Патенты автора ВАН ДЕН БОГААРД Патрик Т. К. (NL)
Изобретение относится к биотехнологии. Описан способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма Clostridium difficile в пробе, в котором выполняют следующие стадии: a. предоставляют пробу; b. в мультиплексном ПЦР-анализе: i) эту пробу анализируют в отношении присутствия или отсутствия гена tcdB цитотоксина; ii) эту пробу анализируют в отношении присутствия или отсутствия следующих делеций в гене tcdC: a) делеций 18 п.н. в SEQ ID NO: 1 от нуклеотида 330 до нуклеотида 347; b) делеций 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 как представлено в SEQ ID NO: 14; c) делеций единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1. При этом мультиплексная ПЦР-амплификация является количественной ПЦР реального времени, где пробу дополнительно анализируют в отношении присутствия или отсутствия делеций 1,8 т.п.н. гена tcdA энтеротоксина, где пробу дополнительно анализируют в отношении присутствия или отсутствия cdtA и/или cdtB бинарного токсина, и, где a. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, не присутствует ни делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н., то эта проба оценивается как токсиногенный штамм Clostridium difficile, b. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, присутствует делеция 18 п.н. и присутствует ген бинарного токсина cdtA/B, то эта проба оценивается как штамм риботипа 027 Clostridium difficile, c. если присутствует последовательность гена tcdB, присутствует делеция tcdA, не присутствует ни делеция единственного нуклеотида в положении 117 SEQ ID NO: 1, ни делеция 18 п.н., ни делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 как представлено в SEQ ID NO: 14, и отсутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 017 Clostridium difficile, и d. если присутствует последовательность гена tcdB, отсутствует делеция tcdA, присутствует делеция 39 п.н. в SEQ ID NO: 1 как представлено в SEQ ID NO: 14, присутствует ген cdtA/B бинарного токсина, то эта проба оценивается как штамм риботипа 078 Clostridium difficile. Изобретение расширяет арсенал способов диагностики. 3 н. и 9 з.п. ф-лы, 2 ил., 1 табл.
