизайн праймеров для таргетной амплификации таким образом, чтобы 5'-конец каждого праймера содержал заданную последовательность из пяти нуклеотидов: 5'-TTCAG, далее, после проведения таргетной амплификации, полученные ампликоны обрабатывают Pfu ДНК-полимеразой в присутствии соответствующих дезоксирибонуклеозид-трифосфатов (дНТФ), затем по сформированным «липким» концам ампликона проводят лигирование штрихкода и одного из адаптеров, при этом лигирование второго адаптера к штрихкоду происходит в той же реакционной смеси с использованием выступающего конца, имеющего иную нуклеотидную последовательность, с помощью праймеров, комплементарных адаптерам, далее в ходе ПЦР проводят обогащение реакционной смеси целевыми последовательностями. Технический результат: расширение функциональных возможностей способа, повышение эффективности введения штрихкодов и снижение вероятности формирования побочных продуктов при подготовке таргетных ДНК-библиотек к массовому параллельному секвенированию. 2 ил., 1 табл., 3 пр.
Изобретение относится к области медицины. Предложен способ молекулярно-генетической диагностики наследственных форм рака молочной железы. Проводят тестирование выделенной ДНК на наличие мутации 5382insC в гене BRCA1 методом аллель-специфической ПЦР в режиме реального времени. В случае положительного результата проводят поиск данной мутации среди кровных родственников пациента. В случае отсутствия мутации 5382insC у пациента проводят у него анализ всей кодирующей части генов BRCA1/2 с прилегающими участками интронов и регуляторными областями методом секвенирования нового поколения. В случае отсутствия патогенных мутаций делают вывод об отсутствии мутаций в генах BRCA1/2 у пациента. В случае нахождении патогенной мутации у пациента делают вывод о его генетической предрасположенности к раку молочной железы и проводят аналогичный поиск мутаций у кровных родственников. В случае отсутствия патогенной мутации у кровных родственников делают вывод об отсутствии у них мутаций в генах BRCA1/2. Изобретение обеспечивает повышение эффективности диагностики. 2 з.п. ф-лы, 1 ил., 2 табл., 2 пр.
ПЛАЗМИДНЫЙ ВЕКТОР И СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ НОНСЕНС-МУТАЦИЙ И МУТАЦИЙ СДВИГА РАМКИ СЧИТЫВАНИЯ В ГЕНЕ BRCA1 // 2506315
Настоящее изобретение относится к области молекулярной биологии. Предложен способ выявления в гене BRCA1 мутаций сдвига рамки считывания и нонсенс-мутаций, заключающийся в создании рекомбинантных плазмид, в которых амплифицированный фрагмент гена находится в единой трансляционной рамке с геном щелочной фосфатазы Е.соli (phoA). Сконструирован плазмидный вектор pPhoA-frame, который содержит последовательность ДНК, кодирующую щелочную фосфатазу E.coli. Внутрь этой последовательности встроен фрагмент ДНК, содержащий сайты узнавания эндонуклеаз рестрикции BglII, StuI, ApaI, SacII и предназначенный для клонирования фрагментов гена BRCA1 (полилинкер). Амплифицированный фрагмент гена BRCA1 встраивается в плазмидный вектор pPhoA-frame в единой трансляционной рамке с phoA. Наличие в исследуемом фрагменте гена мутаций, нарушающих целостность рамки считывания, оценивается визуально по отсутствию окраски колоний клеток E.coli, трансформированных полученной рекомбинантной плазмидой, на индикаторной чашке, содержащей субстрат для щелочной фосфатазы. Предлагаемый способ позволяет выявлять только значимые для развития патологии мутации, так как исключается детекция полиморфных вариантов, не приводящих к появлению стоп-кодонов и в большинстве случаев не оказывающих существенного влияния на функцию белка. Метод позволяет выявить наличие любых, в том числе и неизвестных, мутаций, нарушающих целостность рамки. Способ может быть использован для выявления в генах человека мутаций сдвига рамки трансляции и нонсенс-мутаций, ответственных за развитие ряда онкологических заболеваний. 2 н.п. ф-лы, 3 ил., 2 пр.
